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- EMDB-11871: yeast THO-Sub2 complex dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11871
タイトルyeast THO-Sub2 complex dimer
マップデータdimer map
試料
  • 複合体: yeast THO-Sub2 complex dimer
    • タンパク質・ペプチド: THO complex subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: THO complex subunit HPR1
    • タンパク質・ペプチド: TEX1 isoform 1
    • タンパク質・ペプチド: EM14S01-3B_G0007820.mRNA.1.CDS.1
    • タンパク質・ペプチド: BJ4_G0025130.mRNA.1.CDS.1
    • タンパク質・ペプチド: THO complex subunit MFT1
キーワードyeast THO complex S. cerevisiae THO-Sub2 the transcription-export (TREX) complex / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


THO complex / nucleoplasmic THO complex / THO complex part of transcription export complex / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase I / transcription export complex / Cdc73/Paf1 complex / mRNA 3'-end processing / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / subtelomeric heterochromatin formation / transcription-coupled nucleotide-excision repair ...THO complex / nucleoplasmic THO complex / THO complex part of transcription export complex / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase I / transcription export complex / Cdc73/Paf1 complex / mRNA 3'-end processing / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / subtelomeric heterochromatin formation / transcription-coupled nucleotide-excision repair / mRNA export from nucleus / stress granule assembly / helicase activity / transcription elongation by RNA polymerase II / spliceosomal complex / mRNA processing / mRNA splicing, via spliceosome / DNA recombination / nucleic acid binding / chromosome, telomeric region / molecular adaptor activity / RNA helicase activity / RNA helicase / mRNA binding / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
THO complex subunit Thp2 / Tho complex subunit THP2 / TREX component Tex1/THOC3 / THO complex subunit 7/Mft1 / THO complex, subunitTHOC2, C-terminal / THO complex, subunitTHOC2, N-terminal / THO complex subunit 2, N-terminal domain / THO complex subunit 2 / Tho complex subunit 7 / Transcription factor/nuclear export subunit protein 2 ...THO complex subunit Thp2 / Tho complex subunit THP2 / TREX component Tex1/THOC3 / THO complex subunit 7/Mft1 / THO complex, subunitTHOC2, C-terminal / THO complex, subunitTHOC2, N-terminal / THO complex subunit 2, N-terminal domain / THO complex subunit 2 / Tho complex subunit 7 / Transcription factor/nuclear export subunit protein 2 / Transcription- and export-related complex subunit / THO complex subunit 2 N-terminus / THO complex, subunit THOC1 / THO complex subunit 1 transcription elongation factor / : / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
BJ4_G0002130.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0007820.mRNA.1.CDS.1 / TEX1 isoform 1 / THO complex subunit 2 / THO complex subunit THP2 / THO complex subunit HPR1 / THO complex subunit MFT1 / THO complex subunit 2 / Protein TEX1 / ATP-dependent RNA helicase SUB2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Schuller SK / Schuller JM
資金援助 ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)ERC Advanced Investigator Grant EXORICO ドイツ
German Research Foundation (DFG)GRK1721, SFB/TRR 237 ドイツ
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Structural insights into the nucleic acid remodeling mechanisms of the yeast THO-Sub2 complex.
著者: Sandra K Schuller / Jan M Schuller / J Rajan Prabu / Marc Baumgärtner / Fabien Bonneau / Jérôme Basquin / Elena Conti /
要旨: The yeast THO complex is recruited to active genes and interacts with the RNA-dependent ATPase Sub2 to facilitate the formation of mature export-competent messenger ribonucleoprotein particles and to ...The yeast THO complex is recruited to active genes and interacts with the RNA-dependent ATPase Sub2 to facilitate the formation of mature export-competent messenger ribonucleoprotein particles and to prevent the co-transcriptional formation of RNA:DNA-hybrid-containing structures. How THO-containing complexes function at the mechanistic level is unclear. Here, we elucidated a 3.4 Å resolution structure of THO-Sub2 by cryo-electron microscopy. THO subunits Tho2 and Hpr1 intertwine to form a platform that is bound by Mft1, Thp2, and Tex1. The resulting complex homodimerizes in an asymmetric fashion, with a Sub2 molecule attached to each protomer. The homodimerization interfaces serve as a fulcrum for a seesaw-like movement concomitant with conformational changes of the Sub2 ATPase. The overall structural architecture and topology suggest the molecular mechanisms of nucleic acid remodeling during mRNA biogenesis.
履歴
登録2020年10月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月2日-
マップ公開2020年12月2日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.25
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7aqo
  • 表面レベル: 0.25
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7aqo
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11871.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11871.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈dimer map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.38 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.25 / ムービー #1: 0.25
最小 - 最大-0.63577145 - 1.7889495
平均 (標準偏差)0.0044854893 (±0.059984926)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 414.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.381.381.38
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z414.000414.000414.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ79740
NX/NY/NZ93103213
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.6361.7890.004

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添付データ

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追加マップ: Map Dimer Bottom Local 3.69 Angstrom

ファイルemd_11871_additional_1.map
注釈Map Dimer_Bottom Local_3.69 Angstrom
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Map Dimer Bottom Local 4.01 Angstrom

ファイルemd_11871_additional_2.map
注釈Map Dimer_Bottom Local_4.01 Angstrom
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : yeast THO-Sub2 complex dimer

全体名称: yeast THO-Sub2 complex dimer
要素
  • 複合体: yeast THO-Sub2 complex dimer
    • タンパク質・ペプチド: THO complex subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: THO complex subunit HPR1
    • タンパク質・ペプチド: TEX1 isoform 1
    • タンパク質・ペプチド: EM14S01-3B_G0007820.mRNA.1.CDS.1
    • タンパク質・ペプチド: BJ4_G0025130.mRNA.1.CDS.1
    • タンパク質・ペプチド: THO complex subunit MFT1

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超分子 #1: yeast THO-Sub2 complex dimer

超分子名称: yeast THO-Sub2 complex dimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 862 kDa/nm

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分子 #1: THO complex subunit 2

分子名称: THO complex subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 184.450016 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GAASMAEQTL LSKLNALSQK VIPPASPSQA SILTEEVIRN WPERSKTLCS DFTALESNDE KEDWLRTLFI ELFDFINKND ENSPLKLSD VASFTNELVN HERQVSQASI VGKMFIAVSS TVPNINDLTT ISLCKLIPSL HEELFKFSWI SSKLLNKEQT T LLRHLLKK ...文字列:
GAASMAEQTL LSKLNALSQK VIPPASPSQA SILTEEVIRN WPERSKTLCS DFTALESNDE KEDWLRTLFI ELFDFINKND ENSPLKLSD VASFTNELVN HERQVSQASI VGKMFIAVSS TVPNINDLTT ISLCKLIPSL HEELFKFSWI SSKLLNKEQT T LLRHLLKK SKYELKKYNL LVENSVGYGQ LVALLILAYY DPDNFSKVSA YLKEIYHIMG KYSLDSIRTL DVILNVSSQF IT EGYKFFI ALLRKSDSWP SSHVANNSNY SSLNEGGNMI AANIISFNLS QYNEEVDKEN YERYMDMCCI LLKNGFVNFY SIW DNVKPE MEFLQEYIQN LETELEEEST KGVENPLAMA AALSTENETD EDNALVVNDD VNMKDKISEE TNADIESKGK QKTQ QDILL FGKIKLLERL LIHGCVIPVI HVLKQYPKVL YVSESLSRYL GRVFEYLLNP LYTSMTSSGE SKDMATALMI TRIDN GILA HKPRLIHKYK THEPFESLEL NSSYVFYYSE WNSNLTPFAS VNDLFENSHI YLSIIGPYLG RIPTLLSKIS RIGVAD IQK NHGSESLHVT IDKWIDYVRK FIFPATSLLQ NNPIATSEVY ELMKFFPFEK RYFIYNEMMT KLSQDILPLK VSFNKAE RE AKSILKALSI DTIAKESRRF AKLISTNPLA SLVPAVKQIE NYDKVSELVV YTTKYFNDFA YDVLQFVLLL RLTYNRPA V QFDGVNQAMW VQRLSIFIAG LAKNCPNMDI SNIITYILKT LHNGNIIAVS ILKELIITVG GIRDLNEVNM KQLLMLNSG SPLKQYARHL IYDFRDDNSV ISSRLTSFFT DQSAISEIIL LLYTLNLKAN TQNSHYKILS TRCDEMNTLL WSFIELIKHC LKGKAFEEN VLPFVELNNR FHLSTPWTFH IWRDYLDNQL NSNENFSIDE LIEGAEFSDV DLTKISKDLF TTFWRLSLYD I HFDKSLYD ERKNALSGEN TGHMSNRKKH LIQNQIKDIL VTGISHQRAF KKTSEFISEK SNVWNKDCGE DQIKIFLQNC VV PRVLFSP SDALFSSFFI FMAFRTENLM SILNTCITSN ILKTLLFCCT SSEAGNLGLF FTDVLKKLEK MRLNGDFNDQ ASR KLYEWH SVITEQVIDL LSEKNYMSIR NGIEFMKHVT SVFPVVKAHI QLVYTTLEEN LINEEREDIK LPSSALIGHL KARL KDALE LDEFCTLTEE EAEQKRIREM ELEEIKNYET ACQNEQKQVA LRKQLELNKS QRLQNDPPKS VASGSAGLNS KDRYT YSRN EPVIPTKPSS SQWSYSKVTR HVDDINHYLA TNHLQKAISL VENDDETRNL RKLSKQNMPI FDFRNSTLEI FERYFR TLI QNPQNPDFAE KIDSLKRYIK NISREPYPDT TSSYSEAAAP EYTKRSSRYS GNAGGKDGYG SSNYRGPSND RSAPKNI KP ISSYAHKRSE LPTRPSKSKT YNDRSRALRP TGPDRGDGFD QRDNRLREEY KKNSSQRSQL RFPEKPFQEG KDSSKANP Y QASSYKRDSP SENEEKPNKR FKKDETIRNK FQTQDYRNTR DSGAAHRANE NQRYNGNRKS NTQALPQGPK GGNYVSRYQ R

UniProtKB: THO complex subunit 2

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分子 #2: THO complex subunit HPR1

分子名称: THO complex subunit HPR1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 84.544047 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSNTEELIQN SIGFLQKTFK ALPVSFDSIR HEPLPSSMLH ASVLNFEWEP LEKNISAIHD RDSLIDIILK RFIIDSMTNA IEDEEENNL EKGLLNSCIG LDFVYNSRFN RSNPASWGNT FFELFSTIID LLNSPSTFLK FWPYAESRIE WFKMNTSVEP V SLGESNLI ...文字列:
MSNTEELIQN SIGFLQKTFK ALPVSFDSIR HEPLPSSMLH ASVLNFEWEP LEKNISAIHD RDSLIDIILK RFIIDSMTNA IEDEEENNL EKGLLNSCIG LDFVYNSRFN RSNPASWGNT FFELFSTIID LLNSPSTFLK FWPYAESRIE WFKMNTSVEP V SLGESNLI SYKQPLYEKL RHWNDILAKL ENNDILNTVK HYNMKYKLEN FLSELLPINE ESNFNRSASI SALQESDNEW NR SARERES NRSSDVIFAA DYNFVFYHLI ICPIEFAFSD LEYKNDVDRS LSPLLDAILE IEENFYSKIK MNNRTRYSLE EAL NTEYYA NYDVMTPKLP VYMKHSNAMK MDRNEFWANL QNIKESDDYT LRPTIMDISL SNTTCLYKQL TQEDDDYYRK QFIL QLCFT TNLIRNLISS DETRNFYKSC YLRENPLSDI DFENLDEVNK KRGLNLCSYI CDNRVLKFYK IKDPDFYRVI RKLMS SDEK FTTAKIDGFK EFQNFRISKE KIPPPAFDET FKKFTFIKMG NKLINNVWKI PTGLDKIEQE VKKPEGVYEA AQAKWE SKI SSETSGGEAK DEIIRQWQTL RFLRSRYLFD FDKVNEKTGV DGLFEEPRKV EALDDSFKEK LLYKINQEHR KKLQDAR EY KIGKERKKRA LEEEASFPER EQKIKSQRIN SASQTEGDEL KSEQTQPKGE ISEENTKIKS SEVSSQDPDS GVAGEFAP

UniProtKB: THO complex subunit HPR1

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分子 #3: TEX1 isoform 1

分子名称: TEX1 isoform 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 42.315168 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSTIGAVDIL NQKTITSEVA ASVTSKYLQS TFSKGNTSHI EDKRFIHVSS RSHSRFTSTP ITPNEILSLK FHVSGSSMAY SRMDGSLTV WFIKDASFDK SVEVYIPDCC GSDKLATDLS WNPTSLNQIA VVSNSSEISL LLINEKSLTA SKLRTLSLGS K TKVNTCLY ...文字列:
MSTIGAVDIL NQKTITSEVA ASVTSKYLQS TFSKGNTSHI EDKRFIHVSS RSHSRFTSTP ITPNEILSLK FHVSGSSMAY SRMDGSLTV WFIKDASFDK SVEVYIPDCC GSDKLATDLS WNPTSLNQIA VVSNSSEISL LLINEKSLTA SKLRTLSLGS K TKVNTCLY DPLGNWLLAA TKSEKIYLFD VKKDHSSVCS LNISDISQED NDVVYSLAWS NGGSHIFIGF KSGYLAILKA KH GILEVCT KIKAHTGPIT EIKMDPWGRN FITGSIDGNC YVWNMKSLCC ELIINDLNSA VTTLDVCHLG KILGICTEDE MVY FYDLNS GNLLHSKSLA NYKTDPVLKF YPDKSWYIMS GKNDTLSNHF VKNEKNLITY WKDM

UniProtKB: TEX1 isoform 1

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分子 #4: EM14S01-3B_G0007820.mRNA.1.CDS.1

分子名称: EM14S01-3B_G0007820.mRNA.1.CDS.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 45.521004 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GAASDKKGSY VGIHSTGFKD FLLKPELSRA IIDCGFEHPS EVQQHTIPQS IHGTDVLCQA KSGLGKTAVF VLSTLQQLDP VPGEVAVVV ICNARELAYQ IRNEYLRFSK YMPDVKTAVF YGGTPISKDA ELLKNKDTAP HIVVATPGRL KALVREKYID L SHVKNFVI ...文字列:
GAASDKKGSY VGIHSTGFKD FLLKPELSRA IIDCGFEHPS EVQQHTIPQS IHGTDVLCQA KSGLGKTAVF VLSTLQQLDP VPGEVAVVV ICNARELAYQ IRNEYLRFSK YMPDVKTAVF YGGTPISKDA ELLKNKDTAP HIVVATPGRL KALVREKYID L SHVKNFVI DECDKVLEEL DMRRDVQEIF RATPRDKQVM MFSATLSQEI RPICRRFLQN PLEIFVDDEA KLTLHGLQQY YI KLEEREK NRKLAQLLDD LEFNQVIIFV KSTTRANELT KLLNASNFPA ITVHGHMKQE ERIARYKAFK DFEKRICVST DVF GRGIDI ERINLAINYD LTNEADQYLH RVGRAGRFGT KGLAISFVSS KEDEEVLAKI QERFDVKIAE FPEEGIDPST YLNN

UniProtKB: EM14S01-3B_G0007820.mRNA.1.CDS.1

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分子 #5: BJ4_G0025130.mRNA.1.CDS.1

分子名称: BJ4_G0025130.mRNA.1.CDS.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 30.340264 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MTKEEGRTYF ESLCEEEQSL QESQTHLLNI LDILSVLADP RSSDDLLTES LKKLPDLHRE LINSSIRLRY DKYQTREAQL LEDTKTGRD VAAGVQNPKS ISEYYSTFEH LNRDTLRYIN LLKRLSVDLA KQVEVSDPSV TVYEMDKWVP SEKLQGILEQ Y CAPDTDIR ...文字列:
MTKEEGRTYF ESLCEEEQSL QESQTHLLNI LDILSVLADP RSSDDLLTES LKKLPDLHRE LINSSIRLRY DKYQTREAQL LEDTKTGRD VAAGVQNPKS ISEYYSTFEH LNRDTLRYIN LLKRLSVDLA KQVEVSDPSV TVYEMDKWVP SEKLQGILEQ Y CAPDTDIR GVDAQIKNYL DQIKMARAKF GLENKYSLKE RLSTLTKELN HWRKEWDDIE MLMFGDDAHS MKKMIQKIDS LK SEINAPS ESYPVDKEGD IVLE

UniProtKB: BJ4_G0002130.mRNA.1.CDS.1

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分子 #6: THO complex subunit MFT1

分子名称: THO complex subunit MFT1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 45.055012 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MPLSQKQIDQ VRTKVHYSEV DTPFNKYLDI LGKVTKLTGS IINGTLSNDD SKIEKLTEQN ISQLKESAHL RFLDLQSSID TKKVADENW ETCQQETLAK LENLKDKLPD IKSIHSKLLL RIGKLQGLYD SVQVINREVE GLSEGRTSLV VTRAEWEKEL G TDLVKFLI ...文字列:
MPLSQKQIDQ VRTKVHYSEV DTPFNKYLDI LGKVTKLTGS IINGTLSNDD SKIEKLTEQN ISQLKESAHL RFLDLQSSID TKKVADENW ETCQQETLAK LENLKDKLPD IKSIHSKLLL RIGKLQGLYD SVQVINREVE GLSEGRTSLV VTRAEWEKEL G TDLVKFLI EKNYLKLVDP GLKKDSSEER YRIYDDFSKG PKELESINAS MKSDIENVRQ EVSSYKEKWL RDAEIFGKIT SI FKEELLK RDGLLNEAEG DNIDEDYESD EDEERKERFK RQRSMVEVNT IENVDEKEES DHEYDDQEDE ENEEEDDMEV DVE DIKEDN EVDGESSQQE DNSRQGNNEE TDKETGVIEE PDAVNDAEEA DSDHSSRKLG GTTSDFSASS SVEEVK

UniProtKB: THO complex subunit MFT1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 113076
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7apx


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7aqo:
yeast THO-Sub2 complex dimer

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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