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- EMDB-1173: Conformational transition of initiation factor 2 from the GTP- to... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1173
タイトルConformational transition of initiation factor 2 from the GTP- to GDP-bound state visualized on the ribosome.
マップデータcryo-EM map for T. thermophilus ribosomal complex with initiation factor IF2 in the GTP state
試料
  • 試料: Ribosome complex with initiation factor 2 in GDP state
  • 複合体: 70S
  • RNA: messenger RNA
  • RNA: formyl-methionyl-RNA
  • タンパク質・ペプチド: initiation factor 2
機能・相同性Translation initiation factor IF-2, bacterial-like / translational initiation
機能・相同性情報
生物種Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 11.0 Å
データ登録者Myasnikov AG / Marzi S / Simonetti A / Giuliodori AM / Gualerzi CO / Yusupova G / Yusupov M / Klaholz BP
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2005
タイトル: Conformational transition of initiation factor 2 from the GTP- to GDP-bound state visualized on the ribosome.
著者: Alexander G Myasnikov / Stefano Marzi / Angelita Simonetti / Anna Maria Giuliodori / Claudio O Gualerzi / Gulnara Yusupova / Marat Yusupov / Bruno P Klaholz /
要旨: Initiation of protein synthesis is a universally conserved event that requires initiation factors IF1, IF2 and IF3 in prokaryotes. IF2 is a GTPase essential for binding initiator transfer RNA to the ...Initiation of protein synthesis is a universally conserved event that requires initiation factors IF1, IF2 and IF3 in prokaryotes. IF2 is a GTPase essential for binding initiator transfer RNA to the 30S ribosomal subunit and recruiting the 50S subunit into the 70S initiation complex. We present two cryo-EM structures of the assembled 70S initiation complex comprising mRNA, fMet-tRNA(fMet) and IF2 with either a non-hydrolyzable GTP analog or GDP. Transition from the GTP-bound to the GDP-bound state involves substantial conformational changes of IF2 and of the entire ribosome. In the GTP analog-bound state, IF2 interacts mostly with the 30S subunit and extends to the initiator tRNA in the peptidyl (P) site, whereas in the GDP-bound state IF2 steps back and adopts a 'ready-to-leave' conformation. Our data also provide insights into the molecular mechanism guiding release of IF1 and IF3.
履歴
登録2005年9月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2005年10月27日-
マップ公開2006年10月27日-
更新2013年11月20日-
現状2013年11月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1173.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1173.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cryo-EM map for T. thermophilus ribosomal complex with initiation factor IF2 in the GTP state
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3 Å/pix.
x 120 pix.
= 360. Å		3 Å/pix.
x 120 pix.
= 360. Å		3 Å/pix.
x 120 pix.
= 360. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ
XYZ
EMDB情報333
CCP4マップ ヘッダ情報333
EM Navigator ムービー #12.42.42.4
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 1.6 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-4.99005 - 12.9415
平均 (標準偏差)0.00000000538022 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-60-60-60
サイズ120120120
Spacing120120120
セルA=B=C: 360 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z333
M x/y/z120120120
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z360.000360.000360.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-77-770
NX/NY/NZ15515578
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-60-60-60
NC/NR/NS120120120
D min/max/mean-4.99012.9410.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Ribosome complex with initiation factor 2 in GDP state

全体名称: Ribosome complex with initiation factor 2 in GDP state
要素
  • 試料: Ribosome complex with initiation factor 2 in GDP state
  • 複合体: 70S
  • RNA: messenger RNA
  • RNA: formyl-methionyl-RNA
  • タンパク質・ペプチド: initiation factor 2

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超分子 #1000: Ribosome complex with initiation factor 2 in GDP state

超分子名称: Ribosome complex with initiation factor 2 in GDP state
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: monomer / Number unique components: 4
分子量理論値: 2.5 MDa

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超分子 #1: 70S

超分子名称: 70S / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: 70S / 詳細: Thermus thermophilus 70S ribosome / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)

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分子 #1: messenger RNA

分子名称: messenger RNA / タイプ: rna / ID: 1 / Name.synonym: mRNA / 分類: OTHER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: Yes
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
配列文字列:
GGCAAGGAGG UAAAAAUGAA AAAAAAA

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分子 #2: formyl-methionyl-RNA

分子名称: formyl-methionyl-RNA / タイプ: rna / ID: 2 / Name.synonym: fMet-tRNA / 分類: TRANSFER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 別称: Escherichia coli
配列文字列:
CGCGGGGGGA GCAGCCUGGU AGCUCGUCGG GCUCAUAACC CGAAGGUCGU CGGUUCAAAU CCGGCCCCCG CAACCA

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分子 #3: initiation factor 2

分子名称: initiation factor 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: IF2 / 詳細: Factor with GDP nucleotide / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 細胞中の位置: cytoplasm
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pET30b
配列GO: translational initiation
InterPro: Translation initiation factor IF-2, bacterial-like

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20mM Tris-HCl (pH7.5) ,20mM MgCl2, 100mM KCl, 1mM DTT
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: no staining, cryo-EM with holey carbon grids
グリッド詳細: 300 mesh Copper/Rhodium grid
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: home-made cryo-plunger / 手法: Blot for 2 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度平均: 77 K
アライメント法Legacy - 非点収差: lens astigmatism was corrected at 50,000 times magnification
日付2004年11月17日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: PRIMESCAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 3 µm / 実像数: 40 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / 詳細: Heidelberg Druckmaschinen / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were selected using an semi-automatic selection procidure
CTF補正詳細: individual particles
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMAGIC / 詳細: exact filtered back-projection / 使用した粒子像数: 95500
最終 角度割当詳細: beta gamma
最終 2次元分類クラス数: 3884

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原子モデル構築 1

ソフトウェア名称: program O
詳細Protocol: Rigid Body
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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