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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1173 | |||||||||
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タイトル | Conformational transition of initiation factor 2 from the GTP- to GDP-bound state visualized on the ribosome. | |||||||||
マップデータ | cryo-EM map for T. thermophilus ribosomal complex with initiation factor IF2 in the GTP state | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | Translation initiation factor IF-2, bacterial-like / translational initiation 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 11.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Myasnikov AG / Marzi S / Simonetti A / Giuliodori AM / Gualerzi CO / Yusupova G / Yusupov M / Klaholz BP | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2005 タイトル: Conformational transition of initiation factor 2 from the GTP- to GDP-bound state visualized on the ribosome. 著者: Alexander G Myasnikov / Stefano Marzi / Angelita Simonetti / Anna Maria Giuliodori / Claudio O Gualerzi / Gulnara Yusupova / Marat Yusupov / Bruno P Klaholz / 要旨: Initiation of protein synthesis is a universally conserved event that requires initiation factors IF1, IF2 and IF3 in prokaryotes. IF2 is a GTPase essential for binding initiator transfer RNA to the ...Initiation of protein synthesis is a universally conserved event that requires initiation factors IF1, IF2 and IF3 in prokaryotes. IF2 is a GTPase essential for binding initiator transfer RNA to the 30S ribosomal subunit and recruiting the 50S subunit into the 70S initiation complex. We present two cryo-EM structures of the assembled 70S initiation complex comprising mRNA, fMet-tRNA(fMet) and IF2 with either a non-hydrolyzable GTP analog or GDP. Transition from the GTP-bound to the GDP-bound state involves substantial conformational changes of IF2 and of the entire ribosome. In the GTP analog-bound state, IF2 interacts mostly with the 30S subunit and extends to the initiator tRNA in the peptidyl (P) site, whereas in the GDP-bound state IF2 steps back and adopts a 'ready-to-leave' conformation. Our data also provide insights into the molecular mechanism guiding release of IF1 and IF3. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1173.map.gz | 2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1173-v30.xml emd-1173.xml | 12.2 KB 12.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1173.gif | 35.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1173 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1173 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1173_validation.pdf.gz | 233.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1173_full_validation.pdf.gz | 232.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1173_validation.xml.gz | 5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1173 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1173 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1173.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | cryo-EM map for T. thermophilus ribosomal complex with initiation factor IF2 in the GTP state | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ |
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密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Ribosome complex with initiation factor 2 in GDP state
全体 | 名称: Ribosome complex with initiation factor 2 in GDP state |
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要素 |
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-超分子 #1000: Ribosome complex with initiation factor 2 in GDP state
超分子 | 名称: Ribosome complex with initiation factor 2 in GDP state タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: monomer / Number unique components: 4 |
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分子量 | 理論値: 2.5 MDa |
-超分子 #1: 70S
超分子 | 名称: 70S / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: 70S / 詳細: Thermus thermophilus 70S ribosome / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL |
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由来(天然) | 生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) |
-分子 #1: messenger RNA
分子 | 名称: messenger RNA / タイプ: rna / ID: 1 / Name.synonym: mRNA / 分類: OTHER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) |
配列 | 文字列: GGCAAGGAGG UAAAAAUGAA AAAAAAA |
-分子 #2: formyl-methionyl-RNA
分子 | 名称: formyl-methionyl-RNA / タイプ: rna / ID: 2 / Name.synonym: fMet-tRNA / 分類: TRANSFER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: No |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 別称: Escherichia coli |
配列 | 文字列: CGCGGGGGGA GCAGCCUGGU AGCUCGUCGG GCUCAUAACC CGAAGGUCGU CGGUUCAAAU CCGGCCCCCG CAACCA |
-分子 #3: initiation factor 2
分子 | 名称: initiation factor 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: IF2 / 詳細: Factor with GDP nucleotide / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 細胞中の位置: cytoplasm |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pET30b |
配列 | GO: translational initiation InterPro: Translation initiation factor IF-2, bacterial-like |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 20mM Tris-HCl (pH7.5) ,20mM MgCl2, 100mM KCl, 1mM DTT |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: no staining, cryo-EM with holey carbon grids |
グリッド | 詳細: 300 mesh Copper/Rhodium grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: home-made cryo-plunger / 手法: Blot for 2 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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温度 | 平均: 77 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: lens astigmatism was corrected at 50,000 times magnification |
日付 | 2004年11月17日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: PRIMESCAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 3 µm / 実像数: 40 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / 詳細: Heidelberg Druckmaschinen / ビット/ピクセル: 16 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
ソフトウェア | 名称: program O |
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詳細 | Protocol: Rigid Body |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |