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万見
- EMDB-11715: Cryo-EM reconstruction of the di-hexameric endocytic adaptor comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11715
タイトルCryo-EM reconstruction of the di-hexameric endocytic adaptor complex AENTH (ENTH F5A/L12A/V13A mutant)
マップデータfinal, sharpened map
試料
  • 複合体: 12 mer of 6 Sla2 ANTH and 6 Epsin-1 ENTH domains in complex with PIP2
    • タンパク質・ペプチド: ANTH domain of Sla-2
    • タンパク質・ペプチド: ENTH domain of Epsin-1
機能・相同性
機能・相同性情報


Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / actin cortical patch assembly / clathrin vesicle coat / clathrin light chain binding / incipient cellular bud site / negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / cellular bud tip / actin cortical patch / clathrin coat assembly / clathrin adaptor activity ...Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / actin cortical patch assembly / clathrin vesicle coat / clathrin light chain binding / incipient cellular bud site / negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / cellular bud tip / actin cortical patch / clathrin coat assembly / clathrin adaptor activity / cellular bud neck / mating projection tip / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / clathrin-coated vesicle / clathrin binding / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / cortical actin cytoskeleton / ubiquitin binding / actin filament organization / phospholipid binding / endocytosis / actin filament binding / early endosome / endosome / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sla2 family / AP180 N-terminal homology (ANTH) domain / ANTH domain / ENTH domain / Epsin N-terminal homology (ENTH) domain / ENTH domain profile. / ENTH domain / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain superfamily / I/LWEQ domain ...Sla2 family / AP180 N-terminal homology (ANTH) domain / ANTH domain / ENTH domain / Epsin N-terminal homology (ENTH) domain / ENTH domain profile. / ENTH domain / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain superfamily / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain profile. / I/LWEQ domain / ENTH/VHS / Ubiquitin-interacting motif. / Ubiquitin interacting motif / Ubiquitin-interacting motif (UIM) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein SLA2 / Epsin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.4 Å
データ登録者Klebl DP / Lizarrondo J / Sobott F / Garcia-Alai MM / Muench SP
資金援助 ドイツ, 英国, 2件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)SK 305/1-1 ドイツ
Wellcome Trust108466/Z/15/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structure of the endocytic adaptor complex reveals the basis for efficient membrane anchoring during clathrin-mediated endocytosis.
著者: Javier Lizarrondo / David P Klebl / Stephan Niebling / Marc Abella / Martin A Schroer / Haydyn D T Mertens / Katharina Veith / Roland Thuenauer / Dmitri I Svergun / Michal Skruzny / Frank ...著者: Javier Lizarrondo / David P Klebl / Stephan Niebling / Marc Abella / Martin A Schroer / Haydyn D T Mertens / Katharina Veith / Roland Thuenauer / Dmitri I Svergun / Michal Skruzny / Frank Sobott / Stephen P Muench / Maria M Garcia-Alai /
要旨: During clathrin-mediated endocytosis, a complex and dynamic network of protein-membrane interactions cooperate to achieve membrane invagination. Throughout this process in yeast, endocytic coat ...During clathrin-mediated endocytosis, a complex and dynamic network of protein-membrane interactions cooperate to achieve membrane invagination. Throughout this process in yeast, endocytic coat adaptors, Sla2 and Ent1, must remain attached to the plasma membrane to transmit force from the actin cytoskeleton required for successful membrane invagination. Here, we present a cryo-EM structure of a 16-mer complex of the ANTH and ENTH membrane-binding domains from Sla2 and Ent1 bound to PIP that constitutes the anchor to the plasma membrane. Detailed in vitro and in vivo mutagenesis of the complex interfaces delineate the key interactions for complex formation and deficient cell growth phenotypes demonstrate its biological relevance. A hetero-tetrameric unit binds PIP molecules at the ANTH-ENTH interfaces and can form larger assemblies to contribute to membrane remodeling. Finally, a time-resolved small-angle X-ray scattering study of the interaction of these adaptor domains in vitro suggests that ANTH and ENTH domains have evolved to achieve a fast subsecond timescale assembly in the presence of PIP and do not require further proteins to form a stable complex. Together, these findings provide a molecular understanding of an essential piece in the molecular puzzle of clathrin-coated endocytic sites.
履歴
登録2020年9月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年5月5日-
マップ公開2021年5月5日-
更新2021年6月2日-
現状2021年6月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11715.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11715.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈final, sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.13 Å/pix.
x 128 pix.
= 272.64 Å		2.13 Å/pix.
x 128 pix.
= 272.64 Å		2.13 Å/pix.
x 128 pix.
= 272.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.13 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.12 / ムービー #1: 0.12
最小 - 最大-0.27953807 - 0.5100174
平均 (標準偏差)0.0014697352 (±0.018684097)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 272.64 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.132.132.13
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z272.640272.640272.640
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.2800.5100.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_11715_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_11715_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_11715_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 12 mer of 6 Sla2 ANTH and 6 Epsin-1 ENTH domains in complex with PIP2

全体名称: 12 mer of 6 Sla2 ANTH and 6 Epsin-1 ENTH domains in complex with PIP2
要素
  • 複合体: 12 mer of 6 Sla2 ANTH and 6 Epsin-1 ENTH domains in complex with PIP2
    • タンパク質・ペプチド: ANTH domain of Sla-2
    • タンパク質・ペプチド: ENTH domain of Epsin-1

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超分子 #1: 12 mer of 6 Sla2 ANTH and 6 Epsin-1 ENTH domains in complex with PIP2

超分子名称: 12 mer of 6 Sla2 ANTH and 6 Epsin-1 ENTH domains in complex with PIP2
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #1: ANTH domain of Sla-2

分子名称: ANTH domain of Sla-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GAMGSMSRID SDLQKALKKA CSVEETAPKR KHVRACIVYT WDHQSSKAVF TTLKTLPLAN DEVQLFKMLI VLHKIIQEGH PSALAEAIRD RDWIRSLGRV HSGGSSYSKL IREYVRYLVL KLDFHAHHRG FNNGTFEYEE YVSLVSVSDP DEGYETILDL MSLQDSLDEF ...文字列:
GAMGSMSRID SDLQKALKKA CSVEETAPKR KHVRACIVYT WDHQSSKAVF TTLKTLPLAN DEVQLFKMLI VLHKIIQEGH PSALAEAIRD RDWIRSLGRV HSGGSSYSKL IREYVRYLVL KLDFHAHHRG FNNGTFEYEE YVSLVSVSDP DEGYETILDL MSLQDSLDEF SQIIFASIQS ERRNTECKIS ALIPLIAESY GIYKFITSML RAMHRQLNDA EGDAALQPLK ERYELQHARL FEFYADCSSV KYLTTLVTIP KLPVDAPDVF LINDVDESKE IKFKKREPSV T

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分子 #2: ENTH domain of Epsin-1

分子名称: ENTH domain of Epsin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GAMGSMSKQA VRSAKNAAKG YSSTQVLVRN ATSNDNHQVS KDSLIELAEK SYDSADFFEI MDMLDKRLND KGKYWRHIAK ALTVIDYLIR FGSENCVLWC RENLYIIKTL KEFRHEDDEG IDQGQIVRVK AKELTALLSD DERLNEERNM NIKGRNRKGR RR

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細20 mM Tris, 250 mM NaCl and 1 mM DTT

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 72.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 142399
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D3 (2回x3回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 16206
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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