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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11690 | |||||||||
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タイトル | Human TRPV4 structure in presence of 4a-PDD | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 blood vessel endothelial cell delamination / osmosensor activity / vasopressin secretion / stretch-activated, monoatomic cation-selective, calcium channel activity / positive regulation of striated muscle contraction / calcium ion import into cytosol / positive regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / negative regulation of brown fat cell differentiation / positive regulation of microtubule depolymerization / hyperosmotic salinity response ...blood vessel endothelial cell delamination / osmosensor activity / vasopressin secretion / stretch-activated, monoatomic cation-selective, calcium channel activity / positive regulation of striated muscle contraction / calcium ion import into cytosol / positive regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / negative regulation of brown fat cell differentiation / positive regulation of microtubule depolymerization / hyperosmotic salinity response / cortical microtubule organization / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / cartilage development involved in endochondral bone morphogenesis / cellular hypotonic response / regulation of response to osmotic stress / cellular hypotonic salinity response / multicellular organismal-level water homeostasis / osmosensory signaling pathway / positive regulation of vascular permeability / cellular response to osmotic stress / calcium ion import / cell volume homeostasis / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / cell-cell junction assembly / TRPチャネル / regulation of aerobic respiration / cortical actin cytoskeleton / positive regulation of macrophage chemotaxis / beta-tubulin binding / diet induced thermogenesis / cytoplasmic microtubule / 微小管 / calcium ion import across plasma membrane / alpha-tubulin binding / monoatomic cation channel activity / response to mechanical stimulus / SH2 domain binding / 生物発光 / filopodium / generation of precursor metabolites and energy / actin filament organization / calcium ion transmembrane transport / protein kinase C binding / positive regulation of JNK cascade / 接着結合 / calcium channel activity / response to insulin / 繊毛 / ruffle membrane / positive regulation of inflammatory response / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of interleukin-6 production / calcium ion transport / actin filament binding / lamellipodium / negative regulation of neuron projection development / glucose homeostasis / actin binding / cellular response to heat / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / 成長円錐 / actin cytoskeleton organization / microtubule binding / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / calmodulin binding / response to hypoxia / apical plasma membrane / focal adhesion / lipid binding / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / 細胞膜 / 小胞体 / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Aequorea victoria (オワンクラゲ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.18 Å | |||||||||
データ登録者 | Botte M / Ulrich AKG / Adaixo R / Gnutt D / Brockmann A / Bucher D / Chami M / Bocquet M / Ebbinghaus-Kintscher U / Puetter V ...Botte M / Ulrich AKG / Adaixo R / Gnutt D / Brockmann A / Bucher D / Chami M / Bocquet M / Ebbinghaus-Kintscher U / Puetter V / Becker A / Egner U / Stahlberg H / Hennig M / Holton SJ | |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structural studies of the agonist complexed human TRPV4 ion-channel reveals novel structural rearrangements resulting in an open-conformation 著者: Botte M / Ulrich AKG / Adaixo R / Gnutt D / Brockmann A / Bucher D / Chami M / Bocquet M / Ebbinghaus-Kintscher U / Puetter V / Becker A / Egner U / Stahlberg H / Hennig M / Holton SJ | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11690.map.gz | 481.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11690-v30.xml emd-11690.xml | 11.6 KB 11.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_11690.png | 44.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11690 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11690 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11690.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.639 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Human TRPV4 in complex with 4a-PDD
全体 | 名称: Human TRPV4 in complex with 4a-PDD |
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要素 |
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-超分子 #1: Human TRPV4 in complex with 4a-PDD
超分子 | 名称: Human TRPV4 in complex with 4a-PDD / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (バキュロウイルス科) |
-分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4,...
分子 | 名称: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4,Green fluorescent protein タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Aequorea victoria (オワンクラゲ) |
分子量 | 理論値: 106.24182 KDa |
組換発現 | 生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (バキュロウイルス科) |
配列 | 文字列: MDYKDDDDKS SMGSRTSLYK KAGSLEVLFQ GPVFNRPILF DIVSRGSTAD LDGLLPFLLT HKKRLTDEEF REPSTGKTCL PKALLNLSN GRNDTIPVLL DIAERTGNMR EFINSPFRDI YYRGQTALHI AIERRCKHYV ELLVAQGADV HAQARGRFFQ P KDEGGYFY ...文字列: MDYKDDDDKS SMGSRTSLYK KAGSLEVLFQ GPVFNRPILF DIVSRGSTAD LDGLLPFLLT HKKRLTDEEF REPSTGKTCL PKALLNLSN GRNDTIPVLL DIAERTGNMR EFINSPFRDI YYRGQTALHI AIERRCKHYV ELLVAQGADV HAQARGRFFQ P KDEGGYFY FGELPLSLAA CTNQPHIVNY LTENPHKKAD MRRQDSRGNT VLHALVAIAD NTRENTKFVT KMYDLLLLKC AR LFPDSNL EAVLNNDGLS PLMMAAKTGK IGIFQHIIRR EVTDEDTRHL SRKFKDWAYG PVYSSLYDLS SLDTCGEEAS VLE ILVYNS KIENRHEMLA VEPINELLRD KWRKFGAVSF YINVVSYLCA MVIFTLTAYY QPLEGTPPYP YRTTVDYLRL AGEV ITLFT GVLFFFTNIK DLFMKKCPGV NSLFIDGSFQ LLYFIYSVLV IVSAALYLAG IEAYLAVMVF ALVLGWMNAL YFTRG LKLT GTYSIMIQKI LFKDLFRFLL VYLLFMIGYA SALVSLLNPC ANMKVCNEDQ TDCTVPTYPS CRDSETFSTF LLDLFK LTI GMGDLEMLSS TKYPVVFIIL LVTYIILTFV LLLNMLIALM GETVGQVSKE SKHIWKLQWA TTILDIERSF PVFLRKA FR SGEMVTVGKS SDGTPDRRWC FRVDEVNWSH ENLYFQGAAG SGEFKGEELF TGVVPILVEL DGDVNGHKFS VSGEGEGD A TYGKLTLKFI CTTGKLPVPW PTLVTTLTYG VQCFSRYPDH MKRHDFFKSA MPEGYVQERT ISFKDDGNYK TRAEVKFEG DTLVNRIELK GIDFKEDGNI LGHKLEYNYN SHNVYITADK QKNGIKANFK IRHNIEDGSV QLADHYQQNT PIGDGPVLLP DNHYLSTQS ALSKDPNEKR DHMVLLEFVT AAGITHGMDE LYKASGHHHH HHHHHH |
-分子 #2: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.0533 kPa |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 3 seconds before plunging. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
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最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.18 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 51215 |