PDB-7aa5: Human TRPV4 structure in presence of 4a-PDD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7aa5

タイトル

Human TRPV4 structure in presence of 4a-PDD

要素

Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4,Green fluorescent protein

キーワード

MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Ion channel. open-conformation /

agonist (アゴニスト) / 4a-PDD

機能・相同性

機能・相同性情報

stretch-activated, monoatomic cation-selective, calcium channel activity / blood vessel endothelial cell delamination / osmosensor activity / vasopressin secretion / positive regulation of striated muscle contraction / calcium ion import into cytosol / positive regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / negative regulation of brown fat cell differentiation / positive regulation of microtubule depolymerization / hyperosmotic salinity response ...stretch-activated, monoatomic cation-selective, calcium channel activity / blood vessel endothelial cell delamination / osmosensor activity / vasopressin secretion / positive regulation of striated muscle contraction / calcium ion import into cytosol / positive regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / negative regulation of brown fat cell differentiation / positive regulation of microtubule depolymerization / hyperosmotic salinity response / cortical microtubule organization / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / cartilage development involved in endochondral bone morphogenesis / cellular hypotonic response / regulation of response to osmotic stress / cellular hypotonic salinity response / osmosensory signaling pathway / multicellular organismal-level water homeostasis / positive regulation of vascular permeability / cellular response to osmotic stress / calcium ion import / cell volume homeostasis / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / cell-cell junction assembly /

TRPチャネル /

regulation of aerobic respiration / cortical actin cytoskeleton / positive regulation of macrophage chemotaxis /

beta-tubulin binding / diet induced thermogenesis /

微小管 / alpha-tubulin binding / cytoplasmic microtubule / response to mechanical stimulus / monoatomic cation channel activity /

SH2 domain binding /

生物発光 /

protein kinase C binding /

filopodium / generation of precursor metabolites and energy / actin filament organization / calcium ion transmembrane transport /

接着結合 / positive regulation of JNK cascade / response to insulin /

calcium channel activity /

繊毛 / ruffle membrane / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of interleukin-6 production / calcium ion transport /

actin filament binding /

glucose homeostasis / negative regulation of neuron projection development /

lamellipodium / cellular response to heat /

actin binding /

成長円錐 / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / actin cytoskeleton organization /

microtubule binding / response to hypoxia / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade /

calmodulin binding / apical plasma membrane /

focal adhesion /

lipid binding /

protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II /

細胞膜 /

小胞体 /

ATP binding /

生体膜 / identical protein binding /

metal ion binding /

細胞膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Aequorea victoria (オワンクラゲ)

手法

電子顕微鏡法 /

単粒子再構成法 /

クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.18 Å

データ登録者

Botte, M. / Ulrich, A.K.G. / Adaixo, R. / Gnutt, D. / Brockmann, A. / Bucher, D. / Chami, M. / Bocquet, M. / Ebbinghaus-Kintscher, U. / Puetter, V. ...

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structural studies of the agonist complexed human TRPV4 ion-channel reveals novel structural rearrangements resulting in an open-conformation
著者: Botte, M. / Ulrich, A.K.G. / Adaixo, R. / Gnutt, D. / Brockmann, A. / Bucher, D. / Chami, M. / Bocquet, M. / Ebbinghaus-Kintscher, U. / Puetter, V. / Becker, A. / Egner, U. / Stahlberg, H. / ...

履歴

登録	2020年9月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年8月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

ムービー	登録構造単位 Jmolによる作画ダウンロード EMマップとの重ね合わせマップデータ: EMDB-11690 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7aa5.cif.gz	457.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7aa5.ent.gz	367 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7aa5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/7aa5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/7aa5	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	11690MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6oo3-d 6pvp-d 6dmu-d 7075 6bbj-d 7lqz-d 6pvl-d 6dvw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (5) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (5) #250 - 2020年10月カプサイシン受容体TRPV1 (Capsaicin Receptor TRPV1) 類似性 (3) #223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4,Green fluorescent protein

B: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4,Green fluorescent protein

C: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4,Green fluorescent protein

D: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4,Green fluorescent protein

ヘテロ分子

425 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

#1: タンパク質	Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4,Green fluorescent protein / TrpV4 / Osm-9-like TRP channel 4 / OTRPC4 / Transient receptor potential protein 12 / TRP12 / ...TrpV4 / Osm-9-like TRP channel 4 / OTRPC4 / Transient receptor potential protein 12 / TRP12 / Vanilloid receptor-like channel 2 / Vanilloid receptor-like protein 2 / VRL-2 / Vanilloid receptor-related osmotically-activated channel / VR-OAC 分子量: 106241.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 遺伝子: TRPV4, VRL2, VROAC, GFP 発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (バキュロウイルス科) 参照: UniProt: Q9HBA0, UniProt: P42212
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: Human TRPV4 in complex with 4a-PDD / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT

分子量

実験値: NO

由来(天然)

ID	Entity assembly-ID	生物種	Ncbi tax-ID
2	1	Homo sapiens (ヒト)	9606
3	1	Aequorea victoria (オワンクラゲ)	6100

由来(組換発現)

生物種:

Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (バキュロウイルス科)

緩衝液

pH: 8

試料

濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

試料支持

グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 283 K / 詳細: blot for 3 seconds before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成	解像度: 4.18 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 51215 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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