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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11641 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of the stalled human mitoribosome with P- and E-site mt-tRNAs | ||||||||||||
マップデータ | Map | ||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 mitochondrial ribosome binding / rRNA import into mitochondrion / mitochondrial translational termination / mitochondrial translational elongation / mitochondrial ribosome assembly / translation release factor activity, codon nonspecific / positive regulation of mitochondrial translation / microprocessor complex / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination ...mitochondrial ribosome binding / rRNA import into mitochondrion / mitochondrial translational termination / mitochondrial translational elongation / mitochondrial ribosome assembly / translation release factor activity, codon nonspecific / positive regulation of mitochondrial translation / microprocessor complex / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / Mitochondrial translation initiation / mitochondrial large ribosomal subunit / negative regulation of mitotic nuclear division / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / peptidyl-tRNA hydrolase / mitochondrial small ribosomal subunit / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / positive regulation of proteolysis / ribosomal small subunit binding / anatomical structure morphogenesis / RNA processing / Mitochondrial protein degradation / rescue of stalled ribosome / cellular response to leukemia inhibitory factor / apoptotic signaling pathway / fibrillar center / double-stranded RNA binding / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cell junction / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / nuclear membrane / endonuclease activity / cell population proliferation / tRNA binding / mitochondrial inner membrane / negative regulation of translation / nuclear body / rRNA binding / ribosome / mitochondrial matrix / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / protein domain specific binding / intracellular membrane-bounded organelle / mRNA binding / nucleotide binding / synapse / GTP binding / nucleolus / apoptotic process / mitochondrion / RNA binding / extracellular space / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア) / Human (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Desai N / Yang H / Chandrasekaran V / Kazi R / Minczuk M / Ramakrishnan V | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2020 タイトル: Elongational stalling activates mitoribosome-associated quality control. 著者: Nirupa Desai / Hanting Yang / Viswanathan Chandrasekaran / Razina Kazi / Michal Minczuk / V Ramakrishnan / 要旨: The human mitochondrial ribosome (mitoribosome) and associated proteins regulate the synthesis of 13 essential subunits of the oxidative phosphorylation complexes. We report the discovery of a ...The human mitochondrial ribosome (mitoribosome) and associated proteins regulate the synthesis of 13 essential subunits of the oxidative phosphorylation complexes. We report the discovery of a mitoribosome-associated quality control pathway that responds to interruptions during elongation, and we present structures at 3.1- to 3.3-angstrom resolution of mitoribosomal large subunits trapped during ribosome rescue. Release factor homolog C12orf65 (mtRF-R) and RNA binding protein C6orf203 (MTRES1) eject the nascent chain and peptidyl transfer RNA (tRNA), respectively, from stalled ribosomes. Recruitment of mitoribosome biogenesis factors to these quality control intermediates suggests additional roles for these factors during mitoribosome rescue. We also report related cryo-electron microscopy structures (3.7 to 4.4 angstrom resolution) of elongating mitoribosomes bound to tRNAs, nascent polypeptides, the guanosine triphosphatase elongation factors mtEF-Tu and mtEF-G1, and the Oxa1L translocase. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11641.map.gz | 59.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11641-v30.xml emd-11641.xml | 117.2 KB 117.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_11641_fsc.xml | 18.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_11641.png | 195.6 KB | ||
マスクデータ | emd_11641_msk_1.map | 512 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_11641_additional_1.map.gz emd_11641_half_map_1.map.gz emd_11641_half_map_2.map.gz | 413.1 MB 411.9 MB 411.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11641 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11641 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_11641_validation.pdf.gz | 470.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_11641_full_validation.pdf.gz | 469.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_11641_validation.xml.gz | 23.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11641 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11641 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7a5fMC 7a5gC 7a5hC 7a5iC 7a5jC 7a5kC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10809 (タイトル: Single particle cryo-EM of human mitochondrial ribosomes from Pde12 KO cells Data size: 45.7 TB Data #1: 7 independent datasets in TIF format from Titan Krios + Falcon III integrating mode [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11641.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_11641_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unprocessed map
ファイル | emd_11641_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unprocessed map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half2
ファイル | emd_11641_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half1 map
ファイル | emd_11641_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half1 map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : human mitoribosome
+超分子 #1: human mitoribosome
+超分子 #2: human mitoribosome
+超分子 #3: 50S ribosomal protein L1
+分子 #1: nascent chain
+分子 #4: 39S ribosomal protein L2, mitochondrial
+分子 #5: 39S ribosomal protein L3, mitochondrial
+分子 #6: 39S ribosomal protein L4, mitochondrial
+分子 #7: 39S ribosomal protein L9, mitochondrial
+分子 #8: 39S ribosomal protein L10, mitochondrial
+分子 #9: 39S ribosomal protein L11, mitochondrial
+分子 #10: 39S ribosomal protein L13, mitochondrial
+分子 #11: 39S ribosomal protein L14, mitochondrial
+分子 #12: 39S ribosomal protein L15, mitochondrial
+分子 #13: 39S ribosomal protein L16, mitochondrial
+分子 #14: 39S ribosomal protein L17, mitochondrial
+分子 #15: 39S ribosomal protein L18, mitochondrial
+分子 #16: 39S ribosomal protein L19, mitochondrial
+分子 #17: 39S ribosomal protein L20, mitochondrial
+分子 #18: 39S ribosomal protein L21, mitochondrial
+分子 #19: 39S ribosomal protein L22, mitochondrial
+分子 #20: 39S ribosomal protein L23, mitochondrial
+分子 #21: 39S ribosomal protein L24, mitochondrial
+分子 #22: 39S ribosomal protein L27, mitochondrial
+分子 #23: 39S ribosomal protein L28, mitochondrial
+分子 #24: 39S ribosomal protein L47, mitochondrial
+分子 #25: 39S ribosomal protein L30, mitochondrial
+分子 #26: 39S ribosomal protein L32, mitochondrial
+分子 #27: 39S ribosomal protein L33, mitochondrial
+分子 #28: 39S ribosomal protein L34, mitochondrial
+分子 #29: 39S ribosomal protein L35, mitochondrial
+分子 #30: 39S ribosomal protein L36, mitochondrial
+分子 #31: 39S ribosomal protein L37, mitochondrial
+分子 #32: 39S ribosomal protein L38, mitochondrial
+分子 #33: 39S ribosomal protein L39, mitochondrial
+分子 #34: 39S ribosomal protein L41, mitochondrial
+分子 #35: 39S ribosomal protein L42, mitochondrial
+分子 #36: 39S ribosomal protein L43, mitochondrial
+分子 #37: 39S ribosomal protein L44, mitochondrial
+分子 #38: 39S ribosomal protein L45, mitochondrial
+分子 #39: 39S ribosomal protein L46, mitochondrial
+分子 #40: 39S ribosomal protein L48, mitochondrial
+分子 #41: 39S ribosomal protein L49, mitochondrial
+分子 #42: 39S ribosomal protein L50, mitochondrial
+分子 #43: 39S ribosomal protein L51, mitochondrial
+分子 #44: 39S ribosomal protein L52, mitochondrial
+分子 #45: 39S ribosomal protein L53, mitochondrial
+分子 #46: 39S ribosomal protein L54, mitochondrial
+分子 #47: 39S ribosomal protein L55, mitochondrial
+分子 #48: Ribosomal protein 63, mitochondrial
+分子 #49: Peptidyl-tRNA hydrolase ICT1, mitochondrial
+分子 #50: Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1
+分子 #51: 39S ribosomal protein S18a, mitochondrial
+分子 #52: 39S ribosomal protein S30, mitochondrial,39S ribosomal protein S3...
+分子 #53: Oxa1L
+分子 #54: 28S ribosomal protein S2, mitochondrial
+分子 #55: 28S ribosomal protein S24, mitochondrial
+分子 #56: 28S ribosomal protein S5, mitochondrial
+分子 #57: 28S ribosomal protein S6, mitochondrial
+分子 #58: 28S ribosomal protein S7, mitochondrial
+分子 #59: 28S ribosomal protein S9, mitochondrial
+分子 #60: 28S ribosomal protein S10, mitochondrial
+分子 #61: 28S ribosomal protein S11, mitochondrial
+分子 #62: 28S ribosomal protein S12, mitochondrial
+分子 #63: 28S ribosomal protein S14, mitochondrial
+分子 #64: 28S ribosomal protein S15, mitochondrial
+分子 #65: 28S ribosomal protein S16, mitochondrial
+分子 #66: 28S ribosomal protein S17, mitochondrial
+分子 #67: 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial
+分子 #68: 28S ribosomal protein S18c, mitochondrial
+分子 #69: 28S ribosomal protein S21, mitochondrial
+分子 #70: 28S ribosomal protein S22, mitochondrial
+分子 #71: 28S ribosomal protein S23, mitochondrial
+分子 #72: 28S ribosomal protein S25, mitochondrial
+分子 #73: 28S ribosomal protein S26, mitochondrial
+分子 #74: 28S ribosomal protein S27, mitochondrial
+分子 #75: 28S ribosomal protein S28, mitochondrial
+分子 #76: 28S ribosomal protein S29, mitochondrial
+分子 #77: 28S ribosomal protein S31, mitochondrial
+分子 #78: 28S ribosomal protein S33, mitochondrial
+分子 #79: 28S ribosomal protein S34, mitochondrial
+分子 #80: 28S ribosomal protein S35, mitochondrial
+分子 #81: Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1
+分子 #82: Aurora kinase A-interacting protein
+分子 #83: Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3, mitochondrial
+分子 #87: 39S ribosomal protein L40, mitochondrial
+分子 #88: 50S ribosomal protein L1
+分子 #2: 16S rRNA
+分子 #3: mt-tRNA Val
+分子 #84: 12S rRNA
+分子 #85: mt-tRNA
+分子 #86: mRNA
+分子 #89: MAGNESIUM ION
+分子 #90: ZINC ION
+分子 #91: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
+分子 #92: SULFATE ION
+分子 #93: MALONATE ION
+分子 #94: CHLORIDE ION
+分子 #95: SODIUM ION
+分子 #96: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.4 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |