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- EMDB-11630: Envelope glycprotein of endogenous retrovirus Y032 (Atlas virus) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11630
タイトルEnvelope glycprotein of endogenous retrovirus Y032 (Atlas virus) from the human hookworm Ancylostoma ceylanicum
マップデータFinal EM map
試料
  • 複合体: Viral envelope glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Integrase catalytic domain-containing protein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードclass II membrane fusion protein / retroviral envelope protein (Env) / lipid binding protein / disulfide bonding / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA integration / nucleic acid binding / membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF1759 / Retrotransposon, Pao / Peptidase aspartic, putative / Domain of unknown function DUF5641 / Protein of unknown function (DUF1759) / Pao retrotransposon peptidase / Putative peptidase (DUF1758) / Family of unknown function (DUF5641) / Phlebovirus glycoprotein G2, fusion domain / Phlebovirus glycoprotein G2, C-terminal domain ...Protein of unknown function DUF1759 / Retrotransposon, Pao / Peptidase aspartic, putative / Domain of unknown function DUF5641 / Protein of unknown function (DUF1759) / Pao retrotransposon peptidase / Putative peptidase (DUF1758) / Family of unknown function (DUF5641) / Phlebovirus glycoprotein G2, fusion domain / Phlebovirus glycoprotein G2, C-terminal domain / Phlebovirus glycoprotein G2 fusion domain / Phlebovirus glycoprotein G2 C-terminal domain / Integrase zinc-binding domain / Integrase zinc binding domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrase catalytic domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Ancylostoma ceylanicum (セイロン鉤虫)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.76 Å
データ登録者Mata CP / Merchant M
資金援助 英国, 米国, 3件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust101908/Z/13/Z 英国
Wellcome Trust217191/Z/19/Z 英国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM102869-01 米国
引用
ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: A bioactive phlebovirus-like envelope protein in a hookworm endogenous virus.
著者: Monique Merchant / Carlos P Mata / Yangci Liu / Haoming Zhai / Anna V Protasio / Yorgo Modis /
要旨: Endogenous viral elements (EVEs), accounting for 15% of our genome, serve as a genetic reservoir from which new genes can emerge. Nematode EVEs are particularly diverse and informative of virus ...Endogenous viral elements (EVEs), accounting for 15% of our genome, serve as a genetic reservoir from which new genes can emerge. Nematode EVEs are particularly diverse and informative of virus evolution. We identify Atlas virus-an intact retrovirus-like EVE in the human hookworm , with an envelope protein genetically related to G-G glycoproteins from the family Phenuiviridae. A cryo-EM structure of Atlas G reveals a class II viral membrane fusion protein fold not previously seen in retroviruses. Atlas G has the structural hallmarks of an active fusogen. Atlas G trimers insert into membranes with endosomal lipid compositions and low pH. When expressed on the plasma membrane, Atlas G has cell-cell fusion activity. With its preserved biological activities, Atlas G has the potential to acquire a cellular function. Our work reveals structural plasticity in reverse-transcribing RNA viruses.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: A bioactive phlebovirus-like envelope protein in a hookworm endogenous virus
著者: Merchant M / Mata CP / Liu Y / Zhai H / Protasio AV / Modis Y
履歴
登録2020年8月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年9月1日-
マップ公開2021年9月1日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.017
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.017
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7a4a
  • 表面レベル: 0.017
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11630.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11630.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Final EM map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.047 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0153 / ムービー #1: 0.017
最小 - 最大-0.09405723 - 0.17276947
平均 (標準偏差)-0.000036032765 (±0.0043969885)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-112-112-112
サイズ224224224
Spacing224224224
セルA=B=C: 234.52802 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0471.0471.047
M x/y/z224224224
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z234.528234.528234.528
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-112-112-112
NC/NR/NS224224224
D min/max/mean-0.0940.173-0.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_11630_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_11630_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_11630_half_map_2.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Viral envelope glycoprotein

全体名称: Viral envelope glycoprotein
要素
  • 複合体: Viral envelope glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Integrase catalytic domain-containing protein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Viral envelope glycoprotein

超分子名称: Viral envelope glycoprotein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: Envelope glycoprotein of endogenous retrovirus Y032 (Atlas virus) from Ancylostoma ceylanicum
由来(天然)生物種: Ancylostoma ceylanicum (セイロン鉤虫)
分子量理論値: 143 KDa

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分子 #1: Integrase catalytic domain-containing protein

分子名称: Integrase catalytic domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: In chains A, B and C, residue Asn414 is covalently modified with an N-linked N-acetyl glucosamine ligand. Chains A, B and C each contain the following 15 disulfide bonds: Cys1-Cys41, Cys14- ...詳細: In chains A, B and C, residue Asn414 is covalently modified with an N-linked N-acetyl glucosamine ligand. Chains A, B and C each contain the following 15 disulfide bonds: Cys1-Cys41, Cys14-Cys23, Cys66-Cys162, Cys87-Cys135, Cys93-Cys142, Cys98-Cys123, Cys127-Cys132, Cys129-Cys138, Cys246-Cys257, Cys264-Cys277, Cys266-Cys275, Cys337-Cys408, Cys347-Cys350, Cys360-Cys382, Cys373-Cys404.
コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ancylostoma ceylanicum (セイロン鉤虫)
分子量理論値: 51.51909 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列: CSEVISVTST EEVCTIQENK ETCTFNHATT ITLQPLQQQT CLTLNDPEKR PMGMLTVKPD GIKFRCNKKI EFFTRDHQIV SESVHRCHR AGSCHSDECH HVKDTDALPE FSSEANSRPG YTSCSSSCGC ITCDGCFFCE PSCLFHRLYA IPTTPTIYSI F YCPSWELE ...文字列:
CSEVISVTST EEVCTIQENK ETCTFNHATT ITLQPLQQQT CLTLNDPEKR PMGMLTVKPD GIKFRCNKKI EFFTRDHQIV SESVHRCHR AGSCHSDECH HVKDTDALPE FSSEANSRPG YTSCSSSCGC ITCDGCFFCE PSCLFHRLYA IPTTPTIYSI F YCPSWELE VDAEISLQRE DETTTSTIRL LPGRTSTWNN IRFSLIGTIV PQLPILSSAF VTNGRQTSIV KPAYAGQLQS NS VGQLQCP NLEAAKQFEC HFSRNLCTCT NALHKVSCTC YDGSVEDHME ALPLPQTSKN FLVFEKDRNI YAKTHVGSAL QLH IVAQDL KITTVKHTSH CQVEASDLSG CYSCTSGASL TLSCKSDNGE VLANMKCNEQ THVIRCTESG FINNILLMFD TSEV AADCT AACPGGIVNF TIKGLLAFVN ERIISQSYSA TDVERNIKGK PIPNPLLGLD STRTGHHHHH H

UniProtKB: Integrase catalytic domain-containing protein

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分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.025 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMNH12C4O3ClTris/HCl
0.1 MNaClsodium chloride
5.0 %C3H8O3glycerol
0.5 mMC9H15O6PTCEP

詳細: 20 mM Tris/HCl (NH12C4O3Cl) 0.1 M NaCl 'sodium chloride' 5 % glycerol (C3H8O3) 0.5 mM TCEP (C9H15O6P)
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.2 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Grids were blotted for 4 s.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: OTHER / 球面収差補正装置: None / 色収差補正装置: None / エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3027 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 46.18 e/Å2 / 詳細: Dose rate = 1.28 e- A^-2 per frame
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 75000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Movies were motion-corrected and dose-weighted with MOTIONCOR2.
粒子像選択選択した数: 987570
詳細: 2D references from initial datasets were used to auto-pick the micrographs. One round of reference-free 2D classification was performed to produce templates for better reference-dependent auto-picking.
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Micrographs from initial datasets allowed us to obtain a model at 19 A resolution from 3,790 particles. This model was filtered at 40 A resolution and used as the initial model for 3D classification.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.76 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 197145
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6egu


Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 691-1136 / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細: A homology model was built from PDB:6EGU using the Swiss-Model server (swissmodel.expasy.org). The model was docked as a rigid body into the density with UCSF Chimera prior to refinement.
詳細A homology model was built from PDB:6EGU using the Swiss-Model server (swissmodel.expasy.org). The model was docked as a rigid body into the density with UCSF Chimera prior to refinement.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 82
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-7a4a:
Envelope glycprotein of endogenous retrovirus Y032 (Atlas virus) from the human hookworm Ancylostoma ceylanicum

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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