PDB-6egu: Structure of RVFV envelope protein Gc in postfusion conformation ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6egu

タイトル

Structure of RVFV envelope protein Gc in postfusion conformation in complex with 1,2-dipropionyl-sn-glycero-3-phosphocholine

要素

RVFV ENVELOPE PROTEIN GC

キーワード

VIRAL PROTEIN / viral fusion envelope glycoprotein bunyavirus phlebovirus

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell mitochondrial outer membrane / host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Rift Valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Guardado-Calvo, P. / Rey, F.A.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: A glycerophospholipid-specific pocket in the RVFV class II fusion protein drives target membrane insertion.
著者: Guardado-Calvo, P. / Atkovska, K. / Jeffers, S.A. / Grau, N. / Backovic, M. / Perez-Vargas, J. / de Boer, S.M. / Tortorici, M.A. / Pehau-Arnaudet, G. / Lepault, J. / England, P. / Rottier, P. ...

履歴

登録	2017年9月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年11月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2019年6月12日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: audit_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record Item: _audit_author.name
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6egu.cif.gz	541.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6egu.ent.gz	442.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6egu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/6egu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/6egu	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6egtC 4hj1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3o4h-2 3o4j-2 6egt-d 3o4i-d 5yow-1 3o4h-1 4f6r-d 3o4g-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RVFV ENVELOPE PROTEIN GC

B: RVFV ENVELOPE PROTEIN GC

C: RVFV ENVELOPE PROTEIN GC

ヘテロ分子

175 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, The oligomerization was also confirmed by SEC-MALS

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.567, 195.729, 65.496
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 113.96, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

RVFV ENVELOPE PROTEIN GC

分子量: 57244.469 Da / 分子数: 3 / 変異: W821H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Rift Valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス)
プラスミド: pT350 / 細胞株 (発現宿主): S2
発現宿主:

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: A2T087, UniProt: P03518*PLUS

#2: 多糖

beta-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
LFucpb1-6DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1b_1-5]/1-2/a6-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][b-L-Fucp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 化合物

ChemComp-43Y / [(2R)-3-[oxidanyl-[2-(trimethyl-$l^{4}-azanyl)ethoxy]phosphoryl]oxy-2-propanoyloxy-propyl] propanoate / 1,2-dipropionyl-sn-glycero-3-phosphocholine / [O-(1-O,2-O-ジプロピオニル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン]アニオン

分子量: 370.356 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₉NO₈P

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 992 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.15 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 14.1% (w/v) PEG 5000 MME, 0.1 M Bis-Tris pH 6.2, 0.1M (NH4)2SO4, 1.8 mM UDM, and 5% glycerol. Note: 80 mM 1,2-dipropionyl-sn-glycero-3-phosphocholine added to protein solution

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→39.15 Å / Num. obs: 65643 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.175 / R_pim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 9.3
反射シェル	解像度: 2.3→2.36 Å / R_merge(I) obs: 0.689 / R_pim(I) all: 0.429

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4HJ1

4hj1

解像度: 2.3→37.883 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.76 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2317	3306	5.04 %
R_work	0.1803	-	-
obs	0.183	65591	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→37.883 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10086	0	199	992	11277

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	10527
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.757	14196
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.95	3852
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.031	1630
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1840

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3329	0.2938	142	0.2238	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3329-2.3677	0.2885	152	0.2349	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3677-2.4047	0.3141	135	0.2424	2554	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4047-2.4441	0.2882	131	0.2464	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4441-2.4862	0.3124	133	0.2362	2590	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4862-2.5314	0.3125	140	0.233	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5314-2.5801	0.3022	136	0.2308	2590	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5801-2.6328	0.2958	125	0.2215	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6328-2.69	0.3068	117	0.2221	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.7525	0.3089	121	0.2214	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7525-2.8214	0.2988	126	0.2169	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8214-2.8976	0.2627	150	0.2099	2548	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8976-2.9829	0.2855	126	0.2034	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9829-3.0791	0.2362	145	0.1886	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0791-3.1891	0.2274	142	0.1895	2548	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1891-3.3167	0.2439	159	0.1785	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3167-3.4676	0.2064	140	0.179	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4676-3.6502	0.2133	132	0.1673	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6502-3.8787	0.2201	137	0.1561	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8787-4.1778	0.194	167	0.1386	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1778-4.5976	0.155	145	0.1228	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5976-5.2614	0.144	137	0.1169	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2614-6.623	0.19	140	0.1457	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
6.623-37.8883	0.1902	128	0.1603	2641	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3696	-0.4123	0.0166	1.8911	-0.6036	0.4499	-0.0145	-0.0009	-0.1076	-0.0341	0.0323	0.1267	0.1624	-0.0141	0.0138	0.2011	-0.0184	0.0137	0.2093	-0.005	0.2057	45.8036	-74.6868	79.0481
2	0.4328	-0.3814	0.0024	1.237	-0.5598	0.5116	-0.1033	-0.1343	-0.0463	0.1762	0.0937	0.0004	0.0053	0.0447	0.0005	0.2073	0.0049	0.0049	0.2297	0.0114	0.1821	51.5739	-65.2437	99.3173
3	0.2762	-0.6024	-0.051	1.7537	-0.3275	0.2711	0.0219	0.0454	-0.0477	-0.0376	-0.1504	-0.2031	0.0996	0.0986	-0.0078	0.1574	0.0195	0.0244	0.2592	0.0399	0.2464	67.5685	-68.5114	82.2705
4	-0.0611	-0.6556	-0.0161	2.1044	-0.8924	0.4989	-0.0166	0.0466	0.0485	0.0257	0.0261	0.0642	-0.1112	-0.0753	0.0003	0.1943	-0.0109	-0.0538	0.2081	0.0107	0.2246	30.6773	-25.0905	60.8805
5	0.2165	-0.2043	0.2049	1.9042	-0.3137	0.5211	-0.0605	-0.0461	0.1387	0.1337	0.0589	0.1217	-0.2349	-0.0304	-0.0003	0.2787	-0.0023	-0.0195	0.192	-0.0253	0.2073	41.886	-14.3262	81.4035
6	0.2178	-0.1254	-0.0277	1.3826	-0.2989	0.4851	0.0083	0.0799	0.1267	-0.0437	-0.1091	-0.2155	-0.0963	0.0722	-0.0216	0.1711	-0.0209	0.0271	0.2023	0.0548	0.2322	55.7795	-19.2177	60.2681
7	0.2005	-0.083	0.0379	0.9752	-0.2692	0.8995	0.0426	0.0437	-0.0091	-0.3249	-0.0338	0.0024	0.3143	0.1465	-0.0044	0.2783	0.0242	0.0515	0.2314	0.0037	0.1624	61.4701	-64.7127	60.2115
8	0.8792	-0.2772	-0.0732	0.9266	0.1744	0.4131	-0.0558	-0.1586	-0.3016	0.1574	0.2184	0.559	0.105	-0.1919	0.1444	0.1649	0.0039	0.0348	0.2686	0.1138	0.3105	28.506	-62.5033	87.4788
9	0.0401	-0.53	0.1565	3.5971	-1.0671	0.3626	-0.1242	0.0002	0.1392	1.677	-0.5352	-1.7956	-0.2821	0.1967	-2.791	0.4926	-0.0327	-0.3952	0.3082	0.0851	0.5521	66.7361	-48.0865	100.1276
10	0.5318	-0.5913	0.4795	1.4095	-0.535	0.6594	0.1797	0.3192	0.5341	-0.521	-0.2532	-0.3955	-0.0547	-0.0433	-0.0458	0.2752	0.0507	-0.0115	0.2088	0.0666	0.232	38.7523	-26.3424	52.8954
11	0.2219	-0.5622	-0.1381	3.2383	1.0697	0.3754	-0.0564	-0.1137	0.0144	-0.409	0.0647	0.8731	-0.3759	-0.3222	0.1338	0.3834	0.0506	-0.0332	0.1874	-0.0175	0.267	31.0486	-19.2285	79.3041
12	0.3695	0.2106	-0.3754	0.1335	-0.4079	1.4068	0.0065	0.0306	0.1366	0.3108	-0.0035	-0.3072	-0.5791	0.0384	0.0799	0.2948	-0.0727	-0.0453	0.1879	0.0189	0.3204	58.4558	-14.7142	70.3505

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND ((RESSEQ 691:758))) OR (CHAIN A AND ((RESSEQ 852:900))) OR (CHAIN A AND ((RESSEQ 981:1023)))
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN B AND ((RESSEQ 691:758))) OR (CHAIN B AND ((RESSEQ 852:900))) OR (CHAIN B AND ((RESSEQ 981:1023)))
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN C AND ((RESSEQ 691:758))) OR (CHAIN C AND ((RESSEQ 852:900))) OR (CHAIN C AND ((RESSEQ 981: 1023)))
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND ((RESSEQ 759:851))) OR (CHAIN A AND ((RESSEQ 901:980)))
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN B AND ((RESSEQ 759:851))) OR (CHAIN B AND ((RESSEQ 901:980)))
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN C AND ((RESSEQ 759:851))) OR (CHAIN C AND ((RESSEQ 901:980)))
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND ((RESSEQ 1024:1116)))
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND ((RESSEQ 1024:1116)))
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN C AND ((RESSEQ 1024:1116)))
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN A AND ((RESSEQ 1117:1135)))
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN B AND ((RESSEQ 1117:1135)))
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN C AND ((RESSEQ 1117:1135)))

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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