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- EMDB-11607: Saccharomyces cerevisiae Get1/Get2 heterotetramer in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11607
タイトルSaccharomyces cerevisiae Get1/Get2 heterotetramer in complex with a Get3 dimer
マップデータ
試料
  • 複合体: Saccharomyces cerevisiae Get1/Get2 heterotetramer in complex with a Get3 dimer
    • 複合体: ATPase Get3
      • タンパク質・ペプチド: Get3
    • 複合体: Get1 and Get2
      • タンパク質・ペプチド: Get1
      • タンパク質・ペプチド: Get2
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of protein localization to endoplasmic reticulum membrane / GET complex / pheromone-dependent signal transduction involved in conjugation with cellular fusion / tail-anchored membrane protein insertion into ER membrane / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / protein insertion into ER membrane / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / response to arsenic-containing substance / response to metal ion ...establishment of protein localization to endoplasmic reticulum membrane / GET complex / pheromone-dependent signal transduction involved in conjugation with cellular fusion / tail-anchored membrane protein insertion into ER membrane / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / protein insertion into ER membrane / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / response to arsenic-containing substance / response to metal ion / protein transmembrane transporter activity / mitophagy / protein-membrane adaptor activity / protein folding chaperone / guanyl-nucleotide exchange factor activity / mitochondrial membrane / unfolded protein binding / cellular response to oxidative stress / response to heat / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Golgi to ER traffic protein 2 / GET complex subunit Get2/sif1 / GET complex subunit GET2 / Get 1, fungi / Get1 family / CHD5-like protein / Arsenical pump ATPase, ArsA/GET3, eukaryotic / Arsenical pump ATPase, ArsA/GET3 / Anion-transporting ATPase-like domain / Anion-transporting ATPase ...Golgi to ER traffic protein 2 / GET complex subunit Get2/sif1 / GET complex subunit GET2 / Get 1, fungi / Get1 family / CHD5-like protein / Arsenical pump ATPase, ArsA/GET3, eukaryotic / Arsenical pump ATPase, ArsA/GET3 / Anion-transporting ATPase-like domain / Anion-transporting ATPase / Helix hairpin bin domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Golgi to ER traffic protein 2 / Golgi to ER traffic protein 1 / ATPase GET3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 14.0 Å
データ登録者McDowell MA / Pfeffer S / Flemming D / Sinning I
資金援助 ドイツ, 3件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)Leibniz SI 586/6-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)TRR83 TP22 ドイツ
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF 1230-2013 ドイツ
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020
タイトル: Structural Basis of Tail-Anchored Membrane Protein Biogenesis by the GET Insertase Complex.
著者: Melanie A McDowell / Michael Heimes / Francesco Fiorentino / Shahid Mehmood / Ákos Farkas / Javier Coy-Vergara / Di Wu / Jani Reddy Bolla / Volker Schmid / Roger Heinze / Klemens Wild / Dirk ...著者: Melanie A McDowell / Michael Heimes / Francesco Fiorentino / Shahid Mehmood / Ákos Farkas / Javier Coy-Vergara / Di Wu / Jani Reddy Bolla / Volker Schmid / Roger Heinze / Klemens Wild / Dirk Flemming / Stefan Pfeffer / Blanche Schwappach / Carol V Robinson / Irmgard Sinning /
要旨: Membrane protein biogenesis faces the challenge of chaperoning hydrophobic transmembrane helices for faithful membrane insertion. The guided entry of tail-anchored proteins (GET) pathway targets and ...Membrane protein biogenesis faces the challenge of chaperoning hydrophobic transmembrane helices for faithful membrane insertion. The guided entry of tail-anchored proteins (GET) pathway targets and inserts tail-anchored (TA) proteins into the endoplasmic reticulum (ER) membrane with an insertase (yeast Get1/Get2 or mammalian WRB/CAML) that captures the TA from a cytoplasmic chaperone (Get3 or TRC40, respectively). Here, we present cryo-electron microscopy reconstructions, native mass spectrometry, and structure-based mutagenesis of human WRB/CAML/TRC40 and yeast Get1/Get2/Get3 complexes. Get3 binding to the membrane insertase supports heterotetramer formation, and phosphatidylinositol binding at the heterotetramer interface stabilizes the insertase for efficient TA insertion in vivo. We identify a Get2/CAML cytoplasmic helix that forms a "gating" interaction with Get3/TRC40 important for TA insertion. Structural homology with YidC and the ER membrane protein complex (EMC) implicates an evolutionarily conserved insertion mechanism for divergent substrates utilizing a hydrophilic groove. Thus, we provide a detailed structural and mechanistic framework to understand TA membrane insertion.
履歴
登録2020年8月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年9月9日-
マップ公開2020年9月9日-
更新2021年3月3日-
現状2021年3月3日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.028
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.028
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11607.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11607.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.14 Å/pix.
x 96 pix.
= 205.44 Å		2.14 Å/pix.
x 96 pix.
= 205.44 Å		2.14 Å/pix.
x 96 pix.
= 205.44 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.14 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.028 / ムービー #1: 0.028
最小 - 最大-0.012029174 - 0.07
平均 (標準偏差)-0.00033695844 (±0.006633482)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ969696
Spacing969696
セルA=B=C: 205.44 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.142.142.14
M x/y/z969696
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z205.440205.440205.440
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS969696
D min/max/mean-0.0120.070-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Saccharomyces cerevisiae Get1/Get2 heterotetramer in complex with...

全体名称: Saccharomyces cerevisiae Get1/Get2 heterotetramer in complex with a Get3 dimer
要素
  • 複合体: Saccharomyces cerevisiae Get1/Get2 heterotetramer in complex with a Get3 dimer
    • 複合体: ATPase Get3
      • タンパク質・ペプチド: Get3
    • 複合体: Get1 and Get2
      • タンパク質・ペプチド: Get1
      • タンパク質・ペプチド: Get2

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超分子 #1: Saccharomyces cerevisiae Get1/Get2 heterotetramer in complex with...

超分子名称: Saccharomyces cerevisiae Get1/Get2 heterotetramer in complex with a Get3 dimer
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量実験値: 174 KDa

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超分子 #2: ATPase Get3

超分子名称: ATPase Get3 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #3: Get1 and Get2

超分子名称: Get1 and Get2 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #1: Get1

分子名称: Get1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MHWAAAVAIF FIVVTKFLQY TNK YHEKWI SKFAPGNELS KKYLAKVKER HELKEFNNSI SAQDNYAKWT KNNRKLDSLD KEIN NLKDE IQSENKAFQA HLHKLRLLAL TVPFFVFKIM YGKTPVYKLS SSTSTLFPTF VSGVW SQGW LYVLLHPLRT ISQKWHIMEG ...文字列:
MHWAAAVAIF FIVVTKFLQY TNK YHEKWI SKFAPGNELS KKYLAKVKER HELKEFNNSI SAQDNYAKWT KNNRKLDSLD KEIN NLKDE IQSENKAFQA HLHKLRLLAL TVPFFVFKIM YGKTPVYKLS SSTSTLFPTF VSGVW SQGW LYVLLHPLRT ISQKWHIMEG KFGASKFDDM ALQSVSLGIW VWALMNVING VEFIVK QLF LTPKMEAPAS VETQEEKA L DAVDDAIILD GSLEVLFQ

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分子 #2: Get2

分子名称: Get2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
MDYHDYLLNR LKAWTILVKW VFFLLPYLYL ITRPN SSVW PAYAFTQSAW FAPLRNPSNF TRIFATFEFL SISIYYQLLK NVEHKSKIKN LQDTNK LVK LVSLVPEGVI PVANLKGKLI T LLQYWD L LSMLITDISF VLIVLGLLTY LGSGSGSGSG SGSGS

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分子 #3: Get3

分子名称: Get3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDLTVEPNLH SLITSTTHK W IFVGGKGG VG KTTSSCS IAI QMALSQ PNKQ FLLIS TDPAH NLSD AFGEKF GKD ARKVTGM NN LSCMEIDP S AALKDMNDM AVSRANNNGS DGQGDDLGS L LQGGALAD LT GSIPGID EAL SFMEVM KHIK RQEQG ...文字列:
MDLTVEPNLH SLITSTTHK W IFVGGKGG VG KTTSSCS IAI QMALSQ PNKQ FLLIS TDPAH NLSD AFGEKF GKD ARKVTGM NN LSCMEIDP S AALKDMNDM AVSRANNNGS DGQGDDLGS L LQGGALAD LT GSIPGID EAL SFMEVM KHIK RQEQG EGETF DTVI FDTAPT GHT LRFLQLP NT LSKLLEKF G EITNKLGPM LNSFMGAGNV DISGKLNEL K ANVETIRQ QF TDPDLTT FVC VCISEF LSLY ETERL IQELI SYDM DVNSII VNQ LLFAEND QE HNCKRCQA R WKMQKKYLD QIDELYEDFH VVKMPLCAG E IRGLNNLT KF SQFLNKE YNP ITDGKV IYEL EDKEW SHPQF EK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 構成要素:
濃度式
20.0 mMHEPES
200.0 mMNaCl
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 279 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細complex stabilised in A835 amphipol

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 678 / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 150857
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 14.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.2) / 使用した粒子像数: 27666
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3sja

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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