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- EMDB-11441: Human RIO1(kd)-StHA late pre-40S particle, structural state B (po... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11441
タイトルHuman RIO1(kd)-StHA late pre-40S particle, structural state B (post 18S rRNA cleavage)
マップデータHuman pre-40S particles purified using RIO1(kd)-StHA as bait - State B
試料
  • 複合体: human cytoplasmic late precursor to the small ribosomal subunit, purified using RIO1(kd)-StHA as bait. Structural state B (post 18S rRNA maturation)
    • RNA: x 1種
    • タンパク質・ペプチド: x 34種
  • リガンド: x 4種
機能・相同性
機能・相同性情報


methyltransferase complex / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する / positive regulation of rRNA processing / : / negative regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / oxidized pyrimidine DNA binding / response to TNF agonist / positive regulation of base-excision repair / protein tyrosine kinase inhibitor activity / positive regulation of respiratory burst involved in inflammatory response ...methyltransferase complex / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する / positive regulation of rRNA processing / : / negative regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / oxidized pyrimidine DNA binding / response to TNF agonist / positive regulation of base-excision repair / protein tyrosine kinase inhibitor activity / positive regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of gastrulation / nucleolus organization / regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / IRE1-RACK1-PP2A complex / positive regulation of endodeoxyribonuclease activity / positive regulation of Golgi to plasma membrane protein transport / TNFR1-mediated ceramide production / negative regulation of RNA splicing / negative regulation of DNA repair / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / supercoiled DNA binding / oxidized purine DNA binding / neural crest cell differentiation / NF-kappaB complex / ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding / regulation of establishment of cell polarity / positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity / negative regulation of phagocytosis / rRNA modification in the nucleus and cytosol / erythrocyte homeostasis / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane / laminin receptor activity / preribosome, small subunit precursor / pigmentation / protein kinase A binding / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / Ribosomal scanning and start codon recognition / ion channel inhibitor activity / Translation initiation complex formation / mammalian oogenesis stage / fibroblast growth factor binding / positive regulation of mitochondrial depolarization / activation-induced cell death of T cells / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / iron-sulfur cluster binding / negative regulation of Wnt signaling pathway / positive regulation of activated T cell proliferation / monocyte chemotaxis / Protein hydroxylation / regulation of cell division / BH3 domain binding / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / mTORC1-mediated signalling / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / Peptide chain elongation / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Selenocysteine synthesis / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / Formation of a pool of free 40S subunits / ubiquitin ligase inhibitor activity / Eukaryotic Translation Termination / phagocytic cup / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Viral mRNA Translation / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / TOR signaling / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / T cell proliferation involved in immune response / regulation of translational fidelity / spindle assembly / positive regulation of cell cycle / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / erythrocyte development / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Protein methylation / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / ribosomal small subunit export from nucleus / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / translation regulator activity / signaling adaptor activity / laminin binding / negative regulation of smoothened signaling pathway / stress granule assembly / Mitotic Prometaphase / rough endoplasmic reticulum / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / antiviral innate immune response / positive regulation of JUN kinase activity / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / gastrulation
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase Rio1 / : / RIO kinase, conserved site / RIO1/ZK632.3/MJ0444 family signature. / RIO kinase / RIO-like kinase / RIO1 family / 40S ribosomal protein SA / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus ...Serine/threonine-protein kinase Rio1 / : / RIO kinase, conserved site / RIO1/ZK632.3/MJ0444 family signature. / RIO kinase / RIO-like kinase / RIO1 family / 40S ribosomal protein SA / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Ubiquitin-like protein FUBI / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e signature. / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / S27a-like superfamily / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S30 / : / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / : / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S28e signature. / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein eS10 ...Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein eS10 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein eS4, X isoform / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein eS24 / Small ribosomal subunit protein eS25 / Small ribosomal subunit protein eS26 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein eS21 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Serine/threonine-protein kinase RIO1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Human (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Plassart L / Shayan R / Plisson-Chastang C
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
French National Research AgencyANR 16-CE11-0029 フランス
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: The final step of 40S ribosomal subunit maturation is controlled by a dual key lock.
著者: Laura Plassart / Ramtin Shayan / Christian Montellese / Dana Rinaldi / Natacha Larburu / Carole Pichereaux / Carine Froment / Simon Lebaron / Marie-Françoise O'Donohue / Ulrike Kutay / ...著者: Laura Plassart / Ramtin Shayan / Christian Montellese / Dana Rinaldi / Natacha Larburu / Carole Pichereaux / Carine Froment / Simon Lebaron / Marie-Françoise O'Donohue / Ulrike Kutay / Julien Marcoux / Pierre-Emmanuel Gleizes / Celia Plisson-Chastang /
要旨: Preventing premature interaction of pre-ribosomes with the translation apparatus is essential for translational accuracy. Hence, the final maturation step releasing functional 40S ribosomal subunits, ...Preventing premature interaction of pre-ribosomes with the translation apparatus is essential for translational accuracy. Hence, the final maturation step releasing functional 40S ribosomal subunits, namely processing of the 18S ribosomal RNA 3' end, is safeguarded by the protein DIM2, which both interacts with the endoribonuclease NOB1 and masks the rRNA cleavage site. To elucidate the control mechanism that unlocks NOB1 activity, we performed cryo-electron microscopy analysis of late human pre-40S particles purified using a catalytically inactive form of the ATPase RIO1. These structures, together with in vivo and in vitro functional analyses, support a model in which ATP-loaded RIO1 cooperates with ribosomal protein RPS26/eS26 to displace DIM2 from the 18S rRNA 3' end, thereby triggering final cleavage by NOB1; release of ADP then leads to RIO1 dissociation from the 40S subunit. This dual key lock mechanism requiring RIO1 and RPS26 guarantees the precise timing of pre-40S particle conversion into translation-competent ribosomal subunits.
履歴
登録2020年7月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年5月12日-
マップ公開2021年5月12日-
更新2021年5月12日-
現状2021年5月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11441.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11441.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Human pre-40S particles purified using RIO1(kd)-StHA as bait - State B
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 384 pix.
= 399.36 Å		1.04 Å/pix.
x 384 pix.
= 399.36 Å		1.04 Å/pix.
x 384 pix.
= 399.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0045 / ムービー #1: 0.0045
最小 - 最大-0.031790674 - 0.06174915
平均 (標準偏差)1.9929106e-05 (±0.0019271056)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 399.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.041.041.04
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z399.360399.360399.360
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.0320.0620.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : human cytoplasmic late precursor to the small ribosomal subunit, ...

全体名称: human cytoplasmic late precursor to the small ribosomal subunit, purified using RIO1(kd)-StHA as bait. Structural state B (post 18S rRNA maturation)
要素
  • 複合体: human cytoplasmic late precursor to the small ribosomal subunit, purified using RIO1(kd)-StHA as bait. Structural state B (post 18S rRNA maturation)
    • RNA: 18S ribosomal RNA
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein SA
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S3a
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S2
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S3
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S4, X isoform
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S5
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S6
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S7
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S8
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S9
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S10
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S11
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S12
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S13
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S14
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S15
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S16
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S17
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S18
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S26
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S20
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S21
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S15a
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S23
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S24
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S25
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S27
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S28
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S29
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S30
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
    • タンパク質・ペプチド: Receptor of activated protein C kinase 1
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S19
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase RIO1
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: water

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超分子 #1: human cytoplasmic late precursor to the small ribosomal subunit, ...

超分子名称: human cytoplasmic late precursor to the small ribosomal subunit, purified using RIO1(kd)-StHA as bait. Structural state B (post 18S rRNA maturation)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#35
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HEK 293
分子量理論値: 1.4 MDa

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分子 #1: 18S ribosomal RNA

分子名称: 18S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 602.805875 KDa
配列文字列: UACCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGCAUAUGC UUGUCUCAAA GAUUAAGCCA UGCAUGUCUA AGUACGCACG GCCGGUACAG UGAAACUGC GAAUGGCUCA UUAAAUCAGU UAUGGUUCCU UUGGUCGCUC GCUCCUCUCC UACUUGGAUA ACUGUGGUAA U UCUAGAGC ...文字列:
UACCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGCAUAUGC UUGUCUCAAA GAUUAAGCCA UGCAUGUCUA AGUACGCACG GCCGGUACAG UGAAACUGC GAAUGGCUCA UUAAAUCAGU UAUGGUUCCU UUGGUCGCUC GCUCCUCUCC UACUUGGAUA ACUGUGGUAA U UCUAGAGC UAAUACAUGC CGACGGGCGC UGACCCCCUU CGCGGGGGGG AUGCGUGCAU UUAUCAGAUC AAAACCAACC CG GUCAGCC CCUCUCCGGC CCCGGCCGGG GGGCGGGCGC CGGCGGCUUU GGUGACUCUA GAUAACCUCG GGCCGAUCGC ACG CCCCCC GUGGCGGCGA CGACCCAUUC GAACGUCUGC CCUAUCAACU UUCGAUGGUA GUCGCCGUGC CUACCAUGGU GACC ACGGG UGACGGGGAA UCAGGGUUCG AUUCCGGAGA GGGAGCCUGA GAAACGGCUA CCACAUCCAA GGAAGGCAGC AGGCG CGCA AAUUACCCAC UCCCGACCCG GGGAGGUAGU GACGAAAAAU AACAAUACAG GACUCUUUCG AGGCCCUGUA AUUGGA AUG AGUCCACUUU AAAUCCUUUA ACGAGGAUCC AUUGGAGGGC AAGUCUGGUG CCAGCAGCCG CGGUAAUUCC AGCUCCA AU AGCGUAUAUU AAAGUUGCUG CAGUUAAAAA GCUCGUAGUU GGAUCUUGGG AGCGGGCGGG CGGUCCGCCG CGAGGCGA G CCACCGCCCG UCCCCGCCCC UUGCCUCUCG GCGCCCCCUC GAUGCUCUUA GCUGAGUGUC CCGCGGGGCC CGAAGCGUU UACUUUGAAA AAAUUAGAGU GUUCAAAGCA GGCCCGAGCC GCCUGGAUAC CGCAGCUAGG AAUAAUGGAA UAGGACCGCG GUUCUAUUU UGUUGGUUUU CGGAACUGAG GCCAUGAUUA AGAGGGACGG CCGGGGGCAU UCGUAUUGCG CCGCUAGAGG U GAAAUUCU UGGACCGGCG CAAGACGGAC CAGAGCGAAA GCAUUUGCCA AGAAUGUUUU CAUUAAUCAA GAACGAAAGU CG GAGGUUC GAAGACGAUC AGAUACCGUC GUAGUUCCGA CCAUAAACGA UGCCGACCGG CGAUGCGGCG GCGUUAUUCC CAU GACCCG CCGGGCAGCU UCCGGGAAAC CAAAGUCUUU GGGUUCCGGG GGGAGUAUGG UUGCAAAGCU GAAACUUAAA GGAA UUGAC GGAAGGGCAC CACCAGGAGU GGAGCCUGCG GCUUAAUUUG ACUCAACACG GGAAACCUCA CCCGGCCCGG ACACG GACA GGAUUGACAG AUUGAUAGCU CUUUCUCGAU UCCGUGGGUG GUGGUGCAUG GCCGUUCUUA GUUGGUGGAG CGAUUU GUC UGGUUAAUUC CGAUAACGAA CGAGACUCUG GCAUGCUAAC UAGUUACGCG ACCCCCGAGC GGUCGGCGUC CCCCAAC UU CUUAGAGGGA CAAGUGGCGU UCAGCCACCC GAGAUUGAGC AAUAACAGGU CUGUGAUGCC CUUAGAUGUC CGGGGCUG C ACGCGCGCUA CACUGACUGG CUCAGCGUGU GCCUACCCUA CGCCGGCAGG CGCGGGUAAC CCGUUGAACC CCAUUCGUG AUGGGGAUCG GGGAUUGCAA UUAUUCCCCA UGAACGAGGA AUUCCCAGUA AGUGCGGGUC AUAAGCUUGC GUUGAUUAAG UCCCUGCCC UUUGUACACA CCGCCCGUCG CUACUACCGA UUGGAUGGUU UAGUGAGGCC CUCGGAUCGG CCCCGCCGGG G UCGGCCCA CGGCCCUGGC GGAGCGCUGA GAAGACGGUC GAACUUGACU AUCUAGAGGA AGUAAAAGUC G(UR3)A(6MZ) CAAGG UUUCCGUAGG UGAACCUGCG GAAGGAUCAU UA

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分子 #2: 40S ribosomal protein SA

分子名称: 40S ribosomal protein SA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 32.883938 KDa
配列文字列: MSGALDVLQM KEEDVLKFLA AGTHLGGTNL DFQMEQYIYK RKSDGIYIIN LKRTWEKLLL AARAIVAIEN PADVSVISSR NTGQRAVLK FAAATGATPI AGRFTPGTFT NQIQAAFREP RLLVVTDPRA DHQPLTEASY VNLPTIALCN TDSPLRYVDI A IPCNNKGA ...文字列:
MSGALDVLQM KEEDVLKFLA AGTHLGGTNL DFQMEQYIYK RKSDGIYIIN LKRTWEKLLL AARAIVAIEN PADVSVISSR NTGQRAVLK FAAATGATPI AGRFTPGTFT NQIQAAFREP RLLVVTDPRA DHQPLTEASY VNLPTIALCN TDSPLRYVDI A IPCNNKGA HSVGLMWWML AREVLRMRGT ISREHPWEVM PDLYFYRDPE EIEKEEQAAA EKAVTKEEFQ GEWTAPAPEF TA TQPEVAD WSEGVQVPSV PIQQFPTEDW SAQPATEDWS AAPTAQATEW VGATTDWS

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分子 #3: 40S ribosomal protein S3a

分子名称: 40S ribosomal protein S3a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 30.002061 KDa
配列文字列: MAVGKNKRLT KGGKKGAKKK VVDPFSKKDW YDVKAPAMFN IRNIGKTLVT RTQGTKIASD GLKGRVFEVS LADLQNDEVA FRKFKLITE DVQGKNCLTN FHGMDLTRDK MCSMVKKWQT MIEAHVDVKT TDGYLLRLFC VGFTKKRNNQ IRKTSYAQHQ Q VRQIRKKM ...文字列:
MAVGKNKRLT KGGKKGAKKK VVDPFSKKDW YDVKAPAMFN IRNIGKTLVT RTQGTKIASD GLKGRVFEVS LADLQNDEVA FRKFKLITE DVQGKNCLTN FHGMDLTRDK MCSMVKKWQT MIEAHVDVKT TDGYLLRLFC VGFTKKRNNQ IRKTSYAQHQ Q VRQIRKKM MEIMTREVQT NDLKEVVNKL IPDSIGKDIE KACQSIYPLH DVFVRKVKML KKPKFELGKL MELHGEGSSS GK ATGDETG AKVERADGYE PPVQESV

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分子 #4: 40S ribosomal protein S2

分子名称: 40S ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 31.376516 KDa
配列文字列: MADDAGAAGG PGGPGGPGMG NRGGFRGGFG SGIRGRGRGR GRGRGRGRGA RGGKAEDKEW MPVTKLGRLV KDMKIKSLEE IYLFSLPIK ESEIIDFFLG ASLKDEVLKI MPVQKQTRAG QRTRFKAFVA IGDYNGHVGL GVKCSKEVAT AIRGAIILAK L SIVPVRRG ...文字列:
MADDAGAAGG PGGPGGPGMG NRGGFRGGFG SGIRGRGRGR GRGRGRGRGA RGGKAEDKEW MPVTKLGRLV KDMKIKSLEE IYLFSLPIK ESEIIDFFLG ASLKDEVLKI MPVQKQTRAG QRTRFKAFVA IGDYNGHVGL GVKCSKEVAT AIRGAIILAK L SIVPVRRG YWGNKIGKPH TVPCKVTGRC GSVLVRLIPA PRGTGIVSAP VPKKLLMMAG IDDCYTSARG CTATLGNFAK AT FDAISKT YSYLTPDLWK ETVFTKSPYQ EFTDHLVKTH TRVSVQRTQA PAVATT

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分子 #5: 40S ribosomal protein S3

分子名称: 40S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 26.729369 KDa
配列文字列: MAVQISKKRK FVADGIFKAE LNEFLTRELA EDGYSGVEVR VTPTRTEIII LATRTQNVLG EKGRRIRELT AVVQKRFGFP EGSVELYAE KVATRGLCAI AQAESLRYKL LGGLAVRRAC YGVLRFIMES GAKGCEVVVS GKLRGQRAKS MKFVDGLMIH S GDPVNYYV ...文字列:
MAVQISKKRK FVADGIFKAE LNEFLTRELA EDGYSGVEVR VTPTRTEIII LATRTQNVLG EKGRRIRELT AVVQKRFGFP EGSVELYAE KVATRGLCAI AQAESLRYKL LGGLAVRRAC YGVLRFIMES GAKGCEVVVS GKLRGQRAKS MKFVDGLMIH S GDPVNYYV DTAVRHVLLR QGVLGIKVKI MLPWDPTGKI GPKKPLPDHV SIVEPKDEIL PTTPISEQKG GKPEPPAMPQ PV PTA

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分子 #6: 40S ribosomal protein S4, X isoform

分子名称: 40S ribosomal protein S4, X isoform / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 29.654869 KDa
配列文字列: MARGPKKHLK RVAAPKHWML DKLTGVFAPR PSTGPHKLRE CLPLIIFLRN RLKYALTGDE VKKICMQRFI KIDGKVRTDI TYPAGFMDV ISIDKTGENF RLIYDTKGRF AVHRITPEEA KYKLCKVRKI FVGTKGIPHL VTHDARTIRY PDPLIKVNDT I QIDLETGK ...文字列:
MARGPKKHLK RVAAPKHWML DKLTGVFAPR PSTGPHKLRE CLPLIIFLRN RLKYALTGDE VKKICMQRFI KIDGKVRTDI TYPAGFMDV ISIDKTGENF RLIYDTKGRF AVHRITPEEA KYKLCKVRKI FVGTKGIPHL VTHDARTIRY PDPLIKVNDT I QIDLETGK ITDFIKFDTG NLCMVTGGAN LGRIGVITNR ERHPGSFDVV HVKDANGNSF ATRLSNIFVI GKGNKPWISL PR GKGIRLT IAEERDKRLA AKQSSG

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分子 #7: 40S ribosomal protein S5

分子名称: 40S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 22.913453 KDa
配列文字列: MTEWETAAPA VAETPDIKLF GKWSTDDVQI NDISLQDYIA VKEKYAKYLP HSAGRYAAKR FRKAQCPIVE RLTNSMMMHG RNNGKKLMT VRIVKHAFEI IHLLTGENPL QVLVNAIINS GPREDSTRIG RAGTVRRQAV DVSPLRRVNQ AIWLLCTGAR E AAFRNIKT ...文字列:
MTEWETAAPA VAETPDIKLF GKWSTDDVQI NDISLQDYIA VKEKYAKYLP HSAGRYAAKR FRKAQCPIVE RLTNSMMMHG RNNGKKLMT VRIVKHAFEI IHLLTGENPL QVLVNAIINS GPREDSTRIG RAGTVRRQAV DVSPLRRVNQ AIWLLCTGAR E AAFRNIKT IAECLADELI NAAKGSSNSY AIKKKDELER VAKSNR

+
分子 #8: 40S ribosomal protein S6

分子名称: 40S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 28.751906 KDa
配列文字列: MKLNISFPAT GCQKLIEVDD ERKLRTFYEK RMATEVAADA LGEEWKGYVV RISGGNDKQG FPMKQGVLTH GRVRLLLSKG HSCYRPRRT GERKRKSVRG CIVDANLSVL NLVIVKKGEK DIPGLTDTTV PRRLGPKRAS RIRKLFNLSK EDDVRQYVVR K PLNKEGKK ...文字列:
MKLNISFPAT GCQKLIEVDD ERKLRTFYEK RMATEVAADA LGEEWKGYVV RISGGNDKQG FPMKQGVLTH GRVRLLLSKG HSCYRPRRT GERKRKSVRG CIVDANLSVL NLVIVKKGEK DIPGLTDTTV PRRLGPKRAS RIRKLFNLSK EDDVRQYVVR K PLNKEGKK PRTKAPKIQR LVTPRVLQHK RRRIALKKQR TKKNKEEAAE YAKLLAKRMK EAKEKRQEQI AKRRRLSSLR AS TSKSESS QK

+
分子 #9: 40S ribosomal protein S7

分子名称: 40S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 22.168914 KDa
配列文字列: MFSSSAKIVK PNGEKPDEFE SGISQALLEL EMNSDLKAQL RELNITAAKE IEVGGGRKAI IIFVPVPQLK SFQKIQVRLV RELEKKFSG KHVVFIAQRR ILPKPTRKSR TKNKQKRPRS RTLTAVHDAI LEDLVFPSEI VGKRIRVKLD GSRLIKVHLD K AQQNNVEH ...文字列:
MFSSSAKIVK PNGEKPDEFE SGISQALLEL EMNSDLKAQL RELNITAAKE IEVGGGRKAI IIFVPVPQLK SFQKIQVRLV RELEKKFSG KHVVFIAQRR ILPKPTRKSR TKNKQKRPRS RTLTAVHDAI LEDLVFPSEI VGKRIRVKLD GSRLIKVHLD K AQQNNVEH KVETFSGVYK KLTGKDVNFE FPEFQL

+
分子 #10: 40S ribosomal protein S8

分子名称: 40S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 24.263387 KDa
配列文字列: MGISRDNWHK RRKTGGKRKP YHKKRKYELG RPAANTKIGP RRIHTVRVRG GNKKYRALRL DVGNFSWGSE CCTRKTRIID VVYNASNNE LVRTKTLVKN CIVLIDSTPY RQWYESHYAL PLGRKKGAKL TPEEEEILNK KRSKKIQKKY DERKKNAKIS S LLEEQFQQ ...文字列:
MGISRDNWHK RRKTGGKRKP YHKKRKYELG RPAANTKIGP RRIHTVRVRG GNKKYRALRL DVGNFSWGSE CCTRKTRIID VVYNASNNE LVRTKTLVKN CIVLIDSTPY RQWYESHYAL PLGRKKGAKL TPEEEEILNK KRSKKIQKKY DERKKNAKIS S LLEEQFQQ GKLLACIASR PGQCGRADGY VLEGKELEFY LRKIKARKGK

+
分子 #11: 40S ribosomal protein S9

分子名称: 40S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 22.641564 KDa
配列文字列: MPVARSWVCR KTYVTPRRPF EKSRLDQELK LIGEYGLRNK REVWRVKFTL AKIRKAAREL LTLDEKDPRR LFEGNALLRR LVRIGVLDE GKMKLDYILG LKIEDFLERR LQTQVFKLGL AKSIHHARVL IRQRHIRVRK QVVNIPSFIV RLDSQKHIDF S LRSPYGGG ...文字列:
MPVARSWVCR KTYVTPRRPF EKSRLDQELK LIGEYGLRNK REVWRVKFTL AKIRKAAREL LTLDEKDPRR LFEGNALLRR LVRIGVLDE GKMKLDYILG LKIEDFLERR LQTQVFKLGL AKSIHHARVL IRQRHIRVRK QVVNIPSFIV RLDSQKHIDF S LRSPYGGG RPGRVKRKNA KKGQGGAGAG DDEEED

+
分子 #12: 40S ribosomal protein S10

分子名称: 40S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 18.933846 KDa
配列文字列:
MLMPKKNRIA IYELLFKEGV MVAKKDVHMP KHPELADKNV PNLHVMKAMQ SLKSRGYVKE QFAWRHFYWY LTNEGIQYLR DYLHLPPEI VPATLRRSRP ETGRPRPKGL EGERPARLTR GEADRDTYRR SAVPPGADKK AEAGAGSATE FQFRGGFGRG R GQPPQ

+
分子 #13: 40S ribosomal protein S11

分子名称: 40S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 18.468826 KDa
配列文字列:
MADIQTERAY QKQPTIFQNK KRVLLGETGK EKLPRYYKNI GLGFKTPKEA IEGTYIDKKC PFTGNVSIRG RILSGVVTKM KMQRTIVIR RDYLHYIRKY NRFEKRHKNM SVHLSPCFRD VQIGDIVTVG ECRPLSKTVR FNVLKVTKAA GTKKQFQKF

+
分子 #14: 40S ribosomal protein S12

分子名称: 40S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 14.538987 KDa
配列文字列:
MAEEGIAAGG VMDVNTALQE VLKTALIHDG LARGIREAAK ALDKRQAHLC VLASNCDEPM YVKLVEALCA EHQINLIKVD DNKKLGEWV GLCKIDREGK PRKVVGCSCV VVKDYGKESQ AKDVIEEYFK CKK

+
分子 #15: 40S ribosomal protein S13

分子名称: 40S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 17.259389 KDa
配列文字列:
MGRMHAPGKG LSQSALPYRR SVPTWLKLTS DDVKEQIYKL AKKGLTPSQI GVILRDSHGV AQVRFVTGNK ILRILKSKGL APDLPEDLY HLIKKAVAVR KHLERNRKDK DAKFRLILIE SRIHRLARYY KTKRVLPPNW KYESSTASAL VA

+
分子 #16: 40S ribosomal protein S14

分子名称: 40S ribosomal protein S14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 16.302772 KDa
配列文字列:
MAPRKGKEKK EEQVISLGPQ VAEGENVFGV CHIFASFNDT FVHVTDLSGK ETICRVTGGM KVKADRDESS PYAAMLAAQD VAQRCKELG ITALHIKLRA TGGNRTKTPG PGAQSALRAL ARSGMKIGRI EDVTPIPSDS TRRKGGRRGR RL

+
分子 #17: 40S ribosomal protein S15

分子名称: 40S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 17.076207 KDa
配列文字列:
MAEVEQKKKR TFRKFTYRGV DLDQLLDMSY EQLMQLYSAR QRRRLNRGLR RKQHSLLKRL RKAKKEAPPM EKPEVVKTHL RDMIILPEM VGSMVGVYNG KTFNQVEIKP EMIGHYLGEF SITYKPVKHG RPGIGATHSS RFIPLK

+
分子 #18: 40S ribosomal protein S16

分子名称: 40S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 16.477377 KDa
配列文字列:
MPSKGPLQSV QVFGRKKTAT AVAHCKRGNG LIKVNGRPLE MIEPRTLQYK LLEPVLLLGK ERFAGVDIRV RVKGGGHVAQ IYAIRQSIS KALVAYYQKY VDEASKKEIK DILIQYDRTL LVADPRRCES KKFGGPGARA RYQKSYR

+
分子 #19: 40S ribosomal protein S17

分子名称: 40S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 15.578156 KDa
配列文字列:
MGRVRTKTVK KAARVIIEKY YTRLGNDFHT NKRVCEEIAI IPSKKLRNKI AGYVTHLMKR IQRGPVRGIS IKLQEEERER RDNYVPEVS ALDQEIIEVD PDTKEMLKLL DFGSLSNLQV TQPTVGMNFK TPRGPV

+
分子 #20: 40S ribosomal protein S18

分子名称: 40S ribosomal protein S18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 17.759777 KDa
配列文字列:
MSLVIPEKFQ HILRVLNTNI DGRRKIAFAI TAIKGVGRRY AHVVLRKADI DLTKRAGELT EDEVERVITI MQNPRQYKIP DWFLNRQKD VKDGKYSQVL ANGLDNKLRE DLERLKKIRA HRGLRHFWGL RVRGQHTKTT GRRGRTVGVS KKK

+
分子 #21: 40S ribosomal protein S26

分子名称: 40S ribosomal protein S26 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 13.047532 KDa
配列文字列:
MTKKRRNNGR AKKGRGHVQP IRCTNCARCV PKDKAIKKFV IRNIVEAAAV RDISEASVFD AYVLPKLYVK LHYCVSCAIH SKVVRNRSR EARKDRTPPP RFRPAGAAPR PPPKPM

+
分子 #22: 40S ribosomal protein S20

分子名称: 40S ribosomal protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 13.398763 KDa
配列文字列:
MAFKDTGKTP VEPEVAIHRI RITLTSRNVK SLEKVCADLI RGAKEKNLKV KGPVRMPTKT LRITTRKTPC GEGSKTWDRF QMRIHKRLI DLHSPSEIVK QITSISIEPG VEVEVTIADA

+
分子 #23: 40S ribosomal protein S21

分子名称: 40S ribosomal protein S21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 9.124389 KDa
配列文字列:
MQNDAGEFVD LYVPRKCSAS NRIIGAKDHA SIQMNVAEVD KVTGRFNGQF KTYAICGAIR RMGESDDSIL RLAKADGIVS KNF

+
分子 #24: 40S ribosomal protein S15a

分子名称: 40S ribosomal protein S15a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 14.865555 KDa
配列文字列:
MVRMNVLADA LKSINNAEKR GKRQVLIRPC SKVIVRFLTV MMKHGYIGEF EIIDDHRAGK IVVNLTGRLN KCGVISPRFD VQLKDLEKW QNNLLPSRQF GFIVLTTSAG IMDHEEARRK HTGGKILGFF F

+
分子 #25: 40S ribosomal protein S23

分子名称: 40S ribosomal protein S23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 15.844666 KDa
配列文字列:
MGKCRGLRTA RKLRSHRRDQ KWHDKQYKKA HLGTALKANP FGGASHAKGI VLEKVGVEAK QPNSAIRKCV RVQLIKNGKK ITAFVPNDG CLNFIEENDE VLVAGFGRKG HAVGDIPGVR FKVVKVANVS LLALYKGKKE RPRS

+
分子 #26: 40S ribosomal protein S24

分子名称: 40S ribosomal protein S24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 15.463333 KDa
配列文字列:
MNDTVTIRTR KFMTNRLLQR KQMVIDVLHP GKATVPKTEI REKLAKMYKT TPDVIFVFGF RTHFGGGKTT GFGMIYDSLD YAKKNEPKH RLARHGLYEK KKTSRKQRKE RKNRMKKVRG TAKANVGAGK KPKE

+
分子 #27: 40S ribosomal protein S25

分子名称: 40S ribosomal protein S25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 13.776224 KDa
配列文字列:
MPPKDDKKKK DAGKSAKKDK DPVNKSGGKA KKKKWSKGKV RDKLNNLVLF DKATYDKLCK EVPNYKLITP AVVSERLKIR GSLARAALQ ELLSKGLIKL VSKHRAQVIY TRNTKGGDAP AAGEDA

+
分子 #28: 40S ribosomal protein S27

分子名称: 40S ribosomal protein S27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 9.480186 KDa
配列文字列:
MPLAKDLLHP SPEEEKRKHK KKRLVQSPNS YFMDVKCPGC YKITTVFSHA QTVVLCVGCS TVLCQPTGGK ARLTEGCSFR RKQH

+
分子 #29: 40S ribosomal protein S28

分子名称: 40S ribosomal protein S28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 7.855052 KDa
配列文字列:
MDTSRVQPIK LARVTKVLGR TGSQGQCTQV RVEFMDDTSR SIIRNVKGPV REGDVLTLLE SEREARRLR

+
分子 #30: 40S ribosomal protein S29

分子名称: 40S ribosomal protein S29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 6.690821 KDa
配列文字列:
MGHQQLYWSH PRKFGQGSRS CRVCSNRHGL IRKYGLNMCR QCFRQYAKDI GFIKLD

+
分子 #31: 40S ribosomal protein S30

分子名称: 40S ribosomal protein S30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 6.668938 KDa
配列文字列:
KVHGSLARAG KVRGQTPKVA KQEKKKKKTG RAKRRMQYNR RFVNVVPTFG KKKGPNANS

+
分子 #32: Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a

分子名称: Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 18.004041 KDa
配列文字列:
MQIFVKTLTG KTITLEVEPS DTIENVKAKI QDKEGIPPDQ QRLIFAGKQL EDGRTLSDYN IQKESTLHLV LRLRGGAKKR KKKSYTTPK KNKHKRKKVK LAVLKYYKVD ENGKISRLRR ECPSDECGAG VFMASHFDRH YCGKCCLTYC FNKPEDK

+
分子 #33: Receptor of activated protein C kinase 1

分子名称: Receptor of activated protein C kinase 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 35.115652 KDa
配列文字列: MTEQMTLRGT LKGHNGWVTQ IATTPQFPDM ILSASRDKTI IMWKLTRDET NYGIPQRALR GHSHFVSDVV ISSDGQFALS GSWDGTLRL WDLTTGTTTR RFVGHTKDVL SVAFSSDNRQ IVSGSRDKTI KLWNTLGVCK YTVQDESHSE WVSCVRFSPN S SNPIIVSC ...文字列:
MTEQMTLRGT LKGHNGWVTQ IATTPQFPDM ILSASRDKTI IMWKLTRDET NYGIPQRALR GHSHFVSDVV ISSDGQFALS GSWDGTLRL WDLTTGTTTR RFVGHTKDVL SVAFSSDNRQ IVSGSRDKTI KLWNTLGVCK YTVQDESHSE WVSCVRFSPN S SNPIIVSC GWDKLVKVWN LANCKLKTNH IGHTGYLNTV TVSPDGSLCA SGGKDGQAML WDLNEGKHLY TLDGGDIINA LC FSPNRYW LCAATGPSIK IWDLEGKIIV DELKQEVIST SSKAEPPQCT SLAWSADGQT LFAGYTDNLV RVWQVTIGTR

+
分子 #34: 40S ribosomal protein S19

分子名称: 40S ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 16.091562 KDa
配列文字列:
MPGVTVKDVN QQEFVRALAA FLKKSGKLKV PEWVDTVKLA KHKELAPYDE NWFYTRAAST ARHLYLRGGA GVGSMTKIYG GRQRNGVMP SHFSRGSKSV ARRVLQALEG LKMVEKDQDG GRKLTPQGQR DLDRIAGQVA AANKKH

+
分子 #35: Serine/threonine-protein kinase RIO1

分子名称: Serine/threonine-protein kinase RIO1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 65.77207 KDa
配列文字列: MDYRRLLMSR VVPGQFDDAD SSDSENRDLK TVKEKDDILF EDLQDNVNEN GEGEIEDEEE EGYDDDDDDW DWDEGVGKLA KGYVWNGGS NPQANRQTSD SSSAKMSTPA DKVLRKFENK INLDKLNVTD SVINKVTEKS RQKEADMYRI KDKADRATVE Q VLDPRTRM ...文字列:
MDYRRLLMSR VVPGQFDDAD SSDSENRDLK TVKEKDDILF EDLQDNVNEN GEGEIEDEEE EGYDDDDDDW DWDEGVGKLA KGYVWNGGS NPQANRQTSD SSSAKMSTPA DKVLRKFENK INLDKLNVTD SVINKVTEKS RQKEADMYRI KDKADRATVE Q VLDPRTRM ILFKMLTRGI ITEINGCIST GKEANVYHAS TANGESRAIK IYKTSILVFK DRDKYVSGEF RFRHGYCKGN PR KMVKTWA EKEMRNLIRL NTAEIPCPEP IMLRSHVLVM SFIGKDDMPA PLLKNVQLSE SKARELYLQV IQYMRRMYQD ARL VHADLS EFNMLYHGGG VYII(PHD)VSQSV EHDHPHALEF LRKDCANVND FFMRHSVAVM TVRELFEFVT DPSITHENMD AYLSKAMEI ASQRTKEERS SQDHVDEEVF KRAYIPRTLN EVKNYERDMD IIMKLKEEDM AMNAQQDNIL YQTVTGLKKD L SGVQKVPA LLENQVEERT CSDSEDIGSS ECSDTDSEEQ GDHARPKKHT TDPDIDKKER KKMVKEAQRE KRKNKIPKHV KK RKEKTAK TKKGK

+
分子 #36: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 3 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #37: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #38: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #39: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 3 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.6
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 291 K / 装置: LEICA EM GP

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9494 / 平均電子線量: 29.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 2126610
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6ek0
PDB 未公開エントリ

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: EXACT BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.4) / 使用した粒子像数: 276012
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.4)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.4)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.4)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6ek0
PDB 未公開エントリ

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6zv6:
Human RIO1(kd)-StHA late pre-40S particle, structural state B (post 18S rRNA cleavage)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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