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- EMDB-1129: Nucleotide-dependent bending flexibility of tubulin regulates mic... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1129
タイトルNucleotide-dependent bending flexibility of tubulin regulates microtubule assembly.
マップデータThis is the reconstruction of the inner layer of the GDP-tubulin double-layered tube.
試料
  • 試料: GDP-tubulin
  • タンパク質・ペプチド: tubulin
生物種Bos taurus (ウシ)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.0 Å
データ登録者Wang HW / Nogales E
引用ジャーナル: Nature / 年: 2005
タイトル: Nucleotide-dependent bending flexibility of tubulin regulates microtubule assembly.
著者: Hong-Wei Wang / Eva Nogales /
要旨: The atomic structure of tubulin in a polymerized, straight protofilament is clearly distinct from that in a curved conformation bound to a cellular depolymerizer. The nucleotide contents are ...The atomic structure of tubulin in a polymerized, straight protofilament is clearly distinct from that in a curved conformation bound to a cellular depolymerizer. The nucleotide contents are identical, and in both cases the conformation of the GTP-containing, intra-dimer interface is indistinguishable from the GDP-containing, inter-dimer contact. Here we present two structures corresponding to the start and end points in the microtubule polymerization and hydrolysis cycles that illustrate the consequences of nucleotide state on longitudinal and lateral assembly. In the absence of depolymerizers, GDP-bound tubulin shows distinctive intra-dimer and inter-dimer interactions and thus distinguishes the GTP and GDP interfaces. A cold-stable tubulin polymer with the non-hydrolysable GTP analogue GMPCPP, containing semi-conserved lateral interactions, supports a model in which the straightening of longitudinal interfaces happens sequentially, starting with a conformational change after GTP binding that straightens the dimer enough for the formation of lateral contacts into a non-tubular intermediate. Closure into a microtubule does not require GTP hydrolysis.
履歴
登録2005年5月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2005年5月12日-
マップ公開2005年5月12日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 14
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 14
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1129.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1129.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 11 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is the reconstruction of the inner layer of the GDP-tubulin double-layered tube.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4 Å/pix.
x 101 pix.
= 404. Å		4 Å/pix.
x 171 pix.
= 684. Å		4 Å/pix.
x 171 pix.
= 684. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 16.0 / ムービー #1: 14
最小 - 最大-18.0 - 45.0
平均 (標準偏差)1.80313 (±5.77079)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-85-85-50
サイズ171171101
Spacing171171101
セルA: 684 Å / B: 684 Å / C: 404 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z444
M x/y/z171171101
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z684.000684.000404.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-90-90-190
NX/NY/NZ180180380
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-85-85-50
NC/NR/NS171171101
D min/max/mean-18.00045.0001.803

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : GDP-tubulin

全体名称: GDP-tubulin
要素
  • 試料: GDP-tubulin
  • タンパク質・ペプチド: tubulin

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超分子 #1000: GDP-tubulin

超分子名称: GDP-tubulin / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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分子 #1: tubulin

分子名称: tubulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: tubulin / コピー数: 1 / 集合状態: dimer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: cattle / 組織: brain / Organelle: cytoskeleton / 細胞中の位置: cytosol
分子量実験値: 110 KDa / 理論値: 110 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度2.0 mg/mL
緩衝液pH: 6.8 / 詳細: 80 mM PIPES, 1 mM MgCl2, 1mM GDP, 30 mM MnCl2
グリッド詳細: 400 Quantifoil
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot
手法: Blot for 1.8 seconds before plunging with Vitrobot offset as -2 mm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
温度平均: 90 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 200K mag
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 12.7 µm / 実像数: 200 / 平均電子線量: 15 e/Å2 / ビット/ピクセル: 14
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 50000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細helices were formed from tubular crystals
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: MRC and home-made programs / 詳細: final maps were calculated from 19 tube images
CTF補正詳細: each image

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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