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万見
- EMDB-11199: COPII on membranes, inner coat -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11199
タイトルCOPII on membranes, inner coat
マップデータCOPII assembled on membranes, inner coat, density modified
試料
  • 複合体: COPII coat assembled on membrane, inner coat
    • 複合体: Protein transport protein SEC23
      • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein SEC23
      • タンパク質・ペプチド: PRO-PRO-PRO
    • 複合体: Protein transport protein SEC24
      • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein SEC24
    • 複合体: Small COPII coat GTPase SAR1
      • タンパク質・ペプチド: Small COPII coat GTPase SAR1
      • タンパク質・ペプチド: Small COPII coat GTPase SAR1
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
機能・相同性
機能・相同性情報


Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Cargo concentration in the ER / regulation of COPII vesicle coating / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / COPII-mediated vesicle transport / nuclear envelope organization / COPII-coated vesicle cargo loading / vesicle organization / COPII vesicle coat ...Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Cargo concentration in the ER / regulation of COPII vesicle coating / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / COPII-mediated vesicle transport / nuclear envelope organization / COPII-coated vesicle cargo loading / vesicle organization / COPII vesicle coat / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / membrane organization / mitochondrial fission / signal sequence binding / fungal-type vacuole membrane / mitochondrial membrane organization / reticulophagy / endoplasmic reticulum exit site / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / GTPase activator activity / SNARE binding / macroautophagy / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / intracellular protein transport / Golgi membrane / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
small GTPase SAR1 family profile. / Small GTPase superfamily, SAR1-type / Protein transport protein Sec23 / Sec23, C-terminal / Sec24-like, trunk domain / Zinc finger, Sec23/Sec24-type / Sec23/Sec24, trunk domain / Sec23/Sec24, helical domain / Sec23/Sec24 beta-sandwich / Zinc finger, Sec23/Sec24-type superfamily ...small GTPase SAR1 family profile. / Small GTPase superfamily, SAR1-type / Protein transport protein Sec23 / Sec23, C-terminal / Sec24-like, trunk domain / Zinc finger, Sec23/Sec24-type / Sec23/Sec24, trunk domain / Sec23/Sec24, helical domain / Sec23/Sec24 beta-sandwich / Zinc finger, Sec23/Sec24-type superfamily / Sec23/Sec24 helical domain superfamily / Sec23/Sec24 zinc finger / Sec23/Sec24 trunk domain / Sec23/Sec24 helical domain / Sec23/Sec24 beta-sandwich domain / Gelsolin-like domain superfamily / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Gelsolin-like domain / Gelsolin repeat / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein transport protein SEC23 / Small COPII coat GTPase SAR1 / Protein transport protein SEC24
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiaeaSaccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Zanetti G / Hutchings J
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/T002670/1 英国
European Research Council (ERC)852915 CRYTOCOP 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structure of the complete, membrane-assembled COPII coat reveals a complex interaction network.
著者: Joshua Hutchings / Viktoriya G Stancheva / Nick R Brown / Alan C M Cheung / Elizabeth A Miller / Giulia Zanetti /
要旨: COPII mediates Endoplasmic Reticulum to Golgi trafficking of thousands of cargoes. Five essential proteins assemble into a two-layer architecture, with the inner layer thought to regulate coat ...COPII mediates Endoplasmic Reticulum to Golgi trafficking of thousands of cargoes. Five essential proteins assemble into a two-layer architecture, with the inner layer thought to regulate coat assembly and cargo recruitment, and the outer coat forming cages assumed to scaffold membrane curvature. Here we visualise the complete, membrane-assembled COPII coat by cryo-electron tomography and subtomogram averaging, revealing the full network of interactions within and between coat layers. We demonstrate the physiological importance of these interactions using genetic and biochemical approaches. Mutagenesis reveals that the inner coat alone can provide membrane remodelling function, with organisational input from the outer coat. These functional roles for the inner and outer coats significantly move away from the current paradigm, which posits membrane curvature derives primarily from the outer coat. We suggest these interactions collectively contribute to coat organisation and membrane curvature, providing a structural framework to understand regulatory mechanisms of COPII trafficking and secretion.
履歴
登録2020年6月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年2月17日-
マップ公開2021年2月17日-
更新2021年4月14日-
現状2021年4月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.08
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.08
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6zga
  • 表面レベル: 0.08
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6zga
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11199.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11199.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 28.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈COPII assembled on membranes, inner coat, density modified
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.327 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.08 / ムービー #1: 0.08
最小 - 最大-0.74955904 - 1.0809355
平均 (標準偏差)2.3150136e-05 (±0.049129978)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ196196196
Spacing196196196
セルA=B=C: 260.092 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.3271.3271.327
M x/y/z196196196
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z260.092260.092260.092
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ120120120
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS196196196
D min/max/mean-0.7501.0810.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_11199_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: COPII assembled on membranes, inner coat, density modified...

ファイルemd_11199_additional_1.map
注釈COPII assembled on membranes, inner coat, density modified and sharpened
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_11199_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_11199_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

+
全体 : COPII coat assembled on membrane, inner coat

全体名称: COPII coat assembled on membrane, inner coat
要素
  • 複合体: COPII coat assembled on membrane, inner coat
    • 複合体: Protein transport protein SEC23
      • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein SEC23
      • タンパク質・ペプチド: PRO-PRO-PRO
    • 複合体: Protein transport protein SEC24
      • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein SEC24
    • 複合体: Small COPII coat GTPase SAR1
      • タンパク質・ペプチド: Small COPII coat GTPase SAR1
      • タンパク質・ペプチド: Small COPII coat GTPase SAR1
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION

+
超分子 #1: COPII coat assembled on membrane, inner coat

超分子名称: COPII coat assembled on membrane, inner coat / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4

+
超分子 #2: Protein transport protein SEC23

超分子名称: Protein transport protein SEC23 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #4
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

+
超分子 #3: Protein transport protein SEC24

超分子名称: Protein transport protein SEC24 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiaeaSaccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

+
超分子 #4: Small COPII coat GTPase SAR1

超分子名称: Small COPII coat GTPase SAR1 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3, #5
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
分子 #1: Protein transport protein SEC23

分子名称: Protein transport protein SEC23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 85.332047 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DFETNEDING VRFTWNVFPS TRSDANSNVV PVGCLYTPLK EYDELNVAPY NPVVCSGPHC KSILNPYCVI DPRNSSWSCP ICNSRNHLP PQYTNLSQEN MPLELQSTTI EYITNKPVTV PPIFFFVVDL TSETENLDSL KESIITSLSL LPPNALIGLI T YGNVVQLH ...文字列:
DFETNEDING VRFTWNVFPS TRSDANSNVV PVGCLYTPLK EYDELNVAPY NPVVCSGPHC KSILNPYCVI DPRNSSWSCP ICNSRNHLP PQYTNLSQEN MPLELQSTTI EYITNKPVTV PPIFFFVVDL TSETENLDSL KESIITSLSL LPPNALIGLI T YGNVVQLH DLSSETIDRC NVFRGDREYQ LEALTEMLTG QKPTGPGGAA SHLPNAMNKV TPFSLNRFFL PLEQVEFKLN QL LENLSPD QWSVPAGHRP LRATGSALNI ASLLLQGCYK NIPARIILFA SGPGTVAPGL IVNSELKDPL RSHHDIDSDH AQH YKKACK FYNQIAQRVA ANGHTVDIFA GCYDQIGMSE MKQLTDSTGG VLLLTDAFST AIFKQSYLRL FAKDEEGYLK MAFN GNMAV KTSKDLKVQG LIGHASAVKK TDANNISESE IGIGATSTWK MASLSPYHSY AIFFEIANTA ANSNPMMSAP GSADR PHLA YTQFITTYQH SSGTNRIRVT TVANQLLPFG TPAIAASFDQ EAAAVLMARI AVHKAETDDG ADVIRWLDRT LIKLCQ KYA DYNKDDPQSF RLAPNFSLYP QFTYYLRRSQ FLSVFNNSPD ETAFYRHIFT REDTTNSLIM IQPTLTSFSM EDDPQPV LL DSISVKPNTI LLLDTFFFIL IYHGEQIAQW RKAGYQDDPQ YADFKALLEE PKLEAAELLV DRFPLPRFID TEAGGSQA R FLLSKLNPSD NYQDMARGGS TIVLTDDVSL QNFMTHLQQV AVSGQA

+
分子 #2: Protein transport protein SEC24

分子名称: Protein transport protein SEC24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 103.73325 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSHHKKRVYP QAQLQYGQNA TPLQQPAQFM PPQDPAAAGM SYGQMGMPPQ GAVPSMGQQQ FLTPAQEQLH QQIDQATTSM NDMHLHNVP LVDPNAYMQP QVPVQMGTPL QQQQQPMAAP AYGQPSAAMG QNMRPMNQLY PIDLLTELPP PITDLTLPPP P LVIPPERM ...文字列:
MSHHKKRVYP QAQLQYGQNA TPLQQPAQFM PPQDPAAAGM SYGQMGMPPQ GAVPSMGQQQ FLTPAQEQLH QQIDQATTSM NDMHLHNVP LVDPNAYMQP QVPVQMGTPL QQQQQPMAAP AYGQPSAAMG QNMRPMNQLY PIDLLTELPP PITDLTLPPP P LVIPPERM LVPSELSNAS PDYIRSTLNA VPKNSSLLKK SKLPFGLVIR PYQHLYDDID PPPLNEDGLI VRCRRCRSYM NP FVTFIEQ GRRWRCNFCR LANDVPMQMD QSDPNDPKSR YDRNEIKCAV MEYMAPKEYT LRQPPPATYC FLIDVSQSSI KSG LLATTI NTLLQNLDSI PNHDERTRIS ILCVDNAIHY FKIPLDSENN EESADQINMM DIADLEEPFL PRPNSMVVSL KACR QNIET LLTKIPQIFQ SNLITNFALG PALKSAYHLI GGVGGKIIVV SGTLPNLGIG KLQRRNESGV VNTSKETAQL LSCQD SFYK NFTIDCSKVQ ITVDLFLASE DYMDVASLSN LSRFTAGQTH FYPGFSGKNP NDIVKFSTEF AKHISMDFCM ETVMRA RGS TGLRMSRFYG HFFNRSSDLC AFSTMPRDQS YLFEVNVDES IMADYCYVQV AVLLSLNNSQ RRIRIITLAM PTTESLA EV YASADQLAIA SFYNSKAVEK ALNSSLDDAR VLINKSVQDI LATYKKEIVV SNTAGGAPLR LCANLRMFPL LMHSLTKH M AFRSGIVPSD HRASALNNLE SLPLKYLIKN IYPDVYSLHD MADEAGLPVQ TEDGEATGTI VLPQPINATS SLFERYGLY LIDNGNELFL WMGGDAVPAL VFDVFGTQDI FDIPIGKQEI PVVENSEFNQ RVRNIINQLR NHDDVITYQS LYIVRGASLS EPVNHASAR EVATLRLWAS STLVEDKILN NESYREFLQI MKARISK

+
分子 #3: Small COPII coat GTPase SAR1

分子名称: Small COPII coat GTPase SAR1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 21.472564 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAGWDIFGWF RDVLASLGLW NKHGKLLFLG LDNAGKTTLL HMLKNDRLAT LQPTWHPTSE ELAIGNIKFT TFDLGGHIQA RRLWKDYFP EVNGIVFLVD AADPERFDEA RVELDALFNI AELKDVPFVI LGNKIDAPNA VSEAELRSAL GLLNTTGSQR I EGQRPVEV ...文字列:
MAGWDIFGWF RDVLASLGLW NKHGKLLFLG LDNAGKTTLL HMLKNDRLAT LQPTWHPTSE ELAIGNIKFT TFDLGGHIQA RRLWKDYFP EVNGIVFLVD AADPERFDEA RVELDALFNI AELKDVPFVI LGNKIDAPNA VSEAELRSAL GLLNTTGSQR I EGQRPVEV FMCSVVMRNG YLEAFQWLSQ YI

+
分子 #4: PRO-PRO-PRO

分子名称: PRO-PRO-PRO / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 309.36 Da
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
PPP

+
分子 #5: Small COPII coat GTPase SAR1

分子名称: Small COPII coat GTPase SAR1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 21.359406 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAGWDIFGWF RDVLASLGLW NKHGKLLFLG LDNAGKTTLL HMLKNDRLAT LQPTWHPTSE ELAIGNIKFT TFDLGGHIQA RRLWKDYFP EVNGIVFLVD AADPERFDEA RVELDALFNI AELKDVPFVI LGNKIDAPNA VSEAELRSAL GLLNTTGSQR I EGQRPVEV ...文字列:
MAGWDIFGWF RDVLASLGLW NKHGKLLFLG LDNAGKTTLL HMLKNDRLAT LQPTWHPTSE ELAIGNIKFT TFDLGGHIQA RRLWKDYFP EVNGIVFLVD AADPERFDEA RVELDALFNI AELKDVPFVI LGNKIDAPNA VSEAELRSAL GLLNTTGSQR I EGQRPVEV FMCSVVMRNG YLEAFQWLSQ Y

+
分子 #6: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #7: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: GNP
分子量理論値: 522.196 Da
Chemical component information

ChemComp-GNP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p / GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

+
分子 #8: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態3D array

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試料調製

緩衝液pH: 6.8
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 3.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Dynamo / 使用したサブトモグラム数: 151176
抽出トモグラム数: 149 / 使用した粒子像数: 800000
CTF補正ソフトウェア: (名称: CTFFIND, NOVACTF) / 詳細: 3d ctf correction
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: Dynamo
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル(PDB ID:

2qtv

,

1pcx

,

5kyw

)
精密化プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-6zga:
COPII on membranes, inner coat

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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