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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1113 | |||||||||
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タイトル | A quasi-atomic model of human adenovirus type 5 capsid. | |||||||||
マップデータ | Adenovirus structure | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 T=25 icosahedral viral capsid / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / host cell / viral capsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | unidentified adenovirus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 10.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Fabry CM / Rosa-Calatrava M / Conway JF / Zubieta C / Cusack S / Ruigrok RW / Schoehn G | |||||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2005 タイトル: A quasi-atomic model of human adenovirus type 5 capsid. 著者: Céline M S Fabry / Manuel Rosa-Calatrava / James F Conway / Chloé Zubieta / Stephen Cusack / Rob W H Ruigrok / Guy Schoehn / 要旨: Adenoviruses infect a wide range of vertebrates including humans. Their icosahedral capsids are composed of three major proteins: the trimeric hexon forms the facets and the penton, a noncovalent ...Adenoviruses infect a wide range of vertebrates including humans. Their icosahedral capsids are composed of three major proteins: the trimeric hexon forms the facets and the penton, a noncovalent complex of the pentameric penton base and trimeric fibre proteins, is located at the 12 capsid vertices. Several proteins (IIIa, VI, VIII and IX) stabilise the capsid. We have obtained a 10 A resolution map of the human adenovirus 5 by image analysis from cryo-electron micrographs (cryoEMs). This map, in combination with the X-ray structures of the penton base and hexon, was used to build a quasi-atomic model of the arrangement of the two major capsid components and to analyse the hexon-hexon and hexon-penton interactions. The secondary proteins, notably VIII, were located by comparing cryoEM maps of native and pIX deletion mutant virions. Minor proteins IX and IIIa are located on the outside of the capsid, whereas protein VIII is organised with a T=2 lattice on the inner face of the capsid. The capsid organisation is compared with the known X-ray structure of bacteriophage PRD1. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1113.map.gz | 62.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1113-v30.xml emd-1113.xml | 10 KB 10 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1113.gif | 35.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1113 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1113 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1113_validation.pdf.gz | 315.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1113_full_validation.pdf.gz | 314.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1113_validation.xml.gz | 7.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1113 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1113 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1113.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 335 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Adenovirus structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.45 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Human adenovirus type 5
全体 | 名称: Human adenovirus type 5 (ヒトアデノウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1000: Human adenovirus type 5
超分子 | 名称: Human adenovirus type 5 / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 150.0 MDa |
-超分子 #1: unidentified adenovirus
超分子 | 名称: unidentified adenovirus / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 10535 / 生物種: unidentified adenovirus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES |
分子量 | 実験値: 150 MDa / 理論値: 150 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: adenovirus / 直径: 900 Å / T番号(三角分割数): 25 |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3.0 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 150 mM NaCl 20 mM Tris-HCl pH 7.5 |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: Cryo EM |
グリッド | 詳細: Quantifoil grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 87 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Zeiss plunger / 手法: Manual blot for 1 second before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI/PHILIPS CM200T |
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温度 | 最低: 90 K / 最高: 90 K / 平均: 90 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification |
日付 | 2003年10月1日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 21 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / Od range: 1.2 / ビット/ピクセル: 8 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 倍率(補正後): 28600 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 0.25 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.1 µm / 倍率(公称値): 27500 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: CTFMIX |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.33 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PFT EM3DR / 詳細: Final maps were calculated from 4100 single images / 使用した粒子像数: 4100 |
-原子モデル構築 1
ソフトウェア | 名称: URO SITUS |
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詳細 | Protocol: Rigid Body. Penton bases were fitted using SITUS Hexons from the asymetric unit were fitted togheter using URO |
精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: R-factor |
得られたモデル | PDB-4v4u: |