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- EMDB-1109: Structural insights into the activity of enhancer-binding proteins. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1109
タイトルStructural insights into the activity of enhancer-binding proteins.
マップデータthis is a volume map of PspF in complex with sigma54
試料
  • 試料: PspF AAA domain
  • タンパク質・ペプチド: PspF AAA domain
  • タンパク質・ペプチド: sigma54
機能・相同性RNA polymerase sigma factor 54 / AAA+ ATPase domain
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Rappas M / Schumacher J / Beuron F / Niwa H / Bordes P / Wigneshweraraj S / Keetch CA / Robinson CV / Buck M / Zhang X
引用ジャーナル: Science / 年: 2005
タイトル: Structural insights into the activity of enhancer-binding proteins.
著者: Mathieu Rappas / Jorg Schumacher / Fabienne Beuron / Hajime Niwa / Patricia Bordes / Sivaramesh Wigneshweraraj / Catherine A Keetch / Carol V Robinson / Martin Buck / Xiaodong Zhang /
要旨: Activators of bacterial sigma54-RNA polymerase holoenzyme are mechanochemical proteins that use adenosine triphosphate (ATP) hydrolysis to activate transcription. We have determined by cryogenic ...Activators of bacterial sigma54-RNA polymerase holoenzyme are mechanochemical proteins that use adenosine triphosphate (ATP) hydrolysis to activate transcription. We have determined by cryogenic electron microscopy (cryo-EM) a 20 angstrom resolution structure of an activator, phage shock protein F [PspF(1-275)], which is bound to an ATP transition state analog in complex with its basal factor, sigma54. By fitting the crystal structure of PspF(1-275) at 1.75 angstroms into the EM map, we identified two loops involved in binding sigma54. Comparing enhancer-binding structures in different nucleotide states and mutational analysis led us to propose nucleotide-dependent conformational changes that free the loops for association with sigma54.
履歴
登録2005年2月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2005年2月8日-
マップ公開2005年4月26日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.26
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.26
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1109.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1109.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈this is a volume map of PspF in complex with sigma54
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2 Å/pix.
x 150 pix.
= 300. Å		2 Å/pix.
x 150 pix.
= 300. Å		2 Å/pix.
x 150 pix.
= 300. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 0.157 / ムービー #1: 0.26
最小 - 最大-1.00865 - 3.63096
平均 (標準偏差)0.0112357 (±0.146356)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-75-75-75
サイズ150150150
Spacing150150150
セルA=B=C: 300 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z222
M x/y/z150150150
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z300.000300.000300.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-80-80-80
NX/NY/NZ160160160
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-75-75-75
NC/NR/NS150150150
D min/max/mean-1.0093.6310.011

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : PspF AAA domain

全体名称: PspF AAA domain
要素
  • 試料: PspF AAA domain
  • タンパク質・ペプチド: PspF AAA domain
  • タンパク質・ペプチド: sigma54

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超分子 #1000: PspF AAA domain

超分子名称: PspF AAA domain / タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: one hexamer of PspF binds to a monomer of sigma54
Number unique components: 2
分子量実験値: 240 KDa / 理論値: 240 KDa / 手法: mass spec

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分子 #1: PspF AAA domain

分子名称: PspF AAA domain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: pspf AAA domain / コピー数: 6 / 集合状態: hexamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 別称: E Coli
分子量実験値: 31 KDa / 理論値: 31 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli B834 / 組換プラスミド: pET28 bplus
配列InterPro: AAA+ ATPase domain

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分子 #2: sigma54

分子名称: sigma54 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: sigma54 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 別称: E Coli
分子量実験値: 54 KDa / 理論値: 54 KDa
組換発現生物種: B834 / 組換プラスミド: pET28 bplus
配列InterPro: RNA polymerase sigma factor 54

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.05 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: 10 mM Tris HCl, pH8, 50 mM NaCl, 1 mM DTT, 0.1 mM EDTA, 5% glycerol
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids with native sample quench frozen in liquid ethane cooled at -186 C
グリッド詳細: Holey carbon grids from Agar
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 87.15 K / Timed resolved state: vitrified 30msec after / 手法: blot for 2 seconds

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG/UT
温度平均: 103 K
詳細weak beam illumination
日付2002年4月4日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - サンプリング間隔: 2 µm / 実像数: 9 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 14
電子線加速電圧: 160 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: OTHER / Cs: 1.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.4 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 3 SIGMA CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMAGIC-5
詳細: Final maps were calculate from 123 class averages from one dataset
使用した粒子像数: 3895
最終 2次元分類クラス数: 123

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原子モデル構築 1

詳細Protocol: Cross correlation coefficient between projections of fitted model and those from the EM reconstruction. The monomer was manually fitted using the program "O"; the model was p6 symmetrised and individually subunits were readjusted manually using "O"
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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