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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1109 | |||||||||
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タイトル | Structural insights into the activity of enhancer-binding proteins. | |||||||||
![]() | this is a volume map of PspF in complex with sigma54 | |||||||||
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機能・相同性 | RNA polymerase sigma factor 54 / AAA+ ATPase domain![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å | |||||||||
![]() | Rappas M / Schumacher J / Beuron F / Niwa H / Bordes P / Wigneshweraraj S / Keetch CA / Robinson CV / Buck M / Zhang X | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural insights into the activity of enhancer-binding proteins. 著者: Mathieu Rappas / Jorg Schumacher / Fabienne Beuron / Hajime Niwa / Patricia Bordes / Sivaramesh Wigneshweraraj / Catherine A Keetch / Carol V Robinson / Martin Buck / Xiaodong Zhang / ![]() 要旨: Activators of bacterial sigma54-RNA polymerase holoenzyme are mechanochemical proteins that use adenosine triphosphate (ATP) hydrolysis to activate transcription. We have determined by cryogenic ...Activators of bacterial sigma54-RNA polymerase holoenzyme are mechanochemical proteins that use adenosine triphosphate (ATP) hydrolysis to activate transcription. We have determined by cryogenic electron microscopy (cryo-EM) a 20 angstrom resolution structure of an activator, phage shock protein F [PspF(1-275)], which is bound to an ATP transition state analog in complex with its basal factor, sigma54. By fitting the crystal structure of PspF(1-275) at 1.75 angstroms into the EM map, we identified two loops involved in binding sigma54. Comparing enhancer-binding structures in different nucleotide states and mutational analysis led us to propose nucleotide-dependent conformational changes that free the loops for association with sigma54. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
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-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 621.9 KB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 11.2 KB 11.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 23.1 KB | ||
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-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 187.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 186.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.1 KB | 表示 | |
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-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
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注釈 | this is a volume map of PspF in complex with sigma54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : PspF AAA domain
全体 | 名称: PspF AAA domain |
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要素 |
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-超分子 #1000: PspF AAA domain
超分子 | 名称: PspF AAA domain / タイプ: sample / ID: 1000 集合状態: one hexamer of PspF binds to a monomer of sigma54 Number unique components: 2 |
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分子量 | 実験値: 240 KDa / 理論値: 240 KDa / 手法: mass spec |
-分子 #1: PspF AAA domain
分子 | 名称: PspF AAA domain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: pspf AAA domain / コピー数: 6 / 集合状態: hexamer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 実験値: 31 KDa / 理論値: 31 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli B834 / 組換プラスミド: pET28 bplus |
配列 | InterPro: AAA+ ATPase domain |
-分子 #2: sigma54
分子 | 名称: sigma54 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: sigma54 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 実験値: 54 KDa / 理論値: 54 KDa |
組換発現 | 生物種: B834 / 組換プラスミド: pET28 bplus |
配列 | InterPro: RNA polymerase sigma factor 54 |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.05 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 詳細: 10 mM Tris HCl, pH8, 50 mM NaCl, 1 mM DTT, 0.1 mM EDTA, 5% glycerol |
染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: Grids with native sample quench frozen in liquid ethane cooled at -186 C |
グリッド | 詳細: Holey carbon grids from Agar |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 87.15 K / Timed resolved state: vitrified 30msec after / 手法: blot for 2 seconds |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI/PHILIPS CM200FEG/UT |
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温度 | 平均: 103 K |
詳細 | weak beam illumination |
日付 | 2002年4月4日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - サンプリング間隔: 2 µm / 実像数: 9 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 14 |
電子線 | 加速電圧: 160 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: OTHER / Cs: 1.2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.4 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
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画像解析
CTF補正 | 詳細: Each particle |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 3 SIGMA CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMAGIC-5 詳細: Final maps were calculate from 123 class averages from one dataset 使用した粒子像数: 3895 |
最終 2次元分類 | クラス数: 123 |
-原子モデル構築 1
詳細 | Protocol: Cross correlation coefficient between projections of fitted model and those from the EM reconstruction. The monomer was manually fitted using the program "O"; the model was p6 symmetrised and individually subunits were readjusted manually using "O" |
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精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |