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- EMDB-11080: RC-LH1(16) complex from Rhodopseudomonas palustris -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11080
タイトルRC-LH1(16) complex from Rhodopseudomonas palustris
マップデータ
試料
  • 複合体: Reaction center-Light harvesting complex 1
    • タンパク質・ペプチド: x 5種
  • リガンド: x 11種
機能・相同性
機能・相同性情報


organelle inner membrane / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting complex / Antenna complex alpha/beta subunit ...Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting complex / Antenna complex alpha/beta subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Reaction center protein M chain / H subunit of photosynthetic reaction center complex / Reaction center protein L chain / Light-harvesting complex 1 alpha chain / Light-harvesting complex 1 beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodopseudomonas palustris (strain ATCC BAA-98 / CGA009) (光合成細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Swainsbury DJK / Qian P / Hitchcock A / Hunter CN
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M000265/1 英国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Structures of RC-LH1 complexes with open or closed quinone channels.
著者: David J K Swainsbury / Pu Qian / Philip J Jackson / Kaitlyn M Faries / Dariusz M Niedzwiedzki / Elizabeth C Martin / David A Farmer / Lorna A Malone / Rebecca F Thompson / Neil A Ranson / ...著者: David J K Swainsbury / Pu Qian / Philip J Jackson / Kaitlyn M Faries / Dariusz M Niedzwiedzki / Elizabeth C Martin / David A Farmer / Lorna A Malone / Rebecca F Thompson / Neil A Ranson / Daniel P Canniffe / Mark J Dickman / Dewey Holten / Christine Kirmaier / Andrew Hitchcock / C Neil Hunter /
要旨: The reaction-center light-harvesting complex 1 (RC-LH1) is the core photosynthetic component in purple phototrophic bacteria. We present two cryo-electron microscopy structures of RC-LH1 complexes ...The reaction-center light-harvesting complex 1 (RC-LH1) is the core photosynthetic component in purple phototrophic bacteria. We present two cryo-electron microscopy structures of RC-LH1 complexes from A 2.65-Å resolution structure of the RC-LH1-W complex consists of an open 14-subunit LH1 ring surrounding the RC interrupted by protein-W, whereas the complex without protein-W at 2.80-Å resolution comprises an RC completely encircled by a closed, 16-subunit LH1 ring. Comparison of these structures provides insights into quinone dynamics within RC-LH1 complexes, including a previously unidentified conformational change upon quinone binding at the RC Q site, and the locations of accessory quinone binding sites that aid their delivery to the RC. The structurally unique protein-W prevents LH1 ring closure, creating a channel for accelerated quinone/quinol exchange.
履歴
登録2020年5月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年1月13日-
マップ公開2021年1月13日-
更新2021年2月10日-
現状2021年2月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.18
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  • 原子モデル: PDB-6z5r
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11080.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11080.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.065 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.18 / ムービー #1: 0.18
最小 - 最大-0.24812172 - 0.90050465
平均 (標準偏差)0.0012294633 (±0.017340476)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 426.00003 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0651.0651.065
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z426.000426.000426.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.2480.9010.001

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添付データ

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試料の構成要素

+
全体 : Reaction center-Light harvesting complex 1

全体名称: Reaction center-Light harvesting complex 1
要素
  • 複合体: Reaction center-Light harvesting complex 1
    • タンパク質・ペプチド: Light-harvesting complex 1 alpha chain
    • タンパク質・ペプチド: Light-harvesting complex 1 beta chain
    • タンパク質・ペプチド: H subunit of photosynthetic reaction center complex
    • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein L chain
    • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein M chain
  • リガンド: BACTERIOCHLOROPHYLL A
  • リガンド: SPIRILLOXANTHIN
  • リガンド: (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: BACTERIOPHEOPHYTIN A
  • リガンド: UBIQUINONE-10
  • リガンド: FE (III) ION
  • リガンド: (6~{R},10~{S},14~{R},19~{R},23~{S},24~{E},27~{S},28~{E})-2,6,10,14,19,23,27,31-octamethyldotriaconta-24,28-dien-2-ol
  • リガンド: (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE
  • リガンド: water

+
超分子 #1: Reaction center-Light harvesting complex 1

超分子名称: Reaction center-Light harvesting complex 1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
詳細: Reaction center-Light harvesting complex 1 from Rhodopseudomonas palustris
由来(天然)生物種: Rhodopseudomonas palustris (strain ATCC BAA-98 / CGA009) (光合成細菌)
細胞中の位置: Lamellar membranes
分子量理論値: 3.52 MDa

+
分子 #1: Light-harvesting complex 1 alpha chain

分子名称: Light-harvesting complex 1 alpha chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodopseudomonas palustris (strain ATCC BAA-98 / CGA009) (光合成細菌)
株: ATCC BAA-98 / CGA009
分子量理論値: 5.779999 KDa
配列文字列:
(FME)WRIWLLFDP RRALVLLFVF LFGLAIIIHF ILLSTSRFNW LDGPRAAK

+
分子 #2: Light-harvesting complex 1 beta chain

分子名称: Light-harvesting complex 1 beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodopseudomonas palustris (strain ATCC BAA-98 / CGA009) (光合成細菌)
株: ATCC BAA-98 / CGA009
分子量理論値: 5.849797 KDa
配列文字列:
MSDGSISGLS EAEAKEFHSI FVTSFFLFIV VAVVAHILAW MWRPWLPKAT GY

+
分子 #3: H subunit of photosynthetic reaction center complex

分子名称: H subunit of photosynthetic reaction center complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodopseudomonas palustris (strain ATCC BAA-98 / CGA009) (光合成細菌)
株: ATCC BAA-98 / CGA009
分子量理論値: 27.268223 KDa
配列文字列: MQPGAYLDLA QVTLYVFWIF FAGLLFYLRR EDKREGYPLV ADAGSGTRLA KIGVPAPPDP KTYLLRGGAT KTVPSTSNDR PNVALTPAA PWPGAPFVPT GNPFADGVGP GSYAQRADVP ELGLDNLPII VPLRAAKGMF LDPRDPNPVG MPVVGCDGVV G GTVTEVWV ...文字列:
MQPGAYLDLA QVTLYVFWIF FAGLLFYLRR EDKREGYPLV ADAGSGTRLA KIGVPAPPDP KTYLLRGGAT KTVPSTSNDR PNVALTPAA PWPGAPFVPT GNPFADGVGP GSYAQRADVP ELGLDNLPII VPLRAAKGMF LDPRDPNPVG MPVVGCDGVV G GTVTEVWV DRAEVLARYL EVEVAKSRKR VLLPVPFALI NDPFGKVSVD AIRGDQFAGV PTTSKGDQVS KLEEDKICAY YG AGTLYAT PLRSESLV

+
分子 #4: Reaction center protein L chain

分子名称: Reaction center protein L chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodopseudomonas palustris (strain ATCC BAA-98 / CGA009) (光合成細菌)
株: ATCC BAA-98 / CGA009
分子量理論値: 30.857777 KDa
配列文字列: MAMLSFEKKY RVRGGTLIGG DLFDFWVGPF YVGIFGVMTV FFALIGIALI AWNTALGPTW NLWQISVNPP DAKYGLGFAP LAEGGIWQW VSICATGAFV TWALREVEIC RKLGIGFHVP FAFSFAIFAY VTLVVIRPVL MGSWSYGFPY GIFTHLDWVS N TGYSYGQF ...文字列:
MAMLSFEKKY RVRGGTLIGG DLFDFWVGPF YVGIFGVMTV FFALIGIALI AWNTALGPTW NLWQISVNPP DAKYGLGFAP LAEGGIWQW VSICATGAFV TWALREVEIC RKLGIGFHVP FAFSFAIFAY VTLVVIRPVL MGSWSYGFPY GIFTHLDWVS N TGYSYGQF HYNPAHMIAI TFFFTTCLAL ALHGGLVLSA LNPDRGEPVK SPEHENTVFR DLVGYSIGTI GIHRLGLFLA LS AVFFSAV CMIISGPVLA EGGSWPDWWN WWRNLPIWNP

+
分子 #5: Reaction center protein M chain

分子名称: Reaction center protein M chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodopseudomonas palustris (strain ATCC BAA-98 / CGA009) (光合成細菌)
株: ATCC BAA-98 / CGA009
分子量理論値: 34.453828 KDa
配列文字列: MAQYQNIFTQ VQVEGPAYAG VPLRPGSSPR ETQTTFNYWL GKIGDAQVGP VYLGFTGVCS LLCGFVAIEI IGLNMLASVD WSPIEFLRQ FCWLALEPPK PEYGLTIPPL KEGGWWLMAG FFLTVSIALW WVRTYRRSRA LGMGTHVSWA FASAILLYLA L GFIQPLLM ...文字列:
MAQYQNIFTQ VQVEGPAYAG VPLRPGSSPR ETQTTFNYWL GKIGDAQVGP VYLGFTGVCS LLCGFVAIEI IGLNMLASVD WSPIEFLRQ FCWLALEPPK PEYGLTIPPL KEGGWWLMAG FFLTVSIALW WVRTYRRSRA LGMGTHVSWA FASAILLYLA L GFIQPLLM GSWSEAPPFG VFPHLDWTNN FSIKYGNLYY NPFHCLSIAF LYGSALLFAM HGATILAVSR YGGEREIEQM LD RGTALER AALFWRWTMG FNATAESIHR WAWWFAVLCP LTGAIGIILT GPVVDNWFDW GVKHGLAPPR

+
分子 #6: BACTERIOCHLOROPHYLL A

分子名称: BACTERIOCHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 36 / 式: BCL
分子量理論値: 911.504 Da
Chemical component information

ChemComp-BCL:
BACTERIOCHLOROPHYLL A

+
分子 #7: SPIRILLOXANTHIN

分子名称: SPIRILLOXANTHIN / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 16 / 式: CRT
分子量理論値: 596.925 Da
Chemical component information

ChemComp-CRT:
SPIRILLOXANTHIN

+
分子 #8: (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-...

分子名称: (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE
タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 24 / 式: 6PL
分子量理論値: 763.1 Da
Chemical component information

ChemComp-6PL:
(4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE / O-(1-O-パルミトイル-2-O-ステアロイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン / リン脂質*YM

+
分子 #9: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 6 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

+
分子 #10: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 12 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

+
分子 #11: BACTERIOPHEOPHYTIN A

分子名称: BACTERIOPHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 2 / 式: BPH
分子量理論値: 889.215 Da
Chemical component information

ChemComp-BPH:
BACTERIOPHEOPHYTIN A / バクテリオフェオフィチン

+
分子 #12: UBIQUINONE-10

分子名称: UBIQUINONE-10 / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 5 / 式: U10
分子量理論値: 863.343 Da
Chemical component information

ChemComp-U10:
UBIQUINONE-10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略)

+
分子 #13: FE (III) ION

分子名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 1 / 式: FE
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #14: (6~{R},10~{S},14~{R},19~{R},23~{S},24~{E},27~{S},28~{E})-2,6,10,1...

分子名称: (6~{R},10~{S},14~{R},19~{R},23~{S},24~{E},27~{S},28~{E})-2,6,10,14,19,23,27,31-octamethyldotriaconta-24,28-dien-2-ol
タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 1 / 式: QAK
分子量理論値: 575.047 Da
Chemical component information

ChemComp-QAK:
(6~{R},10~{S},14~{R},19~{R},23~{S},24~{E},27~{S},28~{E})-2,6,10,14,19,23,27,31-octamethyldotriaconta-24,28-dien-2-ol

+
分子 #15: (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-...

分子名称: (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE
タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 2 / 式: PGT
分子量理論値: 751.023 Da
Chemical component information

ChemComp-PGT:
(1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE / リン脂質*YM

+
分子 #16: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 3 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC4H11NO3Tris
200.0 mMNaClNaCl
0.03 % w/vC24H46O11n-Dodecyl-beta-D-Maltopyranoside
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 60 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: LEICA EM GP
詳細This sample was monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 55.2 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 476547 / 詳細: Autopicked in RELION
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1) / ソフトウェア - 詳細: Executed within RELION3.0
最終 再構成使用したクラス数: 2 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 260752
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: BACKBONE TRACE
得られたモデル

PDB-6z5r:
RC-LH1(16) complex from Rhodopseudomonas palustris

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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