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- EMDB-11058: Human ER Membrane protein Complex (EMC) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11058
タイトルHuman ER Membrane protein Complex (EMC)
マップデータ3D reconstruction of the human ER-Membrane Complex produced by single particle cryo-electron microscopy.
試料
  • 複合体: Human ER Membrane protein Complex (EMC)
機能・相同性
機能・相同性情報


extrinsic component of endoplasmic reticulum membrane / inorganic cation transmembrane transporter activity / EMC complex / omegasome membrane / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / magnesium ion transport / tail-anchored membrane protein insertion into ER membrane / Miscellaneous transport and binding events / cobalt ion transmembrane transporter activity / ferrous iron transmembrane transporter activity ...extrinsic component of endoplasmic reticulum membrane / inorganic cation transmembrane transporter activity / EMC complex / omegasome membrane / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / magnesium ion transport / tail-anchored membrane protein insertion into ER membrane / Miscellaneous transport and binding events / cobalt ion transmembrane transporter activity / ferrous iron transmembrane transporter activity / copper ion transport / magnesium ion transmembrane transporter activity / autophagosome assembly / RHOA GTPase cycle / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of endothelial cell migration / positive regulation of angiogenesis / carbohydrate binding / early endosome membrane / angiogenesis / early endosome / Golgi membrane / apoptotic process / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein-containing complex / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ER membrane protein complex subunit 8/9 / : / Uncharacterised protein family (UPF0172) / EMC2 TPR-like repeat domain / TMEM85/ER membrane protein complex subunit 4 / ER membrane protein complex subunit 4 / ER membrane protein complex subunit 7, beta-sandwich domain / ER membrane protein complex subunit 7 / ER membrane protein complex subunit 7, beta-sandwich domain / ER membrane protein complex subunit 6 ...ER membrane protein complex subunit 8/9 / : / Uncharacterised protein family (UPF0172) / EMC2 TPR-like repeat domain / TMEM85/ER membrane protein complex subunit 4 / ER membrane protein complex subunit 4 / ER membrane protein complex subunit 7, beta-sandwich domain / ER membrane protein complex subunit 7 / ER membrane protein complex subunit 7, beta-sandwich domain / ER membrane protein complex subunit 6 / ER membrane protein complex subunit 3 / ER membrane protein complex subunit 1, C-terminal / Membrane magnesium transporter / ER membrane protein complex subunit 1 / ER membrane protein complex subunit 6-like / EMC6 / ER membrane protein complex subunit 1, C-terminal / Membrane magnesium transporter / ER membrane protein complex subunit 10 / ER membrane protein complex subunit 2-like / Integral membrane protein EMC3/TMCO1-like / Integral membrane protein EMC3/TMCO1-like / Integral membrane protein DUF106 / Carbohydrate-binding-like fold / Outer membrane protein assembly factor BamB / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / MPN domain / MPN domain profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ER membrane protein complex subunit 2 / ER membrane protein complex subunit 4 / ER membrane protein complex subunit 10 / ER membrane protein complex subunit 5 / ER membrane protein complex subunit 1 / ER membrane protein complex subunit 6 / Endoplasmic reticulum membrane protein complex subunit 7 / ER membrane protein complex subunit 3 / ER membrane protein complex subunit 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.4 Å
データ登録者Phillips BP / O'Donnell JP
資金援助 英国, 3件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/10 英国
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF-18-2018 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_A022_1007 英国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: The architecture of EMC reveals a path for membrane protein insertion.
著者: John P O'Donnell / Ben P Phillips / Yuichi Yagita / Szymon Juszkiewicz / Armin Wagner / Duccio Malinverni / Robert J Keenan / Elizabeth A Miller / Ramanujan S Hegde /
要旨: Approximately 25% of eukaryotic genes code for integral membrane proteins that are assembled at the endoplasmic reticulum. An abundant and widely conserved multi-protein complex termed EMC has been ...Approximately 25% of eukaryotic genes code for integral membrane proteins that are assembled at the endoplasmic reticulum. An abundant and widely conserved multi-protein complex termed EMC has been implicated in membrane protein biogenesis, but its mechanism of action is poorly understood. Here, we define the composition and architecture of human EMC using biochemical assays, crystallography of individual subunits, site-specific photocrosslinking, and cryo-EM reconstruction. Our results suggest that EMC's cytosolic domain contains a large, moderately hydrophobic vestibule that can bind a substrate's transmembrane domain (TMD). The cytosolic vestibule leads into a lumenally-sealed, lipid-exposed intramembrane groove large enough to accommodate a single substrate TMD. A gap between the cytosolic vestibule and intramembrane groove provides a potential path for substrate egress from EMC. These findings suggest how EMC facilitates energy-independent membrane insertion of TMDs, explain why only short lumenal domains are translocated by EMC, and constrain models of EMC's proposed chaperone function.
履歴
登録2020年5月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年6月17日-
マップ公開2020年6月17日-
更新2020年6月17日-
現状2020年6月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.21
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.21
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6z3w
  • 表面レベル: 0.21
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11058.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11058.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D reconstruction of the human ER-Membrane Complex produced by single particle cryo-electron microscopy.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.38 Å/pix.
x 224 pix.
= 309.12 Å		1.38 Å/pix.
x 224 pix.
= 309.12 Å		1.38 Å/pix.
x 224 pix.
= 309.12 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.38 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.21 / ムービー #1: 0.21
最小 - 最大0 - 1
平均 (標準偏差)0.09072395 (±0.27806097)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ224224224
Spacing224224224
セルA=B=C: 309.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.381.381.38
M x/y/z224224224
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z309.120309.120309.120
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS224224224
D min/max/mean-0.3750.7370.003

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_11058_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A, produced during local resolution estimation...

ファイルemd_11058_half_map_1.map
注釈Half map A, produced during local resolution estimation in CryoSPARC and used to calculate FSC for human ER-Membrane Complex 3D reconstruction.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B, produced during local resolution estimation...

ファイルemd_11058_half_map_2.map
注釈Half map B, produced during local resolution estimation in CryoSPARC and used to calculate FSC for human ER-Membrane Complex 3D reconstruction.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human ER Membrane protein Complex (EMC)

全体名称: Human ER Membrane protein Complex (EMC)
要素
  • 複合体: Human ER Membrane protein Complex (EMC)

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超分子 #1: Human ER Membrane protein Complex (EMC)

超分子名称: Human ER Membrane protein Complex (EMC) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: 9-subunit human ER Membrane protein Complex (EMC)
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組織: Embryonic Kidney / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換株: HEK293 / 組換細胞: Embryonic Kidney / 組換プラスミド: pcDNA5/FRT
分子量実験値: 330 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.85 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
400.0 mMNaClsodium chloride
50.0 mMHEPESHEPES pH 7.4
2.0 mMMgCl2magnesium chloride
0.01 %LMNGLauryl Maltose Neopentyl Glycol
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 4e-05 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: LEICA PLUNGER
詳細This sample was purified from suspension adapted human HEK293 cells and was monodisperse on EM grids.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 84.0 K / 最高: 93.0 K
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-44 / 撮影したグリッド数: 5 / 実像数: 11626 / 平均露光時間: 11.0 sec. / 平均電子線量: 39.36 e/Å2
詳細: Data collected across 5 independent sessions using two different FEI Titan Krios Microscopes, both equipped with a Gatan K2 Summit detector and volta phase plate. Volta phase plate used ...詳細: Data collected across 5 independent sessions using two different FEI Titan Krios Microscopes, both equipped with a Gatan K2 Summit detector and volta phase plate. Volta phase plate used without charging between exposures. Phase plate evolution varied between different microscopes used to collect data but positions were shifted once phase evolution progressed past 120 degrees.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -0.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2560511 / 詳細: Template-based autopicking in CryoSPARC v2.12.4.
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12.4) / ソフトウェア - 詳細: Patch CTF correction (Multi)
詳細: Patch CTF correction (Multi) implemented in CryoSPARC
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Ab initio model generation in CryoSPARC.
詳細: 4 classes generated and best class used as a initial model for refinement.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12.4)
ソフトウェア - 詳細: Local resolution estimation and filtering
詳細: Resolution calculated from half maps produced during local resolution estimation in CryoSPARC following non-uniform refinement.
使用した粒子像数: 167294
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12.4) / ソフトウェア - 詳細: Ab Initio Model generation
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12.4) / ソフトウェア - 詳細: Non-Uniform Refinement / 詳細: Non-uniform refinement in CryoSPARC.
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 85780 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12.4) / ソフトウェア - 詳細: Ab Initio 3D classification / 詳細: Ab Initio classification in CryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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