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万見
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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10900
タイトルcryo-ET/ subtomogram averaging of primary cilia reveals actin filaments in the axoneme
マップデータcryo-subtomogram averaging of primary cilia actin filaments
試料
  • 複合体: Cryo-subtomogram averaging of actin filaments in primary cilia
生物種Canis lupus familiaris (イヌ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 45.0 Å
データ登録者Kiesel P / Alvarez Viar G / Tsoy N / Maraspini R / Honigmann A / Pigino G
資金援助1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)819826
引用
ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020
タイトル: The molecular structure of mammalian primary cilia revealed by cryo-electron tomography.
著者: Petra Kiesel / Gonzalo Alvarez Viar / Nikolai Tsoy / Riccardo Maraspini / Peter Gorilak / Vladimir Varga / Alf Honigmann / Gaia Pigino /
要旨: Primary cilia are microtubule-based organelles that are important for signaling and sensing in eukaryotic cells. Unlike the thoroughly studied motile cilia, the three-dimensional architecture and ...Primary cilia are microtubule-based organelles that are important for signaling and sensing in eukaryotic cells. Unlike the thoroughly studied motile cilia, the three-dimensional architecture and molecular composition of primary cilia are largely unexplored. Yet, studying these aspects is necessary to understand how primary cilia function in health and disease. We developed an enabling method for investigating the structure of primary cilia isolated from MDCK-II cells at molecular resolution by cryo-electron tomography. We show that the textbook '9 + 0' arrangement of microtubule doublets is only present at the primary cilium base. A few microns out, the architecture changes into an unstructured bundle of EB1-decorated microtubules and actin filaments, putting an end to a long debate on the presence or absence of actin filaments in primary cilia. Our work provides a plethora of insights into the molecular structure of primary cilia and offers a methodological framework to study these important organelles.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: The molecular structure of primary cilia revealed by cryo-electron tomography
著者: Kiesel P / Alvarez Viar G / Tsoy N / Maraspini R / Honigmann A / Pigino G
履歴
登録2020年4月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年9月9日-
マップ公開2020年9月9日-
更新2021年5月19日-
現状2021年5月19日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.497
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.497
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10900.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10900.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 26.4 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cryo-subtomogram averaging of primary cilia actin filaments
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
9.42 Å/pix.
x 12 pix.
= 113.064 Å		9.42 Å/pix.
x 43 pix.
= 405.146 Å		9.42 Å/pix.
x 13 pix.
= 122.486 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 9.422 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.497 / ムービー #1: 0.497
最小 - 最大-3.0304651 - 3.461957
平均 (標準偏差)-0.1655966 (±1.0477972)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin121417
サイズ431312
Spacing134312
セルA: 122.486 Å / B: 405.146 Å / C: 113.063995 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z9.4229.4229.422
M x/y/z134312
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z122.486405.146113.064
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS141217
NC/NR/NS134312
D min/max/mean-3.0303.462-0.166

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-subtomogram averaging of actin filaments in primary cilia

全体名称: Cryo-subtomogram averaging of actin filaments in primary cilia
要素
  • 複合体: Cryo-subtomogram averaging of actin filaments in primary cilia

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超分子 #1: Cryo-subtomogram averaging of actin filaments in primary cilia

超分子名称: Cryo-subtomogram averaging of actin filaments in primary cilia
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Canis lupus familiaris (イヌ) / 器官: Kidney / 組織: tubule epithelial tissue / Organelle: primary cilium / 細胞中の位置: axoneme

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.25
グリッドモデル: Quantifoil R3.5/1 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 99 % / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 1.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 45.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PEET
詳細: The diffraction pattern show a layerline at 57.4 Angstrom, which represent the distance between actin monomers.
使用したサブトモグラム数: 129
抽出トモグラム数: 4 / 使用した粒子像数: 129
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFPHASEFLIP
最終 角度割当タイプ: OTHER
結晶パラメータ単位格子 - A: 1 Å / 単位格子 - B: 1 Å / 単位格子 - C: 1 Å / 単位格子 - γ: 1 ° / 単位格子 - α: 1 ° / 単位格子 - β: 1 ° / 空間群: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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