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- EMDB-1083: The PM2 virion has a novel organization with an internal membrane... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1083
タイトルThe PM2 virion has a novel organization with an internal membrane and pentameric receptor binding spikes.
マップデータThis map was used for difference imaging with the proteinase K- and bromelain-treated virus reconstructions to determine the domain structure of the receptor binding protein.
試料
  • 試料: PM2 virion
  • ウイルス: Pseudoalteromonas phage PM2 (ファージ)
生物種Pseudoalteromonas phage PM2 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.3 Å
データ登録者Huiskonen JT / Kivela HM / Bamford DH / Butcher SJ
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2004
タイトル: The PM2 virion has a novel organization with an internal membrane and pentameric receptor binding spikes.
著者: Juha T Huiskonen / Hanna M Kivelä / Dennis H Bamford / Sarah J Butcher /
要旨: Biological membranes are notoriously resistant to structural analysis. Excellent candidates to tackle this problem in situ are membrane-containing viruses where the membrane is constrained by an ...Biological membranes are notoriously resistant to structural analysis. Excellent candidates to tackle this problem in situ are membrane-containing viruses where the membrane is constrained by an icosahedral capsid. Cryo-EM and image reconstruction of bacteriophage PM2 revealed a membrane bilayer following the internal surface of the capsid. The viral genome closely interacts with the inner leaflet. The capsid, at a resolution of 8.4 A, reveals 200 trimeric capsomers with a pseudo T = 21 dextro organization. Pentameric receptor-binding spikes protrude from the surface. It is evident from the structure that the PM2 membrane has at least two important roles in the life cycle. First, it acts as a scaffold to nucleate capsid assembly. Second, after host recognition, it fuses with the host outer membrane to promote genome entry. The structure also sheds light on how the viral supercoiled circular double-stranded DNA genome might be packaged and released.
履歴
登録2004年5月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2004年6月5日-
マップ公開2005年5月25日-
更新2012年10月17日-
現状2012年10月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 900
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 900
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1083.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1083.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 63.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈This map was used for difference imaging with the proteinase K- and bromelain-treated virus reconstructions to determine the domain structure of the receptor binding protein.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.8 Å/pix.
x 325 pix.
= 910. Å		2.8 Å/pix.
x 325 pix.
= 910. Å		2.8 Å/pix.
x 325 pix.
= 910. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.8 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 1190.0 / ムービー #1: 900
最小 - 最大-2979.0 - 5398.0
平均 (標準偏差)0.0460828 (±680.032000000000039)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ325325325
Spacing325325325
セルA=B=C: 910 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z2.82.82.8
M x/y/z325325325
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z910.000910.000910.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-30-20-59
NX/NY/NZ181231119
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS325325325
D min/max/mean-2979.0005398.0000.046

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : PM2 virion

全体名称: PM2 virion
要素
  • 試料: PM2 virion
  • ウイルス: Pseudoalteromonas phage PM2 (ファージ)

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超分子 #1000: PM2 virion

超分子名称: PM2 virion / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: Purified virion was purified, pelleted and resuspended just prior to application to the grid.
Number unique components: 1
分子量理論値: 33.8 MDa
手法: Reported mass of the whole virion in the literature is 47 MDa, 72 percent of which is protein.

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超分子 #1: Pseudoalteromonas phage PM2

超分子名称: Pseudoalteromonas phage PM2 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: PM2 / 詳細: includes mass of DNA, lipid and protein / NCBI-ID: 10661 / 生物種: Pseudoalteromonas phage PM2 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: PM2
宿主生物種: Pseudoalteromonas sp. ER72M2 (バクテリア) / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA)
分子量実験値: 47 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: P2 / 直径: 597 Å / T番号(三角分割数): 21

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4 mg/mL
緩衝液pH: 7.2 / 詳細: CaCl2, 5mM Tris-HCl, 10-20 mM NaCl, 25-125 mM
グリッド詳細: 400 mesh copper grid, R2/2 quantifoil holey
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 90 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: EMBL design
手法: A small vial of ethane is placed inside a larger liquid nitrogen reservoir. The grid holding 3 microliters of the sample is held in place at the bottom of a plunger by the means of fine ...手法: A small vial of ethane is placed inside a larger liquid nitrogen reservoir. The grid holding 3 microliters of the sample is held in place at the bottom of a plunger by the means of fine tweezers. When the liquid ethane is ready, a piece of filter paper is then pressed against the sample to blot off excess buffer, sufficient to leave a thin layer on the grid. The filter paper is removed, and the plunger is allowed to drop into the liquid ethane. Once the grid enters the liquid ethane, the sample is rapidly frozen, and the grid is transferred under liquid nitrogen to a storage box immersed in liquid nitrogen for later use in the microscope.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度最低: 90 K / 最高: 94 K / 平均: 93 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at
詳細A box anticontaminator was fitted with a minimum achievable temperature of 88 K
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 72 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / ビット/ピクセル: 12
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.7 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were first automatically selected using ETHAN, and then boxed out manually in EMAN.
CTF補正詳細: each particle, wiener factor 0.1
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMBL, P3DR / 使用した粒子像数: 5284

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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