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万見
- EMDB-10768: HAdV-F41 Capsid -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10768
タイトルHAdV-F41 Capsid
マップデータcryo_EM reconstruction
試料
  • ウイルス: Human adenovirus 41 (ヒトアデノウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Hexon protein
    • タンパク質・ペプチド: Penton protein
    • タンパク質・ペプチド: Pre-hexon-linking protein IIIa
    • タンパク質・ペプチド: Pre-hexon-linking protein VIII
    • タンパク質・ペプチド: Hexon-interlacing protein
    • タンパク質・ペプチド: Pre-protein VI
    • タンパク質・ペプチド: Pre-histone-like nucleoprotein
キーワードAdenovirus / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


hexon binding / viral capsid, decoration / T=25 icosahedral viral capsid / lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / viral procapsid / host cell nucleolus / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / viral release from host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / viral penetration into host nucleus ...hexon binding / viral capsid, decoration / T=25 icosahedral viral capsid / lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / viral procapsid / host cell nucleolus / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / viral release from host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / viral penetration into host nucleus / viral capsid / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Adenoviral core protein VII / Adenoviral core protein VII / : / Pre-hexon-linking protein IIIa / Hexon-associated protein IX / Pre-hexon-linking protein IIIa, N-terminal / Hexon-associated protein (IIIa) / Adenovirus hexon-associated protein (IX) / Pre-hexon-linking protein VIII / Adenovirus hexon associated protein, protein VIII ...Adenoviral core protein VII / Adenoviral core protein VII / : / Pre-hexon-linking protein IIIa / Hexon-associated protein IX / Pre-hexon-linking protein IIIa, N-terminal / Hexon-associated protein (IIIa) / Adenovirus hexon-associated protein (IX) / Pre-hexon-linking protein VIII / Adenovirus hexon associated protein, protein VIII / Minor capsid protein VI / Minor capsid protein VI / Adenovirus hexon protein / Adenovirus Pll, hexon, N-terminal / Adenovirus Pll, hexon, C-terminal / Hexon, adenovirus major coat protein, N-terminal domain / Hexon, adenovirus major coat protein, C-terminal domain / Adenovirus penton base protein / Adenovirus penton base protein / Group II dsDNA virus coat/capsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Hexon protein / Hexon-interlacing protein / Pre-histone-like nucleoprotein / Pre-protein VI / Pre-hexon-linking protein VIII / Pre-hexon-linking protein IIIa / Penton protein
類似検索 - 構成要素
生物種Human adenovirus F serotype 41 (ヒトアデノウイルス) / Human adenovirus 41 (ヒトアデノウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Perez Illana M / Martinez M
資金援助 スペイン, European Union, 3件
OrganizationGrant number国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesBFU-2016-74868P スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesBIO2016-76400-R スペイン
European Commissioninext-1750European Union
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structure of enteric adenovirus HAdV-F41 highlights structural variations among human adenoviruses.
著者: Marta Pérez-Illana / Marta Martínez / Gabriela N Condezo / Mercedes Hernando-Pérez / Casandra Mangroo / Martha Brown / Roberto Marabini / Carmen San Martín /
要旨: Enteric adenoviruses, one of the main causes of viral gastroenteritis in the world, must withstand the harsh conditions found in the gut. This requirement suggests that capsid stability must be ...Enteric adenoviruses, one of the main causes of viral gastroenteritis in the world, must withstand the harsh conditions found in the gut. This requirement suggests that capsid stability must be different from that of other adenoviruses. We report the 4-Å-resolution structure of a human enteric adenovirus, HAdV-F41, and compare it with that of other adenoviruses with respiratory (HAdV-C5) and ocular (HAdV-D26) tropisms. While the overall structures of hexon, penton base, and internal minor coat proteins IIIa and VIII are conserved, we observe partially ordered elements reinforcing the vertex region, which suggests their role in enhancing the physicochemical capsid stability of HAdV-F41. Unexpectedly, we find an organization of the external minor coat protein IX different from all previously characterized human and nonhuman mastadenoviruses. Knowledge of the structure of enteric adenoviruses provides a starting point for the design of vectors suitable for oral delivery or intestinal targeting.
履歴
登録2020年3月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月10日-
マップ公開2021年3月10日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6yba
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6yba
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10768.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10768.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.8 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cryo_EM reconstruction
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.36 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.07 / ムービー #1: 0.07
最小 - 最大-0.25254947 - 0.36396697
平均 (標準偏差)0.0013525777 (±0.027217593)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-390-390-390
サイズ780780780
Spacing780780780
セルA=B=C: 1060.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.361.361.36
M x/y/z780780780
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1060.8001060.8001060.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-390-390-390
NC/NR/NS780780780
D min/max/mean-0.2530.3640.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human adenovirus 41

全体名称: Human adenovirus 41 (ヒトアデノウイルス)
要素
  • ウイルス: Human adenovirus 41 (ヒトアデノウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Hexon protein
    • タンパク質・ペプチド: Penton protein
    • タンパク質・ペプチド: Pre-hexon-linking protein IIIa
    • タンパク質・ペプチド: Pre-hexon-linking protein VIII
    • タンパク質・ペプチド: Hexon-interlacing protein
    • タンパク質・ペプチド: Pre-protein VI
    • タンパク質・ペプチド: Pre-histone-like nucleoprotein

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超分子 #1: Human adenovirus 41

超分子名称: Human adenovirus 41 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 10524 / 生物種: Human adenovirus 41 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 840.0 Å

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分子 #1: Hexon protein

分子名称: Hexon protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human adenovirus F serotype 41 (ヒトアデノウイルス)
分子量理論値: 104.064234 KDa
配列文字列: MATPSMMPQW SYMHIAGQDA SEYLSPGLVQ FARATDTYFS LGNKFRNPTV APTHDVTTDR SQRLTLRFVP VDREDTAYSY KVRFTLAVG DNRVLDMAST YFDIRGVLDR GPSFKPYSGT AYNSLAPKTA PNPCEWKDNN KIKVRGQAPF IGTNINKDNG I QIGTDTTN ...文字列:
MATPSMMPQW SYMHIAGQDA SEYLSPGLVQ FARATDTYFS LGNKFRNPTV APTHDVTTDR SQRLTLRFVP VDREDTAYSY KVRFTLAVG DNRVLDMAST YFDIRGVLDR GPSFKPYSGT AYNSLAPKTA PNPCEWKDNN KIKVRGQAPF IGTNINKDNG I QIGTDTTN QPIYADKTYQ PEPQVGQTQW NSEVGAAQKV AGRVLKDTTP MLPCYGSYAK PTNEKGGQAS LITNGTDQTL TS DVNLQFF ALPSTPNEPK AVLYAENVSI EAPDTHLVYK PDVAQGTISS ADLLTQQAAP NRPNYIGFRD NFIGLMYYNS TGN MGVLAG QASQLNAVVD LQDRNTELSY QLMLDALGDR SRYFSMWNQA VDSYDPDVRI IENHGVEDEL PNYCFPLGGS AATD TYSGI KANGQTWTAD DNYADRGAEI ESGNIFAMEI NLAANLWRSF LYSNVALYLP DSYKITPDNI TLPENKNTYA YMNGR VAVP SALDTYVNIG ARWSPDPMDN VNPFNHHRNA GLRYRSMLLG NGRYVPFHIQ VPQKFFAIKN LLLLPGSYTY EWNFRK DVN MILQSSLGND LRVDGASVRF DSINLYANFF PMAHNTASTL EAMLRNDTND QSFNDYLCAA NMLYPIPSNA TSVPISI PS RNWAAFRGWS FTRLKTKETP SLGSGFDPYF TYSGSVPYLD GTFYLNHTFK KVSIMFDSSV SWPGNDRLLT PNEFEIKR T VDGEGYNVAQ CNMTKDWFLI QMLSHYNIGY QGFYVPESYK DRMYSFFRNF QPMSRQVVNT TTYKEYQNVT LPFQHNNSG FVGYMGPTMR EGQAYPANYP YPLIGQTAVP SLTQKKFLCD RTMWRIPFSS NFMSMGALTD LGQNMLYANS AHALDMTFEV DPMDEPTLL YVLFEVFDVV RIHQPHRGVI EAVYLRTPFS AGNATT

UniProtKB: Hexon protein

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分子 #2: Penton protein

分子名称: Penton protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human adenovirus F serotype 41 (ヒトアデノウイルス)
分子量理論値: 57.14216 KDa
配列文字列: MRRAVGVPPV MAYAEGPPPS YESVMGSADS PATLEALYVP PRYLGPTEGR NSIRYSELAP LYDTTRVYLV DNKSADIASL NYQNDHSNF QTTVVQNNDF TPAEAGTQTI NFDERSRWGA DLKTILRTNM PNINEFMSTN KFKARLMVEK KNKETGLPRY E WFEFTLPE ...文字列:
MRRAVGVPPV MAYAEGPPPS YESVMGSADS PATLEALYVP PRYLGPTEGR NSIRYSELAP LYDTTRVYLV DNKSADIASL NYQNDHSNF QTTVVQNNDF TPAEAGTQTI NFDERSRWGA DLKTILRTNM PNINEFMSTN KFKARLMVEK KNKETGLPRY E WFEFTLPE GNYSETMTID LMNNAIVDNY LEVGRQNGVL ESDIGVKFDT RNFRLGWDPV TKLVMPGVYT NEAFHPDIVL LP GCGVDFT QSRLSNLLGI RKRLPFQEGF QIMYEDLEGG NIPALLDVAK YEASIQKAKE EGKEIGDDTF ATRPQDLVIE PVA KDSKNR SYNLLPNDQN NTAYRSWFLA YNYGDPKKGV QSWTLLTTAD VTCGSQQVYW SLPDMMQDPV TFRPSTQVSN YPVV GVELL PVHAKSFYNE QAVYSQLIRQ STALTHVFNR FPENQILVRP PAPTITTVSE NVPALTDHGT LPLRSSISGV QRVTI TDAR RRTCPYVHKA LGIVAPKVLS SRTF

UniProtKB: Penton protein

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分子 #3: Pre-hexon-linking protein IIIa

分子名称: Pre-hexon-linking protein IIIa / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human adenovirus F serotype 41 (ヒトアデノウイルス)
分子量理論値: 64.825246 KDa
配列文字列: MQRSTAVVDG SQQVDPAMLA ALQSQPSGVT PSDDWAAAMD RILALTTRNP EAFRQQPQAN RFSAILEAVV PSRTNPTHEK VLAIVNALT ESKAIRKDEA GLIYNALLER VARYNSTNVQ ANLDRLTTDV REAVAQRERF MHDTNLGSQV ALNAFLSTLP A NVPRGQED ...文字列:
MQRSTAVVDG SQQVDPAMLA ALQSQPSGVT PSDDWAAAMD RILALTTRNP EAFRQQPQAN RFSAILEAVV PSRTNPTHEK VLAIVNALT ESKAIRKDEA GLIYNALLER VARYNSTNVQ ANLDRLTTDV REAVAQRERF MHDTNLGSQV ALNAFLSTLP A NVPRGQED YVSFISALRL LVAEVPQSEV YQSGPDYFFQ TSRQGLQTVN LTQAFKNLQG MWGVRAPVGD RATISSLLTP NT RLLLLLI APFTNSSTIS RDSYLGHLIT LYREAIGQTQ VDEQTFQEIT SVSRALGQQD TGSLEATLNF LLTNRQQKIP SQF TLSTEE ERILRYVQQS VSLYLMREGM TPSSALDMTA RNMEPSLYSS NRPFINRLMD YLHRAAAMNS EYFTNAILNP HWMP PSGFY TGEFDMPEGD DGFLWDDVSD SIFVPARYRK KEGGDELPLP LVEAASRGQS PFPSLPSLVS SSNSGRVLRP RLPGE TDYL NDPLLQPVRN KNFPNNGVES LVDKMNRWKT YAQEQREWEE SQSRPLAGPF SRWRRREDDQ DDSADDNSVL DLGGTG ASS NPFAHLRPQG RLGRLY

UniProtKB: Pre-hexon-linking protein IIIa

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分子 #4: Pre-hexon-linking protein VIII

分子名称: Pre-hexon-linking protein VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human adenovirus F serotype 41 (ヒトアデノウイルス)
分子量理論値: 25.358287 KDa
配列文字列: MSKEIPTPYM WSYQPQMGLA AGASQDYSSR MNWLSAGPHM IGRVNGIRAT RNQILLEQAA LTSTPRSQLN PPNWPAVQVY QENPAPTTV LLPRDAEAEV QMTNSGAQLA GGSRHVRFRG RSSPYSPGPI KRLIIRGRGI QLNDEVVSSL TGLRPDGVFQ L GGAGRSSF ...文字列:
MSKEIPTPYM WSYQPQMGLA AGASQDYSSR MNWLSAGPHM IGRVNGIRAT RNQILLEQAA LTSTPRSQLN PPNWPAVQVY QENPAPTTV LLPRDAEAEV QMTNSGAQLA GGSRHVRFRG RSSPYSPGPI KRLIIRGRGI QLNDEVVSSL TGLRPDGVFQ L GGAGRSSF TPRQAYLTLQ SSSSQPRSGG IGTLQFVEEF VPSVYFNPFS GAPGLYPDDF IPNYDAVSES VDGYD

UniProtKB: Pre-hexon-linking protein VIII

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分子 #5: Hexon-interlacing protein

分子名称: Hexon-interlacing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human adenovirus F serotype 41 (ヒトアデノウイルス)
分子量理論値: 13.617179 KDa
配列文字列:
MSGSMEGNAV SFKGGVFSPY LTTRLPAWAG VRQNVMGSNV DGRPVAPANS ATLTYATVGS SVDTAAAAAA SAAASTARGM AADFGLYNQ LAASRSLREE DALSVVLTRL EELSQQLQDL FAKVALLNPP ANAS

UniProtKB: Hexon-interlacing protein

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分子 #6: Pre-protein VI

分子名称: Pre-protein VI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human adenovirus F serotype 41 (ヒトアデノウイルス)
分子量理論値: 29.170145 KDa
配列文字列: MEDINFASLA PRHGSRPFMG TWNEIGTSQL NGGAFSWSSL WSGIKNFGSS IKSFGNKAWN SNTGQMLRDK LKDQNFQQKV VDGLASGIN GVVDIANQAL QNQINQRLEN SRQPPVALKQ RPTPEPEEVE VEEKLPPLET APPLPSKGEK RPRPELEETL V VESREPPS ...文字列:
MEDINFASLA PRHGSRPFMG TWNEIGTSQL NGGAFSWSSL WSGIKNFGSS IKSFGNKAWN SNTGQMLRDK LKDQNFQQKV VDGLASGIN GVVDIANQAL QNQINQRLEN SRQPPVALKQ RPTPEPEEVE VEEKLPPLET APPLPSKGEK RPRPELEETL V VESREPPS YEQALKEGAS YPMTRPIGSM ARPVYGKEKT PVTLELPPPA PTVPPMPTPT LGTNVPRLAA PTVAVATPAR RV RGANWQS TLNSIVGLGV KSLKRRRCY

UniProtKB: Pre-protein VI

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分子 #7: Pre-histone-like nucleoprotein

分子名称: Pre-histone-like nucleoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human adenovirus F serotype 41 (ヒトアデノウイルス)
分子量理論値: 20.386445 KDa
配列文字列:
MSILISPDNN TGWGLHSAGM YGGAKRRSSQ HPVRVRGHYR APWGAHTRGI ISGRTTVDDV IDSVVADARR YQRPTSTVDS VIDSVVADA RRYAQRKSRL RRRRRRPTTA MIAARAVLRR ARRIGRRAMR RAAAAASAGR ARRQAARQAA AAIASMAQPR R GNVYWVRD ASGVRVPVRT RPPRS

UniProtKB: Pre-histone-like nucleoprotein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 42.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

4551

最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 9926
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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