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万見
- PDB-6yba: HAdV-F41 Capsid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yba
タイトルHAdV-F41 Capsid
要素
  • (Pre-hexon-linking protein ...) x 2
  • Hexon protein
  • Hexon-interlacing protein
  • Penton protein
  • Pre-histone-like nucleoprotein
  • Pre-protein VI
キーワードVIRUS / Adenovirus
機能・相同性
機能・相同性情報


hexon binding / viral capsid, decoration / T=25 icosahedral viral capsid / lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / viral procapsid / host cell nucleolus / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / viral release from host cell / viral penetration into host nucleus / viral capsid ...hexon binding / viral capsid, decoration / T=25 icosahedral viral capsid / lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / viral procapsid / host cell nucleolus / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / viral release from host cell / viral penetration into host nucleus / viral capsid / host cell / host cell cytoplasm / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Adenoviral core protein VII / Adenoviral core protein VII / Hexon-associated protein IX / Adenovirus hexon-associated protein (IX) / Pre-hexon-linking protein IIIa / Pre-hexon-linking protein IIIa, N-terminal / Hexon-associated protein (IIIa) / Pre-hexon-linking protein VIII / Adenovirus Pll, hexon, subdomain 3 / Adenovirus hexon associated protein, protein VIII ...Adenoviral core protein VII / Adenoviral core protein VII / Hexon-associated protein IX / Adenovirus hexon-associated protein (IX) / Pre-hexon-linking protein IIIa / Pre-hexon-linking protein IIIa, N-terminal / Hexon-associated protein (IIIa) / Pre-hexon-linking protein VIII / Adenovirus Pll, hexon, subdomain 3 / Adenovirus hexon associated protein, protein VIII / Minor capsid protein VI / Minor capsid protein VI / Adenovirus hexon protein / Adenovirus Pll, hexon, N-terminal / Adenovirus Pll, hexon, C-terminal / Adenovirus Pll, hexon, subdomain 2 / Hexon, adenovirus major coat protein, N-terminal domain / Hexon, adenovirus major coat protein, C-terminal domain / Adenovirus penton base protein / Adenovirus penton base protein / Group II dsDNA virus coat/capsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Hexon protein / Hexon-interlacing protein / Pre-histone-like nucleoprotein / Pre-protein VI / Pre-hexon-linking protein VIII / Pre-hexon-linking protein IIIa / Penton protein
類似検索 - 構成要素
生物種Human adenovirus F serotype 41 (ヒトアデノウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Perez Illana, M. / Martinez, M. / Mangroo, C. / Brown, M. / Marabini, R. / San Martin, C.
資金援助 スペイン, European Union, 3件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesBFU-2016-74868P スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesBIO2016-76400-R スペイン
European Commissioninext-1750European Union
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structure of enteric adenovirus HAdV-F41 highlights structural variations among human adenoviruses.
著者: Marta Pérez-Illana / Marta Martínez / Gabriela N Condezo / Mercedes Hernando-Pérez / Casandra Mangroo / Martha Brown / Roberto Marabini / Carmen San Martín /
要旨: Enteric adenoviruses, one of the main causes of viral gastroenteritis in the world, must withstand the harsh conditions found in the gut. This requirement suggests that capsid stability must be ...Enteric adenoviruses, one of the main causes of viral gastroenteritis in the world, must withstand the harsh conditions found in the gut. This requirement suggests that capsid stability must be different from that of other adenoviruses. We report the 4-Å-resolution structure of a human enteric adenovirus, HAdV-F41, and compare it with that of other adenoviruses with respiratory (HAdV-C5) and ocular (HAdV-D26) tropisms. While the overall structures of hexon, penton base, and internal minor coat proteins IIIa and VIII are conserved, we observe partially ordered elements reinforcing the vertex region, which suggests their role in enhancing the physicochemical capsid stability of HAdV-F41. Unexpectedly, we find an organization of the external minor coat protein IX different from all previously characterized human and nonhuman mastadenoviruses. Knowledge of the structure of enteric adenoviruses provides a starting point for the design of vectors suitable for oral delivery or intestinal targeting.
履歴
登録2020年3月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-10768
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10768
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hexon protein
B: Hexon protein
C: Hexon protein
D: Hexon protein
E: Hexon protein
F: Hexon protein
G: Hexon protein
H: Hexon protein
I: Hexon protein
J: Hexon protein
K: Hexon protein
L: Hexon protein
M: Penton protein
N: Pre-hexon-linking protein IIIa
O: Pre-hexon-linking protein VIII
P: Pre-hexon-linking protein VIII
Q: Hexon-interlacing protein
R: Hexon-interlacing protein
S: Hexon-interlacing protein
T: Hexon-interlacing protein
U: Pre-protein VI
V: Pre-protein VI
W: Pre-histone-like nucleoprotein
Y: Pre-protein VI
u: Pre-protein VI
w: Pre-histone-like nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,633,37726
ポリマ－1,633,37726
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area278800 Å2
ΔGint-1441 kcal/mol
Surface area384280 Å2
手法PISA

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要素

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タンパク質 , 5種, 23分子 ABCDEFGHIJKLMQRSTUVYuWw

#1: タンパク質
Hexon protein / CP-H / Protein II


分子量: 104064.234 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human adenovirus F serotype 41 (ヒトアデノウイルス)
参照: UniProt: B2ZX09
#2: タンパク質 Penton protein / CP-P / Penton base protein / Protein III


分子量: 57142.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human adenovirus F serotype 41 (ヒトアデノウイルス)
参照: UniProt: Q9QAH8
#5: タンパク質
Hexon-interlacing protein / Protein IX


分子量: 13617.179 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human adenovirus F serotype 41 (ヒトアデノウイルス)
参照: UniProt: B5SNR3
#6: タンパク質
Pre-protein VI / pVI


分子量: 29170.145 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human adenovirus F serotype 41 (ヒトアデノウイルス)
参照: UniProt: B5SNS4
#7: タンパク質 Pre-histone-like nucleoprotein / Pre-core protein VII / pVII


分子量: 20386.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human adenovirus F serotype 41 (ヒトアデノウイルス)
参照: UniProt: B5SNS1

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Pre-hexon-linking protein ... , 2種, 3分子 NOP

#3: タンパク質 Pre-hexon-linking protein IIIa / Capsid vertex-specific component IIIa / CVSC / Protein IIIa / pIIIa


分子量: 64825.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human adenovirus F serotype 41 (ヒトアデノウイルス)
参照: UniProt: Q67716
#4: タンパク質 Pre-hexon-linking protein VIII / Pre-protein VIII / pVIII


分子量: 25358.287 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human adenovirus F serotype 41 (ヒトアデノウイルス)
参照: UniProt: B5SNS9

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human adenovirus 41 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Human adenovirus 41 (ヒトアデノウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SEROTYPE / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Homo sapiens
ウイルス殻直径: 840 nm
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 42 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 9926 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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