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- EMDB-10751: AP2 in clathrin coats assembled on a membrane containing dileucin... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10751
タイトルAP2 in clathrin coats assembled on a membrane containing dileucine- and tyrosine-based cargo peptides
マップデータSharpened map of AP2 in clathrin coat formed on membranes containing dileucine- and tyrosine-based cargo peptides
試料
  • 複合体: Clathrin/AP2 coat assembled on AP2 membrane.
    • 複合体: AP-2 complex in clathrin coat, subunits alpha-2 and mu
      • タンパク質・ペプチド: AP-2 complex subunit alpha-2
      • タンパク質・ペプチド: AP-2 complex subunit mu
    • 複合体: AP-2 complex in clathrin coat, subunit beta
      • タンパク質・ペプチド: AP-2 complex subunit beta
    • 複合体: AP-2 complex in clathrin coat, subunit sigma
      • タンパク質・ペプチド: AP-2 complex subunit sigma
キーワードclathrin / clathrin adaptor / ap2 / clathrin assembly / ENDOCYTOSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / LDL clearance / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / LDL clearance / Retrograde neurotrophin signalling / Nef Mediated CD8 Down-regulation / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors ...Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / LDL clearance / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / LDL clearance / Retrograde neurotrophin signalling / Nef Mediated CD8 Down-regulation / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / VLDLR internalisation and degradation / Retrograde neurotrophin signalling / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / VLDLR internalisation and degradation / extrinsic component of presynaptic endocytic zone membrane / clathrin adaptor complex / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / Recycling pathway of L1 / MHC class II antigen presentation / AP-2 adaptor complex / regulation of vesicle size / postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Recycling pathway of L1 / Retrograde neurotrophin signalling / clathrin-coated endocytic vesicle / Clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of synaptic vesicle endocytosis / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / clathrin adaptor activity / Clathrin-mediated endocytosis / LDL clearance / membrane coat / vesicle budding from membrane / clathrin-dependent endocytosis / MHC class II antigen presentation / signal sequence binding / coronary vasculature development / Nef Mediated CD4 Down-regulation / endolysosome membrane / aorta development / ventricular septum development / Neutrophil degranulation / clathrin binding / low-density lipoprotein particle receptor binding / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / Recycling pathway of L1 / positive regulation of receptor internalization / synaptic vesicle endocytosis / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / negative regulation of protein localization to plasma membrane / vesicle-mediated transport / clathrin-coated pit / protein serine/threonine kinase binding / phosphatidylinositol binding / MHC class II antigen presentation / VLDLR internalisation and degradation / kidney development / intracellular protein transport / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / terminal bouton / receptor internalization / cytoplasmic side of plasma membrane / kinase binding / disordered domain specific binding / endocytic vesicle membrane / synaptic vesicle / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / presynapse / Clathrin-mediated endocytosis / protein-containing complex assembly / cytoplasmic vesicle / Potential therapeutics for SARS / transmembrane transporter binding / postsynapse / protein domain specific binding / synapse / lipid binding / protein-containing complex binding / protein kinase binding / glutamatergic synapse / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
AP-2 complex subunit sigma / Clathrin adaptor, alpha-adaptin, appendage, C-terminal subdomain / Adaptor protein complex AP-2, alpha subunit / Alpha adaptin AP2, C-terminal domain / Mu2, C-terminal domain / AP-2 complex subunit mu, N-terminal / Clathrin adaptor, beta-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Beta2-adaptin appendage, C-terminal sub-domain / AP-1/2/4 complex subunit beta / Adaptor protein complex, sigma subunit ...AP-2 complex subunit sigma / Clathrin adaptor, alpha-adaptin, appendage, C-terminal subdomain / Adaptor protein complex AP-2, alpha subunit / Alpha adaptin AP2, C-terminal domain / Mu2, C-terminal domain / AP-2 complex subunit mu, N-terminal / Clathrin adaptor, beta-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Beta2-adaptin appendage, C-terminal sub-domain / AP-1/2/4 complex subunit beta / Adaptor protein complex, sigma subunit / : / Beta-adaptin appendage, C-terminal subdomain / Beta2-adaptin appendage, C-terminal sub-domain / AP complex subunit beta / Clathrin adaptor complex, small chain / Clathrin adaptor complexes small chain signature. / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 1. / Clathrin adaptor, mu subunit / Clathrin adaptor, mu subunit, conserved site / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 2. / : / Coatomer/calthrin adaptor appendage, C-terminal subdomain / Clathrin adaptor, alpha/beta/gamma-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Adaptin C-terminal domain / Adaptin C-terminal domain / AP complex, mu/sigma subunit / Clathrin adaptor complex small chain / Adaptor complexes medium subunit family / AP-2 complex subunit mu, C-terminal superfamily / Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, N-terminal / Adaptin N terminal region / Mu homology domain / Mu homology domain (MHD) profile. / Clathrin adaptor, appendage, Ig-like subdomain superfamily / Longin-like domain superfamily / TBP domain superfamily / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
AP-2 complex subunit alpha-2 / AP-2 complex subunit sigma / AP-2 complex subunit beta / AP-2 complex subunit mu
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ) / Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.2 Å
データ登録者Kovtun O / Kane Dickson V
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust207455/Z/17/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/16 英国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: Architecture of the AP2/clathrin coat on the membranes of clathrin-coated vesicles.
著者: Oleksiy Kovtun / Veronica Kane Dickson / Bernard T Kelly / David J Owen / John A G Briggs /
要旨: Clathrin-mediated endocytosis (CME) is crucial for modulating the protein composition of a cell's plasma membrane. Clathrin forms a cage-like, polyhedral outer scaffold around a vesicle, to which ...Clathrin-mediated endocytosis (CME) is crucial for modulating the protein composition of a cell's plasma membrane. Clathrin forms a cage-like, polyhedral outer scaffold around a vesicle, to which cargo-selecting clathrin adaptors are attached. Adaptor protein complex (AP2) is the key adaptor in CME. Crystallography has shown AP2 to adopt a range of conformations. Here, we used cryo-electron microscopy, tomography, and subtomogram averaging to determine structures, interactions, and arrangements of clathrin and AP2 at the key steps of coat assembly, from AP2 in solution to membrane-assembled clathrin-coated vesicles (CCVs). AP2 binds cargo and PtdIns(4,5) (phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate)-containing membranes via multiple interfaces, undergoing conformational rearrangement from its cytosolic state. The binding mode of AP2 β2 appendage into the clathrin lattice in CCVs and buds implies how the adaptor structurally modulates coat curvature and coat disassembly.
履歴
登録2020年3月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年7月29日-
マップ公開2020年7月29日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6yah
  • 表面レベル: 0.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6yah
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10751.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10751.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map of AP2 in clathrin coat formed on membranes containing dileucine- and tyrosine-based cargo peptides
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.79 Å/pix.
x 120 pix.
= 214.44 Å		1.79 Å/pix.
x 120 pix.
= 214.44 Å		1.79 Å/pix.
x 120 pix.
= 214.44 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.787 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3 / ムービー #1: 0.3
最小 - 最大-2.3564742 - 2.5479515
平均 (標準偏差)-0.00039217158 (±0.21370192)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ120120120
Spacing120120120
セルA=B=C: 214.43999 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.7871.7871.787
M x/y/z120120120
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z214.440214.440214.440
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS120120120
D min/max/mean-2.3562.548-0.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_10751_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Unsharpened half-map of AP2 in clathrin coat formed...

ファイルemd_10751_half_map_1.map
注釈Unsharpened half-map of AP2 in clathrin coat formed on membranes containing dileucine- and tyrosine-based cargo peptides
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Unsharpened half-map of AP2 in clathrin coat formed...

ファイルemd_10751_half_map_2.map
注釈Unsharpened half-map of AP2 in clathrin coat formed on membranes containing dileucine- and tyrosine-based cargo peptides
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Clathrin/AP2 coat assembled on AP2 membrane.

全体名称: Clathrin/AP2 coat assembled on AP2 membrane.
要素
  • 複合体: Clathrin/AP2 coat assembled on AP2 membrane.
    • 複合体: AP-2 complex in clathrin coat, subunits alpha-2 and mu
      • タンパク質・ペプチド: AP-2 complex subunit alpha-2
      • タンパク質・ペプチド: AP-2 complex subunit mu
    • 複合体: AP-2 complex in clathrin coat, subunit beta
      • タンパク質・ペプチド: AP-2 complex subunit beta
    • 複合体: AP-2 complex in clathrin coat, subunit sigma
      • タンパク質・ペプチド: AP-2 complex subunit sigma

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超分子 #1: Clathrin/AP2 coat assembled on AP2 membrane.

超分子名称: Clathrin/AP2 coat assembled on AP2 membrane. / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Clathrin/AP coat was formed on the membrane containing dileucine- and tyrosine-based cargo signal peptides. The AP2 adaptor lacked hinge and appendage regions in its alpha subunit.

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超分子 #2: AP-2 complex in clathrin coat, subunits alpha-2 and mu

超分子名称: AP-2 complex in clathrin coat, subunits alpha-2 and mu
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #3
詳細: AP2 in clathrin coat formed on membranes containing dileucine- and tyrosine-based cargo peptides
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)

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超分子 #3: AP-2 complex in clathrin coat, subunit beta

超分子名称: AP-2 complex in clathrin coat, subunit beta / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
詳細: AP2 in clathrin coat formed on membranes containing dileucine- and tyrosine-based cargo peptides
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #4: AP-2 complex in clathrin coat, subunit sigma

超分子名称: AP-2 complex in clathrin coat, subunit sigma / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
詳細: AP2 in clathrin coat formed on membranes containing dileucine- and tyrosine-based cargo peptides
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: AP-2 complex subunit alpha-2

分子名称: AP-2 complex subunit alpha-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 70.310062 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MPAVSKGDGM RGLAVFISDI RNCKSKEAEI KRINKELANI RSKFKGDKAL DGYSKKKYVC KLLFIFLLGH DIDFGHMEAV NLLSSNRYT EKQIGYLFIS VLVNSNSELI RLINNAIKND LASRNPTFMG LALHCIANVG SREMAEAFAG EIPKILVAGD T MDSVKQSA ...文字列:
MPAVSKGDGM RGLAVFISDI RNCKSKEAEI KRINKELANI RSKFKGDKAL DGYSKKKYVC KLLFIFLLGH DIDFGHMEAV NLLSSNRYT EKQIGYLFIS VLVNSNSELI RLINNAIKND LASRNPTFMG LALHCIANVG SREMAEAFAG EIPKILVAGD T MDSVKQSA ALCLLRLYRT SPDLVPMGDW TSRVVHLLND QHLGVVTAAT SLITTLAQKN PEEFKTSVSL AVSRLSRIVT SA STDLQDY TYYFVPAPWL SVKLLRLLQC YPPPEDPAVR GRLTECLETI LNKAQEPPKS KKVQHSNAKN AVLFEAISLI IHH DSEPNL LVRACNQLGQ FLQHRETNLR YLALESMCTL ASSEFSHEAV KTHIETVINA LKTERDVSVR QRAVDLLYAM CDRS NAQQI VAEMLSYLET ADYSIREEIV LKVAILAEKY AVDYTWYVDT ILNLIRIAGD YVSEEVWYRV IQIVINRDDV QGYAA KTVF EALQAPACHE NLVKVGGYIL GEFGNLIAGD PRSSPLIQFN LLHSKFHLCS VPTRALLLST YIKFVNLFPE VKATIQ DVL RSDSQLKNAD VELQQRAVEY LRLSTVASTD ILATVLEEMP PFPERESSIL AKLKKKKGGS GLVPR

UniProtKB: AP-2 complex subunit alpha-2

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分子 #2: AP-2 complex subunit beta

分子名称: AP-2 complex subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 105.619344 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MHHHHHHMTD SKYFTTNKKG EIFELKAELN NEKKEKRKEA VKKVIAAMTV GKDVSSLFPD VVNCMQTDNL ELKKLVYLYL MNYAKSQPD MAIMAVNSFV KDCEDPNPLI RALAVRTMGC IRVDKITEYL CEPLRKCLKD EDPYVRKTAA VCVAKLHDIN A QMVEDQGF ...文字列:
MHHHHHHMTD SKYFTTNKKG EIFELKAELN NEKKEKRKEA VKKVIAAMTV GKDVSSLFPD VVNCMQTDNL ELKKLVYLYL MNYAKSQPD MAIMAVNSFV KDCEDPNPLI RALAVRTMGC IRVDKITEYL CEPLRKCLKD EDPYVRKTAA VCVAKLHDIN A QMVEDQGF LDSLRDLIAD SNPMVVANAV AALSEISESH PNSNLLDLNP QNINKLLTAL NECTEWGQIF ILDCLSNYNP KD DREAQSI CERVTPRLSH ANSAVVLSAV KVLMKFLELL PKDSDYYNML LKKLAPPLVT LLSGEPEVQY VALRNINLIV QKR PEILKQ EIKVFFVKYN DPIYVKLEKL DIMIRLASQA NIAQVLAELK EYATEVDVDF VRKAVRAIGR CAIKVEQSAE RCVS TLLDL IQTKVNYVVQ EAIVVIRDIF RKYPNKYESI IATLCENLDS LDEPDARAAM IWIVGEYAER IDNADELLES FLEGF HDES TQVQLTLLTA IVKLFLKKPS ETQELVQQVL SLATQDSDNP DLRDRGYIYW RLLSTDPVTA KEVVLSEKPL ISEETD LIE PTLLDELICH IGSLASVYHK PPNAFVEGSH GIHRKHLPIH HGSTDAGDSP VGTTTATNLE QPQVIPSQGD LLGDLLN LD LGPPVNVPQV SSMQMGAVDL LGGGLDSLVG QSFIPSSVPA TFAPSPTPAV VSSGLNDLFE LSTGIGMAPG GYVAPKAV W LPAVKAKGLE ISGTFTHRQG HIYMEMNFTN KALQHMTDFA IQFNKNSFGV IPSTPLAIHT PLMPNQSIDV SLPLNTLGP VMKMEPLNNL QVAVKNNIDV FYFSCLIPLN VLFVEDGKME RQVFLATWKD IPNENELQFQ IKECHLNADT VSSKLQNNNV YTIAKRNVE GQDMLYQSLK LTNGIWILAE LRIQPGNPNY TLSLKCRAPE VSQYIYQVYD SILKN

UniProtKB: AP-2 complex subunit beta

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分子 #3: AP-2 complex subunit mu

分子名称: AP-2 complex subunit mu / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 51.044113 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MIGGLFIYNH KGEVLISRVY RDDIGRNAVD AFRVNVIHAR QQVRSPVTNI ARTSFFHVKR SNIWLAAVTK QNVNAAMVFE FLYKMCDVM AAYFGKISEE NIKNNFVLIY ELLDEILDFG YPQNSETGAL KTFITQQGIK SQHQTKEEQS QITSQVTGQI G WRREGIKY ...文字列:
MIGGLFIYNH KGEVLISRVY RDDIGRNAVD AFRVNVIHAR QQVRSPVTNI ARTSFFHVKR SNIWLAAVTK QNVNAAMVFE FLYKMCDVM AAYFGKISEE NIKNNFVLIY ELLDEILDFG YPQNSETGAL KTFITQQGIK SQHQTKEEQS QITSQVTGQI G WRREGIKY RRNELFLDVL ESVNLLMSPQ GQVLSAHVSG RVVMKSYLSG MPECKFGMND KIVIEKQGKG TADETSKSME QK LISEEDL GKQSIAIDDC TFHQCVRLSK FDSERSISFI PPDGEFELMR YRTTKDIILP FRVIPLVREV GRTKLEVKVV IKS NFKPSL LAQKIEVRIP TPLNTSGVQV ICMKGKAKYK ASENAIVWKI KRMAGMKESQ ISAEIELLPT NDKKKWARPP ISMN FEVPF APSGLKVRYL KVFEPKLNYS DHDVIKWVRY IGRSGIYETR C

UniProtKB: AP-2 complex subunit mu

-
分子 #4: AP-2 complex subunit sigma

分子名称: AP-2 complex subunit sigma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 17.038688 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MIRFILIQNR AGKTRLAKWY MQFDDDEKQK LIEEVHAVVT VRDAKHTNFV EFRNFKIIYR RYAGLYFCIC VDVNDNNLAY LEAIHNFVE VLNEYFHNVC ELDLVFNFYK VYTVVDEMFL AGEIRETSQT KVLKQLLMLQ SLE

UniProtKB: AP-2 complex subunit sigma

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態3D array

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試料調製

濃度0.7 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
構成要素:
濃度名称
10.0 mMHepes KOH
120.0 mMPotassium Acetate
2.0 mMMagnesium chloride
5.0 mM2-Mercaptoethanol
グリッドモデル: C-flat-2/2 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 98 % / チャンバー内温度: 291 K / 装置: LEICA EM GP
詳細: The sample was supplemented with 10 nm nanogold fiducials, and 3 ul of the mixture was backside blotted for 3 seconds..
詳細The sample (in vitro budding reaction) contained AP2, clathrin and 400 nm extruded liposomes

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-10 / 撮影したグリッド数: 2 / 平均露光時間: 0.2 sec. / 平均電子線量: 3.2 e/Å2
詳細: The images were collected in movie mode at 10 frames per second
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 6.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.5 µm / 倍率（補正後）: 81000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The images were low pass filtered according to the cumulative radiation dose.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア: (名称: TOM, AV3) / 使用したサブトモグラム数: 27630
抽出トモグラム数: 29139 / 使用した粒子像数: 292224 / 参照モデル: reference-free
手法: geometrically defined initial positions on membrane strctures
最終 3次元分類ソフトウェア: (名称: PEET, Dynamo)
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア: (名称: TOM, AV3)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1xa7


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient
得られたモデル

PDB-6yah:
AP2 in clathrin coats assembled on a membrane containing dileucine- and tyrosine-based cargo peptides

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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