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- EMDB-10520: Cryo-EM structure of Toxoplasma gondii mitochondrial ATP synthase... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10520
タイトルCryo-EM structure of Toxoplasma gondii mitochondrial ATP synthase dimer, membrane region map
マップデータToxoplasma ATP synthase dimer, membrane region
試料
  • 複合体: Mitochondrial ATP synthase dimer, membrane region
    • タンパク質・ペプチド: x 24種
  • リガンド: x 4種
キーワードmitochondrial / ATP synthase / membrane region / lipids / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / proton transmembrane transporter activity / proton motive force-driven ATP synthesis / : / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane / heme binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / ATPTG10-like / Apicomplexa microprotein / ATP synthase, F0 complex, subunit D superfamily, mitochondrial / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / Thioredoxin / Cytochrome c family profile. ...: / : / ATPTG10-like / Apicomplexa microprotein / ATP synthase, F0 complex, subunit D superfamily, mitochondrial / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / Thioredoxin / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Thioredoxin domain / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7 / Uncharacterized protein / Putative membrane protein / Transmembrane protein / ATPTG10-like domain-containing protein / Microprotein domain-containing protein / Uncharacterized protein / Transmembrane protein / Transmembrane protein ...Uncharacterized protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7 / Uncharacterized protein / Putative membrane protein / Transmembrane protein / ATPTG10-like domain-containing protein / Microprotein domain-containing protein / Uncharacterized protein / Transmembrane protein / Transmembrane protein / Uncharacterized protein / CHCH domain-containing protein / Uncharacterized protein / Transmembrane protein / Transmembrane protein / Thioredoxin domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Transmembrane protein / Uncharacterized protein / Transmembrane protein / Putative myosin heavy chain / Cytochrome c1, heme protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii GT1 (トキソプラズマ) / Toxoplasma gondii (strain ATCC 50853 / GT1) (トキソプラズマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Muhleip A / Kock Flygaard R
資金援助 スウェーデン, 4件
OrganizationGrant number国
Swedish Research CouncilNT_2015-04107 スウェーデン
European Research CouncilERC-2018-StG-805230 スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation2018.0080 スウェーデン
European Molecular Biology OrganizationALTF 260-2017 スウェーデン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: ATP synthase hexamer assemblies shape cristae of Toxoplasma mitochondria.
著者: Alexander Mühleip / Rasmus Kock Flygaard / Jana Ovciarikova / Alice Lacombe / Paula Fernandes / Lilach Sheiner / Alexey Amunts /
要旨: Mitochondrial ATP synthase plays a key role in inducing membrane curvature to establish cristae. In Apicomplexa causing diseases such as malaria and toxoplasmosis, an unusual cristae morphology has ...Mitochondrial ATP synthase plays a key role in inducing membrane curvature to establish cristae. In Apicomplexa causing diseases such as malaria and toxoplasmosis, an unusual cristae morphology has been observed, but its structural basis is unknown. Here, we report that the apicomplexan ATP synthase assembles into cyclic hexamers, essential to shape their distinct cristae. Cryo-EM was used to determine the structure of the hexamer, which is held together by interactions between parasite-specific subunits in the lumenal region. Overall, we identified 17 apicomplexan-specific subunits, and a minimal and nuclear-encoded subunit-a. The hexamer consists of three dimers with an extensive dimer interface that includes bound cardiolipins and the inhibitor IF. Cryo-ET and subtomogram averaging revealed that hexamers arrange into ~20-megadalton pentagonal pyramids in the curved apical membrane regions. Knockout of the linker protein ATPTG11 resulted in the loss of pentagonal pyramids with concomitant aberrantly shaped cristae. Together, this demonstrates that the unique macromolecular arrangement is critical for the maintenance of cristae morphology in Apicomplexa.
履歴
登録2019年12月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年12月18日-
マップ公開2020年12月16日-
更新2025年4月9日-
現状2025年4月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6tmg
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6tmg
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10520.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10520.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 669.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Toxoplasma ATP synthase dimer, membrane region
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 560 pix.
= 464.8 Å		0.83 Å/pix.
x 560 pix.
= 464.8 Å		0.83 Å/pix.
x 560 pix.
= 464.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.15744849 - 0.3461155
平均 (標準偏差)0.0010905412 (±0.006588872)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ560560560
Spacing560560560
セルA=B=C: 464.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.830.830.83
M x/y/z560560560
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z464.800464.800464.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS560560560
D min/max/mean-0.1570.3460.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_10520_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Halfmap 1

ファイルemd_10520_half_map_1.map
注釈Halfmap 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Halfmap 2

ファイルemd_10520_half_map_2.map
注釈Halfmap 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mitochondrial ATP synthase dimer, membrane region

全体名称: Mitochondrial ATP synthase dimer, membrane region
要素
  • 複合体: Mitochondrial ATP synthase dimer, membrane region
    • タンパク質・ペプチド: ATPTG11
    • タンパク質・ペプチド: ATPTG7
    • タンパク質・ペプチド: ATPTG14
    • タンパク質・ペプチド: ATPTG5
    • タンパク質・ペプチド: subunit k
    • タンパク質・ペプチド: subunit a
    • タンパク質・ペプチド: subunit i/j
    • タンパク質・ペプチド: ATPTG13
    • タンパク質・ペプチド: ATPTG15
    • タンパク質・ペプチド: ATPTG6
    • タンパク質・ペプチド: ATPTG3
    • タンパク質・ペプチド: ATPTG17
    • タンパク質・ペプチド: subunit b
    • タンパク質・ペプチド: ATPTG12
    • タンパク質・ペプチド: ATPTG10
    • タンパク質・ペプチド: subunit f
    • タンパク質・ペプチド: ATPTG8
    • タンパク質・ペプチド: ATPTG1
    • タンパク質・ペプチド: ATPTG2
    • タンパク質・ペプチド: subunit 8
    • タンパク質・ペプチド: ATPTG9
    • タンパク質・ペプチド: ATPTG4
    • タンパク質・ペプチド: ATPTG16
    • タンパク質・ペプチド: subunit d
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine

+
超分子 #1: Mitochondrial ATP synthase dimer, membrane region

超分子名称: Mitochondrial ATP synthase dimer, membrane region / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#24
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii GT1 (トキソプラズマ)
分子量理論値: 900 KDa

+
分子 #1: ATPTG11

分子名称: ATPTG11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (strain ATCC 50853 / GT1) (トキソプラズマ)
株: ATCC 50853 / GT1
分子量理論値: 15.425367 KDa
配列文字列:
MVRNQRYPAS PVQEIFLPEP VPFVQFDQTA PSPNSPPAPL PSPSLSQCEE QKDRYRDISS MFHRGVAGAE QVREAYNSMA KCFRRVSVA EVLESDPAFR QARNFTMDLK QAEDDQRYKQ LQYGRVPSIL TKYHL

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #2: ATPTG7

分子名称: ATPTG7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (strain ATCC 50853 / GT1) (トキソプラズマ)
株: ATCC 50853 / GT1
分子量理論値: 26.866773 KDa
配列文字列: MPSSSSEDAQ GGNRFECVSN STSPRRKNAT KDEAACLQPR RSAVSGPRED VLCIRTTPQP HVRRGKSGPG RRKRMRFGRE RERRDKKRG EGERKRTRFP FLRLHIEGGN ANSRRPLCFP SRHSLLRNHY GSLSMAFRKV SPPKAPMSVF EARSSFLDLE Q CARAAGPQ ...文字列:
MPSSSSEDAQ GGNRFECVSN STSPRRKNAT KDEAACLQPR RSAVSGPRED VLCIRTTPQP HVRRGKSGPG RRKRMRFGRE RERRDKKRG EGERKRTRFP FLRLHIEGGN ANSRRPLCFP SRHSLLRNHY GSLSMAFRKV SPPKAPMSVF EARSSFLDLE Q CARAAGPQ RWEAECQGVR QRALQAAADV MSRECGAYGD SFFQCYRHGF RLEACQGEKA TMQLLRCQRM VADRLVPL

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #3: ATPTG14

分子名称: ATPTG14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (strain ATCC 50853 / GT1) (トキソプラズマ)
株: ATCC 50853 / GT1
分子量理論値: 14.424515 KDa
配列文字列:
MPAPAASGAA AVLSKDIARS FRWMQAFAAV KGKPTAGSCA AGTAVVNPED PTKVTLKGRY TNFSLQHIWE KYDYLQTHLL LRECMLSQV AKNPRLLDPE INAGLTPTVF MRVPPETQDP ETQAKAAPQK GQAN

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #4: ATPTG5

分子名称: ATPTG5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (strain ATCC 50853 / GT1) (トキソプラズマ)
株: ATCC 50853 / GT1
分子量理論値: 28.162615 KDa
配列文字列: MQNGVFTREN ADFLVKSGAD SPSSQSLLLR TSPSPLSLPR RRFIFLRSAS VDLSERSSLA CLAPFFCLAS GVCLRSAFSL PFFARRGRP CLFFIFIFFF RVSFTANFRG KRVKMAASTI PISQWPSLLY APPSSPANPA VEALPEMQFD DLHYPRQMLL C RGAGYSLE ...文字列:
MQNGVFTREN ADFLVKSGAD SPSSQSLLLR TSPSPLSLPR RRFIFLRSAS VDLSERSSLA CLAPFFCLAS GVCLRSAFSL PFFARRGRP CLFFIFIFFF RVSFTANFRG KRVKMAASTI PISQWPSLLY APPSSPANPA VEALPEMQFD DLHYPRQMLL C RGAGYSLE QCNRMAQPDA RVTPENPAEK LLKEEAVAAI ACLSQREGGK DEQCRYYIER MYKLANKEKQ PEPGTLSKAS TL ACKLLGI HRPEA

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #5: subunit k

分子名称: subunit k / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (strain ATCC 50853 / GT1) (トキソプラズマ)
株: ATCC 50853 / GT1
分子量理論値: 17.963504 KDa
配列文字列:
MAFAGAAAPL GVKGRSVFAG MRSFIGQRLG RLYDSFYYSQ SSTKYVMVFL FPAGIFYTRF RADTKLGYHV FINEEKLYPD YSQNYFDTK WTNGRKVYLD DETTVEQLKA QIYGGKAAPE NVKVACRGRV FEDADNVAMA VRAFCKRDPR LLLFQDNL

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #6: subunit a

分子名称: subunit a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (strain ATCC 50853 / GT1) (トキソプラズマ)
株: ATCC 50853 / GT1
分子量理論値: 24.56257 KDa
配列文字列: MAAGSRFPFC TAARLSSRGT LPRLGEATFF AGAESQRSAG AFAKTLQRPF LRAPSTQLFP VGNRLGVSSA RALVANAMEP RRFFAAAAS AKATHALQPT GTGSVAFTRP GQGSNAQFQT SLADKTRGLL GVGFLRPTKM ASFAATFLLN FRFYFMYMAR T TFQAVRPL ...文字列:
MAAGSRFPFC TAARLSSRGT LPRLGEATFF AGAESQRSAG AFAKTLQRPF LRAPSTQLFP VGNRLGVSSA RALVANAMEP RRFFAAAAS AKATHALQPT GTGSVAFTRP GQGSNAQFQT SLADKTRGLL GVGFLRPTKM ASFAATFLLN FRFYFMYMAR T TFQAVRPL LAFSVFGEVM KLVLATMSSG LFSFLFSFVL AFEVFYFFLQ CYISYTFLTM FFTVLF

UniProtKB: Transmembrane protein

+
分子 #7: subunit i/j

分子名称: subunit i/j / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (strain ATCC 50853 / GT1) (トキソプラズマ)
株: ATCC 50853 / GT1
分子量理論値: 26.600543 KDa
配列文字列: MGLSPAFAAT AGCRLASPVA NSSRFLSLLR LSRPRLNAAA PAAEAAKTLE RNVPMKEILQ PLWVVEPPNF LRQPVWKQFW EAQFANRSF FFFGNAWTSA AAFAFFIWWS RVFDPPPKER LDRYWLNSPK FRILSAFHNP GKRPGLKISL MTYEARYCYR G LDHPFTLN ...文字列:
MGLSPAFAAT AGCRLASPVA NSSRFLSLLR LSRPRLNAAA PAAEAAKTLE RNVPMKEILQ PLWVVEPPNF LRQPVWKQFW EAQFANRSF FFFGNAWTSA AAFAFFIWWS RVFDPPPKER LDRYWLNSPK FRILSAFHNP GKRPGLKISL MTYEARYCYR G LDHPFTLN EMKDFLFKLR EQYLVNKYEG IQFPFVFRQF NRVSTPGTLE VHTSPALQQQ PHFHEEAAGH H

UniProtKB: Transmembrane protein

+
分子 #8: ATPTG13

分子名称: ATPTG13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (strain ATCC 50853 / GT1) (トキソプラズマ)
株: ATCC 50853 / GT1
分子量理論値: 14.923235 KDa
配列文字列:
MSWATRLLRM SSPRLGLLPL GRSVKLGGAK ERVSFSQFFD SEYFWTKANV GPFFLFLFTS PFWYQGIKTV YASCRYRKLN EREIISDRY TWLHERMLED EVERVLLEQV PAGGFDKTRP GLLLGPSTL

UniProtKB: Putative membrane protein

+
分子 #9: ATPTG15

分子名称: ATPTG15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (strain ATCC 50853 / GT1) (トキソプラズマ)
株: ATCC 50853 / GT1
分子量理論値: 13.871887 KDa
配列文字列:
MATPPLQDGA PTNGGAATKP SCGARLQNFA RMAIKGPSVP HSILFGVGAG CCAYAGYYLY RAMRLTFFDT ESVALQSRLR YAEKQKLFH QELDRELAAG HIASLVAEYD PVATRLPFQP MQDRYRV

UniProtKB: Transmembrane protein

+
分子 #10: ATPTG6

分子名称: ATPTG6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (strain ATCC 50853 / GT1) (トキソプラズマ)
株: ATCC 50853 / GT1
分子量理論値: 27.477523 KDa
配列文字列: MAETREGGQS GAASILGAEA FPELLSKVPL NPQMDEDKHF NKYKWGNEPI PVNRRTGSRM NSSIYDNRNH EAVRHPWSTD ARTFHPNDN PEADRINTQY SNMVSDSFPE GGFSDAPRFS SNWERLLAYH HGLYSPEKFN STTKTADEIR LAVNDFAAKV H ADDPKNAC ...文字列:
MAETREGGQS GAASILGAEA FPELLSKVPL NPQMDEDKHF NKYKWGNEPI PVNRRTGSRM NSSIYDNRNH EAVRHPWSTD ARTFHPNDN PEADRINTQY SNMVSDSFPE GGFSDAPRFS SNWERLLAYH HGLYSPEKFN STTKTADEIR LAVNDFAAKV H ADDPKNAC KYLMIEEFKC LQSAQARIDP QGAATKCVKW FNEWRQCAWD QEKMVKGYNY IEDRRARKHK PYIGAPDLQY S

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7

+
分子 #11: ATPTG3

分子名称: ATPTG3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (strain ATCC 50853 / GT1) (トキソプラズマ)
株: ATCC 50853 / GT1
分子量理論値: 35.159238 KDa
配列文字列: MGEKQEEEGE EEKEGKGEGG GEGGREEEDE DGSAPVVSWL RIVEERECHE ETDEAPETKI ALPFSAQRSS RGFEARQVEV LVSANSAFL LSVLLASLFL SSSLPSFCPP RFLLSVLLAL FKDKMAGDAP AAAAAPQQAG RTASASGVRT PGYLDLVGHS L KATSMDHG ...文字列:
MGEKQEEEGE EEKEGKGEGG GEGGREEEDE DGSAPVVSWL RIVEERECHE ETDEAPETKI ALPFSAQRSS RGFEARQVEV LVSANSAFL LSVLLASLFL SSSLPSFCPP RFLLSVLLAL FKDKMAGDAP AAAAAPQQAG RTASASGVRT PGYLDLVGHS L KATSMDHG MQYSSIYWET SHRTYLPFWA SLTQKFSWKI MDDQIRSFLR LPKPVTTEPF VFSSGSPYIR RYFGDADISV PV PLHAPAH FAFVPTGTVS PWEETGMETG PQGAAARGAA ATAFRAVLES AWKCDIDEQI KEKLHSRAGA GAFHASGSTG GCP IPTDF

UniProtKB: Transmembrane protein

+
分子 #12: ATPTG17

分子名称: ATPTG17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (strain ATCC 50853 / GT1) (トキソプラズマ)
株: ATCC 50853 / GT1
分子量理論値: 9.486748 KDa
配列文字列:
MSTSPGLAFA NLTLLLDVPQ LPAIWAVNAW RELNGLFTEM KTLAGTSDLL YPSNRYNPQN EKTNRMGRPR KYNHGEWMFG NSY

UniProtKB: Transmembrane protein

+
分子 #13: subunit b

分子名称: subunit b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (strain ATCC 50853 / GT1) (トキソプラズマ)
株: ATCC 50853 / GT1
分子量理論値: 64.811602 KDa
配列文字列: MNFSSSARWL AVRQSQTLGH TTRATVAAGR RVLAHSPAAT EFTSFQSLHI GGDVCKLPLA VALGAAPSAL GYGSAKHNQQ RQYATLGSG WSFSKVQYTK YRITKPWTTD TTFDDIILSQ PSKEDFAKFT KEAPLFLRFL KLVTDVEGRQ EAFIQFAKRC E NGLTVEKD ...文字列:
MNFSSSARWL AVRQSQTLGH TTRATVAAGR RVLAHSPAAT EFTSFQSLHI GGDVCKLPLA VALGAAPSAL GYGSAKHNQQ RQYATLGSG WSFSKVQYTK YRITKPWTTD TTFDDIILSQ PSKEDFAKFT KEAPLFLRFL KLVTDVEGRQ EAFIQFAKRC E NGLTVEKD VYVTKKELVD CLWKNGYTDT EINAFEIAFP ADYKFHYPEL AVLFDLTEED CYKYCIRQRA ATPEELVELK YT KPKNLVS SYGLCFLGVW FGLSNTVLSN AWFYSKTFPF GAVFYMLGSY FYRDIREKLW KEEKSLIHTA QENKNMGEES VYK QMKKYA TDTKCLDYLS TFRTEVEDQI ANYKVALVSQ MRRQLTERLV EKLNGIQQAE KLIQGSLQDV MIREIVSSFK DLYK SRPEL HDAAMQSAIQ GLSGSDGAMD PVGAHFKASL QELAKVNLST ATADPMGTVV QRVAAVFQKR EKEFLDTFTV KATEA QEIK TIVDKCHKGN TFDFHALSDE ELRRLEQLYS TVNNRVGFET IHENSIKPVA PLSENSKGFV EFVNTQLEIT KAKLRN ARL TAFAHAFV

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #14: ATPTG12

分子名称: ATPTG12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (strain ATCC 50853 / GT1) (トキソプラズマ)
株: ATCC 50853 / GT1
分子量理論値: 15.400639 KDa
配列文字列:
MLNFIPKRCP SVSLLFGKRP VQRIEVGQAR HQLEIPVETI EKIYEGVDSR LEYHNKDYNA MKWKDFMKLK LDAYHLLEAS QSETAAKSA LSDLNWFSDL ADIYSGQQTM AEMDVALKAQ GEQKLSYPIQ GKNIK

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #15: ATPTG10

分子名称: ATPTG10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (strain ATCC 50853 / GT1) (トキソプラズマ)
株: ATCC 50853 / GT1
分子量理論値: 15.165213 KDa
配列文字列:
MSPPTASASV ASSGSSPHMD RLLGDLKLLA AYDSAAGWQE PKAMESAFQS LSWDDADVLK ALPQYLNCRG EQKRRVDFAY AALCPRPVD EKDPKQTLMS LWMKARLFSY DQKHPFVLSP FAATDKSTSA GAMTAEKPF

UniProtKB: ATPTG10-like domain-containing protein

+
分子 #16: subunit f

分子名称: subunit f / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (strain ATCC 50853 / GT1) (トキソプラズマ)
株: ATCC 50853 / GT1
分子量理論値: 13.029997 KDa
配列文字列:
MGFHFQQYIA MAGRAINPVQ WTRAWRRMEG KSATEVYRDA LAWTNNQFAQ ISRASQYRAW WWQNPLGMGL VLYGTYKAWH MIYMVRKQK KTAQLVAAAY GQGGQWLNPV PR

UniProtKB: Transmembrane protein

+
分子 #17: ATPTG8

分子名称: ATPTG8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (strain ATCC 50853 / GT1) (トキソプラズマ)
株: ATCC 50853 / GT1
分子量理論値: 23.365865 KDa
配列文字列: MTALPPPPSA NVAVSFTAAP AEPLSRGEVK AASLKLELQN IERELKDWWM SRKILRDRNI GLFNLLQHHN FAGLSVNNAK LSDSQRVMW TDLVQGKPDV EDKLSVDARE MKVDMYEKLF KQAADLENPC RMPGVAYLRC LRDTLTETQS ARRSSCLNAF S SFDACRTG ...文字列:
MTALPPPPSA NVAVSFTAAP AEPLSRGEVK AASLKLELQN IERELKDWWM SRKILRDRNI GLFNLLQHHN FAGLSVNNAK LSDSQRVMW TDLVQGKPDV EDKLSVDARE MKVDMYEKLF KQAADLENPC RMPGVAYLRC LRDTLTETQS ARRSSCLNAF S SFDACRTG LLKQQSAAVE NSLVRQNMAD VRAKALFERR AVLLDLVEGK

UniProtKB: Putative myosin heavy chain

+
分子 #18: ATPTG1

分子名称: ATPTG1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (strain ATCC 50853 / GT1) (トキソプラズマ)
株: ATCC 50853 / GT1
分子量理論値: 46.025355 KDa
配列文字列: MGGGGGGALN KLFPGYKDKI WMKVPVQWRQ QMIQHWNKSY EKQVYSESVA LNRTFQARNQ LVLDRLKPSG AYRLPAVDYK RQLSRGTLV EGADFYLPTA QEQQRLARHF EPYSEQEQEE RRKFRFQSIS VYLAVALGAS FVHDYFYQRR PVAWCLEKEP P HPPSYPFW ...文字列:
MGGGGGGALN KLFPGYKDKI WMKVPVQWRQ QMIQHWNKSY EKQVYSESVA LNRTFQARNQ LVLDRLKPSG AYRLPAVDYK RQLSRGTLV EGADFYLPTA QEQQRLARHF EPYSEQEQEE RRKFRFQSIS VYLAVALGAS FVHDYFYQRR PVAWCLEKEP P HPPSYPFW FKSLFHSHDI PSVRRGYEVY RKVCATCHSM EQLHFRHLVG EVLPEKRVKQ IAAEYDVTDG PNDQGEMYTR PG ILGDAFP SPYPNEEAAR YANGGAYPPD LSLITAARHF GPDYLMALLG GYRDPPEGVE LRPGLYWNVW FPGNAIAMPP PLM DEMIDY EDGTPCNISQ MSKDVVNFLT WATEPTADER KLYGLKCVSA IAIGTVLMTL WWRFYWAMYA TRRIDFGKLK YL

UniProtKB: Cytochrome c1, heme protein

+
分子 #19: ATPTG2

分子名称: ATPTG2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (strain ATCC 50853 / GT1) (トキソプラズマ)
株: ATCC 50853 / GT1
分子量理論値: 35.23852 KDa
配列文字列: MSPVGRLFLG SKLPAQTWQS FRLQPALPQF AQKRFFSGGA AKPSWHVARE HRFGPTLPDH AYYGEHATYN YFVLFIRGMR PYLEKIFGD CASTIKNAAV AVYRPVNAFV VKHNPDLRLQ FVAFASFIAT HMAITKEFND MYQRLVDITS LLELQAAQLH A SEGFWDSE ...文字列:
MSPVGRLFLG SKLPAQTWQS FRLQPALPQF AQKRFFSGGA AKPSWHVARE HRFGPTLPDH AYYGEHATYN YFVLFIRGMR PYLEKIFGD CASTIKNAAV AVYRPVNAFV VKHNPDLRLQ FVAFASFIAT HMAITKEFND MYQRLVDITS LLELQAAQLH A SEGFWDSE SEQQEARLQR HAEHRNDLET TWEEALREAT LARNFDVLVS YLNHGTSDGC GEHGACGHSG QNGIPPSVTW NF NAMPYGK ENPDTKTFPI PDHEQPYRAF SLGFTANNLS GNWGDYIDRQ DNKNALMRPA RMMFTDVFIP TTK

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #20: subunit 8

分子名称: subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (strain ATCC 50853 / GT1) (トキソプラズマ)
株: ATCC 50853 / GT1
分子量理論値: 22.344648 KDa
配列文字列: MNTFFLTPAA AAARRVAVSF FARSSASGFP QHRVALRPFP SQRPAERAHN LAKSQTLRSV KAHGRQSGKK EQSTESGGRR GFRAAVGAG TGCMLAASPM LFTDYDNTAS PKSELIFMAG NALGYCTERF FENEYGQSIF MFALGLAYLA MLGHEGKIHG A VWRMKHLF ...文字列:
MNTFFLTPAA AAARRVAVSF FARSSASGFP QHRVALRPFP SQRPAERAHN LAKSQTLRSV KAHGRQSGKK EQSTESGGRR GFRAAVGAG TGCMLAASPM LFTDYDNTAS PKSELIFMAG NALGYCTERF FENEYGQSIF MFALGLAYLA MLGHEGKIHG A VWRMKHLF ATNFKMVGHP RYAYALPKNP LLQDAAPTKT GSTSAKK

UniProtKB: Microprotein domain-containing protein

+
分子 #21: ATPTG9

分子名称: ATPTG9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (strain ATCC 50853 / GT1) (トキソプラズマ)
株: ATCC 50853 / GT1
分子量理論値: 18.426826 KDa
配列文字列:
MSGDSVAPHQ RAACEQLHSE YKQCLAKNGR THFSACTDFH SKLRACENML GTSYCIDEGI NLMKCTKNPD PSFCAKEFVA MRECNRPQG PHLVLSSSPS SPPHYELRPE VKHLYNVDST DLGSAVAPVR SKEQLDRVAD SLKADLNLPG YGHIPYKWES L RPNPGA

UniProtKB: CHCH domain-containing protein

+
分子 #22: ATPTG4

分子名称: ATPTG4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (strain ATCC 50853 / GT1) (トキソプラズマ)
株: ATCC 50853 / GT1
分子量理論値: 28.557363 KDa
配列文字列: MALNRVPSRV LPFAVSGVYV HPRNACRLPA AAAVSSVPSS VSAFSSRTNF LSRSSSAVMS HPCAATARHF SFAIPPANAA ALADPLPAT PTPPPVFEAV SSASSGIASG TNALKNVEEV STMERYEAAV YEESFKKPIV CLFFARFSLQ SKVLLQPFLD F AASASNNA ...文字列:
MALNRVPSRV LPFAVSGVYV HPRNACRLPA AAAVSSVPSS VSAFSSRTNF LSRSSSAVMS HPCAATARHF SFAIPPANAA ALADPLPAT PTPPPVFEAV SSASSGIASG TNALKNVEEV STMERYEAAV YEESFKKPIV CLFFARFSLQ SKVLLQPFLD F AASASNNA TFFLIDCDRV PRAAYHARVE NVPSLVVMKG DDAFRQTITD SVGVKTAGDL IQEARSALDQ VLRLDQQEGG TK LQPGVSS YTHHIGVDNL NVYRKGWPVA

UniProtKB: Thioredoxin domain-containing protein

+
分子 #23: ATPTG16

分子名称: ATPTG16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (strain ATCC 50853 / GT1) (トキソプラズマ)
株: ATCC 50853 / GT1
分子量理論値: 11.587373 KDa
配列文字列:
MPFMWRQRAY CAPVPSAFAS QQPNGLGGEA GVRKPLLRSN SESLSVFSQI PDGLLGHTTS VTMGNSDIFF LPKPSNLLKI ALPAFVFMP NLTIFTRAFP FYAHTSA

UniProtKB: Transmembrane protein

+
分子 #24: subunit d

分子名称: subunit d / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (strain ATCC 50853 / GT1) (トキソプラズマ)
株: ATCC 50853 / GT1
分子量理論値: 61.36225 KDa
配列文字列: MQALRRGAAI PSRLLPRRDS WMSLAPFVAP NNAAAWRKLR DGAQEVQTVI ERQSTPGKPQ QIDWAKWESQ IAHKDILNCL KTFYTNQVQ ILDRALGALE TAKTPAPCEG AEKGWALFDA ALSACAKSVE KSEELLSNGA RALWVSCSNP PVWKVNTNEW L DSDQYWQA ...文字列:
MQALRRGAAI PSRLLPRRDS WMSLAPFVAP NNAAAWRKLR DGAQEVQTVI ERQSTPGKPQ QIDWAKWESQ IAHKDILNCL KTFYTNQVQ ILDRALGALE TAKTPAPCEG AEKGWALFDA ALSACAKSVE KSEELLSNGA RALWVSCSNP PVWKVNTNEW L DSDQYWQA FVEKHHFYSQ YQPGVVDPEA PQEVEAFKQA WHSRMGKFND RSDTPMLYAY MNELPSWEYY DLHRSAFLEH MT YFLVRTG GDFRFFPEMP PWQWLAHMEN LRFKLLSVAQ SRRSQLQLAN LERERALDFL PVDVEHHGEE YTQKFLQYET ELF QACAAR LMGHFMFLCD PFIPVQSAEA LSAVTRVDNG KGKLFSLGDD VNALFYLPEQ QRRDVERPTQ AVQTLLGHLE ATGR PFNPC YSELLHVHAE VLEERGEHWL TAPGECVSQA FLRRLRTDDP AYEVYCSYFK EMYERFAGAK EVSMEDGRKR LATIE KNAQ EEAAAYGLAL KTMGSAELAH KAREGAAKLE QLRKAQEKAA GKSAQTVQEN KM

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #25: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 6 / 式: PC1
分子量理論値: 790.145 Da
Chemical component information

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

+
分子 #26: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 14 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

+
分子 #27: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 18 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

+
分子 #28: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine

分子名称: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 6 / 式: PEE
分子量理論値: 744.034 Da
Chemical component information

ChemComp-PEE:
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE, リン脂質*YM

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 3 seconds blot..

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 4860 / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 101505
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-6tmg:
Cryo-EM structure of Toxoplasma gondii mitochondrial ATP synthase dimer, membrane region model

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る