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- EMDB-10519: Structure of an archaeal ABCE1-bound ribosomal post-splitting complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10519
タイトルStructure of an archaeal ABCE1-bound ribosomal post-splitting complex
マップデータcomposite map of post-processed maps
試料
  • 複合体: 30S ABCE1 post-splitting complex
    • 複合体: 30S small ribosomal subunit
      • RNA: x 1種
      • タンパク質・ペプチド: x 28種
    • 複合体: ABCE1
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
  • リガンド: x 4種
キーワードABC Proteins / Ribosome Recycling / Translation / RIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / ribosomal small subunit binding / translational termination / translational initiation / ribosome biogenesis / small ribosomal subunit / tRNA binding / oxidoreductase activity / rRNA binding ...ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / ribosomal small subunit binding / translational termination / translational initiation / ribosome biogenesis / small ribosomal subunit / tRNA binding / oxidoreductase activity / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / iron ion binding / translation / ATP hydrolysis activity / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L7Ae, prokaryotes / : / Small zinc finger protein HVO_2753-like, zinc-binding pocket / Small zinc finger protein HVO_2753-like / Small zinc finger protein HVO_2753-like, Zn-binding pocket / Ribosomal protein S27ae / Ribosomal protein S9, archaeal / Ribosomal protein S13, archaeal / Ribosomal protein S17, archaeal / Ribosomal protein S6e, archaeal ...Ribosomal protein L7Ae, prokaryotes / : / Small zinc finger protein HVO_2753-like, zinc-binding pocket / Small zinc finger protein HVO_2753-like / Small zinc finger protein HVO_2753-like, Zn-binding pocket / Ribosomal protein S27ae / Ribosomal protein S9, archaeal / Ribosomal protein S13, archaeal / Ribosomal protein S17, archaeal / Ribosomal protein S6e, archaeal / Ribosomal protein S4, archaeal / Ribosomal protein S12, archaea / Ribosomal protein S3, archaeal / 30S ribosomal protein S3Ae / Ribosomal protein S7, archaeal / Ribosomal protein S19e, archaeal / Ribosomal protein S11, archaeal / Ribosomal protein S2, archaeal / Ribosomal protein S14, type Z, archaeal / RLI1 / Ribosomal protein S8e, archaeal / RNase L inhibitor RLI-like, possible metal-binding domain / Possible Fer4-like domain in RNase L inhibitor, RLI / Ribosomal protein L7Ae, archaea / 4Fe-4S binding domain / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / S27a-like superfamily / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S28e signature. / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L7Ae conserved site / Ribosomal protein L7Ae signature. / Ribosomal protein S8e/ribosomal biogenesis NSA2 / Ribosomal protein S8e / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / Ribosomal protein S19, bacterial-type / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ATPase / 30S ribosomal protein S2 / 30S ribosomal protein S27e / 30S ribosomal protein S9 / 30S ribosomal protein S13 / 30S ribosomal protein S8 / 30S ribosomal protein S11 / 30S ribosomal protein S3 / 30S ribosomal protein S4 / 30S ribosomal protein S14 type Z ...ATPase / 30S ribosomal protein S2 / 30S ribosomal protein S27e / 30S ribosomal protein S9 / 30S ribosomal protein S13 / 30S ribosomal protein S8 / 30S ribosomal protein S11 / 30S ribosomal protein S3 / 30S ribosomal protein S4 / 30S ribosomal protein S14 type Z / 30S ribosomal protein S4e / 30S ribosomal protein S17 / RNA-binding protein / 30S ribosomal protein S27ae / 30S ribosomal protein S24e / 30S ribosomal protein S15 / 30S ribosomal protein S3Ae / 30S ribosomal protein S28e / 50S ribosomal protein L7Ae / 30S ribosomal protein S17e / LSU ribosomal protein L41E / 30S ribosomal protein S6e / 30S ribosomal protein S10 / 30S ribosomal protein S8e / 30S ribosomal protein S12 / 30S ribosomal protein S7 / 30S ribosomal protein S19P / 30S ribosomal protein S5 / 30S ribosomal protein S19e / RNase L inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌) / Saccharolobus solfataricus (古細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kratzat H / Becker T
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2020
タイトル: Molecular analysis of the ribosome recycling factor ABCE1 bound to the 30S post-splitting complex.
著者: Elina Nürenberg-Goloub / Hanna Kratzat / Holger Heinemann / André Heuer / Peter Kötter / Otto Berninghausen / Thomas Becker / Robert Tampé / Roland Beckmann /
要旨: Ribosome recycling by the twin-ATPase ABCE1 is a key regulatory process in mRNA translation and surveillance and in ribosome-associated protein quality control in Eukarya and Archaea. Here, we ...Ribosome recycling by the twin-ATPase ABCE1 is a key regulatory process in mRNA translation and surveillance and in ribosome-associated protein quality control in Eukarya and Archaea. Here, we captured the archaeal 30S ribosome post-splitting complex at 2.8 Å resolution by cryo-electron microscopy. The structure reveals the dynamic behavior of structural motifs unique to ABCE1, which ultimately leads to ribosome splitting. More specifically, we provide molecular details on how conformational rearrangements of the iron-sulfur cluster domain and hinge regions of ABCE1 are linked to closure of its nucleotide-binding sites. The combination of mutational and functional analyses uncovers an intricate allosteric network between the ribosome, regulatory domains of ABCE1, and its two structurally and functionally asymmetric ATP-binding sites. Based on these data, we propose a refined model of how signals from the ribosome are integrated into the ATPase cycle of ABCE1 to orchestrate ribosome recycling.
履歴
登録2019年12月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年2月12日-
マップ公開2020年2月12日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 5
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  • 原子モデル: PDB-6tmf
  • 表面レベル: 5
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10519.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10519.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈composite map of post-processed maps
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.084 Å
密度
表面レベル登録者による: 5.0 / ムービー #1: 5
最小 - 最大-24.47766 - 49.492874
平均 (標準偏差)0.0040332847 (±1.1207107)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 390.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0841.0841.084
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z390.240390.240390.240
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ360360360
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-24.47849.4930.004

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添付データ

-
追加マップ: post-processed map of ABCE1 after focused refinement

ファイルemd_10519_additional_1.map
注釈post-processed map of ABCE1 after focused refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: post-processed map of the whole complex

ファイルemd_10519_additional_2.map
注釈post-processed map of the whole complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: post-processed map of the 30S head after focused refinement

ファイルemd_10519_additional_3.map
注釈post-processed map of the 30S head after focused refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : 30S ABCE1 post-splitting complex

全体名称: 30S ABCE1 post-splitting complex
要素
  • 複合体: 30S ABCE1 post-splitting complex
    • 複合体: 30S small ribosomal subunit
      • RNA: 16S ribosomal RNA
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S2
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3Ae
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4e
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S6e
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8e
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S10
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S13
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S14 type Z
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17e
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19P
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19e
      • タンパク質・ペプチド: RNA-binding protein
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S24e
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S27e
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S27ae
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S28e
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L7Ae
      • タンパク質・ペプチド: LSU ribosomal protein L41E
    • 複合体: ABCE1
      • タンパク質・ペプチド: ATPase
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

+
超分子 #1: 30S ABCE1 post-splitting complex

超分子名称: 30S ABCE1 post-splitting complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#30

+
超分子 #2: 30S small ribosomal subunit

超分子名称: 30S small ribosomal subunit / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#29
由来(天然)生物種: Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)

+
超分子 #3: ABCE1

超分子名称: ABCE1 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #30
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus (古細菌)

+
分子 #1: 16S ribosomal RNA

分子名称: 16S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
分子量理論値: 482.205531 KDa
配列文字列: AUUCCGGUUG AUCCUGCCGG AGGCCACUGC UAUGGGGGUC CGACUAAGCC AUGCGAGUCA UGGGGCGCCU UGCGCGCACC GGCGGACGG CUCAGUAACA CGUCGGUAAC CUACCCUCGG GAGGGGGAUA ACCCCGGGAA ACUGGGGCUA AUCCCCCAUA G GCCUGAGG ...文字列:
AUUCCGGUUG AUCCUGCCGG AGGCCACUGC UAUGGGGGUC CGACUAAGCC AUGCGAGUCA UGGGGCGCCU UGCGCGCACC GGCGGACGG CUCAGUAACA CGUCGGUAAC CUACCCUCGG GAGGGGGAUA ACCCCGGGAA ACUGGGGCUA AUCCCCCAUA G GCCUGAGG UACUGGAAGG UCCUCAGGCC GAAAGGGGCU CUGCCCGCCC GAGGAUGGGC CGGCGGCCGA UUAGGUAGUU GG UGGGGUA ACGGCCCACC AAGCCGAAGA UCGGUACGGG CCAUGAGAGU GGGAGCCCGG AGAUGGACAC UGAGACACGG GUC CAGGCC CUACGGGGCG CAGCAGGCGC GAAACCUCCG CAAUGCGGGC AACCGCGACG GGGGGACCCC CAGUGCCGUG GCAA CGCCA CGGCUUUUCC GGAGUGUAAA AAGCUCCGGG AAUAAGGGCU GGGCAAGGCC GGUGGCAGCC GCCGCGGUAA UACCG GCGG CCCGAGUGGU GGCCGCUAUU AUUGGGCCUA AAGCGUCCGU AGCCGGGCCC GUAAGUCCCU GGCGAAAUCC CACGGC UCA ACCGUGGGGC UUGCUGGGGA UACUGCGGGC CUUGGGACCG GGAGAGGCCG GGGGUACCCC UGGGGUAGGG GUGAAAU CC UAUAAUCCCA GGGGGACCGC CAGUGGCGAA GGCGCCCGGC UGGAACGGGU CCGACGGUGA GGGACGAAGG CCAGGGGA G CGAACCGGAU UAGAUACCCG GGUAGUCCUG GCUGUAAAGG AUGCGGGCUA GGUGUCGGGC GAGCUUCGAG CUCGCCCGG UGCCGAAGGG AAGCCGUUAA GCCCGCCGCC UGGGGAGUAC GGCCGCAAGG CUGAAACUUA AAGGAAUUGG CGGGGGAGCA CUACAAGGG GUGGAGCGUG CGGUUUAAUU GGAUUCAACG CCGGGAACCU CACCGGGGGC GACGGCAGGA UGAAGGCCAG G CUGAAGGU CUUGCCGGAC ACGCCGAGAG GAGGUGCAUG GCCGCCGUCA GCUCGUACCG UGAGGCGUCC ACUUAAGUGU GG UAACGAG CGAGACCCGC GCCCCCAGUU GCCAGUCCUU CCCGCUGGGG AGGAGGCACU CUGGGGGGAC CGCCGGCGAU AAG CCGGAG GAAGGAGCGG GCGACGGUAG GUCAGUAUGC CCCGAAACCC CCGGGCUACA CGCGCGCUAC AAUGGGCGGG ACAA UGGGA UCCGACCCCG AAAGGGGAAG GGAAUCCCCU AAACCCGCCC CCAGUUCGGA UCGCGGGCUG CAACUCGCCC GCGUG AAGC UGGAAUCCCU AGUACCCGCG UGUCAUCAUC GCGCGGCGAA UACGUCCCUG CUCCUUGCAC ACACCGCCCG UCACUC CAC CCGAGCGGGG UCCGGAUGAG GCCUGAUCUC CCUUCGGGGA GGUCGGGUCG AGUCUGGGCU CCGUGAGGGG GGAGAAG UC GUAACAAGGU AGCCGUAGGG GAACCUACGG CUCGAUCACC UCC

GENBANK: GENBANK: CP014854.1

+
分子 #2: 30S ribosomal protein S2

分子名称: 30S ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
分子量理論値: 22.297914 KDa
配列文字列: YLVPLDQYLA AGVHIGTQQK TQDMKKFIYR VRQDGLYVLD VRKTDERLRT AGKFLAKFDP TSILAVSVRL YGQKPVKKFG EVTGARAIP GRFLPGTMTN PQVKNFIEPD VLIVTDPRAD HQAMKEAIEI GIPIVALVDT ENFLSYVDLA IPTNNKGRKA L ALIYWILA ...文字列:
YLVPLDQYLA AGVHIGTQQK TQDMKKFIYR VRQDGLYVLD VRKTDERLRT AGKFLAKFDP TSILAVSVRL YGQKPVKKFG EVTGARAIP GRFLPGTMTN PQVKNFIEPD VLIVTDPRAD HQAMKEAIEI GIPIVALVDT ENFLSYVDLA IPTNNKGRKA L ALIYWILA REILYNRKEI ESREDFKVPV EEFEMRI

UniProtKB: 30S ribosomal protein S2

+
分子 #3: 30S ribosomal protein S3

分子名称: 30S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
分子量理論値: 21.707383 KDa
配列文字列: MAIERYFIEE GVREMLIDEY LEKELRRAGY SGIDIKKTPL GTKVVIFAAS PGYVIGRGGR RIRELTRILE RQFGLENPQI EVEEIKNPY LNAKVQAIRL ARALERGIHF RRAAYSAIRA IMRNGARGVE IRLSGKLTGE RAKSVRFYQG YLAKVGNPAE T LVSRGYAQ ...文字列:
MAIERYFIEE GVREMLIDEY LEKELRRAGY SGIDIKKTPL GTKVVIFAAS PGYVIGRGGR RIRELTRILE RQFGLENPQI EVEEIKNPY LNAKVQAIRL ARALERGIHF RRAAYSAIRA IMRNGARGVE IRLSGKLTGE RAKSVRFYQG YLAKVGNPAE T LVSRGYAQ AKLKLGVIGV KVSIMPPDAK LPDEI

UniProtKB: 30S ribosomal protein S3

+
分子 #4: 30S ribosomal protein S3Ae

分子名称: 30S ribosomal protein S3Ae / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
分子量理論値: 21.588188 KDa
配列文字列:
DKWKMKEWYV VYAPDFFGSK EIGLTPADEP EKVIGRVIET TLRDLTGDFT KGQVKLYFQI YDVKGQNAYT KFKGHTLARS YIRSLVRRR TTRIDGIFNV TTKDGYKLRV MGMVIAYRRI QTSQERAIRE IIRDIIYKKA EELNYRDFVL EAVSGKMAAE I AKEARRIY PIKRAEIRKI KVLAEP

UniProtKB: 30S ribosomal protein S3Ae

+
分子 #5: 30S ribosomal protein S4

分子名称: 30S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
分子量理論値: 20.975336 KDa
配列文字列:
DPKRQRKKYE TPSHPWIKER LDRERVIMRK YALKNKKELW RHETQLKEFR RRARRLLAAR GKQAEVERVQ LLQRLNRLGL LPADAVLDD VLSLTVEDVL DRRLQTIVYK KGLARTPRQA RQLIVHGHIE VNGQIIRSPG YLVLKAEEDT ITYSKTSPFA R ESHPERMV IEQAKQGGEA

UniProtKB: 30S ribosomal protein S4

+
分子 #6: 30S ribosomal protein S4e

分子名称: 30S ribosomal protein S4e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
分子量理論値: 27.849559 KDa
配列文字列: RKGAKRHLKR LAAPDQWYIS RKRYKWAVRP RPGPHSMKTS IPLLYIVRDY LGYAKTAREA RKILNEGRIL VDGRVRRDYK FPVGIMDVV SIPETGEHYR VLPNRIGKLV LHPISEKEAN IKPLRISNKR MVKGAKVQLN LHDGSNHLVT VDDKDNYRTA Y TVLMKVPD ...文字列:
RKGAKRHLKR LAAPDQWYIS RKRYKWAVRP RPGPHSMKTS IPLLYIVRDY LGYAKTAREA RKILNEGRIL VDGRVRRDYK FPVGIMDVV SIPETGEHYR VLPNRIGKLV LHPISEKEAN IKPLRISNKR MVKGAKVQLN LHDGSNHLVT VDDKDNYRTA Y TVLMKVPD REVIEILPFD VGAYVFVTRG KNVARKGKIV EVRRFPMGWP DVVTIEDENG ELFDTLKEYA FVVGKEKPEI SL P

UniProtKB: 30S ribosomal protein S4e

+
分子 #7: 30S ribosomal protein S5

分子名称: 30S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
分子量理論値: 24.543494 KDa
配列文字列: SQRVLEEWEP RTKLGQLVKA GQITDIHEIF RKGYQIKEPE IVDVLLPEVN MRENQEVLDI ALTVRMTDSG RRIRFRVLAA VGNRDGYVG LGIGHGREVG IAIRKAINYA KMNIIEIKRG CGSWECRCRR PHSIPFAVEG KEGSVRVKLM PGPRGLGLVI G DVGKKILS ...文字列:
SQRVLEEWEP RTKLGQLVKA GQITDIHEIF RKGYQIKEPE IVDVLLPEVN MRENQEVLDI ALTVRMTDSG RRIRFRVLAA VGNRDGYVG LGIGHGREVG IAIRKAINYA KMNIIEIKRG CGSWECRCRR PHSIPFAVEG KEGSVRVKLM PGPRGLGLVI G DVGKKILS LAGVQDVWSQ SLGETRTTVN FAKAVFNALY NTNRVAIQPG MEEKYGIVVG RE

UniProtKB: 30S ribosomal protein S5

+
分子 #8: 30S ribosomal protein S6e

分子名称: 30S ribosomal protein S6e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
分子量理論値: 13.829025 KDa
配列文字列:
MATFKLVISN PRNGIARQVE ISGESAEKLV GKRIGDEIPA SELGLNLTEI FGEEIPGDVK LRITGGTDRD GFAMRPDVHG PRRVKILVS RGPGFRPKER GERRKKTVRG NTISPEIVQV NMKLVF

UniProtKB: 30S ribosomal protein S6e

+
分子 #9: 30S ribosomal protein S7

分子名称: 30S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
分子量理論値: 24.287164 KDa
配列文字列: AKALTERFYQ PKELKVMGRW SVEDVTVNDP SLRPYINLEA RLLPHSHGRH AKKAFGKANV HIVERLINKV MRSGASSHKA GGHFMRREH RSLMSKKMKA YEVVKEAFMI IERRTKQNPI QVLVRAIENS APREDTTTIA FGGIRYHMAV DVSPLRRLDI A LKNIALGA ...文字列:
AKALTERFYQ PKELKVMGRW SVEDVTVNDP SLRPYINLEA RLLPHSHGRH AKKAFGKANV HIVERLINKV MRSGASSHKA GGHFMRREH RSLMSKKMKA YEVVKEAFMI IERRTKQNPI QVLVRAIENS APREDTTTIA FGGIRYHMAV DVSPLRRLDI A LKNIALGA SAKCYRNKTS YAQALAEEII AAANADPKSF AYSRKEEIER IAQSSR

UniProtKB: 30S ribosomal protein S7

+
分子 #10: 30S ribosomal protein S8

分子名称: 30S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
分子量理論値: 14.493863 KDa
配列文字列:
TLLDPLANAL SHITNSERVG KKEVYLKPAS KLMGEVLRVM QENGYIGEFE FIDDGRAGIY RVQLIGKINK AGAIKPRFPV KAREYEAWE KRFLPAFEFG ILIVSTSQGV MTHKEAIEKG IGGRLIAYVY

UniProtKB: 30S ribosomal protein S8

+
分子 #11: 30S ribosomal protein S8e

分子名称: 30S ribosomal protein S8e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
分子量理論値: 14.164609 KDa
配列文字列:
AIWQGRSLKK PSGGRIILAR KKRKRELGRE PAFTRVGEEK EKKKIIRTYG GNRKVRLIEA IYANVFENGK GRKVKVLGVV ENPANRQYV RRDIITKGAI IETEAGRAIV TSRPGQDGVV NAVLIKE

UniProtKB: 30S ribosomal protein S8e

+
分子 #12: 30S ribosomal protein S9

分子名称: 30S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
分子量理論値: 14.893458 KDa
配列文字列:
MKVIQTAGKR KTAIARATIR EGKGRVRINH RPVEIIEPEI ARFTIMEPLV LAGEEIVKGV DIDVKVEGGG FMGQAEAARV AIARALVEW TNDMNLKEKF MKYDRTMLVG DSRRTEPHKP NRSTKGPRAK RQK

UniProtKB: 30S ribosomal protein S9

+
分子 #13: 30S ribosomal protein S10

分子名称: 30S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
分子量理論値: 11.731678 KDa
配列文字列:
MQKARIKLAS TDIKALNEVT DQIRQIAERT GVRMSGPIPL PTKRIRITTR KSPDGEGTAT FDKFELRVHK RLVDIEADER AMRQIMRIR VPEDVTIEIE LIS

UniProtKB: 30S ribosomal protein S10

+
分子 #14: 30S ribosomal protein S11

分子名称: 30S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
分子量理論値: 14.308396 KDa
配列文字列:
QVNLKKKEKW GVAHIYSSYN NTIIHITDLT GAETVSRWSG GMVVKADRDE PSPYAAMIAA RRAAEEAMEK GFTGVHIKVR APGGSKSKS PGPGAQAAIR ALARAGLRIG RVEDVTPIPH DGTRPKGGRR GRRV

UniProtKB: 30S ribosomal protein S11

+
分子 #15: 30S ribosomal protein S12

分子名称: 30S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
分子量理論値: 16.101055 KDa
配列文字列:
GKKAPYGEFA GRKLKLKRKK FRWSDIRYKR RVLRLKEKSD PLEGAPQAKG IVLEKIAVEA KQPNSAMRKA VRVQLIKNGK VVTAFTPGD GAINHIDEHD EVIIEGIGGP KGGSMGDIPG IRYKVVKVNR VSLKELVKGR KEKPR

UniProtKB: 30S ribosomal protein S12

+
分子 #16: 30S ribosomal protein S13

分子名称: 30S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
分子量理論値: 15.768306 KDa
配列文字列:
DEFRHIVRIA GVDLNGNKQL RWALTGIRGI GINFATMVLR VAGIDPYMKT GYLTNEQIKK IEEILEDPVA HGIPAWAVNR PKDYETGKD MHLITAKLVM AWREDVNRLR RVRAYRGIRH ELGLPLRGQR TRSNFRH

UniProtKB: 30S ribosomal protein S13

+
分子 #17: 30S ribosomal protein S14 type Z

分子名称: 30S ribosomal protein S14 type Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
分子量理論値: 6.587996 KDa
配列文字列:
MAKADYNKRK PRKFGKGARR CVRCGQYGPV IRVHGLMLCR HCFREIAPKL GFKKYE

UniProtKB: 30S ribosomal protein S14 type Z

+
分子 #18: 30S ribosomal protein S15

分子名称: 30S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
分子量理論値: 17.47573 KDa
配列文字列:
MARMHARKRG KSGSKRPPRT APPTWVEYTA EEVEGLVVKL RKEGYSAAMI GTILRDQYGI PSVKLITGKK ITKILEENGL APQIPEDLM ALIRKAVNLR KHLEMHPKDR HSMRGLQLTE SKIRRLVKYY RRTGKLPAKW RYDPEQAKLL VR

UniProtKB: 30S ribosomal protein S15

+
分子 #19: 30S ribosomal protein S17

分子名称: 30S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
分子量理論値: 12.99611 KDa
配列文字列:
MREIGLKVQP PAEKCDDPHC PWHGHLRIHG RYFEGIVVSD KGKKTVVVER RHYHYLKKYE RYELRRSKVH AHNPECIDAK VGDRVLVAE TRPISKTKSW VVVAVTKRAG ER

UniProtKB: 30S ribosomal protein S17

+
分子 #20: 30S ribosomal protein S17e

分子名称: 30S ribosomal protein S17e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
分子量理論値: 7.723957 KDa
配列文字列:
MGNIKQMFIK RTARELFDRY PNEFSRDFEH NKKKVEELTN VTSKTIRNRI AGYITKLVRM KEEG

UniProtKB: 30S ribosomal protein S17e

+
分子 #21: 30S ribosomal protein S19P

分子名称: 30S ribosomal protein S19P / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
分子量理論値: 13.511957 KDa
配列文字列:
EFKYRGYTFE ELLNMSLEDF AKLLPSRQRR SLKRGLSPEQ KKLLRKIRLA RKGKYKKPIR THSRDMVILP EMVGITIHVY NGKEFVPVE IKEEMIGHYL GEFALTRKVV QHGSPG

UniProtKB: 30S ribosomal protein S19P

+
分子 #22: 30S ribosomal protein S19e

分子名称: 30S ribosomal protein S19e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
分子量理論値: 17.203732 KDa
配列文字列:
ATVYDVPGDL LVERTAKALK EVEAIKPPEW APFVKTGRHK ERIPEQEDWW YYRVASIFRK IYIDGPVGIE RLRTWYGGRK NRGHAPEHF YKAGGSIIRK ALQQLEAAGF VQKVPGEGRI VTPQGQSFLD RIATELKKEL EEQLPELKKY

UniProtKB: 30S ribosomal protein S19e

+
分子 #23: RNA-binding protein

分子名称: RNA-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
分子量理論値: 6.292359 KDa
配列文字列:
KFEVPVCTSC GKEITPREHA THFVCPNCGE AIIWRCESCR VLSVPYKCPK CGWEGP

UniProtKB: RNA-binding protein

+
分子 #24: 30S ribosomal protein S24e

分子名称: 30S ribosomal protein S24e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
分子量理論値: 11.406222 KDa
配列文字列:
MEIKVREMKE NRLLGRKEIY FDVIHEGEAT PSRADVKGKL VAMLDLNPET VVIQYIRSYF GSRVSRGYAK AYESKERMLY IEPEYVLVR DGIIKKEE

UniProtKB: 30S ribosomal protein S24e

+
分子 #25: 30S ribosomal protein S27e

分子名称: 30S ribosomal protein S27e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
分子量理論値: 6.835214 KDa
配列文字列:
LPKNLIPMPK SRFLRVKCID CGNEQIVFSN PSTTVRCLVC GATLVEPTGG KGILKAKVLE VLE

UniProtKB: 30S ribosomal protein S27e

+
分子 #26: 30S ribosomal protein S27ae

分子名称: 30S ribosomal protein S27ae / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
分子量理論値: 5.995112 KDa
配列文字列:
MGQKWKLYEV KGGKVRRKNK FCPRCGPGVF MAEHKDRWSC GRCGYTEWKR

UniProtKB: 30S ribosomal protein S27ae

+
分子 #27: 30S ribosomal protein S28e

分子名称: 30S ribosomal protein S28e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
分子量理論値: 7.356496 KDa
配列文字列:
MSDEGYPAEV IEIVARTGVT GGVTQVKVRI LEGRDKGRVI RRNVKGPVRV GDIVILRETE REAREI

UniProtKB: 30S ribosomal protein S28e

+
分子 #28: 50S ribosomal protein L7Ae

分子名称: 50S ribosomal protein L7Ae / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
分子量理論値: 13.351441 KDa
配列文字列:
MAKPSYVKFE VPAELAEKAL EAVELARDTG RIRKGTNETT KAVERGQAKL VVIAEDVDPE EIVAHLPPLC EEKEIPYIYV PSKKELGAA AGIEVPAASV AILEPGKGRE LVEDIAAKVR ELMK

UniProtKB: 50S ribosomal protein L7Ae

+
分子 #29: LSU ribosomal protein L41E

分子名称: LSU ribosomal protein L41E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
分子量理論値: 5.023395 KDa
配列文字列:
MKRRPRKWKK KGRMRWKWIK KRIRRLKKQR RKERGLI

UniProtKB: LSU ribosomal protein L41E

+
分子 #30: ATPase

分子名称: ATPase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus (古細菌)
分子量理論値: 67.201469 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MRVAVINYDF CKPDKCNLEC INFCPVDRSG GKAIELSEIV KGKPVIYEET CIGCGICVKK CPYEAISIVN LPDELEGEVI HRYKVNGFK LFGLPTPKNN TILGVLGKNG VGKTTVLKIL AGEIIPNFGD PNSKVGKDEV LKRFRGKEIY NYFKELYSNE L KIVHKIQY ...文字列:
MRVAVINYDF CKPDKCNLEC INFCPVDRSG GKAIELSEIV KGKPVIYEET CIGCGICVKK CPYEAISIVN LPDELEGEVI HRYKVNGFK LFGLPTPKNN TILGVLGKNG VGKTTVLKIL AGEIIPNFGD PNSKVGKDEV LKRFRGKEIY NYFKELYSNE L KIVHKIQY VEYASKFLKG TVNEILTKID ERGKKDEVKE LLNMTNLWNK DANILSGGGL QRLLVAASLL READVYIFDA PS SYLDVRE RMNMAKAIRE LLKNKYVIVV DHDLIVLDYL TDLIHIIYGE SSVYGRVSKS YAARVGINNF LKGYLPAENM KIR PDEIKF MLKEVSDLDL SKDLKTKMKW TKIIKKLGDF QLVVDNGEAK EGEIIGILGP NGIGKTTFAR ILVGEITADE GSVT PEKQI LSYKPQRIFP NYDGTVQQYL ENASKDALST SSWFFEEVTK RLNLHRLLES NVNDLSGGEL QKLYIAATLA KEADL YVLD APSSYLDVEE RYIVAKAIKR VTRERKAVTF IIDHDLSIHD YIADRIIVFK GEPEKAGLAT SPVTLKTGMN EFLREL EVT FRRDAETGRP RVNKIGSYLD RVQKERGDYY S

UniProtKB: ATPase

+
分子 #31: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 29 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #32: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #33: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 2 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #34: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 2 / 式: ANP
分子量理論値: 506.196 Da
Chemical component information

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / 使用した粒子像数: 293010
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る