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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10410 | |||||||||
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タイトル | In situ subtomogram average of Chlamydomonas Cdc48 (C6 symmetry) | |||||||||
マップデータ | In situ subtomogram average of the Chlamydomonas Cdc48 complex (C6 symmetry) | |||||||||
試料 |
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生物種 | Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 32.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Albert S / Schaffer M / Baumeister W / Engel BD | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020 タイトル: Direct visualization of degradation microcompartments at the ER membrane. 著者: Sahradha Albert / Wojciech Wietrzynski / Chia-Wei Lee / Miroslava Schaffer / Florian Beck / Jan M Schuller / Patrice A Salomé / Jürgen M Plitzko / Wolfgang Baumeister / Benjamin D Engel / 要旨: To promote the biochemical reactions of life, cells can compartmentalize molecular interaction partners together within separated non-membrane-bound regions. It is unknown whether this strategy is ...To promote the biochemical reactions of life, cells can compartmentalize molecular interaction partners together within separated non-membrane-bound regions. It is unknown whether this strategy is used to facilitate protein degradation at specific locations within the cell. Leveraging in situ cryo-electron tomography to image the native molecular landscape of the unicellular alga , we discovered that the cytosolic protein degradation machinery is concentrated within ∼200-nm foci that contact specialized patches of endoplasmic reticulum (ER) membrane away from the ER-Golgi interface. These non-membrane-bound microcompartments exclude ribosomes and consist of a core of densely clustered 26S proteasomes surrounded by a loose cloud of Cdc48. Active proteasomes in the microcompartments directly engage with putative substrate at the ER membrane, a function canonically assigned to Cdc48. Live-cell fluorescence microscopy revealed that the proteasome clusters are dynamic, with frequent assembly and fusion events. We propose that the microcompartments perform ER-associated degradation, colocalizing the degradation machinery at specific ER hot spots to enable efficient protein quality control. #1: ジャーナル: To Be Published タイトル: Direct visualization of degradation microcompartments at the ER membrane 著者: Albert S / Wietrzynski W / Lee CW / Schaffer M / Beck F / Schuller JM / Salome PA / Plitzko JM / Baumeister W / Engel BD | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10410.map.gz | 3.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10410-v30.xml emd-10410.xml | 15.1 KB 15.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_10410_fsc.xml | 3.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_10410.png | 43.8 KB | ||
その他 | emd_10410_additional.map.gz | 2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10410 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10410 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10410_validation.pdf.gz | 219.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_10410_full_validation.pdf.gz | 218.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10410_validation.xml.gz | 7.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10410 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10410 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10410.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | In situ subtomogram average of the Chlamydomonas Cdc48 complex (C6 symmetry) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.42 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Raw subtomogram average before post-processing (C6 symmetry)
ファイル | emd_10410_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Raw subtomogram average before post-processing (C6 symmetry) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Cdc48 inside native Chlamydomonas cells
全体 | 名称: Cdc48 inside native Chlamydomonas cells |
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要素 |
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-超分子 #1: Cdc48 inside native Chlamydomonas cells
超分子 | 名称: Cdc48 inside native Chlamydomonas cells / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 細胞中の位置: Cytoplasm |
分子量 | 理論値: 540 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 / 詳細: TAP media |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: Blotted from the back for 10 seconds before plunging. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
詳細 | Bidirectional tilt scheme |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 1.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 6.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 倍率(公称値): 42000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |