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万見
- EMDB-10357: Bat Influenza A polymerase product dissociation complex using 44-... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10357
タイトルBat Influenza A polymerase product dissociation complex using 44-mer vRNA template with mutated oligo(U) sequence
マップデータ
試料
  • 複合体: Bat Influenza A polymerase product dissociation complex using 44-mer vRNA template with mutated oligo(U) sequence
    • 複合体: Polymerase
      • タンパク質・ペプチド: Polymerase acidic protein
      • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
      • タンパク質・ペプチド: Polymerase basic protein 2
    • 複合体: Nucleic acid
      • RNA: vRNA
  • リガンド: water
キーワードInfluenza / polymerase / viral transcription / RNA / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / virion component / host cell cytoplasm / RNA-directed RNA polymerase / viral translational frameshifting / viral RNA genome replication ...cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / virion component / host cell cytoplasm / RNA-directed RNA polymerase / viral translational frameshifting / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PB2, C-terminal / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain ...PB2, C-terminal / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain / Influenza RNA polymerase PB2 C-terminal domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 6th domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 CAP binding domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 helical domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Polymerase basic protein 2 / RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / Polymerase acidic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A/little yellow-shouldered bat/Guatemala/060/2010(H17N10)) (A型インフルエンザウイルス) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.82 Å
データ登録者Wandzik JM / Kouba T
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
French National Research AgencyANR-18-CE11-0028 フランス
引用ジャーナル: Cell / 年: 2020
タイトル: A Structure-Based Model for the Complete Transcription Cycle of Influenza Polymerase.
著者: Joanna M Wandzik / Tomas Kouba / Manikandan Karuppasamy / Alexander Pflug / Petra Drncova / Jan Provaznik / Nayara Azevedo / Stephen Cusack /
要旨: Influenza polymerase uses unique mechanisms to synthesize capped and polyadenylated mRNAs from the genomic viral RNA (vRNA) template, which is packaged inside ribonucleoprotein particles (vRNPs). ...Influenza polymerase uses unique mechanisms to synthesize capped and polyadenylated mRNAs from the genomic viral RNA (vRNA) template, which is packaged inside ribonucleoprotein particles (vRNPs). Here, we visualize by cryoelectron microscopy the conformational dynamics of the polymerase during the complete transcription cycle from pre-initiation to termination, focusing on the template trajectory. After exiting the active site cavity, the template 3' extremity rebinds into a specific site on the polymerase surface. Here, it remains sequestered during all subsequent transcription steps, forcing the template to loop out as it further translocates. At termination, the strained connection between the bound template 5' end and the active site results in polyadenylation by stuttering at uridine 17. Upon product dissociation, further conformational changes release the trapped template, allowing recycling back into the pre-initiation state. Influenza polymerase thus performs transcription while tightly binding to and protecting both template ends, allowing efficient production of multiple mRNAs from a single vRNP.
履歴
登録2019年10月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年4月15日-
マップ公開2020年4月15日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6t0r
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10357.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10357.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 115.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.81 Å/pix.
x 312 pix.
= 253.562 Å		0.81 Å/pix.
x 312 pix.
= 253.562 Å		0.81 Å/pix.
x 312 pix.
= 253.562 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8127 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.06304491 - 0.13569495
平均 (標準偏差)0.000010514743 (±0.0041864137)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ312312312
Spacing312312312
セルA=B=C: 253.5624 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.812698717948720.812698717948720.81269871794872
M x/y/z312312312
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z253.562253.562253.562
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ350350350
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS312312312
D min/max/mean-0.0630.1360.000

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添付データ

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追加マップ: LocScale map

ファイルemd_10357_additional.map
注釈LocScale map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_10357_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_10357_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Bat Influenza A polymerase product dissociation complex using 44-...

全体名称: Bat Influenza A polymerase product dissociation complex using 44-mer vRNA template with mutated oligo(U) sequence
要素
  • 複合体: Bat Influenza A polymerase product dissociation complex using 44-mer vRNA template with mutated oligo(U) sequence
    • 複合体: Polymerase
      • タンパク質・ペプチド: Polymerase acidic protein
      • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
      • タンパク質・ペプチド: Polymerase basic protein 2
    • 複合体: Nucleic acid
      • RNA: vRNA
  • リガンド: water

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超分子 #1: Bat Influenza A polymerase product dissociation complex using 44-...

超分子名称: Bat Influenza A polymerase product dissociation complex using 44-mer vRNA template with mutated oligo(U) sequence
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4

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超分子 #2: Polymerase

超分子名称: Polymerase / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/little yellow-shouldered bat/Guatemala/060/2010(H17N10)) (A型インフルエンザウイルス)

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超分子 #3: Nucleic acid

超分子名称: Nucleic acid / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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分子 #1: Polymerase acidic protein

分子名称: Polymerase acidic protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/little yellow-shouldered bat/Guatemala/060/2010(H17N10)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/little yellow-shouldered bat/Guatemala/060/2010(H17N10)
分子量理論値: 85.49093 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GSHHHHHHHH GSGSMENFVR TNFNPMILER AEKTMKEYGE NPQNEGNKFA AISTHMEVCF MYSDFHFIDL EGNTIVKEND DDNAMLKHR FEIIEGQERN IAWTIVNSIC NMTENSKPRF LPDLYDYKTN KFIEIGVTRR KVEDYYYEKA SKLKGENVYI H IFSFDGEE ...文字列:
GSHHHHHHHH GSGSMENFVR TNFNPMILER AEKTMKEYGE NPQNEGNKFA AISTHMEVCF MYSDFHFIDL EGNTIVKEND DDNAMLKHR FEIIEGQERN IAWTIVNSIC NMTENSKPRF LPDLYDYKTN KFIEIGVTRR KVEDYYYEKA SKLKGENVYI H IFSFDGEE MATDDEYILD EESRARIKTR LFVLRQELAT AGLWDSFRQS EKGEETLEEE FSYPPTFQRL ANQSLPPSFK DY HQFKAYV SSFKANGNIE AKLGAMSEKV NAQIESFDPR TIRELELPEG KFCTQRSKFL LMDAMKLSVL NPAHEGEGIP MKD AKACLD TFWGWKKATI IKKHEKGVNT NYLMIWEQLL ESIKEMEGKF LNLKKTNHLK WGLGEGQAPE KMDFEDCKEV PDLF QYKSE PPEKRKLASW IQSEFNKASE LTNSNWIEFD ELGNDVAPIE HIASRRRNFF TAEVSQCRAS EYIMKAVYIN TALLN SSCT AMEEYQVIPI ITKCRDTSGQ RRTNLYGFII KGRSHLRNDT DVVNFISLEF SLTDPRNEIH KWEKYCVLEI GDMEIR TSI STIMKPVYLY VRTNGTSKIK MKWGMEMRRC LLQSLQQVES MIEAESAVKE KDMTEPFFRN RENDWPIGES PQGIEKG TI GKVCRVLLAK SVFNSIYASA QLEGFSAESR KLLLLIQAFR DNLDPGTFDL KGLYEAIEEC IINDPWVLLN ASWFNSFL K AVQLSMGSGS GENLYFQ

UniProtKB: Polymerase acidic protein

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分子 #2: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

分子名称: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/little yellow-shouldered bat/Guatemala/060/2010(H17N10)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/little yellow-shouldered bat/Guatemala/060/2010(H17N10)
分子量理論値: 87.936312 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GSGSGSGSGM DVNPMLIFLK VPVQNAISTT FPYTGDPPYS HGTGTGYTMD TVIRTHDYSS RGIWKTNSET GAQQLNPIDG PLPEDNEPS GYAQTDCVLE LIEGLDRSHP GLFETACQET IDAIQQTRVD KLTQGRQTYD WTLNRNQPAA TALANTIEVF R KNGYKLNE ...文字列:
GSGSGSGSGM DVNPMLIFLK VPVQNAISTT FPYTGDPPYS HGTGTGYTMD TVIRTHDYSS RGIWKTNSET GAQQLNPIDG PLPEDNEPS GYAQTDCVLE LIEGLDRSHP GLFETACQET IDAIQQTRVD KLTQGRQTYD WTLNRNQPAA TALANTIEVF R KNGYKLNE SGRLIDFLKD VLLSFENDSM EVTTHFQKKK RIRDNHSKKM ITQRTIGKKR VKLTKKNYLI RALTLNTMTK DA ERGKLKR RAIATPGMQI RGFVYFVELL ARNICERLEQ SGLPVGGNEK KAKLANVIKK MMAKSTDEEL SYTITGDNTK WNE NQNPRI FLAMVLRITA GQPEWFRDLL AVAPIMFSNK VARLGRGYMF ESKSMHLRTQ ISAENLSDIN LRYFNEDTKK KIEK IRHLM VEGTASLSPG MMMGMFNMLS TVLGVSVLNL GQREILKRTY WWDGLQSSDD FALIINGHFK EDIQQGVNHF YRTCK LVGI NMSQKKSYIN KTGTFEFTSF FYRYGFVANF SMELPSFGVA GNNESADMSI GTTVIKTNMI NNDLGPATAQ MAIQLF IKD YRYTYRCHRG DTNLETRRTK SIKRLWTETI SKAGLLVADG GPNPYNLRNL HIPEVCLKWS LMDPDYRGRL CNPNNPF VH HMEVESTNLA VVMPAHGPAK SLEYDAVATT HSWTPKRNRS ILNTNQRGIL EDERIYQKCC QVFEKFFPSS TYRRPIGM A SMLDAMLSRA RIDARIDLES GRISSQDFSE ITNTCKAIEA LKRQGSGSGE NLYFQ

UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

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分子 #3: Polymerase basic protein 2

分子名称: Polymerase basic protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/little yellow-shouldered bat/Guatemala/060/2010(H17N10)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/little yellow-shouldered bat/Guatemala/060/2010(H17N10)
分子量理論値: 91.027141 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GSGSGSGSGM ERIKELMEMV KNSRMREILT TTSVDHMAVI KKYTSGRQEK NPALRMKWMM AMKYPISASS RIREMIPEKD EDGNTLWTN TKDAGSNRVL VSPNAVTWWN RAGPVSDVVH YPRVYKMYFD RLERLTHGTF GPVKFYNQVK VRKRVDINPG H KDLTSREA ...文字列:
GSGSGSGSGM ERIKELMEMV KNSRMREILT TTSVDHMAVI KKYTSGRQEK NPALRMKWMM AMKYPISASS RIREMIPEKD EDGNTLWTN TKDAGSNRVL VSPNAVTWWN RAGPVSDVVH YPRVYKMYFD RLERLTHGTF GPVKFYNQVK VRKRVDINPG H KDLTSREA QEVIMEVVFP NEVGARTLSS DAQLTITKEK KEELKNCKIS PIMVAYMLER ELVRRTRFLP IAGATSSTYV EV LHLTQGT CWEQQYTPGG EAENDDLDQT LIIASRNIVR RSIVAIDPLA SLLSMCHTTS ISSEPLVEIL RSNPTDEQAV NIC KAALGI RINNSFSFGG YNFKRVKGSS QRTEKAVLTG NLQTLTMTIF EGYEEFNVSG KRASAVLKKG AQRLIQAIIG GRTL EDILN LMITLMVFSQ EEKMLKAVRG DLNFVNRANQ RLNPMYQLLR HFQKDSSTLL KNWGTEEIDP IMGIAGIMPD GTINK TQTL MGVRLSQGGV DEYSFNERIR VNIDKYLRVR NEKGELLISP EEVSEAQGQE KLPINYNSSL MWEVNGPESI LTNTYH WII KNWELLKTQW MTDPTVLYNR IEFEPFQTLI PKGNRAIYSG FTRTLFQQMR DVEGTFDSIQ IIKLLPFSAH PPSLGRT QF SSFTLNIRGA PLRLLIRGNS QVFNYNQMEN VIIVLGKSVG SPERSILTES SSIESAVLRG FLILGKANSK YGPVLTIG E LDKLGRGEKA NVLIGQGDTV LVMKRKRDSS ILTDSQTALK RIRLEESKGW SHPQFEKGGG SGGGSGGSAW SHPQFEKGR SGGENLYFQ

UniProtKB: Polymerase basic protein 2

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分子 #4: vRNA

分子名称: vRNA / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 14.012289 KDa
配列文字列:
AGUAGUAACA AGAGCAAUGU GUCCGUCUCG CCUCUGCUUC UGCU

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分子 #5: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 31 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 39.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.82 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 52294
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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