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- EMDB-10340: The III2-IV(5B)2 respiratory supercomplex from S. cerevisiae -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10340
タイトルThe III2-IV(5B)2 respiratory supercomplex from S. cerevisiae
マップデータIII2-IV5B2 respiratory supercomplex from S. cerevisiae
試料
  • 複合体: The III2-IV(5B)2 respiratory supercomplex from S. cerevisiae
    • タンパク質・ペプチド: x 23種
機能・相同性
機能・相同性情報


matrix side of mitochondrial inner membrane / mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / Respiratory electron transport / mitochondrial respirasome assembly / Mitochondrial protein degradation / : / : / cytochrome-c oxidase ...matrix side of mitochondrial inner membrane / mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / Respiratory electron transport / mitochondrial respirasome assembly / Mitochondrial protein degradation / : / : / cytochrome-c oxidase / : / quinol-cytochrome-c reductase / cellular respiration / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / mitochondrial crista / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / enzyme regulator activity / proton transmembrane transport / aerobic respiration / nuclear periphery / mitochondrial membrane / mitochondrial intermembrane space / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / copper ion binding / heme binding / mitochondrion / proteolysis / zinc ion binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Respiratory supercomplex factor 2, mitochondrial / Hypoxia induced protein, domain / Hypoxia induced protein conserved region / HIG1 domain profile. / Cytochrome c oxidase subunit VII, budding yeast / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa, fungal / Cytochrome b-c1 complex subunit 10, fungi / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex subunit (QCR10) / : / Cytochrome c oxidase, subunit VIa, conserved site ...Respiratory supercomplex factor 2, mitochondrial / Hypoxia induced protein, domain / Hypoxia induced protein conserved region / HIG1 domain profile. / Cytochrome c oxidase subunit VII, budding yeast / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa, fungal / Cytochrome b-c1 complex subunit 10, fungi / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex subunit (QCR10) / : / Cytochrome c oxidase, subunit VIa, conserved site / Cytochrome c oxidase subunit VIa signature. / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV family / Cytochrome c oxidase subunit VIIc superfamily / Cytochrome c oxidase subunit IV superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIa / Cytochrome c oxidase subunit Va / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / Cytochrome c oxidase, subunit VIb superfamily / Cytochrome oxidase c subunit VIb / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit 2, C-terminal / Cytochrome c oxidase subunit III domain / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding region signature. / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase, subunit Vb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding domain profile. / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Cytochrome c oxidase, subunit II / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome b / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / : / : / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7, mitochondrial / Cytochrome b / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 4, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 8, mitochondrial ...Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7, mitochondrial / Cytochrome b / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 4, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 8, mitochondrial / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 9, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 8, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 7, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 13, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 10, mitochondrial / Respiratory supercomplex factor 2, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 12, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 26, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Marechal A / Hartley A / Pinotsis N
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/M00936X/1 英国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020
タイトル: Rcf2 revealed in cryo-EM structures of hypoxic isoforms of mature mitochondrial III-IV supercomplexes.
著者: Andrew M Hartley / Brigitte Meunier / Nikos Pinotsis / Amandine Maréchal /
要旨: The organization of the mitochondrial electron transport chain proteins into supercomplexes (SCs) is now undisputed; however, their assembly process, or the role of differential expression isoforms, ...The organization of the mitochondrial electron transport chain proteins into supercomplexes (SCs) is now undisputed; however, their assembly process, or the role of differential expression isoforms, remain to be determined. In , cytochrome oxidase (CIV) forms SCs of varying stoichiometry with cytochrome (CIII). Recent studies have revealed, in normoxic growth conditions, an interface made exclusively by Cox5A, the only yeast respiratory protein that exists as one of two isoforms depending on oxygen levels. Here we present the cryo-EM structures of the III-IV and III-IV SCs containing the hypoxic isoform Cox5B solved at 3.4 and 2.8 Å, respectively. We show that the change of isoform does not affect SC formation or activity, and that SC stoichiometry is dictated by the level of CIII/CIV biosynthesis. Comparison of the CIV- and CIV-containing SC structures highlighted few differences, found mainly in the region of Cox5. Additional density was revealed in all SCs, independent of the CIV isoform, in a pocket formed by Cox1, Cox3, Cox12, and Cox13, away from the CIII-CIV interface. In the CIV-containing hypoxic SCs, this could be confidently assigned to the hypoxia-induced gene 1 (Hig1) type 2 protein Rcf2. With conserved residues in mammalian Hig1 proteins and Cox3/Cox12/Cox13 orthologs, we propose that Hig1 type 2 proteins are stoichiometric subunits of CIV, at least when within a III-IV SC.
履歴
登録2019年9月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年4月22日-
マップ公開2020年4月22日-
更新2020年5月13日-
現状2020年5月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-6t0b
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10340.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10340.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈III2-IV5B2 respiratory supercomplex from S. cerevisiae
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.085 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.24 / ムービー #1: 0.4
最小 - 最大-1.7427498 - 3.0284133
平均 (標準偏差)0.0014867621 (±0.0718099)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 486.08002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0851.0851.085
M x/y/z448448448
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z486.080486.080486.080
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS448448448
D min/max/mean-1.7433.0280.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : The III2-IV(5B)2 respiratory supercomplex from S. cerevisiae

全体名称: The III2-IV(5B)2 respiratory supercomplex from S. cerevisiae
要素
  • 複合体: The III2-IV(5B)2 respiratory supercomplex from S. cerevisiae
    • タンパク質・ペプチド: Cox1 Cytochrome c oxidase subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Cox2 Cytochrome c oxidase subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Cox3 Cytochrome c oxidase subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Cox4 Cytochrome c oxidase subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Cox5B Cytochrome c oxidase subunit 5B
    • タンパク質・ペプチド: Cox6 Cytochrome c oxidase subunit 6
    • タンパク質・ペプチド: Cox7 Cytochrome c oxidase subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: Cox8 Cytochrome c oxidase polypeptide VIII
    • タンパク質・ペプチド: Cox9 Cytochrome c oxidase subunit 7A
    • タンパク質・ペプチド: Cox12 Cytochrome c oxidase subunit 6B
    • タンパク質・ペプチド: Cox13 Cytochrome c oxidase subunit 6A
    • タンパク質・ペプチド: Cox26, Uncharacterized protein YDR119W-A
    • タンパク質・ペプチド: RCF2, Respiratory supercomplex factor 2, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Qcr1 CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 1
    • タンパク質・ペプチド: Qcr2 CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 2
    • タンパク質・ペプチド: CYTOCHROME b
    • タンパク質・ペプチド: CYTOCHROME c1
    • タンパク質・ペプチド: CYTOCHROME b-c1 COMPLEX SUBUNIT RIESKE
    • タンパク質・ペプチド: CYTOCHROME b-c1 COMPLEX SUBUNIT 6
    • タンパク質・ペプチド: CYTOCHROME b-c1 COMPLEX SUBUNIT 7
    • タンパク質・ペプチド: CYTOCHROME b-c1 COMPLEX SUBUNIT 8
    • タンパク質・ペプチド: CYTOCHROME b-c1 COMPLEX SUBUNIT 9
    • タンパク質・ペプチド: CYTOCHROME b-c1 COMPLEX SUBUNIT 10

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超分子 #1: The III2-IV(5B)2 respiratory supercomplex from S. cerevisiae

超分子名称: The III2-IV(5B)2 respiratory supercomplex from S. cerevisiae
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Contains two copies of Complex III and two copies of Complex IV (Cox1,Cox2,Cox3,Cox4,Cox5B,Cox6,Cox7,Cox8,Cox9,Cox12,Cox13,Cox26 and Rcf2
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)

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分子 #1: Cox1 Cytochrome c oxidase subunit 1

分子名称: Cox1 Cytochrome c oxidase subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列: MVQRWLYSTN AKDIAVLYFM LAIFSGMAGT AMSLIIRLEL AAPGSQYLHG NSQLFNVLVV GHAVLMIFF LVMPALIGGF GNYLLPLMIG ATDTAFPRIN NIAFWVLPMG LVCLVTSTLV E SGAGTGWT VYPPLSSIQA HSGPSVDLAI FALHLTSISS LLGAINFIVT ...文字列:
MVQRWLYSTN AKDIAVLYFM LAIFSGMAGT AMSLIIRLEL AAPGSQYLHG NSQLFNVLVV GHAVLMIFF LVMPALIGGF GNYLLPLMIG ATDTAFPRIN NIAFWVLPMG LVCLVTSTLV E SGAGTGWT VYPPLSSIQA HSGPSVDLAI FALHLTSISS LLGAINFIVT TLNMRTNGMT MH KLPLFVW SIFITAFLLL LSLPVLSAGI TMLLLDRNFN TSFFEVSGGG DPILYEHLFW FFG HPEVYI LIIPGFGIIS HVVSTYSKKP VFGEISMVYA MASIGLLGFL VWSHHMYIVG LDAD TRAYF TSATMIIAIP TGIKIFSWLA TIHGGSIRLA TPMLYAIAFL FLFTMGGLTG VALAN ASLD VAFHDTYYVV GHFHYVLSMG AIFSLFAGYY YWSPQILGLN YNEKLAQIQF WLIFIG ANV IFFPMHFLGI NGMPRRIPDY PDAFAGWNYV ASIGSFIATL SLFLFIYILY DQLVNGL NN KVNNKSVIYN KAPDFVESNT IFNLNTVKSS SIEFLLTSPP AVHSFNTPAV QS

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分子 #3: Cox2 Cytochrome c oxidase subunit 2

分子名称: Cox2 Cytochrome c oxidase subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列: MLDLLRLQLT TFIMNDVPTP YACYFQDSAT PNQEGILELH DNIMFYLLVI LGLVSWMLYT IVMTYSKNP IAYKYIKHGQ TIEVIWTIFP AVILLIIAFP SFILLYLCDE VISPAMTIKA I GYQWYWKY EYSDFINDSG ETVEFESYVI PDELLEEGQL RLLDTDTSMV ...文字列:
MLDLLRLQLT TFIMNDVPTP YACYFQDSAT PNQEGILELH DNIMFYLLVI LGLVSWMLYT IVMTYSKNP IAYKYIKHGQ TIEVIWTIFP AVILLIIAFP SFILLYLCDE VISPAMTIKA I GYQWYWKY EYSDFINDSG ETVEFESYVI PDELLEEGQL RLLDTDTSMV VPVDTHIRFV VT AADVIHD FAIPSLGIKV DATPGRLNQV SALIQREGVF YGACSELCGT GHANMPIKIE AVS LPKFLE WLNEQ

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分子 #4: Cox3 Cytochrome c oxidase subunit 3

分子名称: Cox3 Cytochrome c oxidase subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
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分子 #5: Cox4 Cytochrome c oxidase subunit 4

分子名称: Cox4 Cytochrome c oxidase subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列:
MLSLRQSIRF FKPATRTLCS SRYLLQQKPV VKTAQNLAEV NGPETLIGPG AKEGTVPTDL DQETGLARL ELLGKLEGID VFDTKPLDSS RKGTMKDPII IESYDDYRYV GCTGSPAGSH T IMWLKPTV NEVARCWECG SVYKLNPVGV PNDDHHH

+
分子 #6: Cox5B Cytochrome c oxidase subunit 5B

分子名称: Cox5B Cytochrome c oxidase subunit 5B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列:
MLRTSLTKGA RLTGTRFVQT KALSKATLTD LPERWENMPN LEQKEIADNL TERQKLPWKT LNNEEIKAA WYISYGEWGP RRPVHGKGDV AFITKGVFLG LGISFGLFGL VRLLANPETP K TMNREWQL KSDEYLKSKN ANPWGGYSQV QSK

+
分子 #7: Cox6 Cytochrome c oxidase subunit 6

分子名称: Cox6 Cytochrome c oxidase subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列:
MLSRAIFRNP VINRTLLRAR PGAYHATRLT KNTFIQSRKY SDAHDEETFE EFTARYEKEF DEAYDLFEV QRVLNNCFSY DLVPAPAVIE KALRAARRVN DLPTAIRVFE ALKYKVENED Q YKAYLDEL KDVRQELGVP LKEELFPSSS

+
分子 #8: Cox7 Cytochrome c oxidase subunit 7

分子名称: Cox7 Cytochrome c oxidase subunit 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列:
MANKVIQLQK IFQSSTKPLW WRHPRSALYL YPFYAIFAVA VVTPLLYIPN AIRGIKAKKA

+
分子 #9: Cox8 Cytochrome c oxidase polypeptide VIII

分子名称: Cox8 Cytochrome c oxidase polypeptide VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列:
MLCQQMIRTT AKRSSNIMTR PIIMKRSVHF KDGVYENIPF KVKGRKTPYA LSHFGFFAIG FAVPFVACY VQLKKSGAF

+
分子 #10: Cox9 Cytochrome c oxidase subunit 7A

分子名称: Cox9 Cytochrome c oxidase subunit 7A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列:
MTIAPITGTI KRRVIMDIVL GFSLGGVMAS YWWWGFHMDK INKREKFYAE LAERKKQEN

+
分子 #11: Cox12 Cytochrome c oxidase subunit 6B

分子名称: Cox12 Cytochrome c oxidase subunit 6B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列:
MADQENSPLH TVGFDARFPQ QNQTKHCWQS YVDYHKCVNM KGEDFAPCKV FWKTYNALCP LDWIEKWDD QREKGIFAGD INSD

+
分子 #12: Cox13 Cytochrome c oxidase subunit 6A

分子名称: Cox13 Cytochrome c oxidase subunit 6A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列:
MFRQCAKRYA SSLPPNALKP AFGPPDKVAA QKFKESLMAT EKHAKDTSNM WVKISVWVAL PAIALTAVN TYFVEKEHAE HREHLKHVPD SEWPRDYEFM NIRSKPFFWG DGDKTLFWNP V VNRHIEHD DG ARGSHHH HHH

+
分子 #13: Cox26, Uncharacterized protein YDR119W-A

分子名称: Cox26, Uncharacterized protein YDR119W-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列:
MFRQCAKRYA SSLPPNALKP AFGPPDKVAA QKFKESLMAT EKHAKDTSNM WVKISVWVAL PAIALTAVN TYFVEKEHAE HREHLKHVPD SEWPRDYEFM NIRSKPFFWG DGDKTLFWNP V VNRHIEHD DG ARGSHHH HHH

+
分子 #14: RCF2, Respiratory supercomplex factor 2, mitochondrial

分子名称: RCF2, Respiratory supercomplex factor 2, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列: MKILTQDEIE AHRSHTLKGG IEGALAGFAI SAIIFKVLPR RYPKFKPSTL TWSIKTALWI TPPTVLTAI CAEEASNNFD ATMYGSGSSS EDALDEHRRW KSLSTKDKFV EGLSNNKYKI I TGAWAASL YGSWVIVNKD PIMTKAQKIV QARMYAQFIT VGLLLASVGL ...文字列:
MKILTQDEIE AHRSHTLKGG IEGALAGFAI SAIIFKVLPR RYPKFKPSTL TWSIKTALWI TPPTVLTAI CAEEASNNFD ATMYGSGSSS EDALDEHRRW KSLSTKDKFV EGLSNNKYKI I TGAWAASL YGSWVIVNKD PIMTKAQKIV QARMYAQFIT VGLLLASVGL SMYENKLHPN KQ KVNEMRR WENALRVAEE EERLEKEGRR TGYVSNEERI NSKIFKS

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分子 #15: Qcr1 CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 1

分子名称: Qcr1 CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列: MLRTVTSKTV SNQFKRSLAT AVATPKAEVT QLSNGIVVAT EHNPSAHTAS VGVVFGSGAA NENPYNNGV SNLWKNIFLS KENSAVAAKE GLALSSNISR DFQSYIVSSL PGSTDKSLDF L NQSFIQQK ANLLSSSNFE ATKKSVLKQV QDFEENDHPN RVLEHLHSTA ...文字列:
MLRTVTSKTV SNQFKRSLAT AVATPKAEVT QLSNGIVVAT EHNPSAHTAS VGVVFGSGAA NENPYNNGV SNLWKNIFLS KENSAVAAKE GLALSSNISR DFQSYIVSSL PGSTDKSLDF L NQSFIQQK ANLLSSSNFE ATKKSVLKQV QDFEENDHPN RVLEHLHSTA FQNTPLSLPT RG TLESLEN LVVADLESFA NNHFLNSNAV VVGTGNIKHE DLVNSIESKN LSLQTGTKPV LKK KAAFLG SEVRLRDDTL PKAWISLAVE GEPVNSPNYF VAKLAAQIFG SYNAFEPASR LQGI KLLDN IQEYQLCDNF NHFSLSYKDS GLWGFSTATR NVTMIDDLIH FTLKQWNRLT ISVTD TEVE RAKSLLKLQL GQLYESGNPV NDANLLGAEV LIKGSKLSLG EAFKKIDAIT VKDVKA WAG KRLWDQDIAI AGTGQIEGLL DYMRIRSDMS MMRW

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分子 #16: Qcr2 CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 2

分子名称: Qcr2 CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
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MLSAARLQFA QGSVRRLTVS ARDAPTKIST LAVKVHGGSR YATKDGVAHL LNRFNFQNTN TRSALKLVR ESELLGGTFK STLDREYITL KATFLKDDLP YYVNALADVL YKTAFKPHEL T ESVLPAAR YDYAVAEQCP VKSAEDQLYA ITFRKGLGNP LLYDGVERVS LQDIKDFADK VY TKENLEV SGENVVEADL KRFVDESLLS TLPAGKSLVS KSEPKFFLGE ENRVRFIGDS VAA IGIPVN KASLAQYEVL ANYLTSALSE LSGLISSAKL DKFTDGGLFT LFVRDQDSAV VSSN IKKIV ADLKKGKDLS PAINYTKLKN AVQNESVSSP IELNFDAVKD FKLGKFNYVA VGDVS NLPY LDEL

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分子 #17: CYTOCHROME b

分子名称: CYTOCHROME b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
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MAFRKSNVYL SLVNSYIIDS PQPSSINYWW NMGSLLGLCL VIQIVTGIFM AMHYSSNIEL AFSSVEHIM RDVHNGYILR YLHANGASFF FMVMFMHMAK GLYYGSYRSP RVTLWNVGVI I FILTIATA FLGYCCVYGQ MSHWGATVIT NLFSAIPFVG NDIVSWLWGG FSVSNPTIQR FF ALHYLVP FIIAAMVIMH LMALHIHGSS NPLGITGNLD RIPMHSYFIF KDLVTVFLFM LIL ALFVFY SPNTLGHPDN YIPGNPLVTP ASIVPEWYLL PFYAILRSIP DKLLGVITMF AAIL VLLVL PFTDRSVVRG NTFKVLSKFF FFIFVFNFVL LGQIGACHVE VPYVLMGQIA TFIYF AYFL IIVPVISTIE NVLFYIGRVN K

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分子 #18: CYTOCHROME c1

分子名称: CYTOCHROME c1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列: MFSNLSKRWA QRTLSKSFYS TATGAASKSG KLTQKLVTAG VAAAGITAST LLYADSLTAE AMTAAEHGL HAPAYAWSHN GPFETFDHAS IRRGYQVYRE VCAACHSLDR VAWRTLVGVS H TNEEVRNM AEEFEYDDEP DEQGNPKKRP GKLSDYIPGP YPNEQAARAA ...文字列:
MFSNLSKRWA QRTLSKSFYS TATGAASKSG KLTQKLVTAG VAAAGITAST LLYADSLTAE AMTAAEHGL HAPAYAWSHN GPFETFDHAS IRRGYQVYRE VCAACHSLDR VAWRTLVGVS H TNEEVRNM AEEFEYDDEP DEQGNPKKRP GKLSDYIPGP YPNEQAARAA NQGALPPDLS LI VKARHGG CDYIFSLLTG YPDEPPAGVA LPPGSNYNPY FPGGSIAMAR VLFDDMVEYE DGT PATTSQ MAKDVTTFLN WCAEPEHDER KRLGLKTVII LSSLYLLSIW VKKFKWAGIK TRKF VFNPP KPRK

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分子 #19: CYTOCHROME b-c1 COMPLEX SUBUNIT RIESKE

分子名称: CYTOCHROME b-c1 COMPLEX SUBUNIT RIESKE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列: MLGIRSSVKT CFKPMSLTSK RLISQSLLAS KSTYRTPNFD DVLKENNDAD KGRSYAYFMV GAMGLLSSA GAKSTVETFI SSMTATADVL AMAKVEVNLA AIPLGKNVVV KWQGKPVFIR H RTPHEIQE ANSVDMSALK DPQTDADRVK DPQWLIMLGI CTHLGCVPIG ...文字列:
MLGIRSSVKT CFKPMSLTSK RLISQSLLAS KSTYRTPNFD DVLKENNDAD KGRSYAYFMV GAMGLLSSA GAKSTVETFI SSMTATADVL AMAKVEVNLA AIPLGKNVVV KWQGKPVFIR H RTPHEIQE ANSVDMSALK DPQTDADRVK DPQWLIMLGI CTHLGCVPIG EAGDFGGWFC PC HGSHYDI SGRIRKGPAP LNLEIPAYEF DGDKVIVG

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分子 #20: CYTOCHROME b-c1 COMPLEX SUBUNIT 6

分子名称: CYTOCHROME b-c1 COMPLEX SUBUNIT 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列: MLGIRSSVKT CFKPMSLTSK RLISQSLLAS KSTYRTPNFD DVLKENNDAD KGRSYAYFMV GAMGLLSSA GAKSTVETFI SSMTATADVL AMAKVEVNLA AIPLGKNVVV KWQGKPVFIR H RTPHEIQE ANSVDMSALK DPQTDADRVK DPQWLIMLGI CTHLGCVPIG ...文字列:
MLGIRSSVKT CFKPMSLTSK RLISQSLLAS KSTYRTPNFD DVLKENNDAD KGRSYAYFMV GAMGLLSSA GAKSTVETFI SSMTATADVL AMAKVEVNLA AIPLGKNVVV KWQGKPVFIR H RTPHEIQE ANSVDMSALK DPQTDADRVK DPQWLIMLGI CTHLGCVPIG EAGDFGGWFC PC HGSHYDI SGRIRKGPAP LNLEIPAYEF DGDKVIVG

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分子 #21: CYTOCHROME b-c1 COMPLEX SUBUNIT 7

分子名称: CYTOCHROME b-c1 COMPLEX SUBUNIT 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列:
MPQSFTSIAR IGDYILKSPV LSKLCVPVAN QFINLAGYKK LGLKFDDLIA EENPIMQTAL RRLPEDESY ARAYRIIRAH QTELTHHLLP RNEWIKAQED VPYLLPYILE AEAAAKEKDE L DNIEVSK

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分子 #22: CYTOCHROME b-c1 COMPLEX SUBUNIT 8

分子名称: CYTOCHROME b-c1 COMPLEX SUBUNIT 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列:
MGPPSGKTYM GWWGHMGGPK QKGITSYAVS PYAQKPLQGI FHNAVFNSFR RFKSQFLYVL IPAGIYWYW WKNGNEYNEF LYSKAGREEL ERVNV

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分子 #23: CYTOCHROME b-c1 COMPLEX SUBUNIT 9

分子名称: CYTOCHROME b-c1 COMPLEX SUBUNIT 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列:
MSFSSLYKTF FKRNAVFVGT IFAGAFVFQT VFDTAITSWY ENHNKGKLWK DVKARIAAGD GDDDDE

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分子 #24: CYTOCHROME b-c1 COMPLEX SUBUNIT 10

分子名称: CYTOCHROME b-c1 COMPLEX SUBUNIT 10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列:
MAYTSHLSSK TGLHFGRLSL RSLTAYAPNL MLWGGASMLG LFVFTEGWPK FQDTLYKKIP LLGPTLEDH TPPEDKPN

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 3 microliter of sample applied to negatively glow discharged grid, blot force -10; blotting time 8.5 sec..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 56.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / 使用した粒子像数: 65999
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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