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- EMDB-10333: Structure of active GID E3 ubiquitin ligase complex minus Gid2 an... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10333
タイトルStructure of active GID E3 ubiquitin ligase complex minus Gid2 and delta Gid9 RING domain
マップデータ
試料
  • 複合体: GIDSR4 minus Gid2/delta Gid9RING
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar import and degradation protein 28
    • タンパク質・ペプチド: Glucose-induced degradation protein 8
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar import and degradation protein 30,Vacuolar import and degradation protein 30,Vacuolar import and degradation protein 30,Vacuolar import and degradation protein 30,Vacuolar import and degradation protein 30,Vacuolar import and degradation protein 30,Vacuolar import and degradation protein 30,Vacuolar import and degradation protein 30,Vacuolar import and degradation protein 30,Vacuolar import and degradation protein 30,Vacuolar import and degradation protein 30,Vacuolar import and degradation protein 30,Vacuolar import and degradation protein 30,Vacuolar import and degradation protein 30,Vacuolar import and degradation protein 30,Vacuolar import and degradation protein 30
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar import and degradation protein 24
    • タンパク質・ペプチド: Protein FYV10,Protein FYV10,Protein FYV10,Protein FYV10,Protein FYV10,Protein FYV10,Protein FYV10
キーワードSuppressed / Suppreseed / LIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


protein catabolic process in the vacuole / GID complex / Regulation of pyruvate metabolism / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the N-end rule pathway / ascospore formation / traversing start control point of mitotic cell cycle / protein targeting to vacuole / regulation of nitrogen utilization / vacuole / negative regulation of gluconeogenesis ...protein catabolic process in the vacuole / GID complex / Regulation of pyruvate metabolism / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the N-end rule pathway / ascospore formation / traversing start control point of mitotic cell cycle / protein targeting to vacuole / regulation of nitrogen utilization / vacuole / negative regulation of gluconeogenesis / cytoskeleton organization / Neutrophil degranulation / cytoplasmic vesicle membrane / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin protein ligase activity / cytoplasmic vesicle / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / negative regulation of apoptotic process / zinc ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ran-binding protein Vid30/RanBPM/SPLA, SPRY domain / Armadillo-type fold containing protein ARMC8/Vid28 / Fyv10 family / Gid-type RING finger domain / Gid-type RING finger profile. / CRA domain / : / CT11-RanBPM / CTLH/CRA C-terminal to LisH motif domain / CTLH/CRA C-terminal to LisH motif domain ...Ran-binding protein Vid30/RanBPM/SPLA, SPRY domain / Armadillo-type fold containing protein ARMC8/Vid28 / Fyv10 family / Gid-type RING finger domain / Gid-type RING finger profile. / CRA domain / : / CT11-RanBPM / CTLH/CRA C-terminal to LisH motif domain / CTLH/CRA C-terminal to LisH motif domain / Vacuolar import/degradation protein Vid24 / Vacuolar import and degradation protein / C-terminal to LisH motif. / CTLH, C-terminal LisH motif / C-terminal to LisH (CTLH) motif profile. / LIS1 homology (LisH) motif profile. / LIS1 homology motif / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / Armadillo-like helical / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
GID complex substrate-recognition subunit 4 / GID complex subunit 8 / GID complex subunit 9 / GID complex subunit 5 / GID complex subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Qiao S / Prabu JR / Schulman BA
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020
タイトル: Interconversion between Anticipatory and Active GID E3 Ubiquitin Ligase Conformations via Metabolically Driven Substrate Receptor Assembly.
著者: Shuai Qiao / Christine R Langlois / Jakub Chrustowicz / Dawafuti Sherpa / Ozge Karayel / Fynn M Hansen / Viola Beier / Susanne von Gronau / Daniel Bollschweiler / Tillman Schäfer / Arno F ...著者: Shuai Qiao / Christine R Langlois / Jakub Chrustowicz / Dawafuti Sherpa / Ozge Karayel / Fynn M Hansen / Viola Beier / Susanne von Gronau / Daniel Bollschweiler / Tillman Schäfer / Arno F Alpi / Matthias Mann / J Rajan Prabu / Brenda A Schulman /
要旨: Cells respond to environmental changes by toggling metabolic pathways, preparing for homeostasis, and anticipating future stresses. For example, in Saccharomyces cerevisiae, carbon stress-induced ...Cells respond to environmental changes by toggling metabolic pathways, preparing for homeostasis, and anticipating future stresses. For example, in Saccharomyces cerevisiae, carbon stress-induced gluconeogenesis is terminated upon glucose availability, a process that involves the multiprotein E3 ligase GID recruiting N termini and catalyzing ubiquitylation of gluconeogenic enzymes. Here, genetics, biochemistry, and cryoelectron microscopy define molecular underpinnings of glucose-induced degradation. Unexpectedly, carbon stress induces an inactive anticipatory complex (GID), which awaits a glucose-induced substrate receptor to form the active GID. Meanwhile, other environmental perturbations elicit production of an alternative substrate receptor assembling into a related E3 ligase complex. The intricate structure of GID enables anticipating and ultimately binding various N-degron-targeting (i.e., "N-end rule") substrate receptors, while the GID E3 forms a clamp-like structure juxtaposing substrate lysines with the ubiquitylation active site. The data reveal evolutionarily conserved GID complexes as a family of multisubunit E3 ubiquitin ligases responsive to extracellular stimuli.
履歴
登録2019年9月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年11月13日-
マップ公開2019年11月20日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0306
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0306
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6swy
  • 表面レベル: 0.0306
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10333.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10333.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 280 pix.
= 305.2 Å		1.09 Å/pix.
x 280 pix.
= 305.2 Å		1.09 Å/pix.
x 280 pix.
= 305.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.09 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0306 / ムービー #1: 0.0306
最小 - 最大-0.030106764 - 0.083930045
平均 (標準偏差)0.00016181557 (±0.0031186326)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 305.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.091.091.09
M x/y/z280280280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z305.200305.200305.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS280280280
D min/max/mean-0.1400.2740.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_10333_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_10333_additional.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_10333_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_10333_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : GIDSR4 minus Gid2/delta Gid9RING

全体名称: GIDSR4 minus Gid2/delta Gid9RING
要素
  • 複合体: GIDSR4 minus Gid2/delta Gid9RING
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar import and degradation protein 28
    • タンパク質・ペプチド: Glucose-induced degradation protein 8
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar import and degradation protein 30,Vacuolar import and degradation protein 30,Vacuolar import and degradation protein 30,Vacuolar import and degradation protein 30,Vacuolar import and degradation protein 30,Vacuolar import and degradation protein 30,Vacuolar import and degradation protein 30,Vacuolar import and degradation protein 30,Vacuolar import and degradation protein 30,Vacuolar import and degradation protein 30,Vacuolar import and degradation protein 30,Vacuolar import and degradation protein 30,Vacuolar import and degradation protein 30,Vacuolar import and degradation protein 30,Vacuolar import and degradation protein 30,Vacuolar import and degradation protein 30
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar import and degradation protein 24
    • タンパク質・ペプチド: Protein FYV10,Protein FYV10,Protein FYV10,Protein FYV10,Protein FYV10,Protein FYV10,Protein FYV10

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超分子 #1: GIDSR4 minus Gid2/delta Gid9RING

超分子名称: GIDSR4 minus Gid2/delta Gid9RING / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288C and YJM1133

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分子 #1: Vacuolar import and degradation protein 28

分子名称: Vacuolar import and degradation protein 28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 105.658203 KDa
組換発現生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
配列文字列: MTVAYSLENL KKISNSLVGD QLAKVDYFLA PKCQIFQCLL SIEQSDGVEL KNAKLDLLYT LLHLEPQQRD IVGTYYFDIV SAIYKSMSL ASSFTKNNSS TNYKYIKLLN LCAGVYPNCG FPDLQYLQNG FIQLVNHKFL RSKCKIDEVV TIIELLKLFL L VDEKNCSD ...文字列:
MTVAYSLENL KKISNSLVGD QLAKVDYFLA PKCQIFQCLL SIEQSDGVEL KNAKLDLLYT LLHLEPQQRD IVGTYYFDIV SAIYKSMSL ASSFTKNNSS TNYKYIKLLN LCAGVYPNCG FPDLQYLQNG FIQLVNHKFL RSKCKIDEVV TIIELLKLFL L VDEKNCSD FNKSKFMEEE REVTETSHYQ DFKMAESLEH IIVKISSKYL DQISLKYIVR LKVSRPASPS SVKNDPFDNK GV DCTRAIP KKINISNMYD SSLLSLALLL YLRYHYMIPG DRKLRNDATF KMFVLGLLKS NDVNIRCVAL KFLLQPYFTE DKK WEDTRT LEKILPYLVK SFNYDPLPWW FDPFDMLDSL IVLYNEITPM NNPVLTTLAH TNVIFCILSR FAQCLSLPQH NEAT LKTTT KFIKICASFA ASDEKYRLLL LNDTLLLNHL EYGLESHITL IQDFISLKDE IKETTTESHS MCLPPIYDHD FVAAW LLLL KSFSRSVSAL RTTLKRNKIA QLLLQILSKT YTLTKECYFA GQDFMKPEIM IMGITLGSIC NFVVEFSNLQ SFMLRN GII DIIEKMLTDP LFNSKKAWDD NEDERRIALQ GIPVHEVKAN SLWVLRHLMY NCQNEEKFQL LAKIPMNLIL DFINDPC WA VQAQCFQLLR NLTCNSRKIV NILLEKFKDV EYKIDPQTGN KISIGSTYLF EFLAKKMRLL NPLDTQQKKA MEGILYII V NLAAVNENKK QLVIEQDEIL NIMSEILVET TTDSSSYGND SNLKLACLWV LNNLLWNSSV SHYTQYAIEN GLEPGHSPS DSENPQSTVT IGYNESVAGG YSRGKYYDEP DGDDSSSNAN DDEDDDNDEG DDEGDEFVRT PAAKGSTSNV QVTRATVERC RKLVEVGLY DLVRKNITDE SLSVREKART LLYHMDLLLK VK

UniProtKB: GID complex subunit 5

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分子 #2: Glucose-induced degradation protein 8

分子名称: Glucose-induced degradation protein 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
分子量理論値: 51.789152 KDa
組換発現生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
配列文字列: MTISTLSNET TKSGSCSGQG KNGGKDFTYG KKCFTKEEWK EQVAKYSAMG ELYANKTIHY PLKIQPNSSG GSQDEGFATI QTTPIEPTL PRLLLNYFVS MAYEDSSIRM AKELGFIRNN KDIAVFNDLY KIKERFHIKH LIKLGRINEA MEEINSIFGL E VLEETFNA ...文字列:
MTISTLSNET TKSGSCSGQG KNGGKDFTYG KKCFTKEEWK EQVAKYSAMG ELYANKTIHY PLKIQPNSSG GSQDEGFATI QTTPIEPTL PRLLLNYFVS MAYEDSSIRM AKELGFIRNN KDIAVFNDLY KIKERFHIKH LIKLGRINEA MEEINSIFGL E VLEETFNA TGSYTGRTDR QQQQQQQQFD IDGDLHFKLL LLNLIEMIRS HHQQENITKD SNDFILNLIQ YSQNKLAIKA SS SVKKMQE LELAMTLLLF PLSDSADSGS IKLPKSLQNL YSISLRSKIA DLVNEKLLKF IHPRIQFEIS NNNSKFPDLL NSD KKIITQ NFTVYNNNLV NGSNGTKITH ISSDQPINEK MSSNEVTAAA NSVWLNQRDG NVGTGSAATT FHNLENKNYW NQTS ELLSS SNGKEKGLEF NNYYSSEFPY EPRLTQIMKL WCWCENQLHH NQIGVPRVEN

UniProtKB: GID complex subunit 8

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分子 #3: Vacuolar import and degradation protein 30,Vacuolar import and de...

分子名称: Vacuolar import and degradation protein 30,Vacuolar import and degradation protein 30,Vacuolar import and degradation protein 30,Vacuolar import and degradation protein 30,Vacuolar import and ...名称: Vacuolar import and degradation protein 30,Vacuolar import and degradation protein 30,Vacuolar import and degradation protein 30,Vacuolar import and degradation protein 30,Vacuolar import and degradation protein 30,Vacuolar import and degradation protein 30,Vacuolar import and degradation protein 30,Vacuolar import and degradation protein 30,Vacuolar import and degradation protein 30,Vacuolar import and degradation protein 30,Vacuolar import and degradation protein 30,Vacuolar import and degradation protein 30,Vacuolar import and degradation protein 30,Vacuolar import and degradation protein 30,Vacuolar import and degradation protein 30,Vacuolar import and degradation protein 30
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
分子量理論値: 117.308906 KDa
組換発現生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
配列文字列: MSEYMDDVDR EFINCLFPSY LLQQPVAYDL WILYLQHRKL FHKLKNTNLI NADENPTGVG MGRTKLTALT RKEIWSKLMN LGVLGTISF EAVNDDYLIQ VYKYFYPDVN DFTLRFGVKD SNKNSVRVMK ASSDMRKNAQ ELLEPVLSER EMALNSNTSL E NDRNDDDD ...文字列:
MSEYMDDVDR EFINCLFPSY LLQQPVAYDL WILYLQHRKL FHKLKNTNLI NADENPTGVG MGRTKLTALT RKEIWSKLMN LGVLGTISF EAVNDDYLIQ VYKYFYPDVN DFTLRFGVKD SNKNSVRVMK ASSDMRKNAQ ELLEPVLSER EMALNSNTSL E NDRNDDDD DDDDDDDDDD DDDDDDDESD LESLEGEVDT DTDDNNEGDG SDNHEEGGEE GSRGADADVS SAQQRAERVA DP WIYQRSR SAINIETESR NLWDTSDKNS GLQYYPPDQS PSSSFSSPRV SSGNDKNDNE ATNVLSNSGS KKKNSMIPDI YKI LGYFLP SRWQAQPNNS LQLSQDGITH LQPNPDYHSY MTYERSSASS ASTRNRLRTS FENSGKVDFA VTWANKSLPD NKLT IFYYE IKVLSVTSTE SAENSNIVIG YKLVENELME ATTKKSVSRS SVAGSSSSLG GSNNMSSNRV PSTSFTMEGT QRRDY IYEG GVSAMSLNVD GSINKCQKYG FDLNVFGYCG FDGLITNSTE QSKEYAKPFG RDDVIGCGIN FIDGSIFFTK NGIHLG NAF TDLNDLEFVP YVALRPGNSI KTNFGLNEDF VFDIIGYQDK WKSLAYEHIC RGRQMDVSIE EFDSDESEED ETENGPE EN KSTNVNEDLM DIDQEDGAAG NKDTKKLNDE KDNNLKFLLG EDNRFIDGKL VRPDVNNINN LSVDDGSLPN TLNVMIND Y LIHEGLVDVA KGFLKDLQKD AVNVNGQHSE SKDVIRHNER QIMKEERMVK IRQELRYLIN KGQISKCINY IDNEIPDLL KNNLELVFEL KLANYLVMIK KSSSKDDDEI ENLILKGQEL SNEFIYDTKI PQSLRDRFSG QLSNVSALLA YSNPLVEAPK EISGYLSDE YLQERLFQVS NNTILTFLHK DSECALENVI SNTRAMLSTL LEYNAFGSTN SSDPRYYKAI NFDEDVLNL (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)

UniProtKB: GID complex subunit 1

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分子 #4: Vacuolar import and degradation protein 24

分子名称: Vacuolar import and degradation protein 24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
分子量理論値: 41.291934 KDa
組換発現生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
配列文字列: MINNPKVDSV AEKPKAVTSK QSEQAASPEP TPAPPVSRNQ YPITFNLTST APFHLHDRHR YLQEQDLYKC ASRDSLSSLQ QLAHTPNGS TRKKYIVEDQ SPYSSENPVI VTSSYNHTVC TNYLRPRMQF TGYQISGYKR YQVTVNLKTV DLPKKDCTSL S PHLSGFLS ...文字列:
MINNPKVDSV AEKPKAVTSK QSEQAASPEP TPAPPVSRNQ YPITFNLTST APFHLHDRHR YLQEQDLYKC ASRDSLSSLQ QLAHTPNGS TRKKYIVEDQ SPYSSENPVI VTSSYNHTVC TNYLRPRMQF TGYQISGYKR YQVTVNLKTV DLPKKDCTSL S PHLSGFLS IRGLTNQHPE ISTYFEAYAV NHKELGFLSS SWKDEPVLNE FKATDQTDLE HWINFPSFRQ LFLMSQKNGL NS TDDNGTT NAAKKLPPQQ LPTTPSADAG NISRIFSQEK QFDNYLNERF IFMKWKEKFL VPDALLMEGV DGASYDGFYY IVH DQVTGN IQGFYYHQDA EKFQQLELVP SLKNKVESSD CSFEFA

UniProtKB: GID complex substrate-recognition subunit 4

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分子 #5: Protein FYV10,Protein FYV10,Protein FYV10,Protein FYV10,Protein F...

分子名称: Protein FYV10,Protein FYV10,Protein FYV10,Protein FYV10,Protein FYV10,Protein FYV10,Protein FYV10
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RING-type E3 ubiquitin transferase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
分子量理論値: 54.432879 KDa
組換発現生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
配列文字列: MAEKSIFNEP DVDFHLKLNQ QLFHIPYELL SKRIKHTQAV INKETKSLHE HTAALNQIFE HNDVEHDELA LAKITEMIRK VDHIERFLN TQIKSYCQIL NRIKKRLEFF HELKDIKSQN SGTSHNGNNE GTRTKLIQWY QSYTNILIGD YLTRNNPIKY N SETKDHWN ...文字列:
MAEKSIFNEP DVDFHLKLNQ QLFHIPYELL SKRIKHTQAV INKETKSLHE HTAALNQIFE HNDVEHDELA LAKITEMIRK VDHIERFLN TQIKSYCQIL NRIKKRLEFF HELKDIKSQN SGTSHNGNNE GTRTKLIQWY QSYTNILIGD YLTRNNPIKY N SETKDHWN SGVVFLKQSQ LDDLIDYDVL LEANRISTSL LHERNLLPLI SWINENKKTL TKKSSILEFQ ARLQEYIELL KV DNYTDAI VCFQRFLLPF VKSNFTDLKL ASGLLIFIKY CNDQKPTSST SSGFDTEEIK SQSLPMKKDR IFQHFFHKSL PRI TSKPAV NTTDYDKSSL INLQSGDFER YLNLLDDQRW SVLNDLFLSD FYSMYGISQN DPLLIYLSLG ISSLKTRDCL HPSD DENGN QETETATTAE KEVEDLQLFT LHSLKR(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

UniProtKB: GID complex subunit 9

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.25 mg/mL
緩衝液pH: 6.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 54.48 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: An initial model generated by the Relion initial model program
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 122248
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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