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万見
- EMDB-10264: Respiratory mucin MUC5B; C-terminal dimerization domain structure -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10264
タイトルRespiratory mucin MUC5B; C-terminal dimerization domain structure
マップデータ
試料
  • 複合体: Dimeric structure of C-terminal MUC5B
    • タンパク質・ペプチド: MUC5B
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.0 Å
データ登録者Lockhart-Lockhart MP / Ridley C / Collins RF / Baldock C / Thornton DJ
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/R002800/1 英国
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2019
タイトル: The C-terminal dimerization domain of the respiratory mucin MUC5B functions in mucin stability and intracellular packaging before secretion.
著者: Caroline Ridley / Michael P Lockhart-Cairns / Richard F Collins / Thomas A Jowitt / Durai B Subramani / Mehmet Kesimer / Clair Baldock / David J Thornton /
要旨: Mucin 5B (MUC5B) has an essential role in mucociliary clearance that protects the pulmonary airways. Accordingly, knowledge of MUC5B structure and its interactions with itself and other proteins is ...Mucin 5B (MUC5B) has an essential role in mucociliary clearance that protects the pulmonary airways. Accordingly, knowledge of MUC5B structure and its interactions with itself and other proteins is critical to better understand airway mucus biology and improve the management of lung diseases such as asthma, cystic fibrosis, and chronic obstructive pulmonary disease (COPD). The role of an N-terminal multimerization domain in the supramolecular organization of MUC5B has been previously described, but less is known about its C-terminal dimerization domain. Here, using cryogenic electron microscopy (cryo-EM) and small-angle X-ray scattering (SAXS) analyses of recombinant disulfide-linked dimeric MUC5B dimerization domain we identified an asymmetric, elongated twisted structure, with a double globular base. We found that the dimerization domain is more resistant to disruption than the multimerization domain suggesting the twisted structure of the dimerization domain confers additional stability to MUC5B polymers. Size-exclusion chromatography-multiangle light scattering (SEC-MALS), SPR-based biophysical analyses and microscale thermophoresis of the dimerization domain disclosed no further assembly, but did reveal reversible, calcium-dependent interactions between the dimerization and multimerization domains that were most active at acidic pH, suggesting that these domains have a role in MUC5B intragranular organization. In summary, our results suggest a role for the C-terminal dimerization domain of MUC5B in compaction of mucin chains during granular packaging via interactions with the N-terminal multimerization domain. Our findings further suggest that the less stable multimerization domain provides a potential target for mucin depolymerization to remove mucus plugs in COPD and other lung pathologies.
履歴
登録2019年8月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年10月9日-
マップ公開2019年10月9日-
更新2020年4月22日-
現状2020年4月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.223
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.223
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10264.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10264.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.037 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.223 / ムービー #1: 0.223
最小 - 最大-0.78323096 - 2.3028617
平均 (標準偏差)-0.0006273661 (±0.045562077)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 521.472 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.0372.0372.037
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z521.472521.472521.472
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.7832.303-0.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Dimeric structure of C-terminal MUC5B

全体名称: Dimeric structure of C-terminal MUC5B
要素
  • 複合体: Dimeric structure of C-terminal MUC5B
    • タンパク質・ペプチド: MUC5B

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超分子 #1: Dimeric structure of C-terminal MUC5B

超分子名称: Dimeric structure of C-terminal MUC5B / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293-EBNA / 組換プラスミド: pCEP-His
分子量実験値: 260 kDa/nm

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分子 #1: MUC5B

分子名称: MUC5B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVIYNKTDRA GCHFYAVCNQ HCDID RFQG ACPTSPPPVS SAPLSSPSPA PGCDNAIPLR QVNETWTLEN CTVARCVGDN RVVLLD PKP VANVTCVNKH LPIKVSDPSQ PCDFHYECEC ICSMWGGSHY STFDGTSYTF RGNCTYV LM REIHARFGNL SLYLDNHYCT ...文字列:
EVIYNKTDRA GCHFYAVCNQ HCDID RFQG ACPTSPPPVS SAPLSSPSPA PGCDNAIPLR QVNETWTLEN CTVARCVGDN RVVLLD PKP VANVTCVNKH LPIKVSDPSQ PCDFHYECEC ICSMWGGSHY STFDGTSYTF RGNCTYV LM REIHARFGNL SLYLDNHYCT ASATAAAARC PRALSIHYKS MDIVLTVTMV HGKEEGLI L FDQIPVSSGF SKNGVLVSVL GTTTMRVDIP ALGVSVTFNG QVFQARLPYS LFHNNTEGQ CGTCTNNQRD DCLQRDGTTA ASCKDMAKTW LVPDSRKDGC WAPTGTPPTA SPAAPVSSTP TPTPCPPQP LCDLMLSQVF AECHNLVPPG PFFNACISDH CRGRLEVPCQ SLEAYAELCR A RGVCSDWR GATGGLCDLT CPPTKVYKPC GPIQPATCNS RNQSPQLEGM AEGCFCPEDQ IL FNAHMGI CVQACPCVGP DGFPKFPGER WVSNCQSCVC DEGSVSVQCK PLPCDAQGQP PPC NRPGFV TVTRPRAENP CCPETVCVCN TTTCPQSLPV CPPGQESICT QEEGDCCPTF RCRP QLCSY NGTFYGVGAT FPGALPCHMC TCLSGDTQDP TVQCQEDACN NTTCPQGFEY KRVAG QCCG ECVQTACLTP DGQPVQLNET WVNSHVDNCT VYLCEAEGGV HLLTPQPASC PDVSSC RGS LRKTGCCYSC EEDSCQVRIN TTILWHQGCE TEVNITFCEG SCPGASKYSA EAQAMQH QC TCCQERRVHE ETVPLHCPNG SAILHTYTHV DECGCTPFCV PAPMAPPHTR GFPAQEAT A V

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.25 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
0.025 MC8H18N2O4SHepes
0.15 MNaClSodium Chloride

詳細: Buffers were filtered and degassed before use.
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 231589
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1.10)
ソフトウェア - 詳細: Ru nthrough cryoSPARC in exhaustive mode
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Ab initio model was generated using particles from rounds of 2D classification in cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.8) / 使用した粒子像数: 16590
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.8)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.8)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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