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- EMDB-10244: Structure of the native C. jejuni flagellum filament -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10244
タイトルStructure of the native C. jejuni flagellum filament
マップデータStructure of the native C.jejuni filament
試料
  • 複合体: Flagellum filament
    • タンパク質・ペプチド: FlaA
    • タンパク質・ペプチド: FlaB
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum / structural molecule activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Flagellin hook, IN motif / Flagellin hook IN motif / Flagellin, C-terminal domain, subdomain 2 / Flagellin, C-terminal domain / Bacterial flagellin C-terminal helical region / Flagellin / Flagellin, N-terminal domain / Bacterial flagellin N-terminal helical region
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagellin A / Flagellin B
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.7 Å
データ登録者Al-Otaibi NS / Bergeron JRC
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: The cryo-EM structure of the bacterial flagellum cap complex suggests a molecular mechanism for filament elongation.
著者: Natalie S Al-Otaibi / Aidan J Taylor / Daniel P Farrell / Svetomir B Tzokov / Frank DiMaio / David J Kelly / Julien R C Bergeron /
要旨: The bacterial flagellum is a remarkable molecular motor, whose primary function in bacteria is to facilitate motility through the rotation of a filament protruding from the bacterial cell. A cap ...The bacterial flagellum is a remarkable molecular motor, whose primary function in bacteria is to facilitate motility through the rotation of a filament protruding from the bacterial cell. A cap complex, consisting of an oligomer of the protein FliD, is localized at the tip of the flagellum, and is essential for filament assembly, as well as adherence to surfaces in some bacteria. However, the structure of the intact cap complex, and the molecular basis for its interaction with the filament, remains elusive. Here we report the cryo-EM structure of the Campylobacter jejuni cap complex, which reveals that FliD is pentameric, with the N-terminal region of the protomer forming an extensive set of contacts across several subunits, that contribute to FliD oligomerization. We also demonstrate that the native C. jejuni flagellum filament is 11-stranded, contrary to a previously published cryo-EM structure, and propose a molecular model for the filament-cap interaction.
履歴
登録2019年8月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年6月24日-
マップ公開2020年6月24日-
更新2020年7月8日-
現状2020年7月8日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10244.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10244.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of the native C.jejuni filament
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.03 Å/pix.
x 300 pix.
= 609. Å		2.03 Å/pix.
x 300 pix.
= 609. Å		2.03 Å/pix.
x 300 pix.
= 609. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.03 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.07370541 - 0.14968404
平均 (標準偏差)0.001277308 (±0.010652169)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 609.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.032.032.03
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z609.000609.000609.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.0740.1500.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Flagellum filament

全体名称: Flagellum filament
要素
  • 複合体: Flagellum filament
    • タンパク質・ペプチド: FlaA
    • タンパク質・ペプチド: FlaB

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超分子 #1: Flagellum filament

超分子名称: Flagellum filament / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Campylobacter jejuni (カンピロバクター)

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分子 #1: FlaA

分子名称: FlaA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
配列文字列: MGFRINTNVA ALNAKANSDL NAKSLDASLS RLSSGLRINS AADDASGMAI ADSLRSQANT LGQAISNGND ALGILQTAD KAMDEQLKIL DTIKTKATQA AQDGQSLKTR TMLQADINKL MEELDNIANT TSFNGKQLLS G NFTNQEFQ IGASSNQTVK ATIGATQSSK ...文字列:
MGFRINTNVA ALNAKANSDL NAKSLDASLS RLSSGLRINS AADDASGMAI ADSLRSQANT LGQAISNGND ALGILQTAD KAMDEQLKIL DTIKTKATQA AQDGQSLKTR TMLQADINKL MEELDNIANT TSFNGKQLLS G NFTNQEFQ IGASSNQTVK ATIGATQSSK IGVTRFETGA QSFTSGVVGL TIKNYNGIED FKFDNVVIST SV GTGLGAL AEEINKSADK TGVRATYDVK TTGVYAIKEG TTSQEFAING VTIGKIEYKD GDGNGSLISA INA VKDTTG VQASKDENGK LVLTSADGRG IKITGDIGVG SGILANQKEN YGRLSLVKND GRDINISGTN LSAI GMGTT DMISQSSVSL RESKGQISAT NADAMGFNSY KGGGKFVFTQ NVSSISAFMS AQGSGFSRGS GFSVG SGKN LSVGLSQGIQ IISSAASMSN TYVVSAGSGF SSGSGNSQFA ALKTTAANTT DETAGVTTLK GAMAVM DIA ETAITNLDQI RADIGSIQNQ VTSTINNITV TQVNVKAAES QIRDVDFASE SANYSKANIL AQSGSYA MA QANSSQQNVL RLLQ

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分子 #2: FlaB

分子名称: FlaB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
配列文字列: MGFRINTNIG ALNAHANSVV NSNELDKSLS RLSSGLRINS AADDASGMAI ADSLRSQAAT LGQAINNGND AIGILQTAD KAMDEQLKIL DTIKTKATQA AQDGQSLKTR TMLQADINKL MEELDNIANT TSFNGKQLLS G NFTNQEFQ IGASSNQTVK ATIGATQSSK ...文字列:
MGFRINTNIG ALNAHANSVV NSNELDKSLS RLSSGLRINS AADDASGMAI ADSLRSQAAT LGQAINNGND AIGILQTAD KAMDEQLKIL DTIKTKATQA AQDGQSLKTR TMLQADINKL MEELDNIANT TSFNGKQLLS G NFTNQEFQ IGASSNQTVK ATIGATQSSK IGVTRFETGA QSFTSGVVGL TIKNYNGIED FKFDNVVIST SV GTGLGAL AEEINKSADK TGVRATYDVK TTGVYAIKEG TTSQDFAING VAIGQINYKD GDNNGQLVSA INA VKDTTG VQASKDENGK LVLTSADGRG IKITGDIGVG SGILANQKEN YGRLSLVKND GRDINISGTN LSAI GMGTT DMISQSSVSL RESKGQISAT NADAMGFNSY KGGGKFVFTQ NVSSISAFMS AQGSGFSRGS GFSVG SGKN LSVGLSQGIQ IISSAASMSN TYVVSAGSGF SSGSGNSQFA ALKTTAANTT DETAGVTTLK GAMAVM DIA ETAITNLDQI RADIGSVQNQ LQVTINNITV TQVNVKAAES TIRDVDFASE SANFSKYNIL AQSGSYA MS QANAVQQNVL KLLQ

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 20.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 4.5 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 65.4 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 254041
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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