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万見
- EMDB-10221: Cryo-EM structure of rhinovirus-B5 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10221
タイトルCryo-EM structure of rhinovirus-B5
マップデータ
試料
  • ウイルス: Human rhinovirus B5 (ライノウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Rhinovirus B5 VP4
    • タンパク質・ペプチド: Rhinovirus B5 VP2
    • タンパク質・ペプチド: Rhinovirus B5 VP1
    • タンパク質・ペプチド: Rhinovirus B5 VP3
キーワードRV-A89 / HRV-B5 / virus / capsid protein
機能・相同性
機能・相同性情報


picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase ...picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / viral capsid / monoatomic ion transmembrane transport / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / induction by virus of host autophagy / symbiont entry into host cell / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) ...Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein / VP4
類似検索 - 構成要素
生物種Human rhinovirus B5 (ライノウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Wald J / Goessweiner-Mohr N
資金援助 オーストリア, 1件
OrganizationGrant number国
European Commission653706 オーストリア
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019
タイトル: Cryo-EM structure of pleconaril-resistant rhinovirus-B5 complexed to the antiviral OBR-5-340 reveals unexpected binding site.
著者: Jiri Wald / Marion Pasin / Martina Richter / Christin Walther / Neann Mathai / Johannes Kirchmair / Vadim A Makarov / Nikolaus Goessweiner-Mohr / Thomas C Marlovits / Irene Zanella / Antonio ...著者: Jiri Wald / Marion Pasin / Martina Richter / Christin Walther / Neann Mathai / Johannes Kirchmair / Vadim A Makarov / Nikolaus Goessweiner-Mohr / Thomas C Marlovits / Irene Zanella / Antonio Real-Hohn / Nuria Verdaguer / Dieter Blaas / Michaela Schmidtke /
要旨: Viral inhibitors, such as pleconaril and vapendavir, target conserved regions in the capsids of rhinoviruses (RVs) and enteroviruses (EVs) by binding to a hydrophobic pocket in viral capsid protein 1 ...Viral inhibitors, such as pleconaril and vapendavir, target conserved regions in the capsids of rhinoviruses (RVs) and enteroviruses (EVs) by binding to a hydrophobic pocket in viral capsid protein 1 (VP1). In resistant RVs and EVs, bulky residues in this pocket prevent their binding. However, recently developed pyrazolopyrimidines inhibit pleconaril-resistant RVs and EVs, and computational modeling has suggested that they also bind to the hydrophobic pocket in VP1. We studied the mechanism of inhibition of pleconaril-resistant RVs using RV-B5 (1 of the 7 naturally pleconaril-resistant rhinoviruses) and OBR-5-340, a bioavailable pyrazolopyrimidine with proven in vivo activity, and determined the 3D-structure of the protein-ligand complex to 3.6 Å with cryoelectron microscopy. Our data indicate that, similar to other capsid binders, OBR-5-340 induces thermostability and inhibits viral adsorption and uncoating. However, we found that OBR-5-340 attaches closer to the entrance of the pocket than most other capsid binders, whose viral complexes have been studied so far, showing only marginal overlaps of the attachment sites. Comparing the experimentally determined 3D structure with the control, RV-B5 incubated with solvent only and determined to 3.2 Å, revealed no gross conformational changes upon OBR-5-340 binding. The pocket of the naturally OBR-5-340-resistant RV-A89 likewise incubated with OBR-5-340 and solved to 2.9 Å was empty. Pyrazolopyrimidines have a rigid molecular scaffold and may thus be less affected by a loss of entropy upon binding. They interact with less-conserved regions than known capsid binders. Overall, pyrazolopyrimidines could be more suitable for the development of new, broadly active inhibitors.
履歴
登録2019年8月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年8月28日-
マップ公開2019年9月4日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0478
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0478
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6sk6
  • 表面レベル: 0.0478
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6sk6
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10221.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10221.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 450 pix.
= 477.45 Å		1.06 Å/pix.
x 450 pix.
= 477.45 Å		1.06 Å/pix.
x 450 pix.
= 477.45 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.061 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0478 / ムービー #1: 0.0478
最小 - 最大-0.10525036 - 0.17293787
平均 (標準偏差)0.0014098904 (±0.009471812)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-224-224-224
サイズ450450450
Spacing450450450
セルA=B=C: 477.44998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0611.0611.061
M x/y/z450450450
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z477.450477.450477.450
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-31-35-52
NX/NY/NZ11798209
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-224-224-224
NC/NR/NS450450450
D min/max/mean-0.1050.1730.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_10221_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_10221_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_10221_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human rhinovirus B5

全体名称: Human rhinovirus B5 (ライノウイルス)
要素
  • ウイルス: Human rhinovirus B5 (ライノウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Rhinovirus B5 VP4
    • タンパク質・ペプチド: Rhinovirus B5 VP2
    • タンパク質・ペプチド: Rhinovirus B5 VP1
    • タンパク質・ペプチド: Rhinovirus B5 VP3

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超分子 #1: Human rhinovirus B5

超分子名称: Human rhinovirus B5 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 147714 / 生物種: Human rhinovirus B5 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: human (ヒト)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: VP1-4

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分子 #1: Rhinovirus B5 VP4

分子名称: Rhinovirus B5 VP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human rhinovirus B5 (ライノウイルス)
分子量理論値: 7.335049 KDa
配列文字列:
MGAQVSTQKS GSHENQNILT NGSNQTFTVI NYYKDAASSS SAGQSFSMDP SKFTEPVKDI MLKGAPALN

UniProtKB: VP4

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分子 #2: Rhinovirus B5 VP2

分子名称: Rhinovirus B5 VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: picornain 2A
由来(天然)生物種: Human rhinovirus B5 (ライノウイルス)
分子量理論値: 27.507256 KDa
配列文字列: GYSDRVEQIT LGNSTITTQE AANSIVAYGE WPSFLSDVDA SDVNKTTKPD TSACRFYTLD SKMWTQGSKG WCWKLPDALK DMGIFGQNM FFHSQGRTGY TIHVQCNATK FHSGCLLVVV IPEHQLASAE GGNVSVLYDK THPGEKGIDL SEADSTGPMK D PLYMMDGT ...文字列:
GYSDRVEQIT LGNSTITTQE AANSIVAYGE WPSFLSDVDA SDVNKTTKPD TSACRFYTLD SKMWTQGSKG WCWKLPDALK DMGIFGQNM FFHSQGRTGY TIHVQCNATK FHSGCLLVVV IPEHQLASAE GGNVSVLYDK THPGEKGIDL SEADSTGPMK D PLYMMDGT LIGNSLIFPH QFINLRTNNT ATIVVPYINS VPMDSMTRHN NLSLMVIPIV DITATSGTTP SIPVTITIAP MF LELSGIR SKAVI

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #3: Rhinovirus B5 VP1

分子名称: Rhinovirus B5 VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human rhinovirus B5 (ライノウイルス)
分子量理論値: 32.743861 KDa
配列文字列: GLEDDLVEVI VDKAQQTLAS IKSDSKHTQK VPSLTANETG ATLPTTPSDS VETRTTLMHY TGSETTLENF LGRAACVHVV EIVNKRPTD TEEHRMQLLF NNWKINLSSL VQLRRKLEMF TYVRFDSEYT IIATSSQPNE AKFSSNLTIQ AMFIPPGAPN P KKWDDYTW ...文字列:
GLEDDLVEVI VDKAQQTLAS IKSDSKHTQK VPSLTANETG ATLPTTPSDS VETRTTLMHY TGSETTLENF LGRAACVHVV EIVNKRPTD TEEHRMQLLF NNWKINLSSL VQLRRKLEMF TYVRFDSEYT IIATSSQPNE AKFSSNLTIQ AMFIPPGAPN P KKWDDYTW QSATNPSVFF NVGKSARFSV PYLGIASAYN CFYDGYSHDN STTPYGINVL NHMGSMAFRV VNEHDNHTTH VK VRVYHRA KHIRAWVPRA PRALEYLHIG RTNYKQSPQN PIKTRKTIST Y

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #4: Rhinovirus B5 VP3

分子名称: Rhinovirus B5 VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: picornain 2A
由来(天然)生物種: Human rhinovirus B5 (ライノウイルス)
分子量理論値: 25.629281 KDa
配列文字列: GLPTVLTPGS EQFLTTDDRQ SPSAMPNYEP TPLIHIPGEV KNLLEIAQVD TLIPLNNTTN TTGLGMYRIP LVQNMQGEQV FGFRLYLGD GVLKTTLLGE LCQYFTHWAG SLRLSFMYTG PALSSAKLLI AYTPPGAQGP TKRKEAMLGT HVVWDIGLQS T VVLNIPWT ...文字列:
GLPTVLTPGS EQFLTTDDRQ SPSAMPNYEP TPLIHIPGEV KNLLEIAQVD TLIPLNNTTN TTGLGMYRIP LVQNMQGEQV FGFRLYLGD GVLKTTLLGE LCQYFTHWAG SLRLSFMYTG PALSSAKLLI AYTPPGAQGP TKRKEAMLGT HVVWDIGLQS T VVLNIPWT SGVQYRYTDP DTYTSAGFVS CWYQTSLVLP PQTQQTVYML GFISACPDFK LRLMKDTQSI HQE

UniProtKB: Genome polyprotein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 構成要素:
名称濃度
PBS
DMSO10.0 %
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 0.4 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: OTHER / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-25 / 実像数: 1400 / 平均電子線量: 56.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C60 (60回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 13656
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1aym


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細Rosetta: DiMaio, F. et al. Atomic-accuracy models from 4.5-A cryo-electron microscopy data with density-guided iterative local refinement. Nat. Meth (2015). doi:10.1038/nmeth.3286
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-6sk6:
Cryo-EM structure of rhinovirus-B5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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