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- EMDB-10213: Structure of the human DDB1-DDA1-DCAF15 E3 ubiquitin ligase bound... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10213
タイトルStructure of the human DDB1-DDA1-DCAF15 E3 ubiquitin ligase bound to RBM39 and Indisulam
マップデータ
試料
  • 複合体: DDB1 complex
    • 複合体: DDB1-DDA1-DCAF15-RBM39 complex
      • タンパク質・ペプチド: DDB1- and CUL4-associated factor 15
      • タンパク質・ペプチド: DNA damage-binding protein 1
      • タンパク質・ペプチド: RNA binding protein 39
      • タンパク質・ペプチド: DET1- and DDB1-associated protein 1
    • 複合体: RBM39
  • リガンド: N~1~-(3-chloro-1H-indol-7-yl)benzene-1,4-disulfonamide
キーワードDDB1 / ONCOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


RS domain binding / regulation of natural killer cell activation / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / U1 snRNP binding / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / spindle assembly involved in female meiosis / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / biological process involved in interaction with symbiont ...RS domain binding / regulation of natural killer cell activation / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / U1 snRNP binding / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / spindle assembly involved in female meiosis / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / biological process involved in interaction with symbiont / regulation of mitotic cell cycle phase transition / WD40-repeat domain binding / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / small molecule binding / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / cullin family protein binding / viral release from host cell / immune system process / ectopic germ cell programmed cell death / positive regulation of viral genome replication / RNA processing / proteasomal protein catabolic process / positive regulation of gluconeogenesis / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / nucleotide-excision repair / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / regulation of circadian rhythm / DNA Damage Recognition in GG-NER / Dual Incision in GG-NER / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / centriolar satellite / Wnt signaling pathway / Formation of Incision Complex in GG-NER / mRNA processing / protein polyubiquitination / positive regulation of protein catabolic process / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / cellular response to UV / rhythmic process / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / site of double-strand break / Neddylation / microtubule cytoskeleton / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / nuclear speck / protein ubiquitination / DNA repair / apoptotic process / DNA damage response / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DDB1- and CUL4-associated factor 15, WD40 repeat-containing domain / DDB1- and CUL4-associated factor 15 / : / DDB1-and CUL4-substrate receptor 15, WD repeat / Splicing factor, RBM39-like / Splicing factor RBM39, linker / linker between RRM2 and RRM3 domains in RBM39 protein / DET1- and DDB1-associated protein 1, N-terminal / DET1- and DDB1-associated protein 1 / Det1 complexing ubiquitin ligase ...DDB1- and CUL4-associated factor 15, WD40 repeat-containing domain / DDB1- and CUL4-associated factor 15 / : / DDB1-and CUL4-substrate receptor 15, WD repeat / Splicing factor, RBM39-like / Splicing factor RBM39, linker / linker between RRM2 and RRM3 domains in RBM39 protein / DET1- and DDB1-associated protein 1, N-terminal / DET1- and DDB1-associated protein 1 / Det1 complexing ubiquitin ligase / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA recognition motif / RSE1/DDB1/CPSF1 second beta-propeller / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / : / CPSF A subunit region / RSE1/DDB1/CPSF1 first beta-propeller / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-binding protein 39 / DNA damage-binding protein 1 / DDB1- and CUL4-associated factor 15 / Uncharacterized protein DKFZp781I1140 / DET1- and DDB1-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.54 Å
データ登録者Srinivas H
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2020
タイトル: Structural basis of indisulam-mediated RBM39 recruitment to DCAF15 E3 ligase complex.
著者: Dirksen E Bussiere / Lili Xie / Honnappa Srinivas / Wei Shu / Ashley Burke / Celine Be / Junping Zhao / Adarsh Godbole / Dan King / Rajeshri G Karki / Viktor Hornak / Fangmin Xu / Jennifer ...著者: Dirksen E Bussiere / Lili Xie / Honnappa Srinivas / Wei Shu / Ashley Burke / Celine Be / Junping Zhao / Adarsh Godbole / Dan King / Rajeshri G Karki / Viktor Hornak / Fangmin Xu / Jennifer Cobb / Nathalie Carte / Andreas O Frank / Alexandra Frommlet / Patrick Graff / Mark Knapp / Aleem Fazal / Barun Okram / Songchun Jiang / Pierre-Yves Michellys / Rohan Beckwith / Hans Voshol / Christian Wiesmann / Jonathan M Solomon / Joshiawa Paulk /
要旨: The anticancer agent indisulam inhibits cell proliferation by causing degradation of RBM39, an essential mRNA splicing factor. Indisulam promotes an interaction between RBM39 and the DCAF15 E3 ligase ...The anticancer agent indisulam inhibits cell proliferation by causing degradation of RBM39, an essential mRNA splicing factor. Indisulam promotes an interaction between RBM39 and the DCAF15 E3 ligase substrate receptor, leading to RBM39 ubiquitination and proteasome-mediated degradation. To delineate the precise mechanism by which indisulam mediates the DCAF15-RBM39 interaction, we solved the DCAF15-DDB1-DDA1-indisulam-RBM39(RRM2) complex structure to a resolution of 2.3 Å. DCAF15 has a distinct topology that embraces the RBM39(RRM2) domain largely via non-polar interactions, and indisulam binds between DCAF15 and RBM39(RRM2), coordinating additional interactions between the two proteins. Studies with RBM39 point mutants and indisulam analogs validated the structural model and defined the RBM39 α-helical degron motif. The degron is found only in RBM23 and RBM39, and only these proteins were detectably downregulated in indisulam-treated HCT116 cells. This work further explains how indisulam induces RBM39 degradation and defines the challenge of harnessing DCAF15 to degrade additional targets.
履歴
登録2019年8月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年12月18日-
マップ公開2019年12月18日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.012
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.012
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6sj7
  • 表面レベル: 0.012
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10213.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10213.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 280 pix.
= 240.8 Å		0.86 Å/pix.
x 280 pix.
= 240.8 Å		0.86 Å/pix.
x 280 pix.
= 240.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.006 / ムービー #1: 0.012
最小 - 最大-0.034663834 - 0.068603545
平均 (標準偏差)0.0001630519 (±0.0017424282)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 240.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.860.860.86
M x/y/z280280280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z240.800240.800240.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS280280280
D min/max/mean-0.0350.0690.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : DDB1 complex

全体名称: DDB1 complex
要素
  • 複合体: DDB1 complex
    • 複合体: DDB1-DDA1-DCAF15-RBM39 complex
      • タンパク質・ペプチド: DDB1- and CUL4-associated factor 15
      • タンパク質・ペプチド: DNA damage-binding protein 1
      • タンパク質・ペプチド: RNA binding protein 39
      • タンパク質・ペプチド: DET1- and DDB1-associated protein 1
    • 複合体: RBM39
  • リガンド: N~1~-(3-chloro-1H-indol-7-yl)benzene-1,4-disulfonamide

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超分子 #1: DDB1 complex

超分子名称: DDB1 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
分子量理論値: 210 KDa

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超分子 #2: DDB1-DDA1-DCAF15-RBM39 complex

超分子名称: DDB1-DDA1-DCAF15-RBM39 complex / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: RBM39

超分子名称: RBM39 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: DDB1- and CUL4-associated factor 15

分子名称: DDB1- and CUL4-associated factor 15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 66.563297 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GPAPSSKSER NSGAGSGGGG PGGAGGKRAA GRRREHVLKQ LERVKISGQL SPRLFRKLPP RVCVSLKNIV DEDFLYAGHI FLGFSKCGR YVLSYTSSSG DDDFSFYIYH LYWWEFNVHS KLKLVRQVRL FQDEEIYSDL YLTVCEWPSD ASKVIVFGFN T RSANGMLM ...文字列:
GPAPSSKSER NSGAGSGGGG PGGAGGKRAA GRRREHVLKQ LERVKISGQL SPRLFRKLPP RVCVSLKNIV DEDFLYAGHI FLGFSKCGR YVLSYTSSSG DDDFSFYIYH LYWWEFNVHS KLKLVRQVRL FQDEEIYSDL YLTVCEWPSD ASKVIVFGFN T RSANGMLM NMMMMSDENH RDIYVSTVAV PPPGRCAACQ DASRAHPGDP NAQCLRHGFM LHTKYQVVYP FPTFQPAFQL KK DQVVLLN TSYSLVACAV SVHSAGDRSF CQILYDHSTC PLAPASPPEP QSPELPPALP SFCPEAAPAR SSGSPEPSPA IAK AKEFVA DIFRRAKEAK GGVPEEARPA LCPGPSGSRC RAHSEPLALC GETAPRDSPP ASEAPASEPG YVNYTKLYYV LESG EGTEP EDELEDDKIS LPFVVTDLRG RNLRPMRERT AVQGQYLTVE QLTLDFEYVI NEVIRHDATW GHQFCSFSDY DIVIL EVCP ETNQVLINIG LLLLAFPSPT EEGQLRPKTY HTSLKVAWDL NTGIFETVSV GDLTEVKGQT SGSVWSSYRK SCVDMV MKW LVPESSGRYV NRMTNEALHK GCSLKVLADS ERYTWIVL

UniProtKB: DDB1- and CUL4-associated factor 15

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分子 #2: DNA damage-binding protein 1

分子名称: DNA damage-binding protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 127.097469 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSYNYVVTAQ KPTAVNGCVT GHFTSAEDLN LLIAKNTRLE IYVVTAEGLR PVKEVGMYGK IAVMELFRPK GESKDLLFIL TAKYNACIL EYKQSGESID IITRAHGNVQ DRIGRPSETG IIGIIDPECR MIGLRLYDGL FKVIPLDRDN KELKAFNIRL E ELHVIDVK ...文字列:
MSYNYVVTAQ KPTAVNGCVT GHFTSAEDLN LLIAKNTRLE IYVVTAEGLR PVKEVGMYGK IAVMELFRPK GESKDLLFIL TAKYNACIL EYKQSGESID IITRAHGNVQ DRIGRPSETG IIGIIDPECR MIGLRLYDGL FKVIPLDRDN KELKAFNIRL E ELHVIDVK FLYGCQAPTI CFVYQDPQGR HVKTYEVSLR EKEFNKGPWK QENVEAEASM VIAVPEPFGG AIIIGQESIT YH NGDKYLA IAPPIIKQST IVCHNRVDPN GSRYLLGDME GRLFMLLLEK EEQMDGTVTL KDLRVELLGE TSIAECLTYL DNG VVFVGS RLGDSQLVKL NVDSNEQGSY VVAMETFTNL GPIVDMCVVD LERQGQGQLV TCSGAFKEGS LRIIRNGIGI HEHA SIDLP GIKGLWPLRS DPNRETDDTL VLSFVGQTRV LMLNGEEVEE TELMGFVDDQ QTFFCGNVAH QQLIQITSAS VRLVS QEPK ALVSEWKEPQ AKNISVASCN SSQVVVAVGR ALYYLQIHPQ ELRQISHTEM EHEVACLDIT PLGDSNGLSP LCAIGL WTD ISARILKLPS FELLHKEMLG GEIIPRSILM TTFESSHYLL CALGDGALFY FGLNIETGLL SDRKKVTLGT QPTVLRT FR SLSTTNVFAC SDRPTVIYSS NHKLVFSNVN LKEVNYMCPL NSDGYPDSLA LANNSTLTIG TIDEIQKLHI RTVPLYES P RKICYQEVSQ CFGVLSSRIE VQDTSGGTTA LRPSASTQAL SSSVSSSKLF SSSTAPHETS FGEEVEVHNL LIIDQHTFE VLHAHQFLQN EYALSLVSCK LGKDPNTYFI VGTAMVYPEE AEPKQGRIVV FQYSDGKLQT VAEKEVKGAV YSMVEFNGKL LASINSTVR LYEWTTEKEL RTECNHYNNI MALYLKTKGD FILVGDLMRS VLLLAYKPME GNFEEIARDF NPNWMSAVEI L DDDNFLGA ENAFNLFVCQ KDSAATTDEE RQHLQEVGLF HLGEFVNVFC HGSLVMQNLG ETSTPTQGSV LFGTVNGMIG LV TSLSESW YNLLLDMQNR LNKVIKSVGK IEHSFWRSFH TERKTEPATG FIDGDLIESF LDISRPKMQE VVANLQYDDG SGM KREATA DDLIKVVEEL TRIH

UniProtKB: DNA damage-binding protein 1

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分子 #3: RNA binding protein 39

分子名称: RNA binding protein 39 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 9.085409 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
GPMRLYVGSL HFNITEDMLR GIFEPFGRIE SIQLMMDSET GRSKGYGFIT FSDSECAKKA LEQLNGFELA GRPMKVGHVT E

UniProtKB: Uncharacterized protein DKFZp781I1140

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分子 #4: DET1- and DDB1-associated protein 1

分子名称: DET1- and DDB1-associated protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.724102 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
ADFLKGLPVY NKSNFSRFHA DSVCKASNRR PSVYLPTREY PSEQIIVTEK TNILLRYLHQ QWDKKNAAKK RDQEQVELEG ESSAPPRKV ARTDSPDMHE DT

UniProtKB: DET1- and DDB1-associated protein 1

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分子 #5: N~1~-(3-chloro-1H-indol-7-yl)benzene-1,4-disulfonamide

分子名称: N~1~-(3-chloro-1H-indol-7-yl)benzene-1,4-disulfonamide
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: EF6
分子量理論値: 385.846 Da
Chemical component information

ChemComp-EF6:
N~1~-(3-chloro-1H-indol-7-yl)benzene-1,4-disulfonamide / E-7070 / antitumor, 阻害剤, 薬剤*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 380000
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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