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万見
- EMDB-10211: Subtomogram average of E. coli 70S ribosome from FISE tilt series -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10211
タイトルSubtomogram average of E. coli 70S ribosome from FISE tilt series
マップデータ
試料
  • 複合体: 70S ribosome
生物種Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.0 Å
データ登録者Eisenstein F / Danev R / Pilhofer M
引用
ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Improved applicability and robustness of fast cryo-electron tomography data acquisition.
著者: Fabian Eisenstein / Radostin Danev / Martin Pilhofer /
要旨: The power of cryo-electron tomography (cryoET) lies in its capability to characterize macromolecules in their cellular context. Structure determination by cryoET, however, is time-consuming compared ...The power of cryo-electron tomography (cryoET) lies in its capability to characterize macromolecules in their cellular context. Structure determination by cryoET, however, is time-consuming compared to single particle approaches. A recent study reported significant acceleration of data acquisition by a fast-incremental single-exposure (FISE) tilt series scheme. Here we improved the method and evaluated its efficiency and performance. We show that (1) FISE combined with the latest generation of direct electron detectors speeds up collection considerably, (2) previous generation (pre-2017) double-tilt axis Titan Krios holders are also suitable for FISE data acquisition, (3) x, y and z-specimen shifts can be compensated for, and (4) FISE tilt series data can generate averages of sub-nanometer resolution. These advances will allow for a widespread adoption of cryoET for high-throughput in situ studies and high-resolution structure determination across different biological research disciplines.
#2: ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2019
タイトル: Improved applicability and robustness of fast cryo-electron tomography data acquisition
著者: Eisenstein F / Danev R / Pilhofer M
履歴
登録2019年8月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年8月28日-
マップ公開2019年8月28日-
更新2019年11月6日-
現状2019年11月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10211.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10211.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 48.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.1 Å/pix.
x 234 pix.
= 491.4 Å		2.1 Å/pix.
x 234 pix.
= 491.4 Å		2.1 Å/pix.
x 234 pix.
= 491.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.43 / ムービー #1: 2
最小 - 最大-6.6730123 - 15.664622
平均 (標準偏差)0.06573385 (±0.66045946)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ234234234
Spacing234234234
セルA=B=C: 491.39996 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.12.12.1
M x/y/z234234234
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z491.400491.400491.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS234234234
D min/max/mean-6.67315.6650.066

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 70S ribosome

全体名称: 70S ribosome
要素
  • 複合体: 70S ribosome

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超分子 #1: 70S ribosome

超分子名称: 70S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
詳細single-tilt axis holder
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均露光時間: 0.5 sec. / 平均電子線量: 150.0 e/Å2 / 詳細: FISEtomo SerialEM script
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 3 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: emClarity (ver. 1.3.9) / 使用したサブトモグラム数: 9923
抽出トモグラム数: 12 / 使用した粒子像数: 11251 / 参照モデル: EMD-6311 / 手法: template matching / ソフトウェア - 名称: emClarity (ver. 1.3.9) / 詳細: emClarity
CTF補正ソフトウェア - 名称: emClarity (ver. 1.3.9)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: emClarity (ver. 1.3.9)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: emClarity (ver. 1.3.9)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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