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万見
- EMDB-1018: The first step: activation of the Semliki Forest virus spike prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1018
タイトルThe first step: activation of the Semliki Forest virus spike protein precursor causes a localized conformational change in the trimeric spike.
マップデータSemliki forest virus
試料
  • 試料: Semliki forest mSQL
  • ウイルス: Semliki forest virus (セムリキ森林ウイルス)
生物種Semliki forest virus (セムリキ森林ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.0 Å
データ登録者Fuller SD
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 1998
タイトル: The first step: activation of the Semliki Forest virus spike protein precursor causes a localized conformational change in the trimeric spike.
著者: I Ferlenghi / B Gowen / F de Haas / E J Mancini / H Garoff / M Sjöberg / S D Fuller /
要旨: The structure of the particle formed by the SFVmSQL mutant of Semliki Forest virus (SFV) has been defined by cryo-electron microscopy and image reconstruction to a resolution of 21 A. The SQL ...The structure of the particle formed by the SFVmSQL mutant of Semliki Forest virus (SFV) has been defined by cryo-electron microscopy and image reconstruction to a resolution of 21 A. The SQL mutation blocks the cleavage of p62, the precursor of the spike proteins E2 and E3, which normally occurs in the trans-Golgi. The uncleaved spike protein is insensitive to the low pH treatment that triggers membrane fusion during entry of the wild-type virus. The conformation of the spike in the SFVmSQL particle should correspond to that of the inactive precursor found in the early stages of the secretory pathway. Comparison of this "precursor" structure with that of the mature, wild-type, virus allows visualization of the changes that lead to activation, the first step in the pathway toward fusion. We find that the conformational change in the spike is dramatic but localized. The projecting domains of the spikes are completely separated in the precursor and close to generate a cavity in the mature spike. E1, the fusion peptide-bearing protein, interacts only with the p62 in its own third of the trimer before cleavage and then collapses to form a trimer of heterotrimers (E1E2E3)3 surrounding the cavity, poised for the pH-induced conformational change that leads to fusion. The capsid, transmembrane regions and the spike skirts (thin layers of protein that link spikes above the membrane) remain unchanged by cleavage. Similarly, the interactions of the spikes with the nucleocapsid through the transmembrane domains remain constant. Hence, the interactions that lead to virus assembly are unaffected by the SFVmSQL mutation.
履歴
登録2002年12月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2003年1月6日-
マップ公開2003年1月6日-
更新2012年10月17日-
現状2012年10月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 961
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 961
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1018.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1018.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 31.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈Semliki forest virus
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1 Å/pix.
x 256 pix.
= 256. Å		1 Å/pix.
x 256 pix.
= 256. Å		1 Å/pix.
x 256 pix.
= 256. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 992.0 / ムービー #1: 961
最小 - 最大-6796.0 - 3204.0
平均 (標準偏差)7.4848 (±394.451000000000022)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 256 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z111
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z256.000256.000256.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-6796.0003204.0007.485

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Semliki forest mSQL

全体名称: Semliki forest mSQL
要素
  • 試料: Semliki forest mSQL
  • ウイルス: Semliki forest virus (セムリキ森林ウイルス)

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超分子 #1000: Semliki forest mSQL

超分子名称: Semliki forest mSQL / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Semliki forest virus

超分子名称: Semliki forest virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: semliki forest m SQL / 詳細: mSQL mutation. / NCBI-ID: 11033 / 生物種: Semliki forest virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: semliki forest m SQL
宿主生物種: baby hamster kidney 21 cells (unknown) / 別称: VERTEBRATES
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: envelope / T番号(三角分割数): 4
ウイルス殻Shell ID: 2 / 名称: nucleo capsid / T番号(三角分割数): 4

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: tris(10mM) NaCL (100mM) ph 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 37 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Vitrification instrument: EMBL plunger with warm humid air spray
手法: blot for 2 sec Graticule grids were used to maintain

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG/ST
温度平均: 105 K
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: PERKIN ELMER / デジタル化 - サンプリング間隔: 20 µm / 平均電子線量: 8 e/Å2 / カメラ長: 44 / Od range: 1 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 7.628 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.975 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: ctf multiplication and summation of normalized reconstructions
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMBL / 使用した粒子像数: 62
最終 角度割当詳細: sufficient to give maximum inverse eigen value of 0.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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