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- EMDB-10131: MKLP2-decocrated 13 protofilament microtubule (ADP.Al.Fx state) p... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10131
タイトルMKLP2-decocrated 13 protofilament microtubule (ADP.Al.Fx state) processed with MiRP (Microtubule Relion-based Pipeline)
マップデータMKLP2 (ADPAlFx state) decorated 13PF microtubule: symmetrised asymmetric unit density from MiRP processing
試料
  • 複合体: Complex of 13pf microtubule with bound MKLP2 motor domain in the presence of ADP.AlFx
    • 複合体: Tubulin alpha and beta chains
    • 複合体: Kinesin-like protein KIF20A
生物種Bos taurus (ウシ) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Cook AC / Manka SW / Wang S / Moores CA / Atherton J
資金援助 英国, 5件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/R000352/1 英国
Wellcome Trust079605/Z/06/Z 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/J003867/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/L014211/1 英国
Wellcome Trust101488/Z/13/Z 英国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: The divergent mitotic kinesin MKLP2 exhibits atypical structure and mechanochemistry.
著者: Joseph Atherton / I-Mei Yu / Alexander Cook / Joseph M Muretta / Agnel Joseph / Jennifer Major / Yannick Sourigues / Jeffrey Clause / Maya Topf / Steven S Rosenfeld / Anne Houdusse / Carolyn A Moores /
要旨: MKLP2, a kinesin-6, has critical roles during the metaphase-anaphase transition and cytokinesis. Its motor domain contains conserved nucleotide binding motifs, but is divergent in sequence (~35% ...MKLP2, a kinesin-6, has critical roles during the metaphase-anaphase transition and cytokinesis. Its motor domain contains conserved nucleotide binding motifs, but is divergent in sequence (~35% identity) and size (~40% larger) compared to other kinesins. Using cryo-electron microscopy and biophysical assays, we have undertaken a mechanochemical dissection of the microtubule-bound MKLP2 motor domain during its ATPase cycle, and show that many facets of its mechanism are distinct from other kinesins. While the MKLP2 neck-linker is directed towards the microtubule plus-end in an ATP-like state, it does not fully dock along the motor domain. Furthermore, the footprint of the MKLP2 motor domain on the MT surface is altered compared to motile kinesins, and enhanced by kinesin-6-specific sequences. The conformation of the highly extended loop6 insertion characteristic of kinesin-6s is nucleotide-independent and does not contact the MT surface. Our results emphasize the role of family-specific insertions in modulating kinesin motor function.
履歴
登録2019年7月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年10月23日-
マップ公開2019年10月23日-
更新2020年11月25日-
現状2020年11月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10131.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10131.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈MKLP2 (ADPAlFx state) decorated 13PF microtubule: symmetrised asymmetric unit density from MiRP processing
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.53 Å/pix.
x 109 pix.
= 167.206 Å		1.53 Å/pix.
x 103 pix.
= 158.002 Å		1.53 Å/pix.
x 80 pix.
= 122.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.534 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.035 / ムービー #1: 0.035
最小 - 最大-0.15499362 - 0.29427066
平均 (標準偏差)0.001958117 (±0.01719634)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin83192157
サイズ10380109
Spacing80103109
セルA: 122.72 Å / B: 158.002 Å / C: 167.20601 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.5341.5341.534
M x/y/z80103109
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z122.720158.002167.206
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS19283157
NC/NR/NS80103109
D min/max/mean-0.1550.2940.002

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添付データ

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追加マップ: MKLP2 (ADPAlFx state) decorated 13PF microtubule: C1 whole...

ファイルemd_10131_additional.map
注釈MKLP2 (ADPAlFx state) decorated 13PF microtubule: C1 whole microtubule density from MiRP processing
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: MKLP2 (ADPAlFx state) decorated 13PF microtubule: C1 whole...

ファイルemd_10131_additional_1.map
注釈MKLP2 (ADPAlFx state) decorated 13PF microtubule: C1 whole microtubule density from MiRP processing
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of 13pf microtubule with bound MKLP2 motor domain in the ...

全体名称: Complex of 13pf microtubule with bound MKLP2 motor domain in the presence of ADP.AlFx
要素
  • 複合体: Complex of 13pf microtubule with bound MKLP2 motor domain in the presence of ADP.AlFx
    • 複合体: Tubulin alpha and beta chains
    • 複合体: Kinesin-like protein KIF20A

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超分子 #1: Complex of 13pf microtubule with bound MKLP2 motor domain in the ...

超分子名称: Complex of 13pf microtubule with bound MKLP2 motor domain in the presence of ADP.AlFx
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 / 詳細: Microtubule bound to taxol

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超分子 #2: Tubulin alpha and beta chains

超分子名称: Tubulin alpha and beta chains / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 / 詳細: Microtubule bound to taxol
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)

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超分子 #3: Kinesin-like protein KIF20A

超分子名称: Kinesin-like protein KIF20A / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 / 詳細: Microtubule bound to taxol
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 6.8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k)
検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf / 詳細: RELION
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 詳細: Following the MiRP pipeline / 使用した粒子像数: 14411
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION / 詳細: Following the MiRP pipeline
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION / 詳細: Following the MiRP pipeline
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION / 詳細: Following the MiRP pipeline

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5nd4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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