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- EMDB-10074: SecA in complex with ribosome nascent chain -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10074
タイトルSecA in complex with ribosome nascent chain
マップデータSecA bound to translating ribosome (with focused refined)
試料
  • 複合体: ribosome nascent chain in complex with SecA
    • タンパク質・ペプチド: SecA
機能・相同性
機能・相同性情報


cell envelope Sec protein transport complex / protein-secreting ATPase / intracellular protein transmembrane transport / protein transport by the Sec complex / protein import / protein targeting / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
SEC-C motif / SEC-C motif / Protein translocase subunit SecA / SecA DEAD-like, N-terminal / SecA Wing/Scaffold / SecA, preprotein cross-linking domain / SecA motor DEAD / SecA conserved site / SecA, Wing/Scaffold superfamily / SecA, preprotein cross-linking domain superfamily ...SEC-C motif / SEC-C motif / Protein translocase subunit SecA / SecA DEAD-like, N-terminal / SecA Wing/Scaffold / SecA, preprotein cross-linking domain / SecA motor DEAD / SecA conserved site / SecA, Wing/Scaffold superfamily / SecA, preprotein cross-linking domain superfamily / SecA, C-terminal helicase domain / SecA preprotein cross-linking domain / SecA Wing and Scaffold domain / SecA DEAD-like domain / SecA P-loop domain / SecA family signature. / SecA family profile. / SecA DEAD-like domain / SecA preprotein cross-linking domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein translocase subunit SecA
類似検索 - 構成要素
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.7 Å
データ登録者Jomaa A / Shuai W / Shan S / Ban N
資金援助 スイス, 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation スイス
National Institutes of Health/National Center for Research Resources 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019
タイトル: The molecular mechanism of cotranslational membrane protein recognition and targeting by SecA.
著者: Shuai Wang / Ahmad Jomaa / Mateusz Jaskolowski / Chien-I Yang / Nenad Ban / Shu-Ou Shan /
要旨: Cotranslational protein targeting is a conserved process for membrane protein biogenesis. In Escherichia coli, the essential ATPase SecA was found to cotranslationally target a subset of nascent ...Cotranslational protein targeting is a conserved process for membrane protein biogenesis. In Escherichia coli, the essential ATPase SecA was found to cotranslationally target a subset of nascent membrane proteins to the SecYEG translocase at the plasma membrane. The molecular mechanism of this pathway remains unclear. Here we use biochemical and cryoelectron microscopy analyses to show that the amino-terminal amphipathic helix of SecA and the ribosomal protein uL23 form a composite binding site for the transmembrane domain (TMD) on the nascent protein. This binding mode further enables recognition of charged residues flanking the nascent TMD and thus explains the specificity of SecA recognition. Finally, we show that membrane-embedded SecYEG promotes handover of the translating ribosome from SecA to the translocase via a concerted mechanism. Our work provides a molecular description of the SecA-mediated cotranslational targeting pathway and demonstrates an unprecedented role of the ribosome in shielding nascent TMDs.
履歴
登録2019年6月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年10月9日-
マップ公開2019年10月9日-
更新2019年11月27日-
現状2019年11月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10074.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10074.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈SecA bound to translating ribosome (with focused refined)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.39 Å/pix.
x 120 pix.
= 166.8 Å		1.39 Å/pix.
x 120 pix.
= 166.8 Å		1.39 Å/pix.
x 120 pix.
= 166.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.39 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.10420957 - 0.186529
平均 (標準偏差)0.00029363655 (±0.010255728)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ120120120
Spacing120120120
セルA=B=C: 166.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.391.391.39
M x/y/z120120120
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z166.800166.800166.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-420-29
NX/NY/NZ887886
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS120120120
D min/max/mean-0.1040.1870.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : ribosome nascent chain in complex with SecA

全体名称: ribosome nascent chain in complex with SecA
要素
  • 複合体: ribosome nascent chain in complex with SecA
    • タンパク質・ペプチド: SecA

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超分子 #1: ribosome nascent chain in complex with SecA

超分子名称: ribosome nascent chain in complex with SecA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#35
分子量理論値: 2.6 MDa

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分子 #1: SecA

分子名称: SecA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
配列文字列: QGHMMLIKLL TKVFGCRNDR TLRRMRKVVN IINAMEPEMM KLSDEELKGK TAEFRARLEK GEVLENLIPE AFAVVREASK RVFGMRHFDV QLLGGMVLNE RCIAEMRTGE GKTLTATLPA YLNALTGKGV HVVTVNDYLA QRDAENNRPL FEFLGLTVGI NLPGMPAPAK ...文字列:
QGHMMLIKLL TKVFGCRNDR TLRRMRKVVN IINAMEPEMM KLSDEELKGK TAEFRARLEK GEVLENLIPE AFAVVREASK RVFGMRHFDV QLLGGMVLNE RCIAEMRTGE GKTLTATLPA YLNALTGKGV HVVTVNDYLA QRDAENNRPL FEFLGLTVGI NLPGMPAPAK REAYAADITY GTNNEYGFDY LRDNMAFSPE ERVQRKLHYA LVDEVDSILI DEARTPLIIS GPAEDSSEMY KRVNKIIPHL IRQEKEDSET FQGEGHFSVD EKSRQVNLTE RGLVLIEELL VKEGIMDEGE SLYSPANIML MHHVTAALRA HALFTRDVDY IVKDGEVIIV DEHTGRTMQG RRWSDGLHQA VEAKEGVQIQ NENQTLASIT FQNYFRLYEK LAGMTGTADT EAFEFSSIYK LDTVVVPTNR PMIRKDLPDL VYMTEAEKIQ AIIEDIKERT AKGQPVLVGT ISIEKSELVS NELTKAGIKH NVLNAKFHAN EAAIVAQAGY PAAVTIATNM AGRGTDIVLG GSWQAEVAAL ENPTAEQIEK IKADWQVRHD AVLEAGGLHI IGTERHESRR IDNQLRGRSG RQGDAGSSRF YLSMEDALMR IFASDRVSGM MRKLGMKPGE AIEHPWVTKA IANAQRKVES RNFDIRKQLL EYDDVANDQR RAIYSQRNEL LDVSDVSETI NSIREDVFKA TIDAYIPPQS LEEMWDIPGL QERLKNDFDL DLPIAEWLDK EPELHEETLR ERILAQSIEV YQRKEEVVGA EMMRHFEKGV MLQTLDSLWK EHLAAMDYLR QGIHLRGYAQ KDPKQEYKRE SFSMFAAMLE SLKYEVISTL SKVQVRMP

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細prepared using in-vitro translation system

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: 70S ribosome
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / 使用した粒子像数: 37334
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5gag

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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