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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10041 | |||||||||
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タイトル | SIVrcm intasome | |||||||||
マップデータ | map sharpened with B factor -170 | |||||||||
試料 |
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キーワード | retroviral integrase / lentivirus / strand transfer inhibior / protein-DNA complex / RECOMBINATION | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 exoribonuclease H activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / DNA recombination / aspartic-type endopeptidase activity / symbiont entry into host cell ...exoribonuclease H activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / DNA recombination / aspartic-type endopeptidase activity / symbiont entry into host cell / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.36 Å | |||||||||
データ登録者 | Cherepanov P / Nans A / Cook N | |||||||||
資金援助 | 米国, 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2020 タイトル: Structural basis of second-generation HIV integrase inhibitor action and viral resistance. 著者: Nicola J Cook / Wen Li / Dénes Berta / Magd Badaoui / Allison Ballandras-Colas / Andrea Nans / Abhay Kotecha / Edina Rosta / Alan N Engelman / Peter Cherepanov / 要旨: Although second-generation HIV integrase strand-transfer inhibitors (INSTIs) are prescribed throughout the world, the mechanistic basis for the superiority of these drugs is poorly understood. We ...Although second-generation HIV integrase strand-transfer inhibitors (INSTIs) are prescribed throughout the world, the mechanistic basis for the superiority of these drugs is poorly understood. We used single-particle cryo-electron microscopy to visualize the mode of action of the advanced INSTIs dolutegravir and bictegravir at near-atomic resolution. Glutamine-148→histidine (Q148H) and glycine-140→serine (G140S) amino acid substitutions in integrase that result in clinical INSTI failure perturb optimal magnesium ion coordination in the enzyme active site. The expanded chemical scaffolds of second-generation compounds mediate interactions with the protein backbone that are critical for antagonizing viruses containing the Q148H and G140S mutations. Our results reveal that binding to magnesium ions underpins a fundamental weakness of the INSTI pharmacophore that is exploited by the virus to engender resistance and provide a structural framework for the development of this class of anti-HIV/AIDS therapeutics. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10041.map.gz | 164.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10041-v30.xml emd-10041.xml | 28.5 KB 28.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_10041_fsc.xml | 12.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_10041.png | 66.8 KB | ||
マスクデータ | emd_10041_msk_1.map | 178 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-10041.cif.gz | 7 KB | ||
その他 | emd_10041_additional_1.map.gz emd_10041_additional_2.map.gz emd_10041_half_map_1.map.gz emd_10041_half_map_2.map.gz | 89.4 MB 167.9 MB 164.7 MB 164.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10041 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10041 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10041_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_10041_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10041_validation.xml.gz | 19.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_10041_validation.cif.gz | 25.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10041 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10041 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10041.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | map sharpened with B factor -170 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.38 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_10041_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened CryoSPARC map
ファイル | emd_10041_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened CryoSPARC map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Autosharpened map from CryoSPARC
ファイル | emd_10041_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Autosharpened map from CryoSPARC | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_10041_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_10041_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : SIVrcm intasome in complex with bictegravir
全体 | 名称: SIVrcm intasome in complex with bictegravir |
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要素 |
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-超分子 #1: SIVrcm intasome in complex with bictegravir
超分子 | 名称: SIVrcm intasome in complex with bictegravir / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
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-超分子 #2: Pol Protein
超分子 | 名称: Pol Protein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス) |
-超分子 #3: DNA
超分子 | 名称: DNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4-#5 |
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由来(天然) | 生物種: Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス) |
-分子 #1: Pol protein
分子 | 名称: Pol protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 32.732182 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: GFLDGIEKAQ EEHEKYHNNW RAMAEDFQIP QVVAKEIVAQ CPKCQVKGEA MHGQVDASPK TWQMDCTHLE GKVIIVAVHV ASGYIEAEV LPAETGKETA HFLLKLAARW PVKHLHTDNG DNFTSSAVQA VCWWAQIEHT FGVPYNPQSQ GVVESMNHQL K TIITQIRD ...文字列: GFLDGIEKAQ EEHEKYHNNW RAMAEDFQIP QVVAKEIVAQ CPKCQVKGEA MHGQVDASPK TWQMDCTHLE GKVIIVAVHV ASGYIEAEV LPAETGKETA HFLLKLAARW PVKHLHTDNG DNFTSSAVQA VCWWAQIEHT FGVPYNPQSQ GVVESMNHQL K TIITQIRD QAEKIETAVQ MAVLIHNFKR KGGIGGYSAG ERIIDIIASD LQTTKLQNQI SKIQNFRVYF REGRDQQWKG PA TLIWKGE GAVVIQDGQD LKVVPRRKCK IIKDYGRKDV DSETSMEGRQ EKD UniProtKB: Pol protein |
-分子 #2: Pol protein
分子 | 名称: Pol protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 32.675131 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: FLDGIEKAQE EHEKYHNNWR AMAEDFQIPQ VVAKEIVAQC PKCQVKGEAM HGQVDASPKT WQMDCTHLEG KVIIVAVHVA SGYIEAEVL PAETGKETAH FLLKLAARWP VKHLHTDNGD NFTSSAVQAV CWWAQIEHTF GVPYNPQSQG VVESMNHQLK T IITQIRDQ ...文字列: FLDGIEKAQE EHEKYHNNWR AMAEDFQIPQ VVAKEIVAQC PKCQVKGEAM HGQVDASPKT WQMDCTHLEG KVIIVAVHVA SGYIEAEVL PAETGKETAH FLLKLAARWP VKHLHTDNGD NFTSSAVQAV CWWAQIEHTF GVPYNPQSQG VVESMNHQLK T IITQIRDQ AEKIETAVQM AVLIHNFKRK GGIGGYSAGE RIIDIIASDL QTTKLQNQIS KIQNFRVYFR EGRDQQWKGP AT LIWKGEG AVVIQDGQDL KVVPRRKCKI IKDYGRKDVD SETSMEGRQE KD UniProtKB: Pol protein |
-分子 #3: Pol protein
分子 | 名称: Pol protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 32.68817 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: GFLDGIEKAQ EEHEKYHNNW RAMAEDFQIP QVVAKEIVAQ CPKCQVKGEA MHGQVDASPK TWQMDCTHLE GKVIIVAVHV ASGYIEAEV LPAETGKETA HFLLKLAARW PVKHLHTDNG ANFTSSAVQA VCWWAQIEHT FGVPYNPQSQ GVVESMNHQL K TIITQIRD ...文字列: GFLDGIEKAQ EEHEKYHNNW RAMAEDFQIP QVVAKEIVAQ CPKCQVKGEA MHGQVDASPK TWQMDCTHLE GKVIIVAVHV ASGYIEAEV LPAETGKETA HFLLKLAARW PVKHLHTDNG ANFTSSAVQA VCWWAQIEHT FGVPYNPQSQ GVVESMNHQL K TIITQIRD QAEKIETAVQ MAVLIHNFKR KGGIGGYSAG ERIIDIIASD LQTTKLQNQI SKIQNFRVYF REGRDQQWKG PA TLIWKGE GAVVIQDGQD LKVVPRRKCK IIKDYGRKDV DSETSMEGRQ EKD UniProtKB: Pol protein |
-分子 #4: DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*AP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*CP*TP*CP*TP*AP*CP...
分子 | 名称: DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*AP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*CP*TP*CP*TP*AP*CP*CP*A)-3') タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 2 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 9.223995 KDa |
配列 | 文字列: (DG)(DT)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DA)(DG) (DG)(DC)(DT)(DA)(DA)(DG)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DT)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DC) (DA) |
-分子 #5: DNA (5'-D(*AP*AP*CP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*AP*GP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*...
分子 | 名称: DNA (5'-D(*AP*AP*CP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*AP*GP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*TP*TP*AP*GP*C)-3') タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 2 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 10.134541 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DA)(DC)(DT)(DG)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA) (DG)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DT)(DT) (DA)(DG)(DC)(DC)(DT)(DT)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DA)(DC) |
-分子 #6: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 8 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-30 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 8027 / 平均電子線量: 50.4 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.6 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |