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万見
- EMDB-10004: Native encapsulated dye decolourising type peroxidase from Mycoba... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10004
タイトルNative encapsulated dye decolourising type peroxidase from Mycobacterium smegmatis
マップデータEncapsulated dye decolourising type peroxidase
試料
  • 複合体: Encapsulated DyP type peroxidase
生物種Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Kirykowicz AM / Woodward JD
資金援助 南アフリカ, 1件
OrganizationGrant number国
National Research Foundation in South Africa92556 南アフリカ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural pipeline for the investigation of Mycobacterial protein complexes involved in the stationary phase stress response
著者: Kirykowicz AM / Woodward JD
履歴
登録2019年5月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年6月5日-
マップ公開2020年5月6日-
更新2020年5月6日-
現状2020年5月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 11.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 11.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10004.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10004.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Encapsulated dye decolourising type peroxidase
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.84 Å/pix.
x 128 pix.
= 491.52 Å		3.84 Å/pix.
x 128 pix.
= 491.52 Å		3.84 Å/pix.
x 128 pix.
= 491.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.84 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 11.1 / ムービー #1: 11.1
最小 - 最大-11.868299 - 27.44111
平均 (標準偏差)-0.0000000451 (±1)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-17-17-17
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 491.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.843.843.84
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z491.520491.520491.520
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-17-17-17
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-11.86827.441-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Encapsulated DyP type peroxidase

全体名称: Encapsulated DyP type peroxidase
要素
  • 複合体: Encapsulated DyP type peroxidase

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超分子 #1: Encapsulated DyP type peroxidase

超分子名称: Encapsulated DyP type peroxidase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: Mask applied to encapsulin shell
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
細胞中の位置: Cytoplasm
分子量実験値: 222 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 200 mM NaCl, 50 mM Tris-HCl
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl acetate / 詳細: Sample washed/blotted with 2% UA and air-dried
詳細Negative stain

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4000 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4000 pixel / 平均露光時間: 0.5 sec. / 平均電子線量: 20.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / Cs: 1.2 mm / 倍率（公称値）: 50000
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 207 / 詳細: Manual picking
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Initial model generated in EMAN Common Lines using encapsulin particles with mask applied. C3 symmetry imposed.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D3 (2回x3回 2面回転対称)
アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF
詳細: D3 symmetry imposed. 15 angstrom low pass filter used. Mask radius of 70 angstrom.
使用した粒子像数: 207
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE / 詳細: EMAN
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
詳細: 5 iterations of 10 degrees, 5 iterations of 8 degrees, 10 iterations of 5 degrees, and 6 iterations of 3 degrees

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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