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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0935 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the TIM22 complex from yeast | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() mitochondrial intermembrane space protein transporter complex / Citric acid cycle (TCA cycle) / lipid kinase activity / Mitochondrial protein import / mitochondrion targeting sequence binding / succinate dehydrogenase activity / TIM22 mitochondrial import inner membrane insertion complex / : / mitochondrial electron transport, succinate to ubiquinone / protein transmembrane transport ...mitochondrial intermembrane space protein transporter complex / Citric acid cycle (TCA cycle) / lipid kinase activity / Mitochondrial protein import / mitochondrion targeting sequence binding / succinate dehydrogenase activity / TIM22 mitochondrial import inner membrane insertion complex / : / mitochondrial electron transport, succinate to ubiquinone / protein transmembrane transport / protein transporter activity / protein insertion into mitochondrial inner membrane / sphingolipid metabolic process / response to arsenic-containing substance / cellular respiration / response to osmotic stress / protein transmembrane transporter activity / quinone binding / tricarboxylic acid cycle / mitochondrial intermembrane space / phospholipid binding / unfolded protein binding / cellular response to oxidative stress / mitochondrial inner membrane / membrane => GO:0016020 / electron transfer activity / phosphorylation / apoptotic process / mitochondrion / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.83 Å | |||||||||
![]() | Zhang Y / Zhou X / Wu X / Li L | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the mitochondrial TIM22 complex from yeast. 著者: Yutong Zhang / Xiaomin Ou / Xuezheng Wang / Dongjie Sun / Xueyin Zhou / Xiaofei Wu / Qing Li / Long Li / ![]() | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 7.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.6 KB 16.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 63.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 322.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 322 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.055 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : TIM22 complex
全体 | 名称: TIM22 complex |
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要素 |
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-超分子 #1: TIM22 complex
超分子 | 名称: TIM22 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM22
分子 | 名称: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM22 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 21.75174 KDa |
配列 | 文字列: MVYTGFGLEQ ISPAQKKPYN ELTPEEQGER GAEMIMNFMT SCPGKSVVSG VTGFALGGVL GLFMASMAYD TPLHTPTPAN TAATATAGN IGVGGISRTV QQISDLPFRQ QMKLQFTDMG KKSYSSAKNF GYIGMIYAGV ECVIESLRAK NDIYNGVTAG F FTGAGLAY ...文字列: MVYTGFGLEQ ISPAQKKPYN ELTPEEQGER GAEMIMNFMT SCPGKSVVSG VTGFALGGVL GLFMASMAYD TPLHTPTPAN TAATATAGN IGVGGISRTV QQISDLPFRQ QMKLQFTDMG KKSYSSAKNF GYIGMIYAGV ECVIESLRAK NDIYNGVTAG F FTGAGLAY KAGPQAALMG GAGFAAFSAA IDLYMKSEDG RPPQNDFK |
-分子 #2: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM54
分子 | 名称: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM54 タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 54.252637 KDa |
配列 | 文字列: MSSESGKPIA KPIRKPGYTN PALKALGIPA LRLPSRNWMI FWSVLTVSIG GIAYDKYKQR QILSHATDLV KPLAEESMEV DKVPRKITV FIAPPPNDYL ESSLKVWRRY VKPVLYYAGL DYELVQEDRQ GIIRTNVANR IRELRKEILA STDGQPVKEP N QTVAKPSG ...文字列: MSSESGKPIA KPIRKPGYTN PALKALGIPA LRLPSRNWMI FWSVLTVSIG GIAYDKYKQR QILSHATDLV KPLAEESMEV DKVPRKITV FIAPPPNDYL ESSLKVWRRY VKPVLYYAGL DYELVQEDRQ GIIRTNVANR IRELRKEILA STDGQPVKEP N QTVAKPSG SSTSKISSLL PFNKIIQDPA EEDDSFDPEI GKKFKENFDW RNVIGIFYTM PKPKHIISED ALTKDPILSG GV ICLGRGA YKEYIAGIHE GLLGPIEKTE KTGSTEPKMT GVVEANQIES KVSESGATEL VDAEKETALE EAKVQDDLKV DEE NSSEDS QKFLKPFISS DQYPDLQIAS ELQTPNGEFI RNPNTNIPLL INQPLLVIPI PNLIGFTTIP RRIHRFYQKR FYVE DVCSS VVNCVRQTRI RPFDIAKDID LAKDEEKDWP QNWVKQGKEK NSEWTQELVC DPRITKHMFV YEKPPKEEPE SDI |
-分子 #3: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b subunit, mitoch...
分子 | 名称: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b subunit, mitochondrial タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 22.094963 KDa |
配列 | 文字列: MSAMMVKLGL NKSALLLKPS AFSRAAALSS SRRLLFNTAR TNFLSTSPLK NVASEMNTKA AIAEEQILNK QRAKRPISPH LTIYQPQLT WYLSSLHRIS LVLMGLGFYL FTILFGVSGL LGLGLTTEKV SNWYHQKFSK ITEWSIKGSF AYLFAIHYGG A IRHLIWDT ...文字列: MSAMMVKLGL NKSALLLKPS AFSRAAALSS SRRLLFNTAR TNFLSTSPLK NVASEMNTKA AIAEEQILNK QRAKRPISPH LTIYQPQLT WYLSSLHRIS LVLMGLGFYL FTILFGVSGL LGLGLTTEKV SNWYHQKFSK ITEWSIKGSF AYLFAIHYGG A IRHLIWDT AKELTLKGVY RTGYALIGFT AVLGTYLLTL |
-分子 #4: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM18
分子 | 名称: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM18 タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 21.994391 KDa |
配列 | 文字列: MLLFPGLKPV LNASTVIVNP VRAVFPGLVL STKRSFYSIN RLNAENKIND IANTSKEASS SVQMFKPPEF SQFKDSYQKD YERIAKYTL IPLTMVPFYA SFTGGVINPL LDASLSSIFL IYLQYGFTSC IIDYIPKEKY PRWHKLALYC LYGGSMLSLY G IYELETKN ...文字列: MLLFPGLKPV LNASTVIVNP VRAVFPGLVL STKRSFYSIN RLNAENKIND IANTSKEASS SVQMFKPPEF SQFKDSYQKD YERIAKYTL IPLTMVPFYA SFTGGVINPL LDASLSSIFL IYLQYGFTSC IIDYIPKEKY PRWHKLALYC LYGGSMLSLY G IYELETKN NGFVDLVKKL WNENDDHLYI FGRN |
-分子 #5: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM9
分子 | 名称: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM9 タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 10.216649 KDa |
配列 | 文字列: MDALNSKEQQ EFQKVVEQKQ MKDFMRLYSN LVERCFTDCV NDFTTSKLTN KEQTCIMKCS EKFLKHSERV GQRFQEQNAA LGQGLGR |
-分子 #6: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM12
分子 | 名称: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM12 タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 12.299962 KDa |
配列 | 文字列: MSFFLNSLRG NQEVSQEKLD VAGVQFDAMC STFNNILSTC LEKCIPHEGF GEPDLTKGEQ CCIDRCVAKM HYSNRLIGGF VQTRGFGPE NQLRHYSRFV AKEIADDSKK |
-分子 #7: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM10
分子 | 名称: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM10 タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 10.313589 KDa |
配列 | 文字列: MSFLGFGGGQ PQLSSQQKIQ AAEAELDLVT DMFNKLVNNC YKKCINTSYS EGELNKNESS CLDRCVAKYF ETNVQVGENM QKMGQSFNA AGKF |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 297 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 57.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | ![]() PDB-6lo8: |