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万見
- EMDB-0916: Neutralization mechanism of a monoclonal antibody targeting a por... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0916
タイトルNeutralization mechanism of a monoclonal antibody targeting a porcine circovirus type 2 Cap protein conformational epitope
マップデータ3D cry-EM map of PCV2 vision
試料
  • 複合体: PCV2 virion in complex with Fab fragments of the mAb 3A5
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
キーワードPorcine circovirus type 2 / Cap protein / VIRUS
機能・相同性Circovirus capsid protein / Circovirus capsid superfamily / Circovirus capsid protein / viral capsid assembly / T=1 icosahedral viral capsid / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / Capsid protein
機能・相同性情報
生物種Porcine circovirus 2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.7 Å
データ登録者Sun Z / Huang L
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31873012 中国
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2020
タイトル: Neutralization Mechanism of a Monoclonal Antibody Targeting a Porcine Circovirus Type 2 Cap Protein Conformational Epitope.
著者: Liping Huang / Zhenzhao Sun / Deli Xia / Yanwu Wei / Encheng Sun / Chunguo Liu / Hongzhen Zhu / Haiqiao Bian / Hongli Wu / Li Feng / Jingfei Wang / Changming Liu /
要旨: Porcine circovirus type 2 (PCV2) is an important pathogen in swine herds, and its infection of pigs has caused severe economic losses to the pig industry worldwide. The capsid protein of PCV2 is the ...Porcine circovirus type 2 (PCV2) is an important pathogen in swine herds, and its infection of pigs has caused severe economic losses to the pig industry worldwide. The capsid protein of PCV2 is the only structural protein that is associated with PCV2 infection and immunity. Here, we report a neutralizing monoclonal antibody (MAb), MAb 3A5, that binds to intact PCV2 virions of the PCV2a, PCV2b, and PCV2d genotypes. MAb 3A5 neutralized PCV2 by blocking viral attachment to PK15 cells. To further explore the neutralization mechanism, we resolved the structure of the PCV2 virion in complex with MAb 3A5 Fab fragments by using cryo-electron microscopy single-particle analysis. The binding sites were located at the topmost edges around 5-fold icosahedral symmetry axes, with each footprint covering amino acids from two adjacent capsid proteins. Most of the epitope residues (15/18 residues) were conserved among 2,273 PCV2 strains. Mutations of some amino acids within the epitope had significant effects on the neutralizing activity of MAb 3A5. This study reveals the molecular and structural bases of this PCV2-neutralizing antibody and provides new and important information for vaccine design and therapeutic antibody development against PCV2 infections. PCV2 is associated with several clinical manifestations collectively known as PCV2-associated diseases (PCVADs). Neutralizing antibodies play a crucial role in the prevention of PCVADs. We demonstrated previously that a MAb, MAb 3A5, neutralizes the PCV2a, PCV2b, and PCV2d genotypes with different degrees of efficiency, but the underlying mechanism remains elusive. Here, we report the neutralization mechanism of this MAb and the structure of the PCV2 virion in complex with MAb 3A5 Fabs, showing a binding mode in which one Fab interacted with more than two loops from two adjacent capsid proteins. This binding mode has not been observed previously for PCV2-neutralizing antibodies. Our work provides new and important information for vaccine design and therapeutic antibody development against PCV2 infections.
履歴
登録2019年12月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年2月12日-
マップ公開2020年2月12日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6lm3
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6lm3
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0916.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0916.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D cry-EM map of PCV2 vision
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.8 Å/pix.
x 300 pix.
= 240. Å		0.8 Å/pix.
x 300 pix.
= 240. Å		0.8 Å/pix.
x 300 pix.
= 240. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.07332169 - 0.09048094
平均 (標準偏差)0.000999484 (±0.006954318)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-150-150-150
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 240.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.80.80.8
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z240.000240.000240.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-150-150-150
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.0730.0900.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : PCV2 virion in complex with Fab fragments of the mAb 3A5

全体名称: PCV2 virion in complex with Fab fragments of the mAb 3A5
要素
  • 複合体: PCV2 virion in complex with Fab fragments of the mAb 3A5
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein

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超分子 #1: PCV2 virion in complex with Fab fragments of the mAb 3A5

超分子名称: PCV2 virion in complex with Fab fragments of the mAb 3A5
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Porcine circovirus 2 (ウイルス)

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分子 #1: Capsid protein

分子名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porcine circovirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 27.55952 KDa
組換発現生物種: Porcine circovirus 2 (ウイルス)
配列文字列: MTYPRRRFRR RRHRPRSHLG LILRRRPWLV HPRHRYRWRR KNGIFNTRLS CTFGYTVKAT TVRTPSWAVD MMRFNINDFV PPGGGTNKI SIPFEYYRIR KVKVEFWPCS PITQGDRGVG STAVILDDNF VTKATALTYD PYVNYSSRHT IPQPFSYHSR Y FTPKPVLD ...文字列:
MTYPRRRFRR RRHRPRSHLG LILRRRPWLV HPRHRYRWRR KNGIFNTRLS CTFGYTVKAT TVRTPSWAVD MMRFNINDFV PPGGGTNKI SIPFEYYRIR KVKVEFWPCS PITQGDRGVG STAVILDDNF VTKATALTYD PYVNYSSRHT IPQPFSYHSR Y FTPKPVLD STIDYFQPNN KRNQLWLRLQ TSANVDHVGL GIAFENSTYD QDYNIRVTMY VQFREFNLKD PPL

UniProtKB: Capsid protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / 平均電子線量: 35.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 2011
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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