[日本語] English
万見
- PDB-1z6o: Crystal Structure of Trichoplusia ni secreted ferritin -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1z6o
タイトルCrystal Structure of Trichoplusia ni secreted ferritin
要素
  • Ferritin heavy chain
  • Ferritin light chain
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Iron storage
機能・相同性
機能・相同性情報


ferroxidase / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / ferrous iron binding / intracellular iron ion homeostasis / Golgi apparatus / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ferritin light chain / Ferritin heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Hamburger, A.E. / West Jr., A.P. / Hamburger, Z.A. / Hamburger, P. / Bjorkman, P.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of a secreted insect ferritin reveals a symmetrical arrangement of heavy and light chains.
著者: Hamburger, A.E. / West, A.P. / Hamburger, Z.A. / Hamburger, P. / Bjorkman, P.J.
履歴
登録2005年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 295 NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON THE MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE ... NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON THE MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG ATOMS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED FIRST WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE RESIDUES LISTED SECOND. CHAIN IDENTIFIERS GIVEN AS "?" REFER TO CHAINS FOR WHICH ATOMS ARE NOT FOUND IN THIS ENTRY. APPLIED TO TRANSFORMED TO TRANSFORM CHAIN RESIDUES CHAIN RESIDUES RMSD SSS M 1 A 1 .. 212 A 1 .. 212 0.000 M 1 M 1 .. 191 M 1 .. 191 0.000 M 2 A 1 .. 212 B 1 .. 212 0.000 M 2 M 1 .. 191 N 1 .. 191 0.000 M 3 A 1 .. 212 C 1 .. 212 0.000 M 3 M 1 .. 191 O 1 .. 191 0.000 M 4 A 1 .. 212 D 1 .. 212 0.000 M 4 M 1 .. 191 P 1 .. 191 0.000 M 5 A 1 .. 212 E 1 .. 212 0.000 M 5 M 1 .. 191 Q 1 .. 191 0.000 M 6 A 1 .. 212 F 1 .. 212 0.000 M 6 M 1 .. 191 R 1 .. 191 0.000 M 7 A 1 .. 212 G 1 .. 212 0.000 M 7 M 1 .. 191 S 1 .. 191 0.000 M 8 A 1 .. 212 H 1 .. 212 0.000 M 8 M 1 .. 191 T 1 .. 191 0.000 M 9 A 1 .. 212 I 1 .. 212 0.000 M 9 M 1 .. 191 U 1 .. 191 0.000 M 10 A 1 .. 212 J 1 .. 212 0.000 M 10 M 1 .. 191 V 1 .. 191 0.000 M 11 A 1 .. 212 K 1 .. 212 0.000 M 11 M 1 .. 191 W 1 .. 191 0.000 M 12 A 1 .. 212 L 1 .. 212 0.000 M 12 M 1 .. 191 X 1 .. 191 0.000 WHERE SSS -> COLUMNS 8-10 OF MTRIX RECORDS REMARK:NULL
Remark 999SEQUENCE GENBANK ENTRIES AAX94728 AND AAX94729 ARE PARTIAL SEQUENCES. THE HEAVY AND LIGHTCHAIN ...SEQUENCE GENBANK ENTRIES AAX94728 AND AAX94729 ARE PARTIAL SEQUENCES. THE HEAVY AND LIGHTCHAIN SEQUENCES IN THIS ENTRY ARE THE COMPLETE AND NATIVE PROCESSED FORMS OF THESE PROTEINS.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ferritin light chain
B: Ferritin light chain
C: Ferritin light chain
D: Ferritin light chain
E: Ferritin light chain
F: Ferritin light chain
G: Ferritin light chain
H: Ferritin light chain
I: Ferritin light chain
J: Ferritin light chain
K: Ferritin light chain
L: Ferritin light chain
M: Ferritin heavy chain
N: Ferritin heavy chain
O: Ferritin heavy chain
P: Ferritin heavy chain
Q: Ferritin heavy chain
R: Ferritin heavy chain
S: Ferritin heavy chain
T: Ferritin heavy chain
U: Ferritin heavy chain
V: Ferritin heavy chain
W: Ferritin heavy chain
X: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)554,91648
ポリマ－553,70224
非ポリマー1,21424
水80,2754456
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130110 Å2
ΔGint-909 kcal/mol
Surface area160850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)206.880, 145.697, 209.158
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.93, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11F-153-

HIS

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.176741, -0.363143, 0.914817), (0.972285, -0.208942, 0.104903), (0.153049, 0.908003, 0.390007)15.6924, -57.7021, 23.9069
3given(-0.191461, 0.97031, 0.147787), (-0.362713, -0.209862, 0.907963), (0.912021, 0.120235, 0.392125)55.745, -27.9853, -16.9173
4given(-0.685453, 0.72807, -0.00826), (0.727997, 0.68509, -0.025914), (-0.013208, -0.023776, -0.99963)91.0261, -38.0412, 106.2082
5given(0.830859, 0.091182, -0.548962), (0.531153, -0.424177, 0.733451), (-0.165979, -0.900977, -0.400863)37.9448, -66.6422, 83.3951
6given(-0.143992, -0.817556, 0.557555), (-0.404639, 0.562815, 0.720768), (-0.903069, -0.121824, -0.411856)32.7702, -16.2741, 123.2613
7given(-0.649747, -0.162739, -0.742526), (-0.161767, -0.924837, 0.34425), (-0.742738, 0.343792, 0.574584)128.1506, -8.9298, 62.5147
8given(0.33223, -0.566315, 0.754261), (-0.565136, -0.759766, -0.321523), (0.755145, -0.319441, -0.572462)-3.6133, 48.0508, 42.5979
9given(-0.147623, -0.407349, -0.901263), (-0.820149, 0.559714, -0.11864), (0.552777, 0.721656, -0.416713)109.7063, 50.218, 44.7174
10given(-0.500125, 0.680981, 0.534921), (-0.680252, 0.07329, -0.729305), (-0.535847, -0.728624, 0.426585)52.3553, 75.3636, 59.4931
11given(-0.499594, -0.68029, -0.536295), (0.680746, 0.074542, -0.728716), (0.535715, -0.729143, 0.425864)109.5142, 1.9142, 1.7704
12given(0.832476, 0.526805, -0.171642), (0.087564, -0.430988, -0.898099), (-0.547099, 0.732616, -0.404916)17.794, 43.0515, 103.3237
詳細the asymmetric unit contains one biological assembly composed of 12 heavy and 12 light chains.

-
要素

#1: タンパク質
Ferritin light chain


分子量: 24341.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
細胞株: BTI-Tn-5B1-4 / 参照: UniProt: Q52SA8
#2: タンパク質
Ferritin heavy chain


分子量: 21800.779 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
細胞株: BTI-Tn-5B1-4 / 参照: UniProt: Q52SA9
#3: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4456 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.4 %
結晶化温度: 277 K / pH: 8
詳細: 20 mM Tris, 150 mM NaCl, 0.05% sodium azide, pH 8, spontaneous in storage buffer, temperature 277K, pH 8.00

-
データ収集

回折平均測定温度: 123 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.0781
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0781 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→29.85 Å / Num. obs: 463420 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 1.89 % / Biso Wilson estimate: 18.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.344 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 98.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT1.401データ抽出
DENZOデータ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MFR

1mfr


解像度: 1.91→19.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.001 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
詳細: STRICT NCS WAS USED, REFINEMENT WITH NCS CONSTRAINTS WAS PERFORMED USING CHAINS A AND M. THREE IONS(FE3 A 301, CA 5302, CA 5303) AND SIX WATER MOLECULES (HOH 1 TO HOH 6) ARE LOCATED AT ...詳細: STRICT NCS WAS USED, REFINEMENT WITH NCS CONSTRAINTS WAS PERFORMED USING CHAINS A AND M. THREE IONS(FE3 A 301, CA 5302, CA 5303) AND SIX WATER MOLECULES (HOH 1 TO HOH 6) ARE LOCATED AT SPECIAL POSITIONS WITH RESPECT TO THE NCS OPERATORS. DURING REFINEMENT THE OCCUPANCIES OF THESE ATOMS WERE 0.26, 0.33, 0.33, 0.33, 0.33, 0.33, 0.33, 0.5, AND 0.5, RESPECTIVELY. IN THIS ENTRY THE OCCUPANCIES OF THESE ATOMS, AND NCS-RELATED ATOMS, ARE TWO OR THREE TIMES HIGHER REFLECTING THE EFFECT OF THE NCS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.194 23175 5 %THIN SHELL METHOD
Rwork0.189 ---
obs0.189 463278 96.5 %-
all-479863 --
溶媒の処理溶媒モデル: CNS BULK SOLVENT MODEL USED / Bsol: 49.6 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.03 Å20 Å2-1.97 Å2
2---0.51 Å20 Å2
3----4.52 Å2
Refine Biso
クラスRefine-IDTreatment
polymerX-RAY DIFFRACTIONisotropic
waterX-RAY DIFFRACTIONisotropic
nonpolymerX-RAY DIFFRACTIONisotropic
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.21 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3225 0 4 375 3604
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.031.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.242
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it6.342
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it9.322.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: STRICT
LS精密化 シェル解像度: 1.91→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 1854 4.1 %
Rwork0.265 43184 -
obs--93.7 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る