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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0818 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of HPV6 PsV in complex with the Fab fragment of antibody 5D3 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Human papillomavirus type 6 (パピローマウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.55 Å | |||||||||
データ登録者 | Li SW / Liu XL / Gu Y | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Emerg Microbes Infect / 年: 2019 タイトル: Neutralization sites of human papillomavirus-6 relate to virus attachment and entry phase in viral infection. 著者: Xinlin Liu / Jie Chen / Zhiping Wang / Daning Wang / Maozhou He / Ciying Qian / Shuo Song / Xin Chi / Zhibo Kong / Qingbing Zheng / Yingbin Wang / Hai Yu / Qinjian Zhao / Jun Zhang / Shaowei ...著者: Xinlin Liu / Jie Chen / Zhiping Wang / Daning Wang / Maozhou He / Ciying Qian / Shuo Song / Xin Chi / Zhibo Kong / Qingbing Zheng / Yingbin Wang / Hai Yu / Qinjian Zhao / Jun Zhang / Shaowei Li / Ying Gu / Ningshao Xia / 要旨: Human papillomavirus type 6 (HPV6) is the major etiologic agent of genital warts and recurrent respiratory papillomatosis. Although the commercial HPV vaccines cover HPV6, the neutralization sites ...Human papillomavirus type 6 (HPV6) is the major etiologic agent of genital warts and recurrent respiratory papillomatosis. Although the commercial HPV vaccines cover HPV6, the neutralization sites and mode for HPV6 are poorly understood. Here, we identify the HPV6 neutralization sites and discriminate the inhibition of virus attachment and entry by three potent neutralizing antibodies (nAbs), 5D3, 17D5, and 15F7. Mutagenesis assays showed that these nAbs predominantly target surface loops BC, DE, and FG of HPV6 L1. Cryo-EM structures of the HPV6 pseudovirus (PsV) and its immune complexes revealed three distinct binding modalities - full-occupation-bound to capsid, top-center-bound-, and top-rim-bound to pentamers - and illustrated a structural atlas for three classes of antibody-bound footprints that are located at center-distal ring, center, and center-proximal ring of pentamer surface for 5D3, 17D5, and 15F7, respectively. Two modes of neutralization were identified: mAb 5D3 and 17D5 block HPV PsV from attaching to the extracellular matrix (ECM) and the cell surface, whereas 15F7 allows PsV attachment but prohibits PsV from entering the cell. These findings highlight three neutralization sites of HPV6 L1 and outline two antibody-mediated neutralization mechanisms against HPV6, which will be relevant for HPV virology and antiviral inhibitor design. HighlightsMajor neutralization sites of HPV6 were mapped on the pseudovirus cryo-EM structuremAb 15F7 binds HPV6 capsid with a novel top-rim binding modality and confers a post-attachment neutralizationmAb 17D5 binds capsid in top-centre manner but unexpectedly prevents virus from attachment to cell surface. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0818.map.gz | 693 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0818-v30.xml emd-0818.xml | 8.2 KB 8.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0818.png | 205.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0818 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0818 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0818_validation.pdf.gz | 78.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0818_full_validation.pdf.gz | 77.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0818_validation.xml.gz | 495 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0818 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0818 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0818.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.7 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.128 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : HPV6 PsV in complex with the Fab fragment of antibody 5D3
全体 | 名称: HPV6 PsV in complex with the Fab fragment of antibody 5D3 |
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要素 |
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-超分子 #1: HPV6 PsV in complex with the Fab fragment of antibody 5D3
超分子 | 名称: HPV6 PsV in complex with the Fab fragment of antibody 5D3 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Human papillomavirus type 6 (パピローマウイルス) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F30 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 25.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1367 |
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初期 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |
最終 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |