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万見
- EMDB-0784: YebT domain1-4 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0784
タイトルYebT domain1-4
マップデータThe N-terminal part of YebT containing domain 1, domain 2, domain 3 and domain 4.
試料
  • 複合体: YebT-N
    • タンパク質・ペプチド: Intermembrane transport protein YebT
キーワードlipid channel / LIPID TRANSPORT
機能・相同性: / Mce/MlaD / MlaD protein / intermembrane lipid transfer / membrane organization / outer membrane-bounded periplasmic space / identical protein binding / plasma membrane / Lipophilic envelope-spanning tunnel protein B
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Wang HW / Liu C
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (China) 中国
National Natural Science Foundation of China 中国
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM Structure of a Bacterial Lipid Transporter YebT.
著者: Chuan Liu / Jinying Ma / Jia Wang / Hongwei Wang / Li Zhang /
要旨: The outer membrane (OM) of Gram-negative bacteria is asymmetric, with lipopolysaccharides (LPSs) on the outer surface and phospholipids (PLs) on the inner surface. This unique organization of OM ...The outer membrane (OM) of Gram-negative bacteria is asymmetric, with lipopolysaccharides (LPSs) on the outer surface and phospholipids (PLs) on the inner surface. This unique organization of OM makes Gram-negative bacteria resistant to many toxic chemicals. How this asymmetric distribution of lipids is maintained has been studied for decades with previous reports of an Mla (Maintenance of OM Lipid Asymmetry) system to be involved. Furthermore, the OM of Gram-negative bacteria is about 20 nm away from inner membrane (IM) where the lipids are synthesized. Therefore, how nascent lipids travel across the periplasmic space and arrive at the inner surface of OM is another interesting question. YebT is a homologue of MlaD in the Mla pathway, but its role in lipid distribution of the OM and IM is largely unknown. Here we report the first high-resolution (~3.0 Å) cryo-EM structure of full-length E. coli YebT in a substrate-bound state. Our structure with details of lipid interaction indicates that YebT is a lipid transporter spanning between IM and OM. We also demonstrate the symmetry mismatch in YebT and the existence of many other conformations of YebT revealing the intrinsic dynamics of this lipid channel. And a brief discussion on possible mechanisms of lipid transport is also included.
履歴
登録2019年9月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年1月15日-
マップ公開2020年1月15日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6kz3
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0784.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0784.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The N-terminal part of YebT containing domain 1, domain 2, domain 3 and domain 4.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.33 Å/pix.
x 360 pix.
= 478.8 Å		1.33 Å/pix.
x 360 pix.
= 478.8 Å		1.33 Å/pix.
x 360 pix.
= 478.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.33 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.076940194 - 0.17107402
平均 (標準偏差)0.00009239172 (±0.0021154988)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 478.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.331.331.33
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z478.800478.800478.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-0.0770.1710.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : YebT-N

全体名称: YebT-N
要素
  • 複合体: YebT-N
    • タンパク質・ペプチド: Intermembrane transport protein YebT

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超分子 #1: YebT-N

超分子名称: YebT-N / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Domain 1-4 of YebT
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 300 KDa

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分子 #1: Intermembrane transport protein YebT

分子名称: Intermembrane transport protein YebT / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 50.016824 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列: GNTVTIDFMS ADGIVPGRTP VRYQGVEVGT VQDISLSDDL RKIEVKVSIK SDMKDALREE TQFWLVTPKA SLAGVSGLDA LVGGNYIGM MPGKGKEQDH FVALDTQPKY RLDNGDLMIH LQAPDLGSLN SGSLVYFRKI PVGKVYDYAI NPNKQGVVID V LIERRFTD ...文字列:
GNTVTIDFMS ADGIVPGRTP VRYQGVEVGT VQDISLSDDL RKIEVKVSIK SDMKDALREE TQFWLVTPKA SLAGVSGLDA LVGGNYIGM MPGKGKEQDH FVALDTQPKY RLDNGDLMIH LQAPDLGSLN SGSLVYFRKI PVGKVYDYAI NPNKQGVVID V LIERRFTD LVKKGSRFWN VSGVDANVSI SGAKVKLESL AALVNGAIAF DSPEESKPAE AEDTFGLYED LAHSQRGVII KL ELPSGAG LTADSTPLMY QGLEVGQLTK LDLNPGGKVT GEMTVDPSVV TLLRENTRIE LRNPKLSLSD ANLSALLTGK TFE LVPGDG EPRKEFVVVP GEKALLHEPD VLTLTLTAPE SYGIDAGQPL ILHGVQVGQV IDRKLTSKGV TFTVAIEPQH RELV KGDSK FVVNSRVDVK VGLDGVEFLG ASASEWINGG IRILPGDKGE MKASYPLYAN LEKALENSL

UniProtKB: Lipophilic envelope-spanning tunnel protein B

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 194342
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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