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- EMDB-0760: TRiC at 0.1 mM ADP-AlFx, Conformation 4, 0.1-C4 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0760
タイトルTRiC at 0.1 mM ADP-AlFx, Conformation 4, 0.1-C4
マップデータTRiC at 0.1 mM ADP-AlFx, Conformation 1, 0.1-C4
試料
  • 複合体: TRiC complex
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit delta
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit epsilon
    • タンパク質・ペプチド: fusion protein of T-complex protein 1 subunit gamma, rep-His-CBP and T-complex protein 1 subunit gamma
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit eta
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit theta
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit zeta
キーワードChaperonin TRiC/CCT / Allosteric network / ATPase cycle / Conformational landscape / Cryo-EM / CHAPERONE
機能・相同性
機能・相同性情報


Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / chaperone mediated protein folding independent of cofactor / chaperonin-containing T-complex / Neutrophil degranulation / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein folding / ATP hydrolysis activity / ATP binding ...Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / chaperone mediated protein folding independent of cofactor / chaperonin-containing T-complex / Neutrophil degranulation / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein folding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
T-complex protein 1, alpha subunit / T-complex protein 1, eta subunit / T-complex protein 1, theta subunit / T-complex protein 1, zeta subunit / T-complex protein 1, delta subunit / T-complex protein 1, gamma subunit / T-complex protein 1, epsilon subunit / T-complex protein 1, beta subunit / Chaperonins TCP-1 signature 1. / : ...T-complex protein 1, alpha subunit / T-complex protein 1, eta subunit / T-complex protein 1, theta subunit / T-complex protein 1, zeta subunit / T-complex protein 1, delta subunit / T-complex protein 1, gamma subunit / T-complex protein 1, epsilon subunit / T-complex protein 1, beta subunit / Chaperonins TCP-1 signature 1. / : / Chaperonins TCP-1 signature 2. / Chaperonin TCP-1, conserved site / Chaperonins TCP-1 signature 3. / Chaperone tailless complex polypeptide 1 (TCP-1) / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family
類似検索 - ドメイン・相同性
T-complex protein 1 subunit alpha / T-complex protein 1 subunit beta / T-complex protein 1 subunit gamma / T-complex protein 1 subunit delta / T-complex protein 1 subunit zeta / T-complex protein 1 subunit epsilon / T-complex protein 1 subunit eta / T-complex protein 1 subunit theta
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.69 Å
データ登録者Jin M / Cong Y
資金援助 中国, 4件
OrganizationGrant number国
National Basic Research Program of China (973 Program)2017YFA0503503 中国
National Natural Science Foundation of China31670754 中国
National Natural Science Foundation of China31872714 中国
National Natural Science Foundation of China31861143028 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019
タイトル: An ensemble of cryo-EM structures of TRiC reveal its conformational landscape and subunit specificity.
著者: Mingliang Jin / Wenyu Han / Caixuan Liu / Yunxiang Zang / Jiawei Li / Fangfang Wang / Yanxing Wang / Yao Cong /
要旨: TRiC/CCT assists the folding of ∼10% of cytosolic proteins through an ATP-driven conformational cycle and is essential in maintaining protein homeostasis. Here, we determined an ensemble of cryo- ...TRiC/CCT assists the folding of ∼10% of cytosolic proteins through an ATP-driven conformational cycle and is essential in maintaining protein homeostasis. Here, we determined an ensemble of cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of yeast TRiC at various nucleotide concentrations, with 4 open-state maps resolved at near-atomic resolutions, and a closed-state map at atomic resolution, revealing an extra layer of an unforeseen N-terminal allosteric network. We found that, during TRiC ring closure, the CCT7 subunit moves first, responding to nucleotide binding; CCT4 is the last to bind ATP, serving as an ATP sensor; and CCT8 remains ADP-bound and is hardly involved in the ATPase-cycle in our experimental conditions; overall, yeast TRiC consumes nucleotide in a 2-ring positively coordinated manner. Our results depict a thorough picture of the TRiC conformational landscape and its allosteric transitions from the open to closed states in more structural detail and offer insights into TRiC subunit specificity in ATP consumption and ring closure, and potentially in substrate processing.
履歴
登録2019年8月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年9月18日-
マップ公開2019年9月18日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.85
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.85
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6ks8
  • 表面レベル: 0.85
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0760.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0760.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈TRiC at 0.1 mM ADP-AlFx, Conformation 1, 0.1-C4
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.32 Å/pix.
x 256 pix.
= 337.408 Å		1.32 Å/pix.
x 256 pix.
= 337.408 Å		1.32 Å/pix.
x 256 pix.
= 337.408 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.318 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.85 / ムービー #1: 0.85
最小 - 最大-1.2348785 - 3.2677658
平均 (標準偏差)0.020939784 (±0.14332686)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 337.408 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.3181.3181.318
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z337.408337.408337.408
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-1.2353.2680.021

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : TRiC complex

全体名称: TRiC complex
要素
  • 複合体: TRiC complex
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit delta
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit epsilon
    • タンパク質・ペプチド: fusion protein of T-complex protein 1 subunit gamma, rep-His-CBP and T-complex protein 1 subunit gamma
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit eta
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit theta
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit zeta

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超分子 #1: TRiC complex

超分子名称: TRiC complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: TRiC complex at 0.1 mM ADP-AlFx
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 960 KDa

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分子 #1: T-complex protein 1 subunit alpha

分子名称: T-complex protein 1 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 60.557566 KDa
配列文字列: MSQLFNNSRS DTLFLGGEKI SGDDIRNQNV LATMAVANVV KSSLGPVGLD KMLVDDIGDF TVTNDGATIL SLLDVQHPAG KILVELAQQ QDREIGDGTT SVVIIASELL KRANELVKNK IHPTTIITGF RVALREAIRF INEVLSTSVD TLGKETLINI A KTSMSSKI ...文字列:
MSQLFNNSRS DTLFLGGEKI SGDDIRNQNV LATMAVANVV KSSLGPVGLD KMLVDDIGDF TVTNDGATIL SLLDVQHPAG KILVELAQQ QDREIGDGTT SVVIIASELL KRANELVKNK IHPTTIITGF RVALREAIRF INEVLSTSVD TLGKETLINI A KTSMSSKI IGADSDFFSN MVVDALLAVK TQNSKGEIKY PVKAVNVLKA HGKSATESLL VPGYALNCTV ASQAMPKRIA GG NVKIACL DLNLQKARMA MGVQINIDDP EQLEQIRKRE AGIVLERVKK IIDAGAQVVL TTKGIDDLCL KEFVEAKIMG VRR CKKEDL RRIARATGAT LVSSMSNLEG EETFESSYLG LCDEVVQAKF SDDECILIKG TSKHSSSSII LRGANDYSLD EMER SLHDS LSVVKRTLES GNVVPGGGCV EAALNIYLDN FATTVGSREQ LAIAEFAAAL LIIPKTLAVN AAKDSSELVA KLRSY HAAS QMAKPEDVKR RSYRNYGLDL IRGKIVDEIH AGVLEPTISK VKSLKSALEA CVAILRIDTM ITVDPEPPKE DPHDH

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit alpha

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分子 #2: T-complex protein 1 subunit beta

分子名称: T-complex protein 1 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 57.276254 KDa
配列文字列: MSVQIFGDQV TEERAENARL SAFVGAIAVG DLVKSTLGPK GMDKLLQSAS SNTCMVTNDG ATILKSIPLD NPAAKVLVNI SKVQDDEVG DGTTSVTVLS AELLREAEKL IDQSKIHPQT IIEGYRLASA AALDALTKAA VDNSHDKTMF REDLIHIAKT T LSSKILSQ ...文字列:
MSVQIFGDQV TEERAENARL SAFVGAIAVG DLVKSTLGPK GMDKLLQSAS SNTCMVTNDG ATILKSIPLD NPAAKVLVNI SKVQDDEVG DGTTSVTVLS AELLREAEKL IDQSKIHPQT IIEGYRLASA AALDALTKAA VDNSHDKTMF REDLIHIAKT T LSSKILSQ DKDHFAELAT NAILRLKGST NLEHIQIIKI LGGKLSDSFL DEGFILAKKF GNNQPKRIEN AKILIANTTL DT DKVKIFG TKFKVDSTAK LAQLEKAERE KMKNKIAKIS KFGINTFINR QLIYDYPEQL FTDLGINSIE HADFEGVERL ALV TGGEVV STFDEPSKCK LGECDVIEEI MLGEQPFLKF SGCKAGEACT IVLRGATDQT LDEAERSLHD ALSVLSQTTK ETRT VLGGG CAEMVMSKAV DTEAQNIDGK KSLAVEAFAR ALRQLPTILA DNAGFDSSEL VSKLRSSIYN GISTSGLDLN NGTIA DMRQ LGIVESYKLK RAVVSSASEA AEVLLRVDNI IRARPRTANR QHM

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit beta

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分子 #3: T-complex protein 1 subunit delta

分子名称: T-complex protein 1 subunit delta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 57.68241 KDa
配列文字列: MSAKVPSNAT FKNKEKPQEV RKANIIAARS VADAIRTSLG PKGMDKMIKT SRGEIIISND GHTILKQMAI LHPVARMLVE VSAAQDSEA GDGTTSVVIL TGALLGAAER LLNKGIHPTI IADSFQSAAK RSVDILLEMC HKVSLSDREQ LVRAASTSLS S KIVSQYSS ...文字列:
MSAKVPSNAT FKNKEKPQEV RKANIIAARS VADAIRTSLG PKGMDKMIKT SRGEIIISND GHTILKQMAI LHPVARMLVE VSAAQDSEA GDGTTSVVIL TGALLGAAER LLNKGIHPTI IADSFQSAAK RSVDILLEMC HKVSLSDREQ LVRAASTSLS S KIVSQYSS FLAPLAVDSV LKISDENSKN VDLNDIRLVK KVGGTIDDTE MIDGVVLTQT AIKSAGGPTR KEKAKIGLIQ FQ ISPPKPD TENNIIVNDY RQMDKILKEE RAYLLNICKK IKKAKCNVLL IQKSILRDAV NDLALHFLSK LNIMVVKDIE REE IEFLSK GLGCKPIADI ELFTEDRLGS ADLVEEIDSD GSKIVRVTGI RNNNARPTVS VVIRGANNMI IDETERSLHD ALCV IRCLV KERGLIAGGG APEIEISRRL SKEARSMEGV QAFIWQEFAS ALEVIPTTLA ENAGLNSIKV VTELRSKHEN GELND GISV RRSGTTNTYE EHILQPVLVS TSAITLASEC VKSILRIDDI AFSR

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit delta

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分子 #4: T-complex protein 1 subunit epsilon

分子名称: T-complex protein 1 subunit epsilon / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 61.995004 KDa
配列文字列: MAARPQQPPM EMPDLSNAIV AQDEMGRPFI IVKDQGNKKR QHGLEAKKSH ILAARSVASI IKTSLGPRGL DKILISPDGE ITITNDGAT ILSQMELDNE IAKLLVQLSK SQDDEIGDGT TGVVVLASAL LDQALELIQK GIHPIKIANG FDEAAKLAIS K LEETCDDI ...文字列:
MAARPQQPPM EMPDLSNAIV AQDEMGRPFI IVKDQGNKKR QHGLEAKKSH ILAARSVASI IKTSLGPRGL DKILISPDGE ITITNDGAT ILSQMELDNE IAKLLVQLSK SQDDEIGDGT TGVVVLASAL LDQALELIQK GIHPIKIANG FDEAAKLAIS K LEETCDDI SASNDELFRD FLLRAAKTSL GSKIVSKDHD RFAEMAVEAV INVMDKDRKD VDFDLIKMQG RVGGSISDSK LI NGVILDK DFSHPQMPKC VLPKEGSDGV KLAILTCPFE PPKPKTKHKL DISSVEEYQK LQTYEQDKFK EMIDDVKKAG ADV VICQWG FDDEANHLLL QNDLPAVRWV GGQELEHIAI STNGRIVPRF QDLSKDKLGT CSRIYEQEFG TTKDRMLIIE QSKE TKTVT CFVRGSNKMI VDEAERALHD SLCVVRNLVK DSRVVYGGGA AEVTMSLAVS EEADKQRGID QYAFRGFAQA LDTIP MTLA ENSGLDPIGT LSTLKSKQLK EKISNIGVDC LGYGSNDMKE LFVVDPFIGK KQQILLATQL CRMILKIDNV IISGKD EY

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit epsilon

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分子 #5: fusion protein of T-complex protein 1 subunit gamma, rep-His-CBP ...

分子名称: fusion protein of T-complex protein 1 subunit gamma, rep-His-CBP and T-complex protein 1 subunit gamma
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 65.423387 KDa
配列文字列: MQAPVVFMNA SQERTTGRQA QISNITAAKA VADVIRTCLG PKAMLKMLLD PMGGLVLTND GHAILREIDV AHPAAKSMLE LSRTQDEEV GDGTTTVIIL AGEILAQCAP YLIEKNIHPV IIIQALKKAL TDALEVIKQV SKPVDVENDA AMKKLIQASI G TKYVIHWS ...文字列:
MQAPVVFMNA SQERTTGRQA QISNITAAKA VADVIRTCLG PKAMLKMLLD PMGGLVLTND GHAILREIDV AHPAAKSMLE LSRTQDEEV GDGTTTVIIL AGEILAQCAP YLIEKNIHPV IIIQALKKAL TDALEVIKQV SKPVDVENDA AMKKLIQASI G TKYVIHWS EKMCELALDA VKTVRKDLGQ TVEGEPNFEI DIKRYVRVEK IPGGDVLDSR VLKGVLLNKD VVHPKMSRHI EN PRVVLLD CPLEYKKGES QTNIEIEKEE DWNRILQIEE EQVQLMCEQI LAVRPTLVIT EKGVSDLAQH YLLKGGCSVL RRV KKSDNN RIARVTGATI VNRVEDLKES DVGTNCGLFK VEMIGDEYFS FLDNCKEPLE GSGSGWSHPQ FEKGSGKRRW KKNF IAVSA ANRFKKISSS GALGSGHHHH HHHHGSGLQK ACTIMLRGGS KDILNEIDRN LQDAMAVARN VMLSPSLSPG GGATE MAVS VKLAEKAKQL EGIQQWPYQA VADAMECIPR TLIQNAGGDP IRLLSQLRAK HAQGNFTTGI DGDKGKIVDM VSYGIW EPE VIKQQSVKTA IESACLLLRV DDIVSGVRKQ E

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit gamma, T-complex protein 1 subunit gamma

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分子 #6: T-complex protein 1 subunit eta

分子名称: T-complex protein 1 subunit eta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 59.802438 KDa
配列文字列: MNFGSQTPTI VVLKEGTDAS QGKGQIISNI NACVAVQEAL KPTLGPLGSD ILIVTSNQKT TISNDGATIL KLLDVVHPAA KTLVDISRA QDAEVGDGTT SVTILAGELM KEAKPFLEEG ISSHLIMKGY RKAVSLAVEK INELAVDITS EKSSGRELLE R CARTAMSS ...文字列:
MNFGSQTPTI VVLKEGTDAS QGKGQIISNI NACVAVQEAL KPTLGPLGSD ILIVTSNQKT TISNDGATIL KLLDVVHPAA KTLVDISRA QDAEVGDGTT SVTILAGELM KEAKPFLEEG ISSHLIMKGY RKAVSLAVEK INELAVDITS EKSSGRELLE R CARTAMSS KLIHNNADFF VKMCVDAVLS LDRNDLDDKL IGIKKIPGGA MEESLFINGV AFKKTFSYAG FEQQPKKFNN PK ILSLNVE LELKAEKDNA EVRVEHVEDY QAIVDAEWQL IFEKLRQVEE TGANIVLSKL PIGDLATQFF ADRNIFCAGR VSA DDMNRV IQAVGGSIQS TTSDIKPEHL GTCALFEEMQ IGSERYNLFQ GCPQAKTCTL LLRGGAEQVI AEVERSLHDA IMIV KRALQ NKLIVAGGGA TEMEVSKCLR DYSKTIAGKQ QMIINAFAKA LEVIPRQLCE NAGFDAIEIL NKLRLAHSKG EKWYG VVFE TENIGDNFAK FVWEPALVKI NALNSATEAT NLILSVDETI TNKGSESANA GMMPPQGAGR GRGMPM

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit eta

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分子 #7: T-complex protein 1 subunit theta

分子名称: T-complex protein 1 subunit theta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 61.735102 KDa
配列文字列: MSLRLPQNPN AGLFKQGYNS YSNADGQIIK SIAAIRELHQ MCLTSMGPCG RNKIIVNHLG KIIITNDAAT MLRELDIVHP AVKVLVMAT EQQKIDMGDG TNLVMILAGE LLNVSEKLIS MGLSAVEIIQ GYNMARKFTL KELDEMVVGE ITDKNDKNEL L KMIKPVIS ...文字列:
MSLRLPQNPN AGLFKQGYNS YSNADGQIIK SIAAIRELHQ MCLTSMGPCG RNKIIVNHLG KIIITNDAAT MLRELDIVHP AVKVLVMAT EQQKIDMGDG TNLVMILAGE LLNVSEKLIS MGLSAVEIIQ GYNMARKFTL KELDEMVVGE ITDKNDKNEL L KMIKPVIS SKKYGSEDIL SELVSEAVSH VLPVAQQAGE IPYFNVDSIR VVKIMGGSLS NSTVIKGMVF NREPEGHVKS LS EDKKHKV AVFTCPLDIA NTETKGTVLL HNAQEMLDFS KGEEKQIDAM MKEIADMGVE CIVAGAGVGE LALHYLNRYG ILV LKVPSK FELRRLCRVC GATPLPRLGA PTPEELGLVE TVKTMEIGGD RVTVFKQEQG EISRTSTIIL RGATQNNLDD IERA IDDGV AAVKGLMKPS GGKLLPGAGA TEIELISRIT KYGERTPGLL QLAIKQFAVA FEVVPRTLAE TAGLDVNEVL PNLYA AHNV TEPGAVKTDH LYKGVDIDGE SDEGVKDIRE ENIYDMLATK KFAINVATEA ATTVLSIDQI IMAKKAGGPR APQGPR PGN WDQED

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit theta

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分子 #8: T-complex protein 1 subunit zeta

分子名称: T-complex protein 1 subunit zeta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 59.997559 KDa
配列文字列: MSLQLLNPKA ESLRRDAALK VNVTSAEGLQ SVLETNLGPK GTLKMLVDGA GNIKLTKDGK VLLTEMQIQS PTAVLIARAA AAQDEITGD GTTTVVCLVG ELLRQAHRFI QEGVHPRIIT DGFEIARKES MKFLDEFKIS KTNLSNDREF LLQVARSSLL T KVDADLTE ...文字列:
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UniProtKB: T-complex protein 1 subunit zeta

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 38.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5gw4

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.69 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 53539
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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