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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0645 | |||||||||
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タイトル | Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-VO | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Proton pump / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cell wall mannoprotein biosynthetic process / ATPase-coupled ion transmembrane transporter activity / Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / ROS and RNS production in phagocytes / Amino acids regulate mTORC1 / Golgi lumen acidification / P-type proton-exporting transporter activity / endosomal lumen acidification / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain ...cell wall mannoprotein biosynthetic process / ATPase-coupled ion transmembrane transporter activity / Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / ROS and RNS production in phagocytes / Amino acids regulate mTORC1 / Golgi lumen acidification / P-type proton-exporting transporter activity / endosomal lumen acidification / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / vacuolar transport / protein targeting to vacuole / vacuole organization / proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / fungal-type vacuole / vacuolar acidification / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / fungal-type vacuole membrane / proton transmembrane transporter activity / intracellular copper ion homeostasis / Neutrophil degranulation / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / RNA endonuclease activity / proton transmembrane transport / cell periphery / transmembrane transport / endocytosis / late endosome / ATPase binding / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / endosome membrane / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Vasanthakumar T / Bueler SA / Wu D / Beilsten-Edmands V / Robinson CV / Rubinstein JL | |||||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019 タイトル: Structural comparison of the vacuolar and Golgi V-ATPases from . 著者: Thamiya Vasanthakumar / Stephanie A Bueler / Di Wu / Victoria Beilsten-Edmands / Carol V Robinson / John L Rubinstein / 要旨: Proton-translocating vacuolar-type ATPases (V-ATPases) are necessary for numerous processes in eukaryotic cells, including receptor-mediated endocytosis, protein maturation, and lysosomal ...Proton-translocating vacuolar-type ATPases (V-ATPases) are necessary for numerous processes in eukaryotic cells, including receptor-mediated endocytosis, protein maturation, and lysosomal acidification. In mammals, V-ATPase subunit isoforms are differentially targeted to various intracellular compartments or tissues, but how these subunit isoforms influence enzyme activity is not clear. In the yeast , isoform diversity is limited to two different versions of the proton-translocating subunit a: Vph1p, which is targeted to the vacuole, and Stv1p, which is targeted to the Golgi apparatus and endosomes. We show that purified V-ATPase complexes containing Vph1p have higher ATPase activity than complexes containing Stv1p and that the relative difference in activity depends on the presence of lipids. We also show that V complexes containing Stv1p could be readily purified without attached V regions. We used this effect to determine structures of the membrane-embedded V region with Stv1p at 3.1-Å resolution, which we compare with a structure of the V region with Vph1p that we determine to 3.2-Å resolution. These maps reveal differences in the surface charge near the cytoplasmic proton half-channel. Both maps also show the presence of bound lipids, as well as regularly spaced densities that may correspond to ergosterol or bound detergent, around the c-ring. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0645.map.gz | 59.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0645-v30.xml emd-0645.xml | 18.6 KB 18.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0645.png | 39.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-0645.cif.gz | 6.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0645 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0645 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0645_validation.pdf.gz | 547.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0645_full_validation.pdf.gz | 547.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0645_validation.xml.gz | 6.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_0645_validation.cif.gz | 7.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0645 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0645 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0645.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-VO
全体 | 名称: Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-VO |
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要素 |
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-超分子 #1: Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-VO
超分子 | 名称: Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-VO / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-分子 #1: V-type proton ATPase subunit a, Golgi isoform
分子 | 名称: V-type proton ATPase subunit a, Golgi isoform / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 104.481141 KDa |
配列 | 文字列: MNQEEAIFRS ADMTYVQLYI PLEVIREVTF LLGKMSVFMV MDLNKDLTAF QRGYVNQLRR FDEVERMVGF LNEVVEKHAA ETWKYILHI DDEGNDIAQP DMADLINTME PLSLENVNDM VKEITDCESR ARQLDESLDS LRSKLNDLLE QRQVIFECSK F IEVNPGIA ...文字列: MNQEEAIFRS ADMTYVQLYI PLEVIREVTF LLGKMSVFMV MDLNKDLTAF QRGYVNQLRR FDEVERMVGF LNEVVEKHAA ETWKYILHI DDEGNDIAQP DMADLINTME PLSLENVNDM VKEITDCESR ARQLDESLDS LRSKLNDLLE QRQVIFECSK F IEVNPGIA GRATNPEIEQ EERDVDEFRM TPDDISETLS DAFSFDDETP QDRGALGNDL TRNQSVEDLS FLEQGYQHRY MI TGSIRRT KVDILNRILW RLLRGNLIFQ NFPIEEPLLE GKEKVEKDCF IIFTHGETLL KKVKRVIDSL NGKIVSLNTR SSE LVDTLN RQIDDLQRIL DTTEQTLHTE LLVIHDQLPV WSAMTKREKY VYTTLNKFQQ ESQGLIAEGW VPSTELIHLQ DSLK DYIET LGSEYSTVFN VILTNKLPPT YHRTNKFTQA FQSIVDAYGI ATYKEINAGL ATVVTFPFMF AIMFGDMGHG FILFL MALF LVLNERKFGA MHRDEIFDMA FTGRYVLLLM GAFSVYTGLL YNDIFSKSMT IFKSGWQWPS TFRKGESIEA KKTGVY PFG LDFAWHGTDN GLLFSNSYKM KLSILMGYAH MTYSFMFSYI NYRAKNSKVD IIGNFIPGLV FMQSIFGYLS WAIVYKW SK DWIKDDKPAP GLLNMLINMF LAPGTIDDQL YSGQAKLQVV LLLAALVCVP WLLLYKPLTL RRLNKNGGGG RPHGYQSV G NIEHEEQIAQ QRHSAEGFQG MIISDVASVA DSINESVGGG EQGPFNFGDV MIHQVIHTIE FCLNCISHTA SYLRLWALS LAHAQLSSVL WDMTISNAFS SKNSGSPLAV MKVVFLFAMW FVLTVCILVF MEGTSAMLHA LRLHWVEAMS KFFEGEGYAY EPFSFRAII EDYKDHDGDY KDHDIDYKDD DDK UniProtKB: V-type proton ATPase subunit a, Golgi isoform |
-分子 #2: V0 assembly protein 1
分子 | 名称: V0 assembly protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 29.694885 KDa |
配列 | 文字列: MVFGQLYALF IFTLSCCISK TVQADSSKES SSFISFDKES NWDTISTISS TADVISSVDS AIAVFEFDNF SLLDNLMIDE EYPFFNRFF ANDVSLTVHD DSPLNISQSL SPIMEQFTVD ELPESASDLL YEYSLDDKSI VLFKFTSDAY DLKKLDEFID S CLSFLEDK ...文字列: MVFGQLYALF IFTLSCCISK TVQADSSKES SSFISFDKES NWDTISTISS TADVISSVDS AIAVFEFDNF SLLDNLMIDE EYPFFNRFF ANDVSLTVHD DSPLNISQSL SPIMEQFTVD ELPESASDLL YEYSLDDKSI VLFKFTSDAY DLKKLDEFID S CLSFLEDK SGDNLTVVIN SLGWAFEDED GDDEYATEET LSHHDNNKGK EGDDDILSSI WTEGLLMCLI VSALLLFILI VA LSWISNL DITYGALEKS TNPIKKNN UniProtKB: V0 assembly protein 1 |
-分子 #3: V-type proton ATPase subunit c''
分子 | 名称: V-type proton ATPase subunit c'' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 22.610641 KDa |
配列 | 文字列: MNKESKDDDM SLGKFSFSHF LYYLVLIVVI VYGLYKLFTG HGSDINFGKF LLRTSPYMWA NLGIALCVGL SVVGAAWGIF ITGSSMIGA GVRAPRITTK NLISIIFCEV VAIYGLIIAI VFSSKLTVAT AENMYSKSNL YTGYSLFWAG ITVGASNLIC G IAVGITGA ...文字列: MNKESKDDDM SLGKFSFSHF LYYLVLIVVI VYGLYKLFTG HGSDINFGKF LLRTSPYMWA NLGIALCVGL SVVGAAWGIF ITGSSMIGA GVRAPRITTK NLISIIFCEV VAIYGLIIAI VFSSKLTVAT AENMYSKSNL YTGYSLFWAG ITVGASNLIC G IAVGITGA TAAISDAADS ALFVKILVIE IFGSILGLLG LIVGLLMAGK ASEFQ UniProtKB: V-type proton ATPase subunit c'' |
-分子 #4: V-type proton ATPase subunit d
分子 | 名称: V-type proton ATPase subunit d / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 39.822484 KDa |
配列 | 文字列: MEGVYFNIDN GFIEGVVRGY RNGLLSNNQY INLTQCDTLE DLKLQLSSTD YGNFLSSVSS ESLTTSLIQE YASSKLYHEF NYIRDQSSG STRKFMDYIT YGYMIDNVAL MITGTIHDRD KGEILQRCHP LGWFDTLPTL SVATDLESLY ETVLVDTPLA P YFKNCFDT ...文字列: MEGVYFNIDN GFIEGVVRGY RNGLLSNNQY INLTQCDTLE DLKLQLSSTD YGNFLSSVSS ESLTTSLIQE YASSKLYHEF NYIRDQSSG STRKFMDYIT YGYMIDNVAL MITGTIHDRD KGEILQRCHP LGWFDTLPTL SVATDLESLY ETVLVDTPLA P YFKNCFDT AEELDDMNIE IIRNKLYKAY LEDFYNFVTE EIPEPAKECM QTLLGFEADR RSINIALNSL QSSDIDPDLK SD LLPNIGK LYPLATFHLA QAQDFEGVRA ALANVYEYRG FLETGNLEDH FYQLEMELCR DAFTQQFAIS TVWAWMKSKE QEV RNITWI AECIAQNQRE RINNYISVY UniProtKB: V-type proton ATPase subunit d |
-分子 #5: V-type proton ATPase subunit e
分子 | 名称: V-type proton ATPase subunit e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 8.387065 KDa |
配列 | 文字列: MSSFYTVVGV FIVVSAMSVL FWIMAPKNNQ AVWRSTVILT LAMMFLMWAI TFLCQLHPLV APRRSDLRPE FAE UniProtKB: V-type proton ATPase subunit e |
-分子 #6: Putative protein YPR170W-B
分子 | 名称: Putative protein YPR170W-B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 9.369934 KDa |
配列 | 文字列: MRPVVSTGKA WCCTVLSAFG VVILSVIAHL FNTNHESFVG SINDPEDGPA VAHTVYLAAL VYLVFFVFCG FQVYLARRKP SIELR UniProtKB: V-type proton ATPase subunit f |
-分子 #7: V-type proton ATPase subunit c
分子 | 名称: V-type proton ATPase subunit c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 16.357501 KDa |
配列 | 文字列: MTELCPVYAP FFGAIGCASA IIFTSLGAAY GTAKSGVGIC ATCVLRPDLL FKNIVPVIMA GIIAIYGLVV SVLVCYSLGQ KQALYTGFI QLGAGLSVGL SGLAAGFAIG IVGDAGVRGS SQQPRLFVGM ILILIFAEVL GLYGLIVALL LNSRATQDVV C UniProtKB: V-type proton ATPase subunit c |
-分子 #8: V-type proton ATPase subunit c'
分子 | 名称: V-type proton ATPase subunit c' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 17.046361 KDa |
配列 | 文字列: MSTQLASNIY APLYAPFFGF AGCAAAMVLS CLGAAIGTAK SGIGIAGIGT FKPELIMKSL IPVVMSGILA IYGLVVAVLI AGNLSPTED YTLFNGFMHL SCGLCVGFAC LSSGYAIGMV GDVGVRKYMH QPRLFVGIVL ILIFSEVLGL YGMIVALILN T RGSE UniProtKB: V-type proton ATPase subunit c' |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均電子線量: 42.7 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 163024 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |