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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0378 | |||||||||
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タイトル | p53 dimer assembly | |||||||||
マップデータ | p53 dimer assembly | |||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Human (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Kelly DF / Dearnaley WJ / Varano AC | |||||||||
引用 | ジャーナル: Small / 年: 2019 タイトル: Cryo-EM-On-a-Chip: Custom-Designed Substrates for the 3D Analysis of Macromolecules. 著者: Nick A Alden / A Cameron Varano / William J Dearnaley / Maria J Solares / William Y Luqiu / Yanping Liang / Zhi Sheng / Sarah M McDonald / John Damiano / Jennifer McConnell / Madeline J Dukes / Deborah F Kelly / 要旨: The fight against human disease requires a multidisciplinary scientific approach. Applying tools from seemingly unrelated areas, such as materials science and molecular biology, researchers can ...The fight against human disease requires a multidisciplinary scientific approach. Applying tools from seemingly unrelated areas, such as materials science and molecular biology, researchers can overcome long-standing challenges to improve knowledge of molecular pathologies. Here, custom-designed substrates composed of silicon nitride (SiN) are used to study the 3D attributes of tumor suppressor proteins that function in DNA repair events. New on-chip preparation strategies enable the isolation of native protein complexes from human cancer cells. Combined techniques of cryo-electron microscopy (EM) and molecular modeling reveal a new modified form of the p53 tumor suppressor present in aggressive glioblastoma multiforme cancer cells. Taken together, the findings provide a radical new design for cryo-EM substrates to evaluate the structures of disease-related macromolecules. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0378.map.gz | 1.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0378-v30.xml emd-0378.xml | 12.7 KB 12.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0378.png | 103.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0378 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0378 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0378_validation.pdf.gz | 78.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0378_full_validation.pdf.gz | 77.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0378_validation.xml.gz | 493 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0378 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0378 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0378.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | p53 dimer assembly | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : p53 dimer assembly
全体 | 名称: p53 dimer assembly |
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要素 |
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-超分子 #1: p53 dimer assembly
超分子 | 名称: p53 dimer assembly / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Brain / 組織: Glioblastoma |
分子量 | 理論値: 116 KDa |
-分子 #1: p53
分子 | 名称: p53 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human (ヒト) / 器官: Brain / 組織: Glioblastoma |
配列 | 文字列: MEEPQSDPSV EPPLSQETFS DLWKLLPENN VLSPLPSQAM DDLMLSPDDI EQWFTEDPGP DEAPRMPEA APPVAPAPAA PTPAAPAPAP SWPLSSSVPS QKTYQGSYGF RLGFLHSGTA K SVTCTYSP ALNKMFCQLA KTCPVQLWVD STPPPGTRVR AMAIYKQSQH ...文字列: MEEPQSDPSV EPPLSQETFS DLWKLLPENN VLSPLPSQAM DDLMLSPDDI EQWFTEDPGP DEAPRMPEA APPVAPAPAA PTPAAPAPAP SWPLSSSVPS QKTYQGSYGF RLGFLHSGTA K SVTCTYSP ALNKMFCQLA KTCPVQLWVD STPPPGTRVR AMAIYKQSQH MTEVVRRCPH HE RCSDSDG LAPPQHLIRV EGNLRVEYLD DRNTFRHSVV VPYEPPEVGS DCTTIHYNYM CNS SCMGGM NRRPILTIIT LEDSSGNLLG RNSFEVRVCA CPGRDRRTEE ENLRKKGEPH HELP PGSTK RALPNNTSSS PQPKKKPLDG EYFTLQIRGR ERFEMFRELN EALELKDAQA GKEPG GSRA HSSHLKSKKG QSTSRHKKLM FKTEGPDSD |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.02 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.2 / 構成要素 - 名称: HEPES buffer 詳細: 20 mM HEPES, pH 7.2, 150 mM NaCl, 10 mM CaCl2, 10 mM MgCl2, 60 mM Imidazole |
グリッド | 材質: SILICON NITRIDE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III 詳細: Blot for 6-10 seconds before plunging, dwell time was 1 second, grid platform was SiN chip.. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI SPIRIT |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (2k x 2k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 30.0 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 100 / 平均電子線量: 5.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最小 デフォーカス(公称値): -1.5 µm / 倍率(公称値): 68000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |