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- PDB-4dr9: Crystal structure of a peptide deformylase from synechococcus elo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dr9
タイトルCrystal structure of a peptide deformylase from synechococcus elongatus in complex with actinonin
要素Peptide deformylase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide deformylase / peptide deformylase activity / : / translation / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptide Deformylase / Peptide deformylase / Peptide deformylase / Peptide deformylase superfamily / Polypeptide deformylase / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACTINONIN / BROMIDE ION / Peptide deformylase / Peptide deformylase
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus elongatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Lorimer, D. / Abendroth, J. / Craig, T. / Burgin, A. / Segall, A. / Rohwler, F.
引用ジャーナル: ISME J / 年: 2013
タイトル: Structure and function of a cyanophage-encoded peptide deformylase.
著者: Frank, J.A. / Lorimer, D. / Youle, M. / Witte, P. / Craig, T. / Abendroth, J. / Rohwer, F. / Edwards, R.A. / Segall, A.M. / Burgin, A.B.
履歴
登録2012年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月6日Group: Database references
改定 1.22013年6月5日Group: Database references
改定 1.32013年7月10日Group: Database references
改定 1.42017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52018年4月11日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn / diffrn_source
改定 1.62023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptide deformylase
B: Peptide deformylase
C: Peptide deformylase
D: Peptide deformylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,53717
ポリマ－85,3344
非ポリマー2,20313
水10,160564
1
A: Peptide deformylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8644
ポリマ－21,3341
非ポリマー5313
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Peptide deformylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8644
ポリマ－21,3341
非ポリマー5313
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Peptide deformylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9445
ポリマ－21,3341
非ポリマー6114
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Peptide deformylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8644
ポリマ－21,3341
非ポリマー5313
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.250, 65.780, 68.290
Angle α, β, γ (deg.)80.87, 76.82, 82.75
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Peptide deformylase / PDF / Polypeptide deformylase


分子量: 21333.562 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus elongatus (バクテリア)
株: PCC6301 / 遺伝子: def, syc0213_d, YP_170923 / プラスミド: VCID 6622 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q5N5L5, UniProt: A0A0H3JZJ4*PLUS, peptide deformylase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 化合物
ChemComp-BB2 / ACTINONIN / 2-[(FORMYL-HYDROXY-AMINO)-METHYL]-HEPTANOIC ACID [1-(2-HYDROXYMETHYL-PYRROLIDINE-1-CARBONYL)-2-METHYL-PROPYL]-AMIDE / (-)-アクチノニン


分子量: 385.498 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H35N3O5 / コメント: 抗腫瘍剤, 抗生剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 564 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.9 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: HAMPTON RESEARCH INDEX H12: 30% PEG 2000 MME, 150MM KBR, PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 290K; 18 hour soak in reservoir solution containing 1mM actinonin

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長
回転陽極RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT11.5418
シンクロトロンSSRL BL7-121.127092
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月7日 / 詳細: RIGAKU VARIMAX
放射モノクロメーター: RIGAKU VARIMAX / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
21.1270921
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 56808 / Num. obs: 56579 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 22.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.02 / Num. unique all: 4200 / Rsym value: 0.49 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
JDirectorデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb deposition 1lry, modified with CCP4 program CHAINSAW

1lry


解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 6.776 / SU ML: 0.104 / Isotropic thermal model: isotropic, TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 2852 5 %RANDOM
Rwork0.182 ---
all0.185 56808 --
obs0.185 56577 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å20.01 Å20.4 Å2
2--0.7 Å2-0.1 Å2
3----0.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5570 0 117 564 6251
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0195818
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023968
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6032.0177912
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92439746
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0335746
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.80724.375256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.54315992
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.1481554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2940
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0216481
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021053
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 198 -
Rwork0.263 3908 -
obs-4114 97.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.03610.4753-0.08780.9928-0.34851.32090.0232-0.1056-0.03050.0048-0.0288-0.0521-0.02430.0350.00560.0114-0.01040.00850.01940.00540.028536.56957.3052.458
21.73870.55080.71360.80540.19121.46280.08870.0274-0.07580.05720.0396-0.05370.0596-0.0008-0.12820.02150.00710.00990.0237-0.00270.034434.16125.2272.295
31.20510.10010.76591.2838-0.62812.30660.02940.11080.01920.04490.0003-0.14490.098-0.0611-0.02970.0882-0.01740.02360.05670.00790.044322.97229.70635.412
41.76040.44410.03240.9459-0.04621.66520.0244-0.06310.0366-0.03410.0137-0.06550.10680.1768-0.03810.03290.02050.01560.03990.0040.019923.38962.77334.047
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 188
2X-RAY DIFFRACTION2B6 - 187
3X-RAY DIFFRACTION3C5 - 188
4X-RAY DIFFRACTION4D5 - 188

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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