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万見
- EMDB-0352: CryoEM structure of Leviviridae PP7 WT coat protein dimer capsid ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0352
タイトルCryoEM structure of Leviviridae PP7 WT coat protein dimer capsid (PP7PP7-WT)
マップデータPP7-PP7-ZZ T=4 particle
試料
  • ウイルス: Pseudomonas phage PP7 (ファージ)
生物種Pseudomonas phage PP7 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Liangjun Z / Kopylov M / Carragher B / Potter CS / Finn MG
引用ジャーナル: ACS Nano / 年: 2019
タイトル: Engineering the PP7 Virus Capsid as a Peptide Display Platform.
著者: Liangjun Zhao / Mykhailo Kopylov / Clinton S Potter / Bridget Carragher / M G Finn /
要旨: As self-assembling polyvalent nanoscale structures that can tolerate substantial genetic and chemical modification, virus-like particles are useful in a variety of fields. Here we describe the ...As self-assembling polyvalent nanoscale structures that can tolerate substantial genetic and chemical modification, virus-like particles are useful in a variety of fields. Here we describe the genetic modification and structural characterization of the Leviviridae PP7 capsid protein as a platform for the presentation of functional polypeptides. This particle was shown to tolerate the display of sequences from 1 kDa (a cell penetrating peptide) to 14 kDa (the Fc-binding double Z-domain) on its exterior surface as C-terminal genetic fusions to the coat protein. In addition, a dimeric construct allowed the presentation of exogenous loops between capsid monomers and the simultaneous presentation of two different peptides at different positions on the icosahedral structure. The PP7 particle is thereby significantly more tolerant of these types of polypeptide additions than Qβ and MS2, the other Leviviridae-derived VLPs in common use.
履歴
登録2018年11月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年1月16日-
マップ公開2019年4月3日-
更新2019年5月8日-
現状2019年5月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.67
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.67
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0352.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0352.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈PP7-PP7-ZZ T=4 particle
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 512 pix.
= 549.478 Å		1.07 Å/pix.
x 512 pix.
= 549.478 Å		1.07 Å/pix.
x 512 pix.
= 549.478 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0732 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.67 / ムービー #1: 0.67
最小 - 最大-1.6087549 - 3.547011
平均 (標準偏差)0.011900683 (±0.1658)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 549.4784 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.073199218751.073199218751.07319921875
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z549.478549.478549.478
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-1.6093.5470.012

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Pseudomonas phage PP7

全体名称: Pseudomonas phage PP7 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Pseudomonas phage PP7 (ファージ)

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超分子 #1: Pseudomonas phage PP7

超分子名称: Pseudomonas phage PP7 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / NCBI-ID: 12023 / 生物種: Pseudomonas phage PP7 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
Host system生物種: Escherichia coli (大腸菌)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Icosahedral / 直径: 340.0 Å / T番号(三角分割数): 4

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: PBS
グリッド支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 618 / 平均電子線量: 35.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.002 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -0.0007 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2831
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 0.6.5) / 使用した粒子像数: 2653
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 0.6.5)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 0.6.5)
最終 3次元分類クラス数: 50 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 0.6.5)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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