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万見
- EMDB-0330: Rea1 Wild type ADP state (AAA+ ring + stem) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0330
タイトルRea1 Wild type ADP state (AAA+ ring + stem)
マップデータ
試料
  • 複合体: Rea1 (MIDASIN) ring with ADP
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-RNA complex remodeling / regulation of ribosomal subunit export from nucleus / preribosome, large subunit precursor / ribosomal large subunit export from nucleus / rRNA processing / ribosomal large subunit assembly / nucleolus / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / nucleoplasm ...protein-RNA complex remodeling / regulation of ribosomal subunit export from nucleus / preribosome, large subunit precursor / ribosomal large subunit export from nucleus / rRNA processing / ribosomal large subunit assembly / nucleolus / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Midasin / Midasin, AAA lid domain 7 / Midasin AAA lid domain 5 / : / Midasin AAA lid domain / Midasin AAA lid domain / Midasin AAA+ ATPase lid domain / ATPase, dynein-related, AAA domain / AAA domain (dynein-related subfamily) / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 ...Midasin / Midasin, AAA lid domain 7 / Midasin AAA lid domain 5 / : / Midasin AAA lid domain / Midasin AAA lid domain / Midasin AAA+ ATPase lid domain / ATPase, dynein-related, AAA domain / AAA domain (dynein-related subfamily) / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Sosnowski P / Urnavicius L / Boland A / Fagiewicz R / Busselez J / Papai G / Schmidt H
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
French National Research AgencyATIP-Avenir フランス
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: The CryoEM structure of the ribosome maturation factor Rea1.
著者: Piotr Sosnowski / Linas Urnavicius / Andreas Boland / Robert Fagiewicz / Johan Busselez / Gabor Papai / Helgo Schmidt /
要旨: The biogenesis of 60S ribosomal subunits is initiated in the nucleus where rRNAs and proteins form pre-60S particles. These pre-60S particles mature by transiently interacting with various assembly ...The biogenesis of 60S ribosomal subunits is initiated in the nucleus where rRNAs and proteins form pre-60S particles. These pre-60S particles mature by transiently interacting with various assembly factors. The ~5000 amino-acid AAA+ ATPase Rea1 (or Midasin) generates force to mechanically remove assembly factors from pre-60S particles, which promotes their export to the cytosol. Here we present three Rea1 cryoEM structures. We visualise the Rea1 engine, a hexameric ring of AAA+ domains, and identify an α-helical bundle of AAA2 as a major ATPase activity regulator. The α-helical bundle interferes with nucleotide-induced conformational changes that create a docking site for the substrate binding MIDAS domain on the AAA +ring. Furthermore, we reveal the architecture of the Rea1 linker, which is involved in force generation and extends from the AAA+ ring. The data presented here provide insights into the mechanism of one of the most complex ribosome maturation factors.
履歴
登録2018年10月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年12月5日-
マップ公開2018年12月5日-
更新2020年9月30日-
現状2020年9月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0106
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0106
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0330.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0330.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 384 pix.
= 422.4 Å		1.1 Å/pix.
x 384 pix.
= 422.4 Å		1.1 Å/pix.
x 384 pix.
= 422.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0106 / ムービー #1: 0.0106
最小 - 最大-0.0069332263 - 0.036207095
平均 (標準偏差)0.00009764492 (±0.0011070691)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 422.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.11.11.1
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z422.400422.400422.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.0070.0360.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Rea1 (MIDASIN) ring with ADP

全体名称: Rea1 (MIDASIN) ring with ADP
要素
  • 複合体: Rea1 (MIDASIN) ring with ADP

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超分子 #1: Rea1 (MIDASIN) ring with ADP

超分子名称: Rea1 (MIDASIN) ring with ADP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMC8H18N2O4SHEPES
10.0 mMMg(CH3COO)2Magnesium Acetate
5.0 mMC14H24N2O10EGTA
5.0 mMC4H10O2S2DTT
3.0 mMC10H15N5O10P2ADP

詳細: ADP was added 5 minute before the plunging
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系球面収差補正装置: Titan Krios Cs Corrector / エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3712 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3840 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-35 / 撮影したグリッド数: 14 / 実像数: 23230 / 平均露光時間: 0.2 sec. / 平均電子線量: 46.2 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 105000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア: (名称: Gctf, RELION)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 76071
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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