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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0286 | |||||||||
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タイトル | Mycobacterium smegmatis alternative protein ribosome (tRNA class 3) | |||||||||
![]() | Class 3 from focused classification with signal subtraction masking the tRNA binding sites | |||||||||
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生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.0 Å | |||||||||
![]() | Tobiasson V / Amunts A | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Zinc depletion does not necessarily induce ribosome hibernation in mycobacteria. 著者: Victor Tobiasson / Allexa Dow / Sladjana Prisic / A Amunts / ![]() ![]() | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 151.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 13.6 KB 13.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 284 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 666.9 MB 666.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 491.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 490.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Class 3 from focused classification with signal subtraction masking the tRNA binding sites | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: Class 3 from focused classification with signal subtraction...
ファイル | emd_0286_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Class 3 from focused classification with signal subtraction masking the tRNA binding sites HALF1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Class 3 from focused classification with signal subtraction...
ファイル | emd_0286_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Class 3 from focused classification with signal subtraction masking the tRNA binding sites HALF2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : M.smegmatis cytosolic ribosome fron Zn depleted cells binding alt...
全体 | 名称: M.smegmatis cytosolic ribosome fron Zn depleted cells binding alternative ribosomal proteins. |
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要素 |
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-超分子 #1: M.smegmatis cytosolic ribosome fron Zn depleted cells binding alt...
超分子 | 名称: M.smegmatis cytosolic ribosome fron Zn depleted cells binding alternative ribosomal proteins. タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | cell |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2724 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 2.8 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.6 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: Gctf |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 73485 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) |