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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0223 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure 2 of pre-60S particles isolated via Arx1-FTpA from a cgr1 depleted yeast strain in the presence of the rrs1E102D suppressor | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 14.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Kater L / Beckmann R | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: Suppressor mutations in Rpf2-Rrs1 or Rpl5 bypass the Cgr1 function for pre-ribosomal 5S RNP-rotation. 著者: Matthias Thoms / Valentin Mitterer / Lukas Kater / Laurent Falquet / Roland Beckmann / Dieter Kressler / Ed Hurt / 要旨: During eukaryotic 60S biogenesis, the 5S RNP requires a large rotational movement to achieve its mature position. Cryo-EM of the Rix1-Rea1 pre-60S particle has revealed the post-rotation stage, in ...During eukaryotic 60S biogenesis, the 5S RNP requires a large rotational movement to achieve its mature position. Cryo-EM of the Rix1-Rea1 pre-60S particle has revealed the post-rotation stage, in which a gently undulating α-helix corresponding to Cgr1 becomes wedged between Rsa4 and the relocated 5S RNP, but the purpose of this insertion was unknown. Here, we show that cgr1 deletion in yeast causes a slow-growth phenotype and reversion of the pre-60S particle to the pre-rotation stage. However, spontaneous extragenic suppressors could be isolated, which restore growth and pre-60S biogenesis in the absence of Cgr1. Whole-genome sequencing reveals that the suppressor mutations map in the Rpf2-Rrs1 module and Rpl5, which together stabilize the unrotated stage of the 5S RNP. Thus, mutations in factors stabilizing the pre-rotation stage facilitate 5S RNP relocation upon deletion of Cgr1, but Cgr1 itself could stabilize the post-rotation stage. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0223.map.gz | 7.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0223-v30.xml emd-0223.xml | 8.5 KB 8.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_0223_fsc.xml | 5.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_0223.png | 34.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0223 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0223 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0223_validation.pdf.gz | 248.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0223_full_validation.pdf.gz | 247.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0223_validation.xml.gz | 8.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0223 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0223 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0223.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 10.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.55 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : pre60S particle purified via Arx1-FTpA, cgr1 depleted via an auxi...
全体 | 名称: pre60S particle purified via Arx1-FTpA, cgr1 depleted via an auxin inducible degron in the presence of the rrs1E102D suppressor |
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要素 |
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-超分子 #1: pre60S particle purified via Arx1-FTpA, cgr1 depleted via an auxi...
超分子 | 名称: pre60S particle purified via Arx1-FTpA, cgr1 depleted via an auxin inducible degron in the presence of the rrs1E102D suppressor タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI SPIRIT |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F216 (2k x 2k) 平均電子線量: 32.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company |